ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Орлов Юрий Львович, д. б. н.

Подразделение: 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики
Совместительство: 044. Проектный отдел
108. Лаб. системной генетики
Должность: старший научный сотрудник
Комната: 1311
Email: orlov@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1311


Персональная информация

Рабочий адрес

г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Образование

НГУ – 1991 – специалист (математика и прикладная математика)

ИЦиГ СО РАН - 2004 - к.б.н. (генетика)

ИЦиГ СО РАН - 2014 - д.б.н. (биоинформатика)

Область научных интересов

Биоинформатика, компьютерная геномика, эволюция.
Общее число цитирований - более 4000. Число цитирований статей с адресом ИЦиГ СО РАН - 79.



Публикации

2017 Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing
Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y.
[Journal of Proteomics and Bioinformatics]
Evolutionary biology at BGRS\SB-2016
Baranova A.V., Orlov Y.L.
[BMC Evol. Biol]
Genomic landscape of CpG rich elements in human genome
Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[BMC Evol. Biol]
Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants
Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen
[Genomics, Proteomics and Bioinformatics]
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Программные системы: теория и приложения]
2016 Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals
Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence
Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y.
[Procedia Computer Science]
Computational genomics at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A.
[BMC GENOMICS]
Computational models in genetics at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Markel A.L.
[BMC Genet.]
Computational plant bioscience at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Salina E.A.
[BMC PLANT BIOL]
Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads
te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Dysfunction in ribosomal gene expression in the hypotalamus and hippocampus following chronic social defeat stress in male mice as revealed by RNA-seq.
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Bragin A.O., Orlov Yu.L., Kudryavtseva N.N.
[NEURAL PLAST]
Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome.
Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Heterogeneity of Brain Ribosomal Genes Expression Following Positive Fighting Experience in Male Mice as Revealed by RNA-Seq
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N., Kudryavtseva N.N.
[MOL NEUROBIOL]
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
[BMC PLANT BIOL]
Transcriptome profiles of gene expression in brain of male mice with repeated experience of aggression as revealed by RNA-Seq
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N.
[EUR NEUROPSYCHOPHARM]
Изменение экспрессии дофаминергических генов в структурах мозга самцов мышей под влиянием хронического социального стресса: данные RNA-seq
Коваленко Ирина Леонидовна, Смагин Дмитрий Александрович, Галямина Анна Георгиевна, Орлов Юрий Львович, Кудрявцева Наталия Николаевна
[молекулярная биология]
Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq
Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций
Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2015 117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates
Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov
[Journal of Biomolecular Structure and Dynamics]
Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China.
Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N.
[Journal of Diabetes Research]
FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.)
Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse
[PLANT PHYSIOL]
Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue
Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene
Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova
[J BIOSCIENCES]
Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л.
[Программные системы: теория и приложения]
Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы
О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы
Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов
[RUSS J GENET+]
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК
Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М.
[Программные системы: теория и приложения]
Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека
Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 ChIP-seq данные и их анализ
Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А.
[Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси.]
Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы
Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ
О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина
Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats
Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova
[BIOGERONTOLOGY]
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution
Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L.
[PALEONTOL J+(RUS)]
Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish
Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S.
[PLOS GENET]
Introductory note for BGRS-2012 special issue
Kolchanov N.A., Orlov Y.L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[J BIOMOL STRUCT DYN]
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Математическая биология и биоинформатика]
2012 3С-методы в исследованиях пространственной организации генома
Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale
Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y.
[Proceedings of HIBIT2012]
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения
О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions
Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim
[PLOS GENET]
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA
Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов
Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
1993 SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites.
Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[Comput. Appl. Biosci.]

Монографии

2016 Анализ экспрессии генов и расположения сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме по данным высокопроизводительного секвенирования / Монография. отв. ред. Ю.Л. Орлов; - Н. Изд-во «Академиздат», 2016, 136 с.
Ю.Л. Орлов, В.Н. Бабенко, А.Г. Богомолов, Э.Р. Галиева, И.В. Чадаева

2012 Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов


Конференции

2016 Differential alternative splicing in brain tissues of rats selected by aggressive behavior
Babenko V.N., Bragin A.O., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[BGRS 2016]
Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments
V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov
[Нейроинформатика 2016]
Clustering of CpG rich elements in gene dense region
Babenko V. N., Chadaeva I., Orlov Y. L.
[Belgrade Bioinformatics Conference]
Computer Analysis of RNA-seq Data of Laboratory Rats with Aggressive Behavior
Anatoly O. Bragin*, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
[SocBin Bioinformatics 2016]
RNA-SEQ DATA ANALYSIS OF RATS WITH AGGRESSIVE BEHAVIOR IN THREE BRAIN AREAS
A.O. Bragin, A.L. Markel, V.N. Babenko, I.V. Chadaeva, E.S. Tiys, Y.L. Orlov
[BGRS-2016]
Search for regulatory context signals in genomic DNA
E.E.Vityaev, A.I.Dergilev, I.V.Chadaeva, Y.Y.Vaskin, A.M.Spitsina, E.V.Kulakova, O.V.Vishnevsky, Y.L.Orlov
[XVIII Международная научно-техническая конференция Нейроинформатика 2016]
Альтернативный сплайсинг и дифференциальная экспрессия генов в тканях головного мозга крыс, селектированных по агрессивности
Бабенко В.Н., Брагин А.О., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[III Международной научной конференции «Генетика и биотехнология XXI века: проблемы, достижения, перспективы»]
2015 Analysis of gene location relative to chromosome loops and topological chromosome domains by ChIA-PET and Hi-C
Orlov Y.L., Kulakova E.V., Spitsina A.M., Svichkarev A.V., Babenko V.N., Li G.
[3D Genome Workshop]
CTCF binding sites and gene expression analysis in genome scale by sequencing data
Kulakova E.V., Spitsina A.M., Safronova N.S., Svichkarev A.V., Dergilev A.I., Ponomarenko M.P., Babenko V.N., Hong P., Li G., Orlov Y.L.
[7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015]
Computer Tools for Gene Expression Data Processing and Correlation Analysis
Babenko V.N., Orlov Y. L., Spitsyina A. M. Podkolodnaya N.
[Computational systems biology and bioinformatics (CSBio 2015)]
Computer analysis of natural antisense transcripts in eukaryotic genomes
Spitsina A.M., Safronova N.S., Kulakova E.V., Dergilev A.I., Li Q.L., Wang J.J., Chen D.J., Yuan C.H., Ponomarenko M.P., Afonnikov D.A., Orlov Y.L., Chen M.
[7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015]
Differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals with aggressive and tolerant behaviors
Anatoly O. Bragin, Natalia N. Kudryavtseva, Arcady L. Markel, Yuriy L. Orlov, Ekaterina V. Kulakova, Anastasia M. Spitsina
[MCCMB-15]
GENETIC CONTROL OF WHEAT INFLORESCENCE DEVELOPMENT
Dobrovolskaya O., Martinek P., Pont C., Amagai Y., Krasnikov A.A., Badaeva E.D., Adonina I.G., Orlov Y.L., Salina E.A., Watanabe N., Salse J.
[The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”]
Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data
Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
[CSBio’2015]
Integrative analysis of antisense transcripts in plants
Orlov Y.L., Dobrovolskaya O., Babenko V.N., Safronova N.S., Chen M.
[The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology” PlantGen 2015]
Rare amino acid changes fixation drives divergence in Metazoa evolution
Konstantin Gunbin, Valentin Suslov, Yuri Orlov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)]
Statistical analysis of chromosome contacts by ChIA-PET and Hi-C technologies
Orlov Y.L., Kulakova E., Spitsina A., Babenko V.
[Future of Biomedicine 2015 Conference]
2014 Computer study of gene expression related to agressive and tolerant behaviors on laboratory animals.
Orlov Y.L., Spitsina A.M., Medvedeva I.V., Bragin A.O., Anikeev A.V., Galyamina A.G., Kozhemyakina R.V., Safronova N.S., Kovalenko I.L., Konoshenko M.I., Moreva T.A., Kudryavtseva N.N., Markel A.L.
[BGRS/SB-2014]
Genetic dissection of the inflorescence branching trait in diploid, tetraploid and hexaploid wheats
Dobrovolskaya O., Amagai Y., Pont C., Martinek P., Krasnikov A.A., Orlov Y.L., Salina E.F., Salse J., Watanabe N.
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150.
Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А.
[Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Национальный Суперкомпьютерный форум-2014 (НСКФ-2014)]
2013 3D organization of chromosomes mediated by RNAPII complex contacts in human genome
Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov, N.R. Battulin, O.L. Serov, N.A. Kolchanov, Guoliang Li, Yijun Ruan
[MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
Applications of text complexity measures to genome sequences analysis
N.S. Safronova, E.V. Kulakova, Yu.L. Orlov
[Genome Informatics Workshop (GIW-2013)]
Computational analysis of gene expression data on age-related diseases using rat models
Orlov Y.L., Kozhevnikova O.S., Afonnikov D.A., Kolosova N.G.
[8th European Congress of Biogerontology]
Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing
Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan
[21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013]
Computer analysis of transcription factor binding sites in genome scale based on ChIP-seq data
Yuriy L. Orlov, Vladimir A. Ivanisenko, Alexey V. Kochetov, Nikolay A. Kolchanov
[German-Russian Forum Biotechnology, Rostock 2013]
«Computer databases for genome data analysis»
Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov
[Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга
Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[«Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция]
КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ХРОМАТИН-ИММУНОПРЕЦИПИТАЦИИ ChIP-seq
Орлов Ю.Л.
[Конференция ВОГиС «Проблемы генетики и селекции»]
2012 Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data
Yuriy Orlov
[BIOTEC Forum "Bioinformatics and Computational Biology"]
WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY
Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N.
[III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).]
ДНК-микрочип для исследования механизмов развития у крыс OXYS ретинопатии, аналогичной возрастной макулярной дегенерации у людей
Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Муралева Н.А., Швалов А.А., Колосова Н.Г.
[Фундаментальные науки – медицине]
Computer analysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II in human
Yuriy L. Orlov, Guoliang Li, Kuljeet S. Sandhu, Melissa J. Fullwood, Dmitriy A. Afonnikov, Chialin Wei, Oleg L. Serov, Nikolay A. Kolchanov, Yijun Ruan
[Международный симпозиум «SysPatho-Системная биология и медицина»]
Integrative analysis of antisense transcripts and miRNA targets in plant genomes
Y.L. Orlov, O. Dobrovolskaya, Y. Meng, D.A. Afonnikov, M. Chen, Y. Zhu
[The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012]
CHARACTERIZATION OF THE WFZP HOMOEOLOGOUS GENES IN BREAD WHEAT
Dobrovolskaya O.B., Pont C., Martinek P., Orlov Yu.L., Popova O.M., Laikova L.I., Salse J., Salina E.A.
[The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012]
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
3D CHROMOSOME CONTACTS AND CHROMATIN INTERACTIONS REVEALED BY SEQUENCING
Y.L. Orlov, G. Li, R. Auerbach, K.S. Sandhu, X. Ruan, M.J. Fullwood, N.L. Podkolodnyy, D.A. Afonnikov, E. Liu, C.L. Wei, M. Snyder, Y. Ruan
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe
Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China]
The study on structural-functional organization of the genes that control inflorescence development in bread wheat (T. aestivum l.) And its close relatives on an example of the WFZP gene
Добровольская О.Б., Сальс Ж., Попова О.М.,Орлов Ю.Л., Мартинек П., Лайкова Л.И., Салина Е.А.
[III Вавиловская международная конференция «Идеи Н.И. Вавилова в современном мире»]
Аnalysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II
Orlov Y.L.
[Хромосома 2012, Новосибирск, 2-7 сентября]
Развитие ретинопатии и активация метаболического пути болезни Альцгеймера в сетчатке крыс OXYS
Кожевникова О.С., Корболина Е.Е., Муралева Н.А., Орлов Ю.Л., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г.
[III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012). 2012, г.Казань]
2011 РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕННЫЕ СЕТИ В РАКОВЫХ КЛЕТКАХ: АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ChIP-seq
Орлов Ю.Л., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Афонников Д.А.
[II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», 11-17 ноября 2011, Новосибирск.]
Компьютерный анализ дифференциально экспрессирующихся генов у крыс гипертензивной линии НИСАГ.
Александрович Ю.В., Орлов А.В., Пыльник Т.О., Смоленская С.Э., Редина О.Е. , Орлов Ю.Л. , Маркель А.Л.
[II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», Новосибирск, 2011]
COMPUTER ESTIMATION OF GENOME COMPLEXITY AND MINIMAL GENOME SIZE
Орлов Юрий Львович, Суслов Валентин Владимирович
[III international conference Biosphere origin and evolution]
Статистические компьютерные задачи анализа данных геномного секвенирования
Орлов Юрий Львович
[Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач]
Integrative analysis of transcription factors binding profiles regulating embryonic stem cell identity based on ChIP-seq and expression arrays technologies
Yuriy L. ORLOV, Nikolay L. PODKOLODNY, Huck-Hui NG
[MCCMB 2011]
Bioinformatics education in Asia
Орлов Юрий Львович
[BREW 2011: Bioinformatics Research and Education Workshop]
Интегративный анализ полногеномных последовательностей
Орлов Юрий Львович
[Рабочее совещание "Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике"]
Анализ генных сетей, определяющих программу развития эмбриональных стволовых клеток человека с помощью скрининга интерференции РНК и полногеномных технологий секвенирования
Орлов Юрий Львович
[VI Московский международный конгресс. «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]

Гранты

2016 Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq)
Спицина А. М. Смагин Д. А. Галямина А. Г. Коношенко М. Ю. Коваленко И. Л. Кожемякина Р. В. Медведева И. В. Морева Т. А. Кулакова Е. В. Маркель А. Л. Витяев Е. Е. Сафронова Н. С. Брагин А. О. Васильев Г. В. Кудрявцева Н. Н. Бабенко В. Н. Дергилёв А. И.

2015 Анализ генетических полиморфизмов адаптации к окружающей среде и диабета II типа у монгольских бурят
Бабенко Владимир Николаевич, Вишневский Олег Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Орлов Юрий Львович, Посух Ольга Леонидовна, Сафронова Наталья Сергеевна, Китайские партнеры - Проф. Минг Чен, Проф. Хайхуа Бай

2014 Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq)
17 человек

Изучение влияния хронического социального стресса на пространственную организацию транскрипционно-активного хроматина методом ChIA-PET
Брызгалов Л.О., Августинович Д.Ф., Бондарь Н.П., Ершов Н.И., Леберфарб Е.Ю., Орлов Ю.Л.

Компьютерно-экспериментальный анализ молекулярных механизмов регуляции экспрессии генов в клетках опухолей головного мозга
Васильев Геннадий Владимирович Вишневский Олег Владимирович Генаев Михаил Александрович Губанова Наталья Владимировна Климова Наталья Викторовна Кожевникова Оюна Суранзановна Медведева Ирина Вадимовна Орлов Юрий Львович Попик Ольга Васильевна Сафронова Наталья Сергеевна

2013 «Научные стажировки для ученых и преподавателей вузов» DAAD (Германская Служба Академических Обменов)
Орлов Ю.Л.

Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия

Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика»
Колчанов Николай Александрович

2012 Интегрированная биоинформационная платформа анализа данных экспрессии генов в тканях мозга
Орлов Юрий Львович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Медведева Ирина Вадимовна, Кожевникова Оюна Суранзановна, Васильев Геннадий Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Орлов Алексей Валерьевич, Подколодный Николай Леонтьевич, Пономаренко Михаил Павлович, Рубцова Надежда Владимировна, Вишневский Олег Владимирович, Ершов Никита Игоревич, Климова Наталья Викторовна, Суслов Валентин Владимирович, Генаев Михаил Александрович, Корболина Елена Евгеньевна, Пономаренко Петр Михайлович, Семенычев Александр Владимирович, Овчинников Владимир Юрьевич, Сафронова Наталья Сергеевна, Шмаков Николай Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич

Исследование трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C
Баттулин Нариман Рашитович Серов Олег Леонидович Колчанов Николай Александрович Рубцов Николай Борисович Орлов Юрий Львович Афонников Дмитрий Аркадьевич Медведев Кирилл Евгеньевич Карамышева Татьяна Витальевна Юнусова Анастасия Маратовна Шнайдер Татьяна Александровна Фишман Вениамин Семенович Мензоров Алексей Гавриилович Хабарова Анна Александровна

Изучение структурно-функциональной организации генов, участвующих в регуляции развития соцветия мягкой пшеницы (T. aestivum L.) и ее сородичей
Добровольская Оксана Борисовна, Арбузова Валентина Сергеевна, Орлов Юрий Львович, Попова Ольга Михайловна, Стрига Вера Николаевна

2011 Проведение проблемно- ориентированных поисковых исследований в области ДНК-чипов в рамках технологической платформы «Медицина будущего»
Орлов Юрий Львович Колосова Наталия Гориславовна Корболина Елена Евгеньевна Кожевникова Оюна Суранзановна Татьков Сергей Иванович Муралёва Наталья Александровна Генаев Михаил Александрович

Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий
Антонцева Елена Вячеславовна Меркулова Татьяна Ивановна Брызгалов Леонид Олегович Ощепков Дмитрий Юрьевич Матвеева Марина Юрьевна Ершов Никита Игоревич Пахарукова Мария Юрьевна Орлов Юрий Львович Мордвинов Вячеслав Алексеевич Колосова Наталия Гориславовна Шилов Александр Геннадьевич Кашина Елена Валентиновна Корболина Елена Евгеньевна Сивков Антон Юрьевич Брагин Анатолий Олегович

Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович

Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович

2005 Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом
Левицкий Виктор Георгиевич Вишневский Олег Владимирович Проскура Анна Леонидовна Катохин Алексей Вадимович Фурман Дагмара Павловна Подколодная Ольга Александровна Пономаренко Михаил Павлович Орлов Юрий Львович


Научное руководство

2016 Разработка пакета визуализации структурных характеристик генетического текста
Орлов Юрий Львович Бабенко Владимир Николаевич
[Спицина Анастасия Михайловна]
2015 Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме
Орлов Юрий Львович
[Дергилев Артур Игоревич]
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов и участков хромосомных контактов в геноме
Орлов Ю.Л.
[Свичкарев Владлен Анатольевич]
2014 Компьютерный анализ данных экспрессии генов на микрочипах и высокопроизводительного секвенирования транскриптом
Орлов Ю.Л.
[Спицина Анастасия Михайловна]
Разработка компьютерных программ анализа данных геномного секвенирования по технологии ChIP-seq
Орлов Ю.Л.
[Кулакова Екатерина Викторовна]
2013 Компьютерный анализ контекстных особенностей ДНК [Сафронова Наталья Сергеевна]
2012 Веб-портал для базы данных по экспериментальным исследованиям в области геномики. [Мартыщенко Мария Кирилловна]
2011 Анализ экспрессии генов на микрочипах на крысах линии НИСАГ [Орлов Алексей Валерьевич]

Учебные курсы

2014 Математические методы биоинформатики
Орлов Ю.Л., Мирошниченко Л.А.

2012 Биоинформатика для генетиков
Орлов Ю.Л.

2011 Введение в биоинформатику, лекции
Введение в биоинформатику, семинары.

Патенты

2016 Дифференциально экспрессирующиеся гены в ядрах шва среднего мозга агрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ЯШ/Агр)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.

Дифференциально экспрессирующиеся гены в ядрах шва среднего мозга депрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ЯШ/Деп)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.

Дифференциально экспрессирующиеся гены в гипоталамусе агрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ГПТ/Агр)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.

Дифференциально экспрессирующиеся гены в гипоталамусе депрессивных мышей линии C57BL/6J (ДЭГ-ГПТ/Деп)
Кудрявцева Н.Н., Смагин Д.А., Коваленко И.Л., Галямина А.Г., Орлов Ю.Л.

2012 База данных генов крысы, ассоциированных с заболеваниями старения для исследований на микрочипах (РатДНК ДБ)/ Database of rat genes associated with senescence deceases for microarray research (RatDNA DB)
Орлов Юрий Львович, Мартыщенко Мария Кирилловна, Генаев Михаил Александрович, Кожевникова Оюна Суранзановна


Диссертации

2014 Полногеномный компьютерный анализ распределения сайтов связывания транскрипционных факторов эукариот по данным иммунопреципитации хроматина и высокопроизводительного секвенирования [Доктор]
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.