ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Землянская Елена Васильевна, к. б. н.

Подразделение: 041. Сек. систем. биологии морфоген. растений
Заведующий: 041. Сек. систем. биологии морфоген. растений
162. Лаб.молекул.механ.гормон.регуляции у растений
Должность: старший научный сотрудник
Комната: 3113
Email: ezemlyanskaya@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*3113




Персональная информация

Рабочий адрес

г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева, д. 10, Россия

Дата рождения

14.04.1981

Образование

НГУ – 2003 – специалист (биология; цитология и генетика)

ФБУН ГНЦ ВБ "Вектор" – 2012 – кандидат биологических наук (молекулярная биология)

Область научных интересов

Молекулярная биология, биоинформатика



Публикации

2021 Transcriptional regulation in plants: Using omics data to crack the cis-regulatory code
Elena V. Zemlyanskaya, Vladislav A. Dolgikh, Victor G. Levitsky, Victoria Mironova
[CURR OPIN PLANT BIOL]
2020 Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova
[INT J MOL SCI]
Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
2019 A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive analysis of motifs co-occurrence with MCOT package
Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E., Grosse I., Mironova V., Merkulova T.
[NUCLEIC ACIDS RES]
Shaping Ethylene Response: The Role of EIN3/EIL1 Transcription Factors
Dolgikh V.A., Pukhovaya E.M., Zemlyanskaya E.V.
[Frontiers in Plant Science]
2018 Deciphering Auxin-Ethylene Crosstalk at a Systems Level
Elena V. Zemlyanskaya, Nadya A. Omelyanchuk, Elena V. Ubogoeva, Victoria V. Mironova
[INT J MOL SCI]
2017 Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots
N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova
[SCI REP-UK]
The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV
[Frontiers in Plant Science]
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y.
[Acta Naturae]
2016 Meta-analysis of transcriptome data identified TGTCNN motif variants associated with the response to plant hormone auxin in Arabidopsis thaliana L.
Zemlyanskaya EV, Wiebe DS, Omelyanchuk NA, Levitsky VG, Mironova VV.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Механизмы регуляции передачи этиленового сигнала у растений
Землянская Е.В., Омельянчук Н.А., Ермаков А.А., Миронова В.В.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня
Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
2013 MteI-ПЦР-анализ-новый метод определения статуса метилирования GC-богатых регуляторных участков генов-онкосупрессоров человека
Абдурашитов М.А., Куксова А.Н., Акишев А.Г., Землянская Е.В., Дегтярев С.Х.
[Вестник биотехнологии и физико-химической биологии]
Субстратная специфичность и свойства метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз
Землянская Е.В., Дегтярев С.Х.
[Molecular Biology]

Конференции

2021 Design of a new ethylene plant hormone sensor based on genome-wide data analysis of EIN3 transcription factor binding
Dolgikh V.A., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y., Zemlyanskaya E.
[Proceedings of international congress "Biotechnology: State of the art and perspectives" 2021]
2020 EIN3 binding site architecture guides transcriptional response to ethylene in Arabidopsis
V. Dolgikh, V. Levitsky, D. Oshchepkov, E. Zemlyanskaya
[BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology“]
2019 Prediction and verification of auxin-ethylene crosstalk gene networks
Ubogoeva E., Levitsky V., Zemlyanskaya E.
[The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)]
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package
Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Меркулова Татьяна Ивановна
[9-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии МССМВ'19]
The comprehensive analysis of motifs co-occurrence in ChIP-seq data with MCOT package
Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Землянская Елена Васильевна Миронова Виктория Владимировна Меркулова Татьяна Ивановна
[VII International Congress of Vavilov society of geneticists and breeders and associate symposiums]
The role of E-box-, G-box- and RY-motif-binding proteins in regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana
Pukhovaya E., Levitsky V., Oshchepkov D., Zemlyanskaya E.
[The Fifth International Scientific Conference "Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology" (PlantGen2019)]
2018 A Systematic Approach for Dissecting the Mechanisms of EIN3-Dependent Regulation of Ethylene Response in Ara-bidopsis thaliana
E.V. Zemlyanskaya, V.G. Levitsky
[The XI International Symposium on the Plant Hormone Ethylene (Ethylene 2018)]
Dissecting the mechanisms of EIN3-dependent regulation of ethylene response in Arabidopsis thaliana
E.V. Zemlyanskaya, D.Y. Oshchepkov, V.V. Mironova, V.G. Levitsky
[The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)]
Early and late transcriptional responses to the low concentration of salicylic acid in Arabidopsis thaliana L. root
E. Elgaeva, E. Zemlyanskaya, D. Novikova, V. Mironova
[Systems Biology And Bioinformatics (SBB-2018) | The Tenth International Young Scientists School]
The overlapped motifs co-occurrence in ChIP-seq data.
V.G. Levitsky,D.Y. Oshchepkov, E.V. Zemlyanskaya, V.V. Mironova, E.V. Ignatieva,O.A. Podkolodnaya, T.I. Merkulova
[The 11th International Conference “On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2018)]
2017 ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН УARABIDOPSIS THALIANA НА ОСНОВАНИИ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗАПОЛНОГЕНОМНЫХ ДАННЫХ
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Миронова В.В.
[БИОТЕХНОЛОГИЯ: СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ]
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ХРОМАТИНА И ОСОБЕННОСТЕЙ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА В РАЙОНЕ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА EIN3 В РЕГУЛЯЦИИ ПЕРВИЧНОГО ОТВЕТА НА ЭТИЛЕН У ARABIDOPSIS THALIANA
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю.
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Дмитрия Константиновича Беляева]
Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana
Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ
[II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"]
2016 Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome
E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky
[BGRS\SB-2016]
FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING
Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G.
[PGGFS-2016]
2013 GlaI-qPCR анализ — новый инструмент количественной оценки метилирования ДНК и его применение для изучения генов-супрессоров опухоли
Кузнецов В.В., Землянская Е.В., Акишев А.Г., Абдурашитов М.А., Дегтярев С.Х.
[XXV Международная зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии»]
2012 Изучение субстратной специфичности 5mC зависимой сайт-специфической ДНК эндонуклеазы BisI
Землянская Е.В., Дегтярев С.Х.
[Международная конференция «Биология – наука XXI века»]

Гранты

2020 Регуляция EIN3/EIL1-зависимого транскрипционного ответа на этилен у растений: системный анализ полногеномных данных
Землянская Е.В., Левицкий В.Г., Долгих В.А., Убогоева Е.В., Пуховая Е.М., Багаутдинова З.З., Цуканов А.В., Омельянчук Н.А.

2019 Поддержка и развитие центра коллективного пользования научным оборудованием Центр генетических ресурсов лабораторных животных путем инструментального развития исследований для обеспечения реализации приоритетов научно-технологического развития
Мошкин М.П., Васильев Г.В., Завьялов Е.Л., Землянская Е.В., Максимов В.Н., Миронова В.В., Орищенко К.Е., Пилипенко А.С., Розанов А.С., Рубцов Н.Б.

2018 Мета-анализ полногеномных данных на основе выявления и аннотации различных структурно-функциональных типов сайтов связывания транскрипционных факторов в составе композиционных элементов
Левицкий Виктор Георгиевич (Р) Брызгалов Леонид Олегович Миронова Виктория Владимировна Игнатьева Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Новикова Дарья Дмитриевна Вибе Даниил Станиславович Землянская Елена Васильевна Мухин Алексей Максимович

Системный анализ генов, обеспечивающих устойчивость корня растений к низким положительным температурам
Вибе Даниил Станиславович, Долгих Владислав Андреевич, Землянская Елена Васильевна, Лавреха Виктория Вадимовна, Миронова Виктория Владимировна, Новикова Дарья Дмитриевна, Сизенцова Яна Геннадьевна, Убогоева Елена Вячеславовна

Взаимодействие сигнальных путей ауксина и этилена у растений: от генов-мишеней к новым биологическим функциям
Землянская Е.В., Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю.,Омельянчук Н.А., Убогоева Е.В., Долгих В.А.


Научное руководство

2020 Генетический контроль биосинтеза этилена в клетках корневого чехлика у Arabidopsis thaliana L.
Землянская Елена Васильевна
[Убогоева Елена Вячеславовна]
Роль повторов мотива EBS в промоторах генов в регуляции EIN3-зависимого ответа на этилен у Arabidopsis thaliana L.
Землянская Елена Васильевна
[Пуховая Евгения Максимовна]
2019 Разработка этилен-чувствительного геносенсора на основании анализа полногеномных данных Arabidopsis thaliana
Землянская Е.В.
[Долгих Владислав Андреевич]
2018 Поиск генов, обеспечивающих влияние ауксина на биосинтез и передачу сигнала фитогоромна этилена у Arabidopsis thaliana L.
Землянская Е.В.
[Убогоева Елена Вячеславовна]

Учебные курсы

2018 Компьютерная транскриптомика
Землянская Елена Васильевна, Генаев Михаил Александрович

2017 Введение в информационную биологию
Колчанов Н.А., Лашин С.А., Фурман Д.П., Афонников Д.А., Землянская Е.В., Дорошков А.В., Бухарина Т.А.

2015 Практикум по начальной специализации "Биоинформатика и системная биология"

Патенты

2021 Программный комплекс для дизайна синтетических цис-регуляторных элементов из последовательностей ДНК (GSGA)
Левицкий В.Г., Землянская Е.В.

2019 Программный комплекс для предсказания совместной встречаемости мотивов с учетом их перекрывания на основе данных массового секвенирования ChIP-seq (ПСВМ) The software package MCOT for prediction of motifs co-occurrence with account of their overlap for analysis of the next generation ChIP-sequencing data (MCOT)
Левицкий Виктор Георгиевич Землянская Елена Васильевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Миронова Виктория Владимировна

2008 Штамм бактерий Bacillus simplex - продуцент сайт-специфической эндонуклеазы Bls I
Чернухин В.А., Томилова Ю.Э., Чмуж Е.В., Соколова О.О., Дедков В.С., Дегтярев С.Х.

Штамм бактерий Glacial ice bacterium - продуцент сайт-специфической эндонуклеазы Glu I
Чернухин В.А., Чмуж Е.В., Томилова Ю.Э., Наякшина Т.Н., Дедков В.С., Дегтярев С.Х.

2006 Штамм бактерий Bacillus subtilis - продуцент эндонуклеазы рестрикции BisI
Дегтярев С.Х., Чмуж Е.В., Абдурашитов М.А., Каширина Ю.Г., Дедков В.С., Томилова Ю.Э., Мезенцева Н.В., Гончар Д.А.


Диссертации

2012 Обнаружение новой 5mC-зависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазы BisI и установление её субстратной специфичности [Кандидат]
© 2010-2021 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.