ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Фомин Эдуард Станиславович, к. ф.-м. н.

Подразделение: 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики
Должность: старший научный сотрудник
Комната: 1323
Email: fomin@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1323


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

27.11.1962

Образование

НГУ – 1985 – специалист (физик)

НГУ – 1996 – кандидат физико-математических наук

Область научных интересов




Публикации

2017 Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyldithiophosphinate complexes of Europium(III), Ytterbium(III) and Lutetium(III) with 2,2-bipyridyl using NMR.
Babailov S. P., Zapolotsky E. N., Fomin E. S., Qu Y.
[POLYHEDRON]
2016 A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: I. Theory
E. S. Fomin
[J COMPUT BIOL]
A Simple Approach to the Reconstruction of a Set of Points from the Multiset of n^2 Pairwise Distances in n^2 Steps for the Sequencing Problem: II. Algorithm
E. S. Fomin
[J COMPUT BIOL]
Dynamic NMR under nonstationary conditions: Theoretical model, numerical calculation, and potential of application
S. P. Babailov, P. A. Purtov and E. S. Fomin
[Journal Chemical Physics]
2015 Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture
Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Reconstruction of sequence from its circular partial sums for cyclopeptide sequencing problem
Fomin ES
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
2014 Восстановление аминокислотной последовательности циклических пептидов из масс-спектров
Фомин Э.С.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Molecular structure and paramagnetic properties of bis-diisobutyl-dithiophosphinate complexes of neodymium(III), europium(III) and ytterbium(III) with 1,10-phenanthroline using NMR
S. P. Babailov, E.N. Zapolotsky, E.S. Fomin
[POLYHEDRON]
NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики
Фомин Э.С., Васенин А.Е.
[Вестник НГУ. Серия: математика, механика, информатика.]
Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике
Фомин Э.С.
[Вестник УГАТУ]
2012 A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software
E.S. Fomin, N.A. Alemasov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
[Математическая биология и биоинформатика]
2011 Consideration of Data Load Time on Modern Processors for the Verlet Table and Linked Cell Algorithms
Fomin E.S.
[J COMPUT CHEM]
2010 Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein
Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S.
[J BIOCHEM]
Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций
Фомин Э.С.
[Вычислительные методы и программирование]
Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Вычислительные технологии]
2009 Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture
Fomin E.S., Alemasov N.A.
[Lect Notes Comput Sci]
2007 Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families
Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A.
[In Silico Biology]
2006 Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования
Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э.
[BIOFIZIKA+]
Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53
Э. С. Фомин, В. А. Иванисенко
[BIOFIZIKA+]
Филогенетический анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[BIOFIZIKA+]

Монографии

2009 Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture
Fomin E.S., Alemasov N.A.

2008 Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.

Филогенетический и структурный анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А.


Конференции

2016 A new algorithm to the reconstruction of a set of points from the multiset of n 2 pairwise distances in n^2 steps for the de novo sequencing problem
Fomin E.S.
[MM-HPC-BBB-2016]
A new algorithm to the reconstruction of a set of points from the multiset of n^2 pairwise distances in n^2 steps for the de novo sequencing problem
Fomin E.S.
[SBBI-2016]
2014 L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation
E.S. Fomin, N.A. Alemasov
[BGRS/SB-2014]
Reconstruction of Sequence from Its Circular Partial Sums for Cyclopeptide Sequencing Problem
Фомин Э.С.
[BGRS\SB-2014]
2013 L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations
Fomin E.S., Alemasov N.A.
[VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”]
МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ
Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013']
2012 HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
Protein thermal stability study using NAMD on high-performance cluster
N.A. Alemasov, E.S. Fomin
[8th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2012)]
Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода связанных ячеек с сортировкой взаимодействий в молекулярной динамике.
Фомин Э.С.
[Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ’2012)]
2011 NET-Q модель учета переноса заряда и поляризации в молекулярной динамике
Васенин А.Е., Фомин Э.С.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
Алгоритмы сортировки массивов коротких последовательностей на GP GPU в приложениях молекулярной динамики
Фомин Э.С.
[Решение инженерных и научных задач на гибридных вычислительных системах, графических процессоров и архитектуре CUDA", НГУ, NVIDIA и компания Открытые Технологии]
Динамическая QTPIE-модель учета переноса заряда и поляризации для молекулярной динамики
Васенин А.Е., Фомин Э.С.
[Всероссийская конференция "Математическое моделирование и вычислительно-информационные технологии в междисциплинарных научных исследованиях-2011", 15-17 июня 2011]
Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики
Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
Метод построения 4D-QSAR дескрипторов, основанный на фильтре Блума
Вайсман Е.А., Графеев Н.В., Фомин Э.С.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
Развитие методов молекулярной динамики для задач биоинформатики
Фомин Э.С.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
2010 Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики
Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко
[Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.]
2009 Implementation of Non-bonded Interaction Algorithm for the Cell Architecture
Fomin E.S., Alemasov N.A.
[In: Malyshkin V. (ed) Parallel computing technologies 2009. LNCS, vol. 5698, Springer]
Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года]
Оптимизация вычислительного ядра библиотеки молекулярного моделирования MOLKERN под архитектуру Cell
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
[Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ’2009): Труды международной научной конференции (Нижний Новгород, 30 марта – 3 апреля 2009 г.). – Челябинск: Изд. ЮУрГУ]
2008 An algorithm for protein conformational flexibity prediction.
Chirtsov A.S., Fomin E.S.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
Quantum-chemical analysis of Zn2+ binding in wild-type and G245C mutant of p53 protein.
Bugakov I.V., Fomin E.S., Ivanisenko V.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
2007 A constant-time algorithm for regular binary multigrid cell indexation
Fomin E.S.
[3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007]
A fast approximate method for calculation of high degree interaction areas of atomic spheres
Fomin E.S., Chirtsov A.S.
[3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007]
MOLKERN as new effective engine for drug discovery software
Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E.
[4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)]
Template library MOLKERN as a framework for building effective molecular modelling programs
Fomin E.S., Alemasov N.A., Aknazarov Z.I., Chirtsov A.S., Fomin A.E.
[3rd Moscow conference on computational molecular biology, MCCMB'07, Moscow, Russia, July 27-31 2007]
Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга
Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович
[IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск]
Приближенный аналитический метод вычисления площади поверхности биомолекул. www.ict.nsc.ru/ws/YM2007/12743/chirtsov.html
Чирцов А.С., Фомин Э.С.
[8-ая Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям 27 - 29 ноября 2007 года, Новосибирск]
2006 FASTPROT: A computtational workbench for analysis of function, activity and structure of protein
Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Fomin E.S., Oshurkov I.S., Korotkov R.O., Aman E.E., Pintus S.S., Startcev K.S., Tatarnikova L.Yu., Panina I.I., Sobolev A.A., Selenev I.V., Elohov V.J., Golovina A.N., Aknazarov Z.I., Sharonova I.V., Krestianova M.A., etc.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
New Zn 2+ binding sites in the p53 mutants are promising targets for antitumor drug design
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A
[3th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" (GPBM 2006)]
Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families
Pintus SS, Ivanisenko VA
[3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia]
Rise of new binding sites can be a molecular mechanism for impaired function of the p53 mutants
Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]

Гранты

2012 Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович

2011 Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии
Подколодный Николай Леонтьевич Фомин Эдурд Станиславович Алемасов Николай Александрович

Эффективное использование GPU-ускорителей при решении больших задач
Фомин Э.С.


Научное руководство

2013 Модификация метода связных ячеек с сортировкой взаимодействий для векторизованных расчетов в молекулярной динамике [Матвиенко С.А.]
Разработка метода индексации множественных конформаций лигандов для задач виртуального скрининга [Вайсман Е.А.]
2012 Разработка QSAR дескриптора, описывающего пространственную структуру биомолекул [Графеев Н.В.]
2011 Исследование масштабируемости алгоритмов поиска соседей в молекулярной динамике [Матвиенко Сергей Александрович]
Реализация расширенного метода QTPIE для учета эффектов поляризации и переноса заряда в молекулярной динамике [Васенин Андрей Евгеньевич]
2009 Алгоритм предсказания конформационной подвижности белковых молекул [Вайсман Елизавета Анатольевна]
УСКОРЕНИЕ ВЫПОЛНЕНИЯ ПРОГРАММНОГО КОМПЛЕКСА МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ MOLKERN С ПОМОЩЬЮ GPU NVIDIA [Графеев Николай Владимирович]
2008 Влияние мутаций на функционирование цинк связующего сайта белка р53 [Бугаков Илья Владимирович]
Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования MOLKERN [Алемасов Николай Александрович]
2007 ПАКЕТ ПРОГРАММНЫХ КОМПОНЕНТ ДЛЯ РАСЧЕТА ЭНЕРГИИ СОЛЬВАТАЦИИ БЕЛКОВ [Чирцов Артем Сергеевич]

Патенты

2012 Программа предсказания термодинамической стабильности мутантных форм белков методом lambda-динамики (Л-МОЛКЕРН)
Фомин Э.С.

2008 Software tool for the protein-ligand complex optimization (EMINIMA)
Фомин Э.С.

Software tool for the protein-ligand docking (MONTEDOCK)
Фомин Э.С.

Software tool for the restoring of the missing atoms in PDB files (BAUBLE)
Фомин Э.С.

© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.