ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Ощепков Дмитрий Юрьевич, к. б. н.

Подразделение: 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики
Должность: старший научный сотрудник
Комната: 1129
Email: diman@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1129


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

31.07.1976

Образование

 Высшее

Награды

 

Область научных интересов

 

Область рабочих интересов

 

Хобби

 

Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.



Публикации

2017 The Interplay of Chromatin Landscape and DNA-Binding Context Suggests Distinct Modes of EIN3 Regulation in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya EV, Levitsky VG, Oshchepkov DY, Grosse I, Mironova VV
[Frontiers in Plant Science]
The computational analysis of whole-genome data predicts a role of chromatin landscape in regulation of primary ethylene response in Arabidopsis thaliana
Zemlyanskaya E.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Y.
[Acta Naturae]
Изучение генной экспрессии при адаптации к гипотоническим условиям на примере трехиглой колюшки (Gasterosteus aculeatus)
Расторгуев С. М., Недолужко А. В., Груздева Н. М., Булыгина Е. С., Цыганкова С. В., Ощепков Д. Ю. Мазур А. М., Прохорчук Е. Б., Скрябин К. Г.
[Acta Naturae]
2016 Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1
V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova
[COMPUT BIOL CHEM]
Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина.
Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2015 Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD
E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov
[European Journal of Cancer Supplements]
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites.
Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Механизмы регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli в условиях стресса: реконструкция по кинетическим данным
Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Лихошвай В.А.
[Математическая биология и биоинформатика]
2014 A PROPOSED MECHANISM OF TRANSACTIVATION BY BODY BURDEN DIOXIN OF HERPES SIMPLEX VIRUS GENES MIGHT BE RESPONSIBLE FOR WEAKENING THE HOST ANTIVIRAL DEFENSE
Tsyrlov IB, Shur IN, Wu JS, Furman D, Oshchepkov DY
[Organohalogen Compounds]
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data
Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova
[BMC GENOMICS]
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure
D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ
Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages.
E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov.
[FEBS J]
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites.
Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Reconstruction of the Mechanisms that Regulate the Expression of the Escherihia coli yfiA Gene under Stress Conditions.
T. M. Khlebodarova, D. Yu. Oshchepkov, N. V. Tikunova, I. V. Babkin, A. D. Gruzdev, and V. A. Likhoshvai
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена yfiA Escherichia coli в условиях стресса.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Тикунова Н.В., Бабкин И.В., Груздев А.Д., Лихошвай В.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2012 ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Xenobiotical virology: novel mechanistic concept of hazardous human viruses upregulation by body burden level of dioxins via AhR-mediated transcriptional pathway.
Tsyrlov, I., Shur, I., Oshchepkov, D., Pokrovsky, A.
[INT J INFECT DIS]
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге.
Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А
[Медицинский академический журнал]
2011 Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes
Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I.
[COMPUT BIOL CHEM]
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites
VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
In silico prediction of transcriptional factor-binding sites.
Oshchepkov DY, Levitsky VG
[Methods Mol. Biol.]
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина
Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Доклады Академии Наук]
2010 Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов.
Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Цитокины и воспаление]
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека
Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов
[Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
2009 Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor
D. P. Furman, E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov
[COMPUT BIOL CHEM]
Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора
Д.Ю. Ощепков, Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов
[Информационный вестник ВОГИС]
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов
Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ
Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова.
[Информационный вестник ВОГИС]
2008 Detection of Target Genes of FOXA Transcription Factors Involved in Proliferation Control
Bryzgalov LO, Ershov NI, Oshchepkov DY, Kaledin VI, Merkulova TI.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements
Oshchepkova EA, Furman DP Oshchepkov DY, Katokhin AV, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov IB
[Organohalogen Compounds]
Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов
Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов
[Успехи физиологических наук]
2007 Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene
Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes
Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC
[BRIEF BIOINFORM]
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex
Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I
[Organohalogen Compounds]
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов.
Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Доклады Академии Наук]
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах
Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
2006 Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength
Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A.
[BIOCHEM BIOPH RES CO]
Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength.
Skoblov M., Shakhbazov K., Oshchepkov D., Ivanov D., Guskova A., Ivanov D., Rubtsov P., Prasolov V., Yankovsky N., Baranova A.
[BIOCHEM BIOPH RES CO]
2004 SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition.
Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M.
[NUCLEIC ACIDS RES]
2001 Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions
D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov
[BIOINFORMATICS]

Монографии

2011 Dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophageal transcription factors and cytokines: prediction and experimental verification
E.V. Kashina, D.Yu. Oshchepkov, E.V. Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov, D.P. Furman

2010 Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды
Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.

2008 Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами.
Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.

Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных.
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.

2006 ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORS
Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva

STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS
E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov.

2004 Bioinformatics of genome regulation and structure. N.Kolchanov and R.Hofestaedt (ed.)
Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., Pozdnyakov M.A., Milanesi L., Vityaev E.E., Kolchanov N.A


Конференции

2017 Компьютерный анализ полногеномных данных указывает на роль типов хроматина в регуляции первичного ответа на этилен у Arabidopsis thaliana
Землянская ЕВ, Левицкий ВГ, Ощепков ДЮ
[II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"]
2016 Distinct types of EIN3-DNA interactions in various functional regions of A. thaliana L. genome
E.V. Zemlyanskaya, D.Yu. Oshchepkov, V.G. Levitsky
[BGRS\SB-2016]
FINE ANALYSIS OF ChIP-SEQ DATA FOR EIN3 BINDING IN A. THALIANA L. REVEALS DIFFERENT LAYERS OF EIN3 REGULATION IN ETHYLENE SIGNALING
Zemlyanskaya E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G.
[PGGFS-2016]
2014 DIOXIN-MEDIATED REGULATION OF GENES INVOLVED IN CYTOKINES PRODUCTION BY MACROPHAGES
E.V. Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, A.G. Shilov, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov
[BGRS\SB-2014]
EXPERIMENTALLY VERIFIED TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES MODELS APPLIED FOR COMPUTATIONAL ANALYSIS OF CHIP-SEQ DATA.
D.Y. Oshchepkov, V.G. Levitsky, I.V. Kulakovskiy, N.I. Ershov, V.J. Makeev, T.I. Merkulova.
[BGRS\SB-2014]
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Escherichia coli при стрессе по кинетическим данным.
Хлебодарова Т.М., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Бабкин И.В., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А.
[V МК “Математическая биология и биоинформатика” (ICMBB’2014)]
2013 Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages.
Kashina E.V., Oshchepkov D.Y., Antontseva E.V., Oshchepkova E.A., Shamanina M.Y., Furman D.P., Mordvinov V.A.
[The 38th FEBS Congress “Mechanisms in Biology”]
2012 Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE - сайтов, обнаруженных в промоторах IL12A, IL12B и IL4 генов человека.
Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Лопатникова Ю.А., Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
Dioxin in regulation of genes involved in cytokinine synthesis by macrophages: a possible pathway underlying dioxin immunotoxicity and cancer.
D.Y. Oshchepkov, E.A. Oshchepkova, E.V. Kashina, E.V. Antontseva, D.P. Furman, V.A. Mordvinov.
[SysPatho workshop «Systems biology and medicine»]
Eliciting the role of dioxin in regulation of the genes involved in cytokines synthesis by macrophages.
D.Y. Oshchepkov, E.V. Kashina, E.A. Oshchepkova, E.V. Antontseva, M.Yu. Shamanina, D.P. Furman, V.A. Mordvinov.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology,]
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data
V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy I.V., Makeev V.J.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
In silico verification of TFBS in ChIP-Seq data.
V.G. Levitsky, D.Y. Oshchepkov, G.V. Vasiliev, N.I. Ershov, T.I. Merkulova, Kulakovskiy, Makeev V.J.
[SysPatho workshop «Systems biology and medicine»]
ВЛИЯНИЕ 2,3,7,8-ТЕТРАХЛОРДИБЕНЗО-ПАРА-ДИОКСИНА НА РЕГУЛЯЦИЮ ЭКСПРЕССИИ IL12A, IL12B И IL4 ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В МАКРОФАГЕ
Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия 2-я Всероссийская научная конференция молодых ученых.]
Выявление роли ксенобиотиков в регуляции генов, вовлеченных в синтез цитокинов макрофагами.
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[III международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Postgenome-2012).]
2011 Could chronic stress induced by polycyclic aromatic hydrocarbons have implications for hominid evolution?
Oshchepkov D.Y., Suslov V.V.
[Proceedings of III International Conference Biosphere Origin and Evolution]
Анализ данных массовой иммунопреципитации хроматина с помощью экспериментально верифицированных методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA
Ощепков Д. Ю., Левицкий В. Г. , Кулаковский И. В., Ершов Н. И., Васильев Г.В., Меркулова Т. И.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
Подарок Прометея: мог ли хронический стресс продуктами горения ускорить эволюцию гоминид
Ощепков Д.Ю., Суслов В.В.
[Современные проблемы эволюции. XXV Чтения памяти А.А. Любищева.]
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов SF-1 и SREBP в геномах позвоночных с помощью нового подхода, сочетающего экспериментальные и биоинформатические методы
Климова Н.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика и биоинформатика»]
2010 An experimental and computation approach to search for the transcription factor GAGA binding sites
Omelina E.S., Oshchepkov D.Yu., Baricheva E.M., Merkulova T.I.
[BGRS-2010]
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the genes encoding macrophage cytokines.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Furman D.P., Mordvinov V.A.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
Detection of dioxin responsive elements in the promoter regions of the macrophage transcription factors and cytokines genes.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P.
[“From Functional Genomics to Systems Biology”,]
E.coli proteom expression under terahertz irradiation
Peltek S.E., Mesheryakova I.A., Goryachkovskaya T.N., Demidova E.V., Demidov E.A., Khlebodarova T.M., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A., Kulipanov G.N., Nikolaev E.N.
[Terahertz radiation: generation and application]
Prediction for AtARF family transcription factors, mediating primary response to auxin
V.V. Mironova, N.A. Omelyanchuk, D.Yu. Oschepkov, V.G. Levitsky
[Plant Genetics, Genomics and Biotechnology Conference. Novosibirsk]
Promoters of the genes encoding the macrophage transcription factors contain binding sites for aryl hydrocarbon receptor.
Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Kashina E.V., Antontseva E.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A., Furman D.P.
[Seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology]
Similarities and differences in the structures of artificial and natural transcription factor binding sites: impact of flanking sequences to recognition performance.
Oshepkov D.Y., Levitsky V.G., Khlebodarova T.M.
[International conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’10)]
Testing of functional activity of putative dioxin responsive elements in promoter regions of genes, encoding macrophageal transcription factors and cytokines
Kashina E.V., Antontseva E.V., Katokhin A.V., Oshchepkova E.A., Oshchepkov D.Y., Shamanina M.Y., Grishanova A.Y., Furman D.P, Mordvinov V.A.
[The seventh international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology]
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов
Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Всероссийская научная конференция "Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии", 15-17 сентября 2010г.]
Компьютерно-экспериментальное изучение сайтов связывания транскрипционных факторов.
Ощепков Д.Ю., Климова Н.В., Антонцева Е.В., Левицкий В.Г., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Савинкова Л.К., Фурман Д.П., Мордвинов В.А., Меркулова Т.И.
[I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»]
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека
Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов
[1 Всероссийская МНК "Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии", Томск, 6-9 октября 2010]
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Международная научно-практическая конференция "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине" 23-26 ноября, 2010, г. Санкт-Петербург]
Экспериментально-компьютерное исследование генов, вовлекаемых в реакцию макрофага на диоксин.
Ощепков Д.Ю., Ощепкова Е.А., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А.
[Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине»]
2009 A novel promoter of the Escherichia coli yfiA gene and pathways of its regulation under oxidative stress conditions
T.M. Khlebodarova, A.V. Zadorozhny, V.A. Likhoshvai, N.V. Tikunova, D.Yu. Oschepkov, N.A. Kolchanov.
[International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)]
Experimental study of predicted regulation pathways of E.coli/pYFI-GFP genosensor under oxidative stress
A.V. Zadorozhny, T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Yu. Oschepkov, N.V. Tikunova.
[German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09]
Prediction of the regulation pathways of the Еscherichia coli dps gene expression under stress conditions.
T.Yu. Stepanova, D.Yu. Oshchepkov, V.A. Likhoshvai, A.V. Zadorozhny, N.V. Tikunova, T.M. Khlebodarova.
[German-Russian Forum Biotechnology GRFB'09]
Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control.
N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin.
[Abstracts of 34th FEBS Congress. Prague, Czech Republic]
Revealing of potential FoxA target genes, involved in proliferation control.
N. Ershov, T. Merkulova, L. Bryzgalov, M. Pakharukova, D. Oschepkov and V. Kaledin.
[34th FEBS Congress.]
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с контролем пролиферации
Меркулова Т.И., Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Пахарукова М.Ю., Кропачев К.Ю., Пивоварова Е.Н., Каледин В.И.
[V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров.]
Реконструкция механизмов регуляции экспрессии гена dps Еscherichia coli в присутствии ионов кадмия.
Т.Ю. Степанова, В.А. Лихошвай, А.В. Задорожный, Н.В. Тикунова, Д.Ю. Ощепков, Т.М. Хлебодарова.
[Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров]
2008 Analysis of the evolutionary specificities of the yfiA and yhbh E.Coli genes and their regulatory regions.
Baryshev P.S., Oshchepkov D.Y., Khlebodarova T.M., Afonnikov D.A.
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex.
M.Y. Shamanina, E.A. Oshchepkova, D.Y. Oshchepkov, A.V. Katokhin, D.P. Furman, I.B. Tsyrlov, V.A. Mordvinov
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Prediction of the regulatory mechanisms of Escherichia coli yfiA gene expression
T.M. Khlebodarova, V.A. Likhoshvai, D.Y. Oshchepkov, A.V. Kachko, N.V. Tikunova.
[Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)]
SITECON: a quality tool for prediction of new potential SREBP binding sites. experimental verification and analysis of regulatory regions of vertebrate genes.
D.Y. Oshchepkov, E.V. Ignatieva, G.V.Vasiliev, N.V. Klimova, T.I. Merkulova
[Sixth International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli
Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин
[IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008]
Транскрипционные факторы FOXA как потенциальные опухолевые супрессоры в печени
Т.И. Меркулова, Л.О. Брызгалов, Н.И. Ершов, Д.Ю. Ощепков, М.Ю. Пахарукова, К.Ю. Кропачев, В.И. Каледин.
[Всероссийская конференция с международным участием "Молекулярная онкология"]
2007 Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization
Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V
[Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow]
Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA.
T.M. Khlebodarova, A.V. Kachko, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Tikunova, V.A. Likhoshvai.
[«Basic sciences - medicine»]
Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex.
Nedosekina EA, Oshchepkov D.Y., Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I.
[27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants “Dioxin 2007”]
Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Ощепков Д.Ю.
[V Конференция молодых ученых СО РАН, посвященная М.А. Лаврентьеву. Новосибирск, 21-23 ноября 2007 г.]
2006 A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcription factors SREBP, LXRa AND PPARg.
Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
A gene network of adipocyte lipid metabolism: coordinated interactions between the transcriptional factors SREBP, LXRa and PPARg
Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
Association study of SNP of the TNF-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance
Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
Association study of snp of the tnf-alpha gene with bovine leukosis and evaluation of its functional significance
Yudin N.S., Vasil’eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. Experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes.
Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]
SITECON: a quality tool for prediction of transcription factor binding sites now handles those for SF-1. experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes
Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
Компьютерные подходы к исследованию влияния полиморфизмов на экспрессию генов и функцию белков.
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Кочетов А.В., Игнатьева Е.В., Пономаренко М.П., Орлова Г.В., Меркулова Т.И., Ощепков Д.Ю., Аман Е.Э., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Деменков П.С., Пинтус С.С., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Турнаев И.И., Апасьева Н.В., Губина М.А., Ромащенко А.Г.
[International conference “Basic Science for Biotechnology and Medicine” September 3-7, 2006, Novosibirsk. Russia.]
2005 Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells.
Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A.
[Сonference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27]

Гранты

2015 Транскрипционная и посттранскрипционная регуляция ауксином и этиленом экспрессии генов в корне Arabidopsis thaliana
Вибе Даниил Станиславович Дорошков Алексей Владимирович Климова Наталья Викторовна Лавреха Виктория Вадимовна Левицкий Виктор Георгиевич Миронова Виктория Владимировна, руководитель, Новикова Дарья Дмитриевна Ощепков Дмитрий Юрьевич Чернова Василина Владимировна Черных Ольга Александровна

2013 Разработка программного комплекса для анализа влияния SNP на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Колчанов Николай Александрович, Подколодный Николай Леонтьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Брызгалов Леонид Олегович, Рассказов Дмитрий Александрович, Васькин Юрий Юрьевич, Данилова Юлия

2012 Изучение влияния диоксина на регуляцию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом
Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П.

2011 Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы "Медицина будущего" в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий
Антонцева Елена Вячеславовна Меркулова Татьяна Ивановна Брызгалов Леонид Олегович Ощепков Дмитрий Юрьевич Матвеева Марина Юрьевна Ершов Никита Игоревич Пахарукова Мария Юрьевна Орлов Юрий Львович Мордвинов Вячеслав Алексеевич Колосова Наталия Гориславовна Шилов Александр Геннадьевич Кашина Елена Валентиновна Корболина Елена Евгеньевна Сивков Антон Юрьевич Брагин Анатолий Олегович

Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович

Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович

2010 Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных
Дымшиц Г.М., Меркулова Т.И., Раушенбах И.Ю., Кочетов А.В., Грунтенко Н.Е., Попова Н.А., Адоньева Н.В., Васильев Г.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Антонцева Е.В., Пахарукова М.Ю., Карпова Е.К., Богомолова Е.В., Иванов М.К., Федосеева Л.А., Ощепков Д.Ю., Шарипов Р.Н., Глушков С.А., Ведерников В.Е., Брызгалов Л.О., Климова Н.В., Сангаев С.С., Волкова О.А., Ершов Н.И., Герасимова С.В., Брагин А.Г., Прасолова М.А., Рязанова М.А., Прокопьев Р.А., Горелова В.В., Савельева А.В., Попов Е.Г., Шевелев О.Б., Климов Л.О.

Экспериментально-компьютерное исследование генов, участвующих в ответе макрофага на обработку диоксином и выявление механизмов их активации
Ощепков Дмитрий Юрьевич

2009 Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов
Акбердин Илья Ринатович, Гунбин Константин Владимирович, Захаренко Л.П., Иванисенко Владимир Александрович, Игнатьева Елена Васильевна, Казанцев Федор Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лихошвай Виталий Александрович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Пономаренко Михаил Павлович, Пономаренко Петр Михайлович, Ри Максим Тексенович, Савинкова Людмила Кузминична, Суслов Валентин Владимирович, Турнаев Игорь Иванович, Хлебодарова Тамара Михайловна

Изучение конкурентных взаимоотношений транскрипционных факторов семейства Fox в регуляции экспресии генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе
Васильев Геннадий Владимирович Антонцева Елена Вячеславовна Брызгалов Леонид Олегович Ершов Никита Игоревич Климова Наталья Викторовна Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич

2008 Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей
Лихошвай Виталий Александрович, Бабкин Игорь Викторович, Качко Алла Васильевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Ри Наталья Александровна, Степаненко Ирина Лембитовна, Степанова Татьяна Юрьевна, Тикунова Нина Викторовна

2006 Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Вишневский Олег Владимирович

РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН


Научное руководство

2014 Классификация глиобластом на основе анализа данных по микроРНК на модели клеточных линий
Ощепков Дмитрий Юрьевич
[Масальская Екатерина Александровна]
2012 «Анализ роли транскрипционных факторов в аберрантном метилировании ДНК при глиобластоме»
Ощепков Дмитрий Юрьевич
[Леденцова Марина Владимировна]

Учебные курсы

2003 Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)

Патенты

2006 Программа для определения консервативных свойств в сайтах связывания транскрипционных факторов и их распознавания ( САЙТКОН ) / The tool for detecting conservative properties in transcription factor binding sites and for site recognition (SITECON) “
Ощепков Д.Ю.


Диссертации

2010 КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ КОНФОРМАЦИОННЫХ И ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИХ ОСОБЕННОСТЕЙ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ САЙТОВ ГЕНОМНОЙ ДНК ЭУКАРИОТ [Кандидат]
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.