ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Лашин Сергей Александрович, к. б. н.

Подразделение: 105. Сек. компьютерного анализа и моделирования биологических систем
Заведующий: 105. Сек. компьютерного анализа и моделирования биологических систем
Совместительство: 088. Центр нейробиол. и нейрогенет. мозга
069. Научно-образовательный отд.
Должность: ведущий научный сотрудник
Комната: 1331
Email: lashin@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1331


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

24.09.1980

Учёная степень: кандидат биологических наук по специальности «Математическая биология, биоинформатика (03.01.09), ИЦиГ СО РАН.
Название диссертации: «Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов».
Научный руководитель: Матушкин Юрий Георгиевич, к.б.н., с.н.с.

Образование

НГУ – 2003 – специалист (прикладная математика и информатика)


Область научных интересов

Системная биология, биоинформатика, эволюция, математическое и компьютерное моделирование, анализ данных, геномика, высокопроизводительные и параллельные вычисления, программирование, алгоритмы.

 

Участие в разработке программных продуктов:

Главный разработчик:

  • Эволюционный конструктор (http://evol-constructor.bionet.nsc.ru/) – программный пакет для моделирования эволюции в прокариотических сообществах.
  • TerMotif predictor – программа предсказания ро-независимых терминаторов транскрипции в бактериальных геномах.

Разработчик:

  • MGSmodeller (http://modelsgroup.bionet.nsc.ru/?page_id=491&lang=ru) – компьютерная система, предназначенная для создания, расчёта и анализа математических моделей молекулярно– генетических систем.
  • MGSmodelsDB (http://modelsgroup.bionet.nsc.ru/MGSmodelsDB/) – веб-ориентированная система хранения и создания математических моделей биомолекулярных систем.


Сотрудники научно-образовательного отдела

научное руководство которыми осуществляет сотрудник:
Замятин Владимир
Кузьмичев Александр Валерьевич
Мухин Алексей Максимович


Публикации

2017 Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
2016 AltORFev facilitates the prediction of alternative open reading frames in eukaryotic mRNAs
Kochetov Alex V., Allmer Jens, Klimenko Alexandra I., Zuraev Bulat S., Matushkin Yury G., Lashin Sergey A.
[BIOINFORMATICS]
A Review of Simulation and Modeling Approaches in Microbiology
A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, A. D. Chekantsev, R. K. Zudin, Yu. G. Matushkin, S. A. Lashin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC MICROBIOL]
Impact of socio-demographic structure of the deaf people communities in prevalence of hereditary hearing loss.
Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V., Mikhalskaia V.Yu., Lashin S.A., Barashkov N.A., Romanov G.P.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2015 A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study
Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC EVOL BIOL]
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии
Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Математическая биология и биоинформатика]
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software
Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения
Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution
Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2012 Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[ECOL MODEL]
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges
Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор"
Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ
Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии
С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин
[RUSS J GENET+]
2011 Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems
S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov
[RUSS J GENET+]
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг”
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
2010 Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
2009 Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом
Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Информационный вестник ВОГИС]
2008 Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вычислительные технологии]
2007 Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006))
Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G
[In Silico Biology]
2005 Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]

Монографии

2016 The Animal Domestication Experiment as a Model of the Evolutionary Process: A New Insight into Evolution Under Selection Targeting Regulatory Systems.
Trut, L. N., Herbek, Y. E., Trapezov, O. V., Lashin, S. A., Matushkin, Y. G., Markel, A. L., Kolchanov, N. A.

2014 Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.

2011 Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор»
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.

2010 Компьютерный генетический конструктор: математическое моделирование генетических и метаболических подсистем E. coli
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ратушный А.В., Лашин С.А., Турнаев И.И., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Колчанов Н.А.

Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения
И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова

2008 Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.


Конференции

2017 Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей
З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
ПРОСТРАНСТВЕННАЯ ГЕТЕРОГЕННОСТЬ СПОСОБСТВУЕТ ЛОКАЛЬНОМУ ПОДДЕРЖАНИЮ АНТАГОНИСТИЧЕСКИХ ЭВОЛЮЦИОННЫХ СЦЕНАРИЕВ В МОДЕЛЯХ МИКРОБНЫХ СООБЩЕСТВ
А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
2016 Biomolecular systems models semi-automatic reconstruction based on structural and quantitative information
F.V. Kazantsev, I.R. Akberdin, S.A. Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, A.V. Ratushny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai
[BGRS/SB’16, Novosibirsk]
A software system for simulating social and genetic aspects of deafness in human populations.
Dyachenko I.S., Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V, Mikhalskaia V.Yu., Romanov G.P., Barashkov N.A., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology» BGRS\SB-2016.]
ALTORFEV: A NOVEL TOOL FOR PREDICTION OF ALTERNATIVE ORFS BASED ON THE LINEAR SCANNING MODEL
B.S. Zuraev, A.V. Kochetov, A.I. Klimenko, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
Crossing valleys and reaching peak on the fitness landscapes in microbial communities under various ecological conditions: a simulation study
Zakhar Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
HAPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, Z.S. Mustafin, A.D. Chekantsev, R.K. Zudin, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
HEC 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Лашин С.А.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBBI’2016)]
Marital status, marriage patterns and fertility of deaf people in the Tyva Republic (South Siberia, Russia).
Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Mikhalskaia V.Yu., Zytsar M.V., Barashkov N.A., Romanov G.P., Lashin S.A.
[the 66th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics (October 18–22, 2016, Vancouver, Canada)]
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
PHAGE INFECTION SLOWS DOWN SPECIATION CAUSED BY GENE LOSS AND HORIZONTAL GENE TRANSFER OF METABOLIC GENES IN MODELS OF SPATIALLY DISTRIBUTED BACTERIAL COMMUNITIES
A. I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
ГЭК 3D: инструмент для многоуровневого моделирования пространственно распределённых микробных сообществ
Клименко А. И., Мустафин З.С., Матушкин Ю. Г., Лашин С. А.
[XVII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2016)]
2015 Комплексные модели микробных сообществ
Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г.
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»]
Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”]
EloE, a web application for automatic estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
V.S. Sokolov, B.S. Zuraev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[BREW 2015: Bioinformatics Research and Education Workshop]
A module for integrating SBML-written mathematical models into the software package «Haploid Evolutionary Constructor»
Chekantsev A.D., Lashin S.A.
[The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
High-performance computations support for the software package «Haploid Evolutionary Constructor»
Zudin R.K., Lashin S.A.
[The 7th International Young Scientists School "Systems Biology and bioinformatics" SBB-15]
High-performance simulation of evolutionary-population processes in bacterial communities
Mustafin Z.S., Lashin S.A.
[The 7th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
2014 EloE – a web-application for estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[BGRS\SB-2014]
Allelic coadaptation and fitness landscape predetermine the optimal Evolutionary mode in prokariotic communities: a simulation study
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2014)]
Haploid Evolutionary Constructor 3D: a tool for simulation of spatially distributed prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
High Performance computing simulation of evolutionary processes in basterial communities
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology (MM-HPC-BBB-2014)]
Spatially distributed bacterial communities: simulation with «Haploid Evolutionary Constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Международная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"]
Модели коэволюции в трофических сообществах одноклеточных организмов: влияние пространственной неоднородности
Ю.Г.Матушкин, А.И.Клименко, С.А.Лашин
[V международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
Проблемы эволюции путем горизонтального переноса генов
Клименко А.И., Лашин С.А., Суслов В.В.
[Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле]
Пространственно распределенные модели эволюции в симбиотических/антагонистических прокариотических сообществах
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
2013 Multi-layer computer models of gene network evolution in diploid populations.
S. Lashin and Y. Matushkin
[FEBS Congress]
Spatially distributed models of evolution in symbiotic/antagonistic prokaryotic communities
Y. Matushkin and S. Lashin
[FEBS Congress]
The gene flow between ancient and modern humans: how often the hybridization occurred and what are population consequences?
K.V. Gunbin, S.A. Lashin
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор"
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс»]
2012 When gene networks may not work: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
Effects of in- and outbreeding in populations of diploid organisms: computer simulations with the diploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
Evolution in prokaryotes-phages communities: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
Haploid evolutionary constructor: a graphical user interface for simulating bacterial communities evolution
Klimenko A.I., Lashin S.A.
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)]
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution
Мустафин З.С., Лашин С. А.
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2012)]
Haploid evolutionary constructor: parallelization and high performance simulations of prokariotic communities evolution
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[Systems Bioligy & Bioinformatics (SBB 2012)]
Гаплоидный эволюционный конструктор: графический интерфейс для моделирования эволюции бактериальных сообществ
Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем
Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ в программе "Гаплоидный Эволюционный Конструктор"
Мустафин З.С., Лашин С.А.
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
2011 Новая база математических моделей элементарных подсистем клетки Escherichia coli
Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Насонов В.В., Тимонов В.С., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»]
Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
Evolutionary trends of genome amplification and reduction
Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V.
[III international conference Biosphere origin and evolution]
Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011]
Математическое и компьютерное моделирование эволюционно-популяционных процессов
Лашин С.А.
[Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"]
Моделирование генных сетей: система GeneNet в 2011 году.
Тимонов В.С., Гунбин К.В., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Деменков П.С., Лашин С.А., Ананько Е.А., Иванисенко В.А., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики"]
Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием
Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
2010 Computer modeling of prokaryotic communities’ evolution
Lashin S.A.
[ERASysBio Summer School, 27 July 2010, Tenerife, Spain]
Computer simulation of origin and evolution of signaling systems
Dygalo N.N., Lashin S.A.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms
Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India]
Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010]
Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов
Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино]
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
Эволюционный конструктор - методика моделирования эволюции бактериальных сообществ
Лашин С.А.
[Вторая международная научная школа-конференция памяти академика М.М. Лаврентьева "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", 21-29 сентября 2010, Новосибирск]
2009 Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)]
Modeling of coevolutionin communities usin "Evolutionary constructor" program
Lashin S.A.
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора"
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.]
2008 Approval method for transcription termination sites prediction in firmicutes
S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin, T.M, Khlebodarova, V.A. Likhoshvai.
[Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)]
Эволюционный конструктор: новый подход к моделированию эволюции простейших
Лашин С.А.
[IX всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2008)]
2006 Gene network reconstruction and mathematical modeling of E. coli respiration: regulation of F0F1-ATP synthase by metal ions.
Khlebodarova T.M., Lashin S.A., Apasieva N.V.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
MGSmodeller – the computer system for construction, calculation and analysis of model of genetic molecular system
Kazantcev F.V., Podkolodnaya N.N., Akberdin I.R., Bezmaternich K.D., Krokus I.V., Lashin S.A., Ratushny A.V., Likhoshvai V. A.
[VII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям. Красноярск. 2006]

Гранты

2015 Оценка потенциальной роли социально-демографической структуры сообществ глухих людей в распространенности наследуемых форм потери слуха в регионах Сибири
Посух Ольга Леонидовна, Бады-Хоо Марита Сергеевна, Барашков Николай Алексеевич, Зыцарь Марина Вячеславовна, Лашин Сергей Александрович, Михальская Валерия Юрьевна, Романов Георгий Прокопьевич

2012 Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Лашин Сергей Александрович, Николаев Сергей Васильевич

Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ"
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Рассказов Дмитрий Александрович, Подколодная Наталья Николаевна, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Лашин Сергей Александрович, Суслов Валентин Владимирович

2010 Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects)
Блинов А.Г., Головнина К.А., Новикова О.С., Смышляев Г.А., Сормачева И.Д., Новиков А.С., Лашин С.А.

2006 РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН


Научное руководство

2016 Разработка программного модуля генерации математических моделей молекулярно-генетических систем для программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор»
Лашин С.А.
[Чеканцев Антон Дмитриевич]
Разработка системы поддержки высокопроизводительных вычислений для программного комплекса “Гаплоидный эволюционный конструктор”
Лашин С.А.
[Зудин Роман Константинович]
2015 Разработка модуля поддержки высокопроизводительных вычислений для программы “Диплоидный эволюционный конструктор”
Лашин Сергей Александрович
[Магеррамов Эмиль Александрович]
Моделирование пространственного распределения популяций в программном комплексе “Диплоидный эволюционный конструктор”
Лашин Сергей Александрович
[Дьяченко Игорь Сергеевич]
Развитие алгоритмов предсказания эффективности элонгации трансляции генов
Лашин Сергей Александрович
[Зураев Булат Сергеевич]
2014 Исследование агентной модели “защитник-агрессор”
Лашин Сергей Александрович
[Скиба Артём Ильич]
Система 3D визуализации для программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор»
Лашин Сергей Александрович
[Чеканцев Антон Дмитриевич]
Система распределения вычислительных ресурсов в рамках программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор»
Лашин Сергей Александрович
[Зудин Роман Константинович]
Высокопроизводительное компьютерное моделирование популяционно-генетических процессов в бактериальных сообществах
Лашин Сергей Александрович
[Мустафин Захар Сергеевич]
Моделирование пространственно-распределённых бактериальных сообществ с помощью «гаплоидного эволюционного конструктора»
Лашин Сергей Александрович
[Клименко Александра Игоревна]
Компьютерное моделирование социально-биологических явлений
Лашин Сергей Александрович
[Мамонтова Елена Андреевна]
2012 Разработка подсистемы управления и визуализации программного комплекса "Эволюционный конструктор"
Лашин Сергей Александрович
[Клименко Александра Игоревна]
Разработка высокопроизводительных методов моделирования эволюции бактериальных сообществ
Лашин Сергей Александрович
[Мустафин Захар Сергеевич]
Разработка пространственно распределённой модели эволюции бактериальных сообществ
Лашин Сергей Александрович
[Мамонтова Елена Андреевна]

Учебные курсы

2017 Введение в информационную биологию
Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А.

2011 Язык С++ для биологов
Информационные технологии и языки программирования (программирование на языке Java)
2010 Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике

Патенты

2016 Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape)
Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.

База данных по молекулярным маркерам генов устойчивости пшеницы к болезням (МИГРЭ) / Database on Molecular Identification of Genes for Resistance in Wheat (Migrew)
Салина Е.А., Сколотнева Е.С., Казанцев Ф.В., Лашин С.А.

2015 Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)»
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К.

Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC)
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А.

Программный комплекс для предсказания потенциально транслируемых открытых рамок считывания «AUGWeb»/ Software package for prediction of efficiently translated hidden alternative open reading frames «AUGWeb»
Лашин С.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Зураев Б.С., Клименко А.И.

2012 База данных "Элементарные подсистемы: метаболизм E.coli" (ЭлСи: E.coli)/ Database "Elementary subsystems: E.coli metabolism" (ElSy: E.coli)
Лихошвай В.А., Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Ри М.Т., Ри Н.А., Хлебодарова Т.М., Лашин С.А., Ощепкова Е.А., Ратушный А.В.

2008 Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller)
Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В

2006 База математических моделей молекулярно-генетических процессов (Модельер)/Database of mathematical models of molecular genetic processes (ModelER)
Ратушный А.В., Недосекина Е.А., Лашин С.А., Турнаев И.И., Владимиров Н.В., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А.


Диссертации

2010 Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов [Кандидат]
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.