ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Афонников Дмитрий Аркадьевич, к. б. н.

Подразделение: 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики
Заведующий: 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики
Должность: ведущий научный сотрудник
Комната: 1318
Email: ada@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1318


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

1968

Образование

НГУ – 1992 – физик

Награды

 

Область научных интересов

Биоинформатика, молекулярная эволюция, структура белка.

Область рабочих интересов

 

Хобби

Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.



Сотрудники научно-образовательного отдела

научное руководство которыми осуществляет сотрудник:
Комышев Евгений Геннадьевич
Константинов Дмитрий Константинович
Шмаков Николай Александрович


Публикации

2017 Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
2016 Identification of microsatellite loci based on BAC sequencing data and their physical mapping into the soft wheat 5B chromosome
Nesterov M.A., Afonnikov D.A., Sergeeva E.M., Miroshnichenko L.A., Bragina M.K., Bragin A.O., Vasiliev G.V., Salina E.A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network
Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov
[BMC GENET]
Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species
Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Alexander V. Simonov, Dmitry A. Afonnikov, Andreas Bo¨rner
[GENETIC RESOURCES AND CROP EVOLUTION]
Evaluation of the SeedCounter, a Mobile Application for Grain Phenotyping
Komyshev E., Genaev M., Afonnikov D.
[Frontiers in Plant Science]
Identification of nuclear genes controlling chlorophyll synthesis in barley by RNA-seq
Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Doroshkov A.V., Gordeeva E.I., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K.
[BMC PLANT BIOL]
Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping.
Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A.
[EUPHYTICA]
Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth
Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N
[Frontiers in Plant Science]
Methods of high-throughput plant phenotyping for large-scale breeding and genetic experiments
D. A. Afonnikov, M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. G. Komyshev, T. A. Pshenichnikova
[RUSS J GENET+]
Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений
А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов
[Достижения науки и техники АПК]
Протокол анализа количественных характеристик опушения листа картофеля
А.В. Дорошков, М.А. Генаев, Д.А. Афонников
[Вавиловский журнал генетики и селекции.]
2015 Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach
Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov
[GENOME BIOL]
Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis
Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V.
[The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book]
Identification of microRNA genes in three opisthorchiids
Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV.
[PLOS NEGLECT TROP D]
Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes
Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA.
[TRENDS PLANT SCI]
The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat.
Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A.
[The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book]
The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I.
[BMC GENOMICS]
The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants
Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы.
М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing
E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina
[Plant Genome]
Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species
Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov
[BMC STRUCT BIOL]
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer
D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики
Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы
Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[Математическая биология и биоинформатика]
Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией
Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Эффективность использования генов bmy2, waxy и внутренних транскрибируемых спейсеров генов рибосомных рнк в качестве маркеров для изучения генетического разнообразия видов рода Elymus.
Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Белавин П.А., Агафонов А.В.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis.
Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V.
[EXP PARASITOL]
BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ
Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution
Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L.
[PALEONTOL J+(RUS)]
INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD
N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov
[Vavilov journal of genetics and breeding]
Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution
K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov
[PALEONTOL J+(RUS)]
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА
Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Биоинформатика: метод во главе угла
Афонников Д.А. Иванисенко В.А.
[Наука из первых рук]
Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67
Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А.
[RUSS J GENET+]
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА
Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2012 3С-методы в исследованиях пространственной организации генома
Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований
М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree
Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA.
[In Silico Biology]
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale
Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y.
[Proceedings of HIBIT2012]
Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique
Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov
[PLANTA]
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений
Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В.
[Математическая биология и биоинформатика]
WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat
M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova.
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П.
[Археология, этнография и антропология Евразии]
Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE
Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А.
[Математическая биология и биоинформатика]
Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы.
Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi.
Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[BMC EVOL BIOL]
Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования.
Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А.
[RUSS J GENET+]
Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов.
Медведев К.Е., Афонников Д.А.
[Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям
Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления
Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н.
[Вестник ТГУ]
КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ
М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B
Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А.
[Вестник ТГУ]
2010 A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits
Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Moscow University Biological Sciences Bulletin]
Адаптация к бездне
Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В.
[Химия и жизнь]
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков
Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А.
[Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
2009 Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA
Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B.
[BMC GENOMICS]
Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions
Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA
[BMC GENOMICS]
Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.
[Доклады Академии Наук]
Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei
Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О.
[Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина]
Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L
Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
2008 Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins.
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Methods Mol. Biol.]
2007 The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study
Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A.
[In Silico Biology]
The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization
Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A.
[Lect Notes Comput Sci]
2006 Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm
D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov
[BIOFIZIKA+]
2005 Актуальные проблемы компьютерной протеомики
Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
2004 Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
2002 ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro.
Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
2001 Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions
D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov
[BIOINFORMATICS]
1997 Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1
Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И.
[Molecular Biology]

Монографии

2014 Wheat leaf pubescence analysis: methods of computer phenomics
Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A.

2012 Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов

2011 Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.

2010 BioinfoWF – веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики
Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.

Анализ эволюции в семействах белоккодирующих генов у архей рода Pyrococcus при адаптации к высоким давлениям океанических глубин
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.

Молекулярная эволюция циклинов: зависимость между изменением белков и ростом сложности эукариот
Гунбин К.В., Турнаев И.И., Афонников Д.А.

Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения
И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова

2009 The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequence genome of Drosophila melanogaster
Zakharenko L. P., Perepelkina M. P., Afonnikov D. A.

2008 Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса гепатита С. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 602-610.
Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В., Колчанов Н.А.

Классификация локального пространственного окружения аминокислотных остатков по физико-химическим свойствам. В Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 281-289.
Афонников Д.А., Колчанов Н.А.

Компьютерный анализ структурно-функциональных характеристик протеасомной деградации белков. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 296-301.
Барышев П.С., Афонников Д.А.

Координированные замены аминокислот в белках. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 591-602.
Афонников Д.А.

2007 The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A.

2006 Prediction of contact numbers of amino acid residues using a neural network model. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 297-304.
Afonnikov D.A.


Конференции

2016 Computer simulation of the trichome patterning on growing wheat leaf taking into account the biomechanics of cells
U.S. Zubairova, S.V. Nikolaev, A.V. Penenko, N.L. Podkolodnyy, S.K. Golushko, D.A. Afonnikov, and N.A. Kolchanov
[BGRS\SB-2016]
Crossing valleys and reaching peak on the fitness landscapes in microbial communities under various ecological conditions: a simulation study
Zakhar Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
Development of Microsatellite Markers According to BAC Sequencing Data and Their Physical Mapping to the Bread Wheat 5B Chromosome
M.A. Nesterov, D.A. Afonnikov, E.M. Sergeeva, L.A. Miroshnichenko, M.K. Bragina, A.O. Bragin, G.V. Vasiliev, E.A. Salina
[The Tenth International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2016)]
HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE INFLUENCE ON INTERDOMAIN INTERFACE OF THE NIP7 PROTEINS FROM P.ABYSSI AND P.FURIOSUS: MD SIMULATION RESEARCH
K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov
[BGRS\SB-2016]
MOLECULAR EVOLUTION ANALYSIS OF RNA-BINDING NIP7 PROTEIN FROM DEEP- AND SHALLOW-WATER ARCHAEA
K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov
[BGRS\SB-2016]
Mechanics of plant cell unidirectional growth
S.V. Nikolaev, S.K. Golushko, U.S. Zubairova, D.A. Afonnikov
[BGRS\SB-2016]
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
SEEDCOUNTER APPLICATION AND WHEAT EAR RECOGNIZING ALGORITHM FOR HIGH THROUGHPUT WHEAT PHENOTYPING
E. G. Komyshev, M. A. Genaev, D. A. Afonnikov
[Международный научный симпозиум «Генетика и геномика растений для продовольственной безопасности»]
Step by Step Analysis of Wheat Chromosome 5B: New Data
Elena A. Salina , Ekaterina M. Sergeeva , Mikhail A. Nesterov , Antonina A. Kiseleva , Zeev M. Frenkel , Abraham B. Korol , Dmitry A. Afonnikov , Jan Vrana , Jaroslav Dolezel , Andrey A. Mardanov , Nikolay V. Ravin
[Plant & Animal Genome Asia 2016 (PAG ASIA 2016)]
SyGraph – web system for visualization of synteny alignments and comparison of assembly contigs
M. A. Genaev, D. A. Afonnikov
[BGRS-2006]
The compendium of human genes controlling feeding behavior or body weight, reconstruction of networks and analysis of their properties.
Ignatieva E.V., O.V. Saik, D.A. Afonnikov
[The Tenth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems biology BGRS/SB2016]
Wheatdb2: plant trait database and information system based on Crop Ontology terms
E.G. Komyshev, M.A. Genaev, A.V. Akushkina, D.A. Afonnikov
[10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology»]
2015 SeedCounter – mobile application for grain phenotyping
Комышев Е.Г., Генаев М.А, Афонников Д.А.
[Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk]
THE STRUCTURAL ORGANIZATION OF THE REGIONS SPANNING 5S rRNA GENES LOCATED ON 5BS CHROMOSOME OF TRITICUM AESTIVUM L.
Sergeeva E.M., Koltunova M., Nesterov M.A., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Salina E.A.
[The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”]
ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ЯДЕРНОГО И МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМОВ 3С МЕТОДАМИ
Фишман В.С., Баттулин Н.Р., Миронова И.В., Помазной М.Ю., Афонников Д.А., Мазур А.М., Хабарова А.А., Прохорчук Е.Б., Серов О.Л.
[Международная конференция «Хромосома» 2015]
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»]
2014 The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
Идентификация микроРНК генов плоских червей семейства Opisthorchiidae
В.Ю. Овчинников, Д.А. Афонников, Г.В. Васильев, Е.В. Кашина, B. Sripa, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин
[Международная конференция молодых ученых биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов]
A model of trichome spacing pattern formation on growing wheat leaf
Zubairova U., Nikolaev S.V., Doroshkov A., Afonnikov D.
[BGRS/SB-2014]
Computational investigation of high presuure and temperature influence on Archaea Pyrococcus genus Nip7 protein structure
Medvedev K.E., Afonnikov D.A.
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
Database of quantitative characters of processes in embryonic stem cells
Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Akberdin I.R., Ermak T.V., Afonnikov D.A.
[9th BGRS\SB-2014]
Increasing the number of paralogs for enzymes involved in tryptophan biosynthesis during the evolution of land plants
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A.
[9th BGRS\SB-2014]
Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[9th BGRS\SB-2014]
The structural organization and evolution of 5S rDNA of wheat 5BS chromosome by data of partial sequencing
Sergeeva E.M., Koltunova M.K., Afonnikov D.A., Vasiliev G.V., Salina E.A.
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology — BGRS\SB-2014]
The Сompilation of Human Gene Networks Controlling Feeding Behavior and Thermoregulation
E.V. Ignatieva, O.V.Saik, O.A. Podkolodnaya, N.N. Podkolodnaya, P.S. Demenkov, E.S. Tiys, E.A. Oshchepkova, E.A. Ananko, N.V. Ivanisenko, O.V. Popik, N.L. Podkolodny, V.A. Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, E.I. Rogaev
[The first international scientific conference "Science of the Future"]
Генетическое разнообразие опушения листа мягкой пшеницы: описание методом высокопроизводительного фенотипирования
Дорошков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А.
[VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
Интеграция геномных и транскриптомных данных о хромосомных контактах в геноме человека, полученных по методу ChIA-PET // Сборник трудов IV международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» Постгеном-2014, 29 октября – 1 ноября 2014, г.Казань. Издательство Казанского (Приволжского) Федерального Университета (ISBN 987-5-00019-293-1) S05-24, С.150.
Орлов Ю.Л., Кулакова Е.В, Спицина А.М., Дергилев А.И., Свичкарев А.В., Афонников Д.А., Чен М., Ли Г., Руан Й., Колчанов Н.А.
[Постгеном-2014 «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
2013 Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes
Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич
[MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
Computational and experimental analysis of miRNA genes of Opisthorchiidae family liver flukes
Овчинников Владимир Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Катохин Алексей Вадимович, Кашина Елена Валентиновна, Мордвинов Вячеслав Алексеевич
[International Conference ” High-Throughput Sequencing in Genomics”]
3D organization of chromosomes mediated by RNAPII complex contacts in human genome
Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov, N.R. Battulin, O.L. Serov, N.A. Kolchanov, Guoliang Li, Yijun Ruan
[MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
Comparative analysis of the long and short arms of bread wheat 5B chromosome by data of low coverage 454-sequencing
Sergeeva E., Afonnikov D., Koltunova M., Gusev V., Miroshnichenko L., Poncet C., Sourdille P., Feuillet C., Salina E.
[The 12th International Wheat Genome Symposium]
Computational analysis of gene expression data on age-related diseases using rat models
Orlov Y.L., Kozhevnikova O.S., Afonnikov D.A., Kolosova N.G.
[8th European Congress of Biogerontology]
Computer analysis of gene expression in brain tumor cells using next generation sequencing
Y. L. Orlov, N. L. Podkolodnyy, G. Li, N. S. Safronova, D. A. Afonnikov, Y. Ruan
[21-й Международный Конгресс Геномики HGM-ICG-2013]
Generation of web services – the unification of access to bioinformatics resources
Комышев Евгений Геннадьевич
[Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
Human brain origin and the evolution of ТАТА-boxes of protein-coding genes expressed in brain.
K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, D.A. Afonnikov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
Influence of high temperature and high pressure on the Nip7 proteins from the hyperthermophilic archaea P. abyssi and P. furiosus: molecular dynamics simulation analysis
K.E. Medvedev, K.V. Gunbin, Y.N. Vorobjev, D.A. Afonnikov
[MCCMB-2013 (Московская конференция по компьютерной молекулярной биологии)]
MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION ANALYSIS OF INFLUENCE OF HIGH TEMPERATURE AND HIGH PRESSURE ON THE NIP7 PROTEINS FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA
Medvedev K.E., Afonnikov D.A., Vorobjev Y.N
[Systems Bioligy & Bioinformatics 2013]
Metazoa evolution: the relation between molecular evolution of orthologous protein groups and aromorphoses
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
«Computer databases for genome data analysis»
Y.L. Orlov, D.A. Afonnikov
[Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
АРОМОРФОЗЫ И МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭВОЛЮЦИЯ: ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ НА ПРИМЕРЕ МНОГОКЛЕТОЧНЫХ ЖИВОТНЫХ
К.В. Гунбин, Д.А. Афонников
[Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции]
Анализ ISBP маркеров пшеницы, полученных на основе пиросеквенирования короткого плеча 5В хромосомы Triticum aestivum L.
Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Е.М. Тимонова, Д.А. Афонников, Е.А. Салина
[Конференция ВОГиС "Проблемы генетики и селекции"]
Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга
Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[«Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция]
Компьютерная технология фенотипирования пшеницы.
Афонников Д.А., Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Тарасова И.А., Морозова Е.В. , Симонов А.В.
[Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», 19-22 марта 2013]
Разработка системы создания web-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики
Комышев Евгений Геннадьевич
[мнск 2013 г. новосибирск]
2012 Реконструкция процессов антропогенеза: анализ геномов представителей древнего и современного населения Сибири
Колчанов Н.А., Мордвинов В.А., Афонников Д.А., Гунбин К.В., Пилипенко А.С., Молодин В.И., Деревянко А.П.
[Мега-структура евразийского мира: основные этапы сложения]
WHOLE GENOME ANALYSIS OF THE DEVELOPMENT GENES REGULATED BY TRANSCRIPTION FACTORS IN MICE AND D. RERIO USING THE CHIP-SEQ TECHNOLOGY
Orlov Yu., Ershov N., Vinata S., Kondrikhin I., Matavan I., Afonnikov D., Kolchanov N.
[III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).]
Computer analysis of 3D chromosome contacts mediated by RNA Pol II in human
Yuriy L. Orlov, Guoliang Li, Kuljeet S. Sandhu, Melissa J. Fullwood, Dmitriy A. Afonnikov, Chialin Wei, Oleg L. Serov, Nikolay A. Kolchanov, Yijun Ruan
[Международный симпозиум «SysPatho-Системная биология и медицина»]
Integrative analysis of antisense transcripts and miRNA targets in plant genomes
Y.L. Orlov, O. Dobrovolskaya, Y. Meng, D.A. Afonnikov, M. Chen, Y. Zhu
[The 2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology” PlantGen 2012]
HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
3D CHROMOSOME CONTACTS AND CHROMATIN INTERACTIONS REVEALED BY SEQUENCING
Y.L. Orlov, G. Li, R. Auerbach, K.S. Sandhu, X. Ruan, M.J. Fullwood, N.L. Podkolodnyy, D.A. Afonnikov, E. Liu, C.L. Wei, M. Snyder, Y. Ruan
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
Computer Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[2012 International Symposium on Integrative Bioinformatics (IB2012), Hangzhou, China]
BioinfoWF -- WEB SERVICES AND WEB INTERFACES GENERATOR FOR BIOINFORMATICS ANALYSIS
Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич
[Школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология"]
Computer approaches ti wheat high-throughput phenotyping
Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T.
[The 2nd International Conference "Plant Genetics Genomics and Biotechnology"]
Expressed Sequence Tag Analysis of Adult Opisthorchis felineus
M. Yu. Pomaznoy, S. I. Tat’kov, D. A. Afonnikov, D. P. Furman, P. A. Belavin, A. M. Nayakshin, S. V. Gusel’nikov, G. V. Vasil’ev, A. Yu. Sivkov, A. V. Katokhin, and V. A. Mordvinov
[BREW 2012: Bioinformatics Research and Education Workshop]
Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of protein-coding genes expressed in brain.
Kolchanov N.A., Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Derevyanko A.P.
[SysPatho Workshop “SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE”]
Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of proteincoding genes expressed in brain
K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, D.A. Afonnikov, N.A Kolchanov
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
IMPORTANT ROLE OF THE miRNA CHANGES IN THE HOMO NEANDERTHALENSIS AND HOMO DENISOVA EVOLUTION
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko
[EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12]
ISBP МАРКЕРЫ – НОВЫЙ ТИП МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАРКЕРОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ
Л.Л. Бильданова, М.К. Колтунова, Д.А. Афонников, П. Сурдий, С. Фойе, Е.А. Салина
[III Вавиловская международная конференция " Идеи Н.И. Вавилова в современном мире "]
Important role of the miRNA changes in the Homo neanderthalensis and Homo denisova evolution
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov, A.P. Derevyanko
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF NIP7 PROTEINS FROM HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA AT HIGH TEMPERATURE AND PRESSURE
K.E. Medvedev, D.A. Afonnikov, Y.N. Vorobjev
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
MOLECULAR EVOLUTION OF PROTEINS BELONGING TO AUXIN BIOSYNTHESIS GENE NETWORK IN PLANTS
Turnaev I.A., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Afonnikov D.A.
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
Molecular evolution of proteins belonging to auxin biosynthesis gene network in plants
Turnaev I.I., Akberdin I.R., Mironova V.V., Omelianchuk N.A., Afonnikov D.A.
[Molecular Phylogenetics, Contributions to the 3rd Moskow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-3)]
PEFF DB: the web-available database of Protein Evolutional and Functional Features
K.V. Gunbin, M.A. Genaev, D.A. Afonnikov
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
Prediction of the structure and localization of genes controlling leaf pubescence in wheat Triticum aestivum L. and barley Hordeum vulgare L. based on Arabidopsis thaliana (L.) Henh. genes data
Doroshkov AV, Pshenichnikova TA, Afonnikov DA
[2nd International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”]
Recognition of NFAT5 binding sites.
Ananko E.A., Levitsky V.G., Efimov V.M., Afonnikov D.A.
[The Eighth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS'2012)]
Simple, robust and sensitive method for detection of positive selection events
D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L.
Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina.
[The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology»]
Towards an analysis of the structure of the short arm of 5B chromosome of the bread wheat Triticum aestivum L.
Е.M. Sergeeva, D.A. Afonnikov, L.L. Bildanova, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina
[The Eighth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
Исследование влияния высокого давления и высокой температуры на структуру белка Nip7 архей рода Pyrococcus методами молекулярной динамики
Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н.
[ICMBB-2012]
РЕАЛИЗАЦИЯ ПОДСИСТЕМЫ ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ МОДУЛЕЙ СИСТЕМЫ BioInfoWF
Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович
[мнск 2012 г. новосибирск]
2011 РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕННЫЕ СЕТИ В РАКОВЫХ КЛЕТКАХ: АНАЛИЗ С ПОМОЩЬЮ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ChIP-seq
Орлов Ю.Л., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Афонников Д.А.
[II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика», 11-17 ноября 2011, Новосибирск.]
Analysis of leaf hairiness morphology wheat: computational approaches using image processing technique.
A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov.
[The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.]
BioinfoWF — workflow management system for bioinformatics analysis.
Genaev M.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V.
[Третья школа молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»]
Deep inside into Vertebrates and Invertebrates macroevolution: the molecular evolution modes of strict orthologous protein sequences.
Gunbin KV, Suslov VV, Afonnikov DA.
[15th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles.]
Gene networks and the evolution of biological systems.
Kolchanov N.A., Afonnikov D.A., Gunbin K.V., Suslov V.V.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
Hight througput phenotyping approach to analysis of the leaf hairiness in wheat.
D.A. Afonnikov, A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova.
[The International Conference “Wheat Genetics Resources and Genomics”.]
Human and Neanderthal miRNA genes are not so similar.
Gunbin K., Afonnikov D., Kolchanov N.
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB’11]
Molecular dynamics simulation of Nip7 proteins demonstrates importance of hydrophobic interaction for protein stability at high pressure
K.E.Medvedev, D.A.Afonnikov
[International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 11)]
Why we need new evidences for deep Archaea evolution: the lesson from study of horizontal transfer highways.
Gunbin K., Suslov V., Afonnikov D.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
Анализ механизмов адаптации протеома архей к высоким давлениям.
Афонников Д.А., Гунбин К.В., Медведев К.Е., Суслов В.В.
[II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
Генетическая основа макроэволюционных преобразований – исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
Генетическая основа макроэволюционных преобразований: исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[Международная конференция “Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики”, посвященная 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова]
Исследование структурных изменений белка Nip7 мелководных и глубоководных архей рода Pyrococcus под влиянием высокого давления и высокой температуры методами молекулярной динамики.
Медведев К.Е., Афонников Д.А.
[II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза.
Колчанов Н.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А.
[Морфогенез в индивидуальном и историческом развитии]
Полногеномный анализ режимов эволюции ортологичных групп белков позвоночных и беспозвоночных.
Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Рабочее совещание «Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике»]
2010 Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes
Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. Тезисы докладов Международной научной конференции и Международной школы для молодых ученых (Иркутск, 20-25 сентября 2010 г.) – Иркутск: Изд-во Иркутского государственного университета. 2010. С. 242.]
Molecular evolution of the Wolbachia wRi, wMel and wPip genomes
Gunbin K.V., Ilinsky Yu.Yu., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Crimean Meeting: Third International Conference, Dedicated N.V. Timofeeff-Ressovsky “Modern Problems of Genetics, Radiobiology, Radioecology and Evolution”; Third Readings after V.I. Korogodin and V.A. Shevchenko; NATO Advanced Research Workshop “Radiobio]
Analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L. using the high throughput phenotyping approach.
A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A. Pshenichnikova, D.A. Afonnikov
[The International Conference “Plant Genetics, Genomics, and Biotechnology”]
BioinfoWF - веб-сервесы и пакет конвейерной обработки для решения задач биоинформатики
Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.
[Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции. RCDL’2010]
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein families: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms
Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles]
Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes of protein-coding genes: relation of molecular evolution with the phenotypical features of organisms
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Kolchanov N.A.
[2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2)]
Using a computer-base image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Trticum aestivum L.
A.V. Doroshkov, M.A. Genaev, T.A.Pshenichnikova, D.A. Afonnikov.
[The 7th International Conference on Bioinformatics of Genome regulation and Structure.]
WheatDB - база данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы
Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А.
[VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск]
WheatPGE - компьютерная система анализа взаимосвязи признаков фенотипа генотипа и окружающей среды у пшеницы
Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А.
[Электронные библиотеки:перспективные методы и технологии, электронные коллекции. XII Всероссийская научная конференция RCDL'2010. Казань]
WheatPGE — система анализа взаимосвязей фенотип-генотип-окружающая среда у пшеницы
Генаев М.А., Дорoшков А.В., Афонников Д.А.
[Молодежный научный форум "ЛОМОНОСОВ - 2010" г. Москва]
Анализ морфологии опушения листа у пшеницы: компьютерный подход с использованием анализа изображений
Афонников Д.А. Дорошков А.В., Генаев М.А.
[Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010]
Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Труды Томского государственного университета, сер. Биологическая, т. 275. Материалы 1й Всероссийской молодежной научной конференции «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященной 125-летию биологических исследований в ТГУ. С. 378-380.
Медведев К.Е., Афонников Д.А.
[1я Всероссийская молодежная научная конференция «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ]
Изучение влияния повышенных давлений на структуру белков NIP7 глубоководных и мелководных архей методами молекулярной динамики
К.Е. Медведев, Д.А. Афонников
[Первая конференция посвященная 125-летию биологических исследований в ТГУ]
Исследование опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помошью высокоэффективных методов фенотипирования
Дорoшков А.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А.
[XLVIII Международная научная студенческая конференция "Студент и научно- технический прогресс", г. Новосибирск, 10-14 апреля 2010 г.]
Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков
Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А.
[1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии"]
Методы компьютерного анализа в исследовании опушения листа пшеницы TRITICUM AESTIVUM L.
Дорошков А.В., Генаев М.А., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А.
[VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Молодеж и современные информационные технологии" г. Томск]
Молекулярная эволюция циклинов животных и грибов: зависимость между изменением белков и ростом сложности организмов
Турнаев И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[Первая международная научно-практическая конференция. Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
2009 Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaea of Pyrococcus genus
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
Detection of genes that underwent positive selection in deep-sea archaebacteria of Pyrococcus genus
K.V. Gunbin, D.A. Afonnikov, N.A. Kolchanov
[4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology]
The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely sequenced genome of Drosophila melanogaster
Zakharenko L.P., Perepelkina M.P., Afonnikov D.A.
[In: Evolutionary Biology: Concept, Modeling, and Application. / Ed.: P. Pontarotti. – Springer-Verlag Berlin Heidelberg. 2009. P. 127-138.]
Using the computer-based image processing technique in genetic analysis of leaf hairiness in wheat Triticum aestivum L.
Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А.
[1st Workshop on plant molecular biotechnology - XV Biotechnology summer school. 5-12 july, Gdansk, Poland]
Адаптивная эволюция археобактерий рода Pyrococcus: приспособления к обитанию в условиях высоких давлений на уровне генов и белков
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина]
2008 Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions.
Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A.
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Development of the computer approach for defining leaf hairiness in wheat based on its microscope image processing.
D.A. Afonnikov, S.I. Arsenina, A.V. Doroshkov, T.A.Pshenichnikova.
[The Russian-French Conference “Problems and Prospects in Plant Biotechnology”.]
The molecular evolution of the pyrococcus genomes: a computer-assisted study
K.V. Gunbin, P.B. Baryshev, D.A. Afonnikov
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008]
The parallelization of the plato algorithm for analysis of the anomalously evolving gene regions
Vyatkin Yu.V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008]
Центр компетенции СО РАН - Intel Цели, задачи и некоторые результаты
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Самофалов В.В., Бакулина А.Ю., Афонников Д.А., Чеверда В.А.
[Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ'2008): Труды международной научной конференции (Санкт-Петербург, 28 января – 1 февраля 2008 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ, 2008]
2007 Analysis of the positive selection in the Hh-signaling pathway genes
Afonnikov D.A., Gunbin K.V.
[The 2nd Asian Bioinformatics Research and Education Network (ABREN) Virtual Training Workshop on Bioinformatics,June 20, 2007]
CMDB: a Database for Coordinated Mutations
Yu. Vyatkin, D. Afonnikov
[Moscow Conference for Computational Molecular Biology (MCCMB'2007)]
CMDB: a database for coordinated mutations. Proc. Of the 3rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, Jul 27-31, 2007, pp 316-318.
Vyatkin Yu.V., Afonnikov D.A.
[3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07]
2006 CONNP: the prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins using neural network regression. Bioinformatics of genome regulation and structure. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 219-222.
Afonnikov D.A., Morozov A.V.
[International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Identification and structure-functional analysis of the specificity determining residues of the alpha subunits of the proteosomal complex. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 235-239.
Baryshev P.B., Afonnikov D.A., Nikolaev S.V.
[International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Prediction of the contact numbers of the amino acid residues in proteins
Афонников Д.А., Морозов
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS
Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov
[Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies]

Гранты

2014 Изучение молекулярных механизмов развития органов растений методами системной биологии
Афонников Д.А., Голушко С.К., Дорошков А.В., Зубаирова У.С., Казанцев Ф.В., Колчанов Н.А., Лавреха В.В., Миронова В.В., Николаев С.В., Новикова Д.Д., Омельянчук Н.А., Пененко А.В., Пшеничникова Т.А., Савина М.С., Саженков С.А., Симонов А.В., Чернова В.В.

2013 Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия

Организация и проведение пятой Международной школы молодых ученых «Системная биология и биоинформатика»
Колчанов Николай Александрович

2012 Интегрированная биоинформационная платформа анализа данных экспрессии генов в тканях мозга
Орлов Юрий Львович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Медведева Ирина Вадимовна, Кожевникова Оюна Суранзановна, Васильев Геннадий Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Орлов Алексей Валерьевич, Подколодный Николай Леонтьевич, Пономаренко Михаил Павлович, Рубцова Надежда Владимировна, Вишневский Олег Владимирович, Ершов Никита Игоревич, Климова Наталья Викторовна, Суслов Валентин Владимирович, Генаев Михаил Александрович, Корболина Елена Евгеньевна, Пономаренко Петр Михайлович, Семенычев Александр Владимирович, Овчинников Владимир Юрьевич, Сафронова Наталья Сергеевна, Шмаков Николай Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич

Исследование трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C
Баттулин Нариман Рашитович Серов Олег Леонидович Колчанов Николай Александрович Рубцов Николай Борисович Орлов Юрий Львович Афонников Дмитрий Аркадьевич Медведев Кирилл Евгеньевич Карамышева Татьяна Витальевна Юнусова Анастасия Маратовна Шнайдер Татьяна Александровна Фишман Вениамин Семенович Мензоров Алексей Гавриилович Хабарова Анна Александровна

Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович

Междисциплинарный интеграционный проект «Методы параллельной обработки данных и моделирование на распределенных вычислительных системах»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Казанцев Федор Владимирович, Рассказов Дмитрий Александрович

2011 Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович

Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Иванисенко Владимир Александрович, Пинтус Сергей Сергеевич, Старостина Полина Александровна

Изучение адаптации протеомов микроорганизмов к повышенным давлениям внешней среды методами биоинформатики
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Старостина Полина Александровна, Суслов Валентин Владимирович

Реконструкция процессов антропогенеза: анализ митохондриальных геномов представителей древнего и современного населения Сибири
Колчанов Николай Александрович,Афонников Дмитрий Аркадьевич, Васильев Геннадий Владимирович, Губина Марина Александровна, Гунбин Константин Владимирович, Мордвинов Вячеслав Алексеевич, Осипова Людмила Павловна, Пилипенко Александр Сергеевич, Трапезов Ростислав Олегович, Шуньков Михаил Васильевич

Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae
Пахарукова М.Ю., Васильев Г.В., Афонников Д.А., Ершов Н.И, Воронцова Е.В., Львова М.Н.

2010 Участие в двустороннем Индо-Российском семинаре "Предсказательная биология с использованием системного и интегрированного анализа и методов"
Афонников Дмитрий Аркадьевич

2009 Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных
Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Бухарина Татьяна Анатольевна, Вяткин Юрий Викторович, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович

ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
76 человек

Структура и свойства молекулярных органических кристаллов в условиях высоких давлений и низких температур
Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Гунбин Константин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Суслов Валентин Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Генаев Михаил Александрович

2007 Конструирование геносенсоров и оценка их чувствительности к токсическим воздействиям
Колчанов Н.А., Хлебодарова Т.М., Афонников Д.А., Кучумова Л.Я., Качко А.В., Тикунова Н.В.

Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов
Д.А.Афонников В.А.Лихошвай О.В. Ефремова Т.М.Хлебодарова И.Л.Степаненко Ю.Г.Матушкин Н.В.Тикунова И.В. Бабкин А.В. Качко Л.Я. Кучумова

2006 Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов
Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Гунбин Константин Владимирович, Барышев Павел Борисович

РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН

2005 Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Григорович Дмитрий Александрович,Деменков Павел Сергеевич,Морозов Александр Валерьевич, Николаев Сергей Васильевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Титов Игорь Иванович, Ефремов Роман Гербертович, Пырков Тимофей Владимирович

Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков
Варламова Елена Сергеевна, Григорович Дмитрий Александрович, Иванисенко Владимир Александрович, Николаев Сергей Васильевич, Титов Игорь Иванович

1999 Экспериментальное и теоретическое исследование пространственной структуры и процесса ренатурации белковых молекул
Центалович Юрий Павлович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Грицан Нина Павловна, Иванисенко Владимир Александрович, Морозова Ольга Борисовна, Польшаков Дмитрий Аркадьевич, Титов Игорь Иванович


Научное руководство

2015 Компьютерное исследование влияния высокого давления и температуры на структуру и функцию РНК-связывающего белка семейства Nip7 архей [Медведев Кирилл Евгеньевич]
2013 Компьютерный поиск, аннотация и экспериментальная проверка микроРНК-кодирующих генов в геномах Clonorchis sinensis, Opisthorchis viverrini и Opisthorchis felineus
Катохин Алексей Вадимович Афонников Дмитрий Аркадьевич
[Овчинников Владимир Юрьевич]
Разработка методов автоматического определения количественных характеристик опушения листа
к.б.н., доцент Афонников Дмитрий Аркадьевич
[Генаев Михаил Александрович]
2012 АНАЛИЗ МОРФОЛОГИИ И НАСЛЕДОВАНИЯ ОПУШЕНИЯ ЛИСТА У ЯРОВЫХ СОРТОВ И ГИБРИДОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ Triticum aestivum L.
к.б.н., доцент Афонников Д.А. к.б.н., доцент Пшеничникова Т.А.
[Дорошков Алексей Владимирович]
Компьютерный и экспериментальный анализ иммуногенных свойств вителлина и катепсина F O. felineus
Татьков С. И., Афонников Д. А.
[Носова Александра Андреевна]
Экспериментальные и компьютерные подходы к анализу последовательностей ДНК хромосомы 5В мягкой пшеницы
Салина Елена Артемовна Афонников Дмитрий Аркадьевич
[Колтунова Мария Константиновна]
Изучение внутриродового генетического разнообразия среди видов рода Elymus Камчатского и Дальневосточного регионов
Белавин Павел Александрович, к.б.н., с.н.с. лаб. молекулярной и клеточной биологии, ИЦиГ Афонников Дмитрий Аркадьевич, к.б.н., зав. лаб. эволюционной биоинформатики и теоретической генетики, ИЦиГ
[Шмаков Николай Александрович]
2010 Анализ структур белков в условиях повышенных давлений при помощи компьютерных методов [Медведев Кирилл Евгеньевич]
2009 Предсказание контактов аминокислотных остатков в структурах белков с использованием алгоритма нейронной сети [Корнилова Екатерина Владимировна]
2008 Разработка системы определения опушенности листа пшеницы на основе анализа его изображения [Арсенина Светлана Игоревна]
2006 Выявление и структурно-функциональный анализ аминокислотных остатков α субъединиц протеасомы, специфических для положения субъединиц в протеосомальном комплексе [Барышев Павел Борисович]
2005 Компьютерный анализ молекулярной эволюции белков: исследование адаптивного режима эволюции белков вируса гепатита С человека. [Варламова Елена Сергеевна]
2004 Сравнение эволюционных расстояний семейств бактреиальных белков [Савенкова Ульяна Викторовна]

Учебные курсы

2013 Введение в биоинформатику
Афонников Д.А.

2011 Введение в биоинформатику, лекции
Введение в биоинформатику, семинары.
Структурная компьютерная биология, лекции.
Структурная компьютерная биология, семинары.
2010 Введение в биоинформатику, лекции
Введение в биоинформатику, семинары.
Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике
Структурная компьютерная биология, лекции.
Структурная компьютерная биология, семинары.
2009 Введение в биоинформатику, лекции
Введение в биоинформатику, семинары.
Высокопроизаодительные вычисления в биоинформатике
Структурная компьютерная биология, лекции.
Структурная компьютерная биология, семинары.
2008 Введение в биоинформатику, лекции
Введение в биоинформатику, семинары.
Структурная компьютерная биология, лекции.
Структурная компьютерная биология, семинары.
2007 Введение в биоинформатику, лекции
Введение в биоинформатику, семинары.
Структурная компьютерная биология, лекции.
Структурная компьютерная биология, семинары.
2006 Введение в биоинформатику, лекции
Введение в биоинформатику, семинары.
Структурная компьютерная биология, лекции.
Структурная компьютерная биология, семинары.
2005 Структурная компьютерная биология, лекции.
Структурная компьютерная биология, семинары.

Патенты

2016 Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape)
Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.

Система визуализации синтенных блоков и сравнения геномных сборок (СиГраф)
Генаев М.А., Афонников Д.А.

Мобильное и настольное приложение для массового фенотипирования зерен пшеницы (СиидКаунтер)/Mobile and desktop application for mass phenotyping seeds of wheat (SeedCounter)
Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич

2015 Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)»
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К.

Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC)
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А.

Программный комплекс для предсказания потенциально транслируемых открытых рамок считывания «AUGWeb»/ Software package for prediction of efficiently translated hidden alternative open reading frames «AUGWeb»
Лашин С.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Зураев Б.С., Клименко А.И.

2013 Система автоматической генерации веб-интерфейсов для конвейеров и вычислительных модулей для поддержки исследований в области биоинформатики (BioInfoWF)
Генаев Михаил Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич

Система генерации веб-сервисов и конвейеров для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики (BioUniWA)
Комышев Евгений Геннадьевич, Генаев Михаил Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич

2012 База данных эволюционных и функциональных характеристик белков (ПЕФФ ДБ)/ Database of Protein Evolutional and Functional Features (PEFF DB)
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Генаев М.А.

Программа поиска статистически редких аминокислотных замен в эволюции белков (РедЗамКарт) / Software tool for detecting of statistically rare amino acid replacements in protein evolution (RareMap)
Гунбин К.В., Афонников Д.А.

Программа автоматического определения количественных характеристик опушения листа (ОЛДетект2) / Software tool for automatically determination of the quantitative characteristics of leaf hairiness in plants (LHDetect2)
Генаев Михаил Александрович, Дорошков Алексей Владимирович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Пшеничникова Татьяна Алексеевна

2010 База данных для анализа взаимосвязей генотип-фенотип-окружающая среда у пшеницы (ВитПГЕ).
Генаев М.А., Дорошков А.В., Афонников Д.А.


Диссертации

2002 Компьютерный анализ координированных замен аминокислот в семействах гомологичных белковых последовательностей. [Кандидат]
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.