ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Пономаренко Михаил Павлович, к. б. н.

Подразделение: 088. Центр нейробиол. и нейрогенет. мозга
Совместительство: 108. Лаб. системной генетики
Должность: старший научный сотрудник
Комната: 1311
Email: pon@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1311


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

14.10.1962

Образование

НГУ – 1985 – специалист (физика)

ИЦиГ СО РАН – 1994 – кандидат биологических наук (генетика)

Область научных интересов

WoS ResearcherID: Q-7909-2016

 SCOPUS ID: 7003360628

ORCID 0000-0003-1663-318X

Поиск количественных соотношений структура-свойство в случае геномов (Quantitative structure–activity relationship in the case of genomes)

Область рабочих интересов

Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК и РНК (Computer analysis of the DNA and RNA nucleotide sequences)

 



Публикации

2017 Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters.
Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N
[Frontiers in Aging Neuroscience]
Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters.
Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation.
Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, Gusev F, Fedonin GG, Rogaev EI.
[MOL NEUROBIOL]
SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine.
Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N.
[Frontiers In Bioscience ("Scholar" Edition)]
2016 Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes.
Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters.
Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A.
[BMC GENOMICS]
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov
[Biomed Research International]
Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov
[Frontiers in Immunology]
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock.
Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome.
Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene
Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии.
Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека.
Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2015 How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter
Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov
[Biomed Research International]
Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters.
Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA
[BMC GENOMICS]
Sequence-based prediction of transcription upregulation by auxin in plants
Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека.
Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека
Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком
Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична
[Медицинская генетика]
ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА
Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека
Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein.
Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A.
[HUM MUTAT]
rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer
D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов
М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein.
Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[PLoS One]
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution
Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА
Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА
Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2012 Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса
И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм
Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов
[Доклады Академии Наук]
2011 In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases
Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A.
[Health]
Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase.
Kirpota O.O., Endutkin A.V., Ponomarenko M.P., Ponomarenko P.M., Zharkov D.O., Nevinsky G.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
Особенности нуклеотидных последовательностей зрелых микроРНК могут влиять на сродство к белкам AGO2 И AGO3 человека
Омельянчук Н.А, Пономаренко П.М., Пономаренко M.П.
[Molecular Biology]
2010 Possibility spaces and evolution
Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[PALEONTOL J+(RUS)]
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic
Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками
Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях
Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А.
[BIOFIZIKA+]
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор)
В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
2009 Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии
Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка
Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
2008 Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам
Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD
Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
2007 Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих
Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А.
[Экологическая генетика]
2006 Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении.
Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD
Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А
[Информационный вестник ВОГИС]
2005 Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site.
Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P.
[Int. J. Artif. Intell. Tools]
2003 rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation.
Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P.
[NUCLEIC ACIDS RES]
2002 ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro.
Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases.
Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P.
[Knowl-Based Syst. J.]
SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data.
Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Frolov A.S., Gelfand M.S., Ponomarenko M.P.
[NUCLEIC ACIDS RES]
rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites
Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P.
[HUM MUTAT]
2001 ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another.
Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations
Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
2000 Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress
F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov
[PROGRAM COMPUT SOFT+]
SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation
Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1.
Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
1999 Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites.
Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A.
[BIOINFORMATICS]
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOFIZIKA+]
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins
Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
Nucleosomal DNA property database.
Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A.
[BIOINFORMATICS]
Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites.
Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site.
Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[FEBS LETT]
Prediction of eukaryotic mRNA traslational properties.
Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Kisselev L.L., Kolchanov N.A.
[BIOINFORMATICS]
Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона.
Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А.
[BIOFIZIKA+]
Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека
Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K.
[BIOFIZIKA+]
1998 GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. (ISMB)]
Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом
Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С.
[Доклады Академии Наук]
Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности
Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л.
[Molecular Biology]
1997 Generating programs for predicting the activity of functional sites.
Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A.
[J COMPUT BIOL]
TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences
Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E.
[Lect Notes Comput Sci]
Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот
Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х.
[Molecular Biology]
Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот
Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
1993 SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites.
Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[Comput. Appl. Biosci.]

Монографии

2017 Cladogenesis
Ponomarenko M., Gunbin K., Doroshkov A., Suslov V., Kolchanov N.

Degrees of Freedom
Ponomarenko M., Babenko V., Kochetov A., Kolchanov N.

Heat Shock Proteins
Ponomarenko M., Stepanenko I., Kolchanov N.

Hogness Box
Ponomarenko M., Mironova V., Gunbin K., Ponomarenko P., Suslov V., Savinkova L.

Initiation Factors
Ponomarenko M., Savinkova L., Ponomarenko P., Kolchanov N.

Unique DNA
Ponomarenko M., Orlova G., Kolchanov N.

2013 Cladogenesis.
Ponomarenko M, Gunbin K, Doroshkov A, Kolchanov N

Degrees of Freedom.
Ponomarenko M, Babenko V, Kochetov A, Kolchanov N

Heat Shock Proteins.
Ponomarenko M, Stepanenko I., Kolchanov N

Hogness Box.
Ponomarenko M, Mironova V, Gunbin K, Savinkova L

Initiation Factors.
Ponomarenko M, Savinkova L, Kolchanov N

Unique DNA.
Ponomarenko M, Orlova G, Kolchanov N

2008 Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.

Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами.
Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.


Конференции

2017 КАНДИДАТНЫЕ SNP-МАРКЕРЫ ТАТА БОКСОВ ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА ДЛЯ РЕПРОДУКТИВНОГО ПОТЕНЦИАЛА
М. Пономаренко, И. Чадаева, Д. Рассказов, Е. Шарыпова, И. Драчкова, Е. Кашина, Л.К. Савинкова, П. Пономаренко, Л.В. Осадчук, А.В. Осадчук
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
2016 Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of hereditary diseases predicted by a significant alteration in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, E.B. Sharypova, I.V. Chadaeva, P.M. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov
[BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"]
Влияние SNP rs201381696 ТАТА бокса гена LEP человека на экспрессию репортерного гена LUC
Шарыпова ЕБ, Кашина ЕВ, Аркова ОВ, Бондарь НП, Аршинова ТВ, Пономаренко ПМ, Пономаренко МП, Савинкова ЛК
[BGRS 2016]
2015 Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком
Аркова Ольга Владимировна, Пономаренко Михаил Павлович, Аршинова Татьяна Валентиновна, Савинкова Людмила Кузьминична
[7 съезд Российского общества медицинских генетиков]
CTCF binding sites and gene expression analysis in genome scale by sequencing data
Kulakova E.V., Spitsina A.M., Safronova N.S., Svichkarev A.V., Dergilev A.I., Ponomarenko M.P., Babenko V.N., Hong P., Li G., Orlov Y.L.
[7th International Young Scientists School “Systems biology and bioinformatics” SBB-2015]
2014 An empirical equilibrium equation of a gene response to auxin in plants allows to predict quantitatively the auxin response
P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko
[BGRS/SB-2014]
2013 Human brain origin and the evolution of ТАТА-boxes of protein-coding genes expressed in brain.
K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, V.V. Suslov, D.A. Afonnikov
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
ПРОИСХОЖДЕНИЕ МОЗГА ЧЕЛОВЕКА И ЭВОЛЮЦИЯ ТАТА-БОКСОВ БЕЛОК-КОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ
К.В. Гунбин, М.П. Пономаренко
[Конференция ВОГИС «Проблемы генетики и селекции» и Курсы повышения квалификации научно-педагогических кадров по генетике с основами селекции, медицинской генетики и эволюции]
2012 Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of protein-coding genes expressed in brain.
Kolchanov N.A., Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Derevyanko A.P.
[SysPatho Workshop “SYSTEMS BIOLOGY AND MEDICINE”]
Human brain origin and the evolution of regulatory and coding regions of proteincoding genes expressed in brain
K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko, D.A. Afonnikov, N.A Kolchanov
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression
P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
2011 Quantitative sequence /activity relationships of auxin response elements (Aux RE) in plant promoters
V.V. Mironova, P.M. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, M.P. Ponomarenko
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow]
Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияние мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Савинкова Л.К., Захаренко Л.П., Пинтус С.С., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А.
[Программа фундаментальных исследований Президиума РАН. № 11. “Биологическое разнообразие”. Подпрограмма “Генофонды и генетическое разнообразие”. Сборник материалов. – Москва: ИОГен. 2011. С. 100-104.]
Влияние полиморфизмов ТАТА-боксов, ассоциированных с наследственными заболеваниями человека, на взаимодействие с hТВР
Драчкова И.А.. Савинкова Л.К., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.
[II-nd International conference Physico-Chemical Biology dedicated to the 85th anniversary of academician Dmitri G. Knorre.]
Выявление регуляторных SNP, ассоциированных с различными заболеваниями, с использованием данных ChIP-seq.
Меркулова Т.И., Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Васильев Г.В., Драчкова И.А., Матвеева М.Ю., Колчанов Н.А.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинфоратика»]
2010 Experimental verification of the prognosis human TBP/TATA affinity change as a result of polymorphisms associated with hereditary pathologies
I.A. Drachkova., P.M. Ponomarenko., T.V. Arshinova., M.P. Ponomarenko., L.K. Savinkova., N.A. Kolchanov.
[BGRS]
SNP ТАТА-бокса ВИЧ-1 и пандемия СПИД
Суслов В.В., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Ефимов В.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[Проблемы экологии. Чтения памяти проф. М.М.Кожова. Иркутск, 2010]
SNPs IN THE HIV-1 TATA BOX AND THE AIDS PANDEMIC
V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov (6)
[IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky Crimean meeting."Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution".]
SNPs in the hiv-1 TATA box and the aids pandemic
V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, V.M. Efimov, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, N.A. Kolchanov
[Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010]
prognosis and verification of the TATA SNP effects
V.V. Suslov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, L.K. Savinkova, I.A. Drachkova, N.A. Kolchanov
[Crimean meeting. IIIrd International conference, deducated to N.W. Timofeeff-Ressovsky "Modern problems of genetics, radiobiology, radioecology and evolution". Alushta, 9-14 october, 2010]
«Прогноз и экспериментальная проверка изменения сродства ТВР к ТАТА-боксам промотров генов человека, содержащим полиморфизмы».
– Драчкова ИА., Пономаренко РМ., Пономаренко МП., Аршинова ТВ., Савинкова ЛК., Колчанов НА.
[«Первые Международные Беккеровские чтения» (27-29 мая 2010)]
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов.
Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И.
[I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
ТАТА-боксы вносят вклад в норму реакции
Суслов В.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А.
[Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург]
2009 Auxin regulated root patterning: the mathematical model and key genetic mechanisms
V.V. Mironova, M.P. Ponomarenko, N.A. Omelyanchuk, V.A. Likhoshvai
[German-Russian forum Biotechnology GRFB'09, Novosibirsk]
2008 the precise equilibrium equation of TBP/TATA-binding predicts human familial diseases upon mutations
Ponomarenko P.M., Savinkova L.K., Drachkova I.A., Lysova M.V., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
2006 Bioinformatics and mechanisms of molecular pathology
N.A. Kolchanov, V. Ivanisenko, M. Ponomarenko, E. Aman, E. Ignatieva, T. Kuznetsova, V. Mordvinov, P. Demenkov, A. Ratushny, V.Likhoshvai, E. Ananko, N. Podkolodny, N. Podkolodnaya, A.. Romaschenko
[Геномика, протеомика, биоинформатика и нанотехнологии для медицины – GPMB-2006 Новосибирск, июль 2006]
Pattern of locally positioned dinucleotides in microRNA relates to its accumulation level
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков.
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г.
[International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.]

Гранты

2014 Поиск функционально значимых полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов человека и их комплексное экспериментальное изучение
Аркова Ольга Владимировна, Савинкова Людмила Кузьминична, Драчкова Ирина Альбертовна, Аршинова татьяна Валентиновна, Кашина Елена Валентиновна, Пономаренко Петр Михайлович, Пономаренко Михаил Павлович, Шарыпова Екатерина Брониславовна

2013 Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия

2012 Интегрированная биоинформационная платформа анализа данных экспрессии генов в тканях мозга
Орлов Юрий Львович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Медведева Ирина Вадимовна, Кожевникова Оюна Суранзановна, Васильев Геннадий Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Орлов Алексей Валерьевич, Подколодный Николай Леонтьевич, Пономаренко Михаил Павлович, Рубцова Надежда Владимировна, Вишневский Олег Владимирович, Ершов Никита Игоревич, Климова Наталья Викторовна, Суслов Валентин Владимирович, Генаев Михаил Александрович, Корболина Елена Евгеньевна, Пономаренко Петр Михайлович, Семенычев Александр Владимирович, Овчинников Владимир Юрьевич, Сафронова Наталья Сергеевна, Шмаков Николай Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич

2011 Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений
Миронова Виктория Владимировна Лихошвай Виталий Александрович Омельянчук Надежда Анатольевна Новоселова Екатерина Сергеевна Казанцев Фёдор Владимирович Сангаев Содном Сергеевич Ибрагимова Салмаз Магомедсаидовна Пономаренко Михаил Павлович

Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович

2009 Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна

ПОСТГЕНОМНАЯ БИОИНФОРМАТИКА: КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
76 человек

2008 Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов.
Савенкова Л.А., Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Акбердин И.Р., Миронова, Титов

Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.)
Колчанов Николай Александрович Савенкова Людмила Александровна Пономаренко Михаил Павлович Игнатьева Елена Васильевна Левицкий Виктор Георгиевич Захаренко Людмила Павловна Акбердин Илья Ринатович Титов Игорь Иванович Миронова

2005 Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом
Левицкий Виктор Георгиевич Вишневский Олег Владимирович Проскура Анна Леонидовна Катохин Алексей Вадимович Фурман Дагмара Павловна Подколодная Ольга Александровна Пономаренко Михаил Павлович Орлов Юрий Львович


Диссертации

2017 Компьютерный анализ контекстно-зависимых количественных характеристик специфической биологической активности сайтов в составе геномной ДНК [Доктор]
1994 Исследование генетических текстов с помощью компьютерной технологии Site-Video. [Кандидат]
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.