ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Матушкин Юрий Георгиевич, к. б. н.

Подразделение: 013. Лаб. молекулярно-генетич. систем
Заведующий: 013. Лаб. молекулярно-генетич. систем
Должность: ведущий научный сотрудник
Комната: 1319
Email: mat@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1319


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

12.02.1955

Образование

ЛГУ – 1977 – математика

Награды

Область научных интересов

Теоретическая биология, биоинформатика

Область рабочих интересов

Хобби

Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.



Публикации

2017 Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
ПРОГРАММА ALLPRED ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ АЛЛЕРГЕННОСТИ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ
А. О. Брагин, В. С. Соколов, П. С. Деменков, Т. В. Иванисенко, Е. Ю. Брагина, Ю. Г. Матушкин, В. А. Иванисенко
[МОЛЕКУЛЯРНА Я БИОЛОГИЯ]
2016 AltORFev facilitates the prediction of alternative open reading frames in eukaryotic mRNAs
Kochetov Alex V., Allmer Jens, Klimenko Alexandra I., Zuraev Bulat S., Matushkin Yury G., Lashin Sergey A.
[BIOINFORMATICS]
A Review of Simulation and Modeling Approaches in Microbiology
A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, A. D. Chekantsev, R. K. Zudin, Yu. G. Matushkin, S. A. Lashin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC MICROBIOL]
2015 A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study
Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC EVOL BIOL]
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии
Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Gene Expression and Secondary mRNA Structures in Different Mycoplasma Species
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Математическая биология и биоинформатика]
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software
Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения
Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы
Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А.
[Математическая биология и биоинформатика]
2013 Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution
Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[J BIOMOL STRUCT DYN]
Генные сети
Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Экспрессия генов и вторичные структуры в мРНК в разных видах Mycoplasma
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Математическая биология и биоинформатика]
2012 Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[ECOL MODEL]
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges
Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор"
Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ
Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии
С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин
[RUSS J GENET+]
2011 Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems
S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov
[RUSS J GENET+]
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг”
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
2010 Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
2009 Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом
Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Информационный вестник ВОГИС]
2008 Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вычислительные технологии]
2007 Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006))
Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G
[In Silico Biology]
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах
Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин.
[Molecular Biology]
2005 Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
2002 GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]

Монографии

2014 Evolution, Biodiversity and Ecology in Microbial Communities: Mathematical Modeling and Simulation with the “Haploid Evolutionary Constructor” Software Tool
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Klimenko A.I., Suslov V.V., Kolchanov N.A.

2011 Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.

Моделирование коэволюции одноклеточных гаплоидных организмов с помощью программного комплекса «Эволюционный конструктор»
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.

2010 Роль микроорганизмов в функционировании живых систем: фундаментальные проблемы и биоинженерные приложения
И. С. Андреева, А. В. Брянская, С. М. Жмодик, В. А. Лихошвай, Б. Б. Намсараев, Д. Ю. Рогозин, О. П. Таран, С. Е. Ткачев, Е. А. Ананько, K. Aсано, Д. А. Афонников, Т. Г. Банзаракцаева, Д. Д. Бархутова, Ж. Батаа, В. В. Бахвалова, С. И. Беликов, В. М. Белолипецкий, П. В. Белолипецкий, Т. К. Белянин, А. А. Богуш, Е. В. Болдырева, Е. Н. Болдарева, A. В. Брушков, Л. И. Бурцева, С. П. Бурюхаев, В. В. Власов, С. Н. Генова, Н. А. Гольцова, В. М. Горленко, К. В. Гунбин, Э. В. Данилова, А. Г. Дегерменджи, М. А. Дымова, Е. К. Емельянова, В. И. Жираковский, А. В. Задорожный, С. С. Ибрагимова, Л. И. Иванов, Г. В. Калмыкова, Т. П. Камынина, А. В. Качко, И. В. Козлова, Л. П. Козырева, Ю. П. Колмогоров, Н. А. Колчанов, В. Н. Компаниченко, Е. В. Лаврентьева, Е. В. Лазарева, С. А. Лашин, С. Г. Ливанов, Н. Н. Ливанова, Ю. Г. Матушкин, И. B. Морозов, О. В. Морозова, З. Б. Намсараев, С. Ф. Орешкова, Д. Ю. Ощепков, В. В. Панов, В. Н. Пармон, С. Е. Пельтек, Н. И. Печуркина, О. А. Подколодная, В. А. Пономарчук, И. Г. Прокопкин, В. Г. Пугачев, Н. М. Пуховская, Л. И. Пучкова, В. А. Рар, А. В. Ратушный, В. Е. Репин, А. С. Розанов, Е. И. Рябчикова, Ю. В. Сабитова, И. В. Саранина, Д. В. Семенова, В. А. Симонов, О. Г. Смирнова, К. Н. Сорокина, Т. Ю. Степанова, О. В. Стронин, В. В. Суслов, M. Taнака, О. С. Таранов, Н. В. Тикунова, И. И. Турнаев, Т. Торок, О. Д. Тотменина, М. Ю. Трусова, M. Утсуми, М. Л. Филипенко, Н. В. Фоменко, M. Фукуда, М. А. Хаснатинов, Т. М. Хлебодарова, Д. Д. Цыренова

Экспериментально-компьютерное конструирование и анализ бактериальных геносенсоров для детекции токсичности окружающей среды
Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Лихошвай В.А., Качко А.В., Степанова Т.Ю., Ощепков Д.Ю., Задорожный А.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.

2008 Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.

Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” // В монографии: Системная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.

2006 Молекулярно-эпигенетические механизмы возникновения биоразнообразия. В «Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование». Отв. Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин, Н.А.Колчанов. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2006, с. 401-411.
Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г.


Конференции

2017 Orthoscape: Cytoscape приложение для анализа эволюционных характеристик генных сетей
З.С. Мустафин, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
ПРОСТРАНСТВЕННАЯ ГЕТЕРОГЕННОСТЬ СПОСОБСТВУЕТ ЛОКАЛЬНОМУ ПОДДЕРЖАНИЮ АНТАГОНИСТИЧЕСКИХ ЭВОЛЮЦИОННЫХ СЦЕНАРИЕВ В МОДЕЛЯХ МИКРОБНЫХ СООБЩЕСТВ
А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин
[БЕЛЯЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ, Международная конференция, посвященная 100-летию со дня рождения академика АН СССР Д.К. Беляева]
2016 Контекстные характеристики открытых рамок считывания и эффективность элонгации трансляции
Ю.Г. Матушкин, В.С. Соколов
[VI международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
A software system for simulating social and genetic aspects of deafness in human populations.
Dyachenko I.S., Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V, Mikhalskaia V.Yu., Romanov G.P., Barashkov N.A., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[10th anniversary International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology» BGRS\SB-2016.]
Crossing valleys and reaching peak on the fitness landscapes in microbial communities under various ecological conditions: a simulation study
Zakhar Mustafin, D.A. Afonnikov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
HAPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
A.I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, Z.S. Mustafin, A.D. Chekantsev, R.K. Zudin, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
HEC 3D: A TOOL FOR MULTILAYER MODELING OF SPATIALLY DISTRIBUTED MICROBIAL COMMUNITIES
Клименко А.И., Матушкин Ю.Г., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Лашин С.А.
[Systems Biology and Bioinformatics (SBBI’2016)]
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[The 8th international young scientists school “Systems biology and bioinformatics”]
Orthoscape: a Cytoscape plugin for evolutionary analysis of gene networks
Z.S. Mustafin, D.A. Afonnikov, K.V. Gunbin, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB 2016)]
PHAGE INFECTION SLOWS DOWN SPECIATION CAUSED BY GENE LOSS AND HORIZONTAL GENE TRANSFER OF METABOLIC GENES IN MODELS OF SPATIALLY DISTRIBUTED BACTERIAL COMMUNITIES
A. I. Klimenko, Yu.G. Matushkin, N.A. Kolchanov, S.A. Lashin
[The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
ГЭК 3D: инструмент для многоуровневого моделирования пространственно распределённых микробных сообществ
Клименко А. И., Мустафин З.С., Матушкин Ю. Г., Лашин С. А.
[XVII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям (YM2016)]
Эффективность элонгации трансляции у одноклеточных организмов
Матушкин Ю.Г., Соколов В.С.
[Всероссийской конференции с международным участием «50 лет ВОГиС: успехи и перспективы»,]
2015 Комплексные модели микробных сообществ
Лашин С.А., Клименко А.И., Мустафин З.С., Зудин Р.К., Чеканцев А.Д., Матушкин Ю.Г.
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики – 2015»]
Haploid evolutionary constructor 3D: a software for simulation of spatially distributed microbial communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[EMBO | EMBL Symposium “New Approaches and Concepts in Microbiology”]
EloE, a web application for automatic estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
V.S. Sokolov, B.S. Zuraev, S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin
[BREW 2015: Bioinformatics Research and Education Workshop]
Исследование моделей эволюции геномов одноклеточных организмов для пространственно распределённых популяций
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
Системная компьютерная биология: анализ и моделирование структурно- функциональной организации и эволюции генных сетей
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, В.А. Иванисенко, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[Международная конференция «Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015»]
2014 The modeling of regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic approaches
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oschepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине]
Analysis of Bacteria and Archaea genomes available in genbank database by “EloE” program
В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин
[Шестая международная Школа молодых ученых «Системная биология и Биоинформатика» - 6th International Young Scientists School «Systems biology and Bioinformatics», SBB’2014]
Computer analysis of expression level of allergen-coding genes of pathogenic microorganisms
Bragin A.O.,Sokolov V.S., Demenkov P.S., Matushkin Yu.G., Ivanisenko V.A.
[BGRS\SB-2014]
EloE – a web-application for estimation of gene translation elongation efficiency in various organisms
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[BGRS\SB-2014]
Variation of elongation efficiency index of Archaea genes during evolution
В.С. Соколов, К.В. Гунбин, Ю.Г. Матушкин
[BGRS\SB-2014]
Компьютерное исследование особенностей элонгации трансляции у Mycoplasma
В.С. Соколов, Ю.Г. Матушкин
[VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
Haploid Evolutionary Constructor 3D: a tool for simulation of spatially distributed prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Chekantsev A.D., Zudin R.K., Matushkin Yu.G.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
Regulatory mechanisms for mESC self-renewal: kinetic and stochastic modeling
Akberdin I.R., Ivanisenko N.V., Oshchepkova E.A., Omelyanchuk N.A., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[9th BGRS\SB-2014]
Spatially distributed bacterial communities: simulation with «Haploid Evolutionary Constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology]
Модели коэволюции в трофических сообществах одноклеточных организмов: влияние пространственной неоднородности
Ю.Г.Матушкин, А.И.Клименко, С.А.Лашин
[V международная конференция «Математическая биология и биоинформатика»]
Пространственно распределенные модели эволюции в симбиотических/антагонистических прокариотических сообществах
Матушкин Ю.Г., Клименко А.И., Лашин С.А.
[VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров и ассоциированные генетические симпозиумы]
2013 Computational study of translation elongation features in Mycoplasma
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13)]
Gene expression and mRNA secondary structures in Mycoplasma strains
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Пятая международная Школа молодых ученых «Системная биология и биоинформатика» - 5th International Young Scientists School «Systems Biology and Bioinformatics», SBB’2013]
Multi-layer computer models of gene network evolution in diploid populations.
S. Lashin and Y. Matushkin
[FEBS Congress]
Spatially distributed models of evolution in symbiotic/antagonistic prokaryotic communities
Y. Matushkin and S. Lashin
[FEBS Congress]
Применение биоинформационных технологий в эволюционных исследованиях.
Матушкин Ю.Г.
[VI Всероссийский с международным участием конгресс молодых ученых-биологов «Симбиоз-Россия 2013»]
2012 Программное обеспечение для компьютерного исследования особенностей элонгации трансляции (на примере одноклеточных организмов рода Mycoplasma)
В.С. Соколов, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
When gene networks may not work: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Sacharromyces cereviciae and Schizosaccharomyces_pombe
Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L., Likhoshvai V.A.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
Effects of in- and outbreeding in populations of diploid organisms: computer simulations with the diploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
Evolution in prokaryotes-phages communities: computer modeling with the haploid evolutionary constructor
Лашин Сергей Александрович Матушкин Юрий Георгиевич
[BGRS/SB’2012, Novosibirsk]
Гаплоидный эволюционный конструктор: графический интерфейс для моделирования эволюции бактериальных сообществ
Клименко А.И., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[XIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям]
2011 Computer tool for modeling the eukaryotes origin and evolution of early eukaryotic ecosystems
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[III International Conference “Biosphere origin and evolution”]
Correlation between transcription efficiency initiation and translation efficiency for Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe.
Yu.Matushkun, V.Likhoshvai, V.Levitsky
[The International Moscow Conference On Computational Molecular Biology, MCCMB’11]
Evolutionary trends of genome amplification and reduction
Matushkin Yu.G., Lashin S.A., Suslov V.V.
[III international conference Biosphere origin and evolution]
Modeling of phage infection in prokaryotic communities by Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Moscow Conference on Computational Molecular Biology 2011]
Компьютерный анализ эволюции генных сетей морфогенеза.
К.В.Гунбин, Д.А.Афонников,В.В.Суслов, Ю. Г. Матушкин, Н.А. Колчанов
[2-я Всероссийская научно-практическая конференция "«Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле»"]
Корреляция эффективности инициации транскрипции и элонгации трансляции для S. Cerevisiae and S. Pombe
Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л.
[«Проблемы популяционной и общей генетики», посвященная 75-летию со дня рождения выдающегося генетика-популяциониста академика Юрия Петровича Алтухова"]
Моделирование коэволюции одноклеточных организмов в трофических кольцах с взаимным ингибированием
Матушкин Ю.Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[VI Московский международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития»]
Программные средства для многоуровневого моделирования эволюции про- и эукариот
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
2010 Correlation Between Nucleosome Formation Potential of 5’-UTR and Elongation Efficiency Index of Coding Sequences in S.Cerevisiae and S. Pombe Genomes.
Yu.G. Matushkin, V.A.Likhoshvai, A.V.Orlenko, V.G.Levitsky
[International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2010).]
Correlation between nucleosome formation potential of 5’-UTR and elongation efficiency index of coding sequences of S.cerevisiae genome
Yu.G.Matushkin, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky.
[2nd Moscow International Сonference "Molecular phylogenetics" (MolPhy-2). May 18-21, 2010. Moscow]
Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms
Yu.G.Matushkun, S.A. Lashin, V.V. Suslov, V.A.Likhoshvai, V.G.Levitsky
[Joint Indo-Russian Workshop "Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods", November 15-19, 2010, p 8-9, Chandigarh, India]
Gene loss and acquiring in evolution of prokaryotic communities – modeling with Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu.G.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure and Systems Biology (BGRS_SB’10),Новосибирск, Россия, 20-27 июня]
Компьютерное моделирование эволюции прокариотических сообществ
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[Российско-Французского семинар "Геномика, биоинформатика и моделирование в науках о жизни", 18-21 июня 2010]
Компьютерное моделирование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов
Матушкин Ю. Г., Лашин С.А., Суслов В.В.
[Математическая биология и биоинформатика: III Международная конференция , г. Пущино]
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный Конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
Между устойчивостью и адаптируемостью: моделирование коэволюции в сообществах с помощью программы "Эволюционный конструктор"
Лашин С.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Проблемы экологии. Чтения памяти профессора М.М. Кожова. 20-25 сентября 2010. Иркутск]
2009 Evolvability and biodiversity – modeling of coevolution in communities using Evolutionary Constructor program
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Yu. G.
[International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 09)]
Systems biology: computer-experimental research
Yury G. Matushkin
[Программа посещений французского национального института агрономических исследований (INRA) Делегация Института Цитологии и Генетики СО РАН, 29 сентября - 5 октября 2009 г.]
Исследование эффективности экспрессии генов в зависимости от их нуклеотидного состава методами биоинформатики
Матушкин Ю.Г., Ефимов В.М., Лихошвай В.А., Левицкий В.Г.
[V Intern. Congress BIOTECHNOLOGY: state of the art and prospects of development]
Моделирование эволюционно-популяционных процессов с помощью "Эволюционного конструктора"
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.В. Суслов, Н.А.Колчанов
[5-й съезд ВОГИС, посвященный 200-летию со дня рождения Чарльза Дарвина, Москва, 21-28 июня 2009 г.]
2008 Approval method for transcription termination sites prediction in firmicutes
S.A. Lashin, Yu.G. Matushkin, T.M, Khlebodarova, V.A. Likhoshvai.
[Sixth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS)]
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli
Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин
[IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008]
Эффективность экспрессии генов как функция их нуклеотидного состава
Матушкин Ю.Г., Лихошвай В.А., Ефимов В.М., Вишневский О.В.
[II-ая Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" г. Пущино Московской области 7-13 сентября 2008 г.]
2007 Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization
Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V
[Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow]
2006 Optimal control tasks in terms of the gene network models
Bezmaternykh K.D., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Latipov A.F., Kolchanov N.A
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
System computer biology in Institute of Cytology of SB RAS
Yu. Matushkin, E. Ananko, D. Afonnikov, V. Golomolzin, V. Ivanisenko, E. Ignat’eva, A. Katokhin, V.Likhoshvai, D. Miginskii, N. Omelyanchuk, S. Peltek, T. Khlebodarova, N. Kolchanov
[Saint-Petersburg International Workshop on NanoBiotechnologies]
Синтез управляемых генных сетей
Ю.Г.Матушкин
[Всероссийская конференция (с международным участием) "Математика, информатика, управление" (МИУ-06) Улан-Удэ - оз. Байкал]
Сотрудничество ИЦиГ - ВКИ НГУ
Ю.Г.Матушкин
[Региональная научно-практическая конференция "Информационные технологии в общем и среднем образовании" Новосибирск]

Гранты

2013 Компьютерное моделирование коэволюции сообществ гаплоидных взаимодействующих организмов
Лашин Сергей Александрович Лихошвай Виталий Александрович Матушкин Юрий Георгиевич, Мустафин Захар Сергеевич Рассказов Дмитрий Александрович Суслов Валентин Владимирович

2010 Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ трофически связанных организмов
Лашин Сергей Александрович Лихошвай Виталий Александрович Рассказов Дмитрий Александрович Суслов Валентин Владимирович

2008 СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ: КОМПЬЮТЕРНО-ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ПОДХОДЫ
Матушкин Юрий Георгиевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Пельтек Сергей Евгеньевич, Фурман Дагмара Павловна, Пономаренко Михаил Павлович , Бухарина Татьяна Анатольевна, Хлебодарова Тамара Михайловна, Ефимов Вадим Михайлович Лихошвай Виталий Александрович, Блинов Александр Геннадьевич, Левицкий Виктор Георгиевич, Гунбин Константин Владимирович, Омельянчук Надежда Анатольевна, Деменков Павел Сергеевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Суслов Валентин Владимирович, Лашин Сергей Александрович, Акбердин Илья Ринатович, Миронова Виктория Владимировна, Тимонов Владимир Сергеевич, Казанцев Федор Владимирович,

2007 Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов
Д.А.Афонников В.А.Лихошвай О.В. Ефремова Т.М.Хлебодарова И.Л.Степаненко Ю.Г.Матушкин Н.В.Тикунова И.В. Бабкин А.В. Качко Л.Я. Кучумова

2006 РОЛЬ МИКРООРГАНИЗМОВ В ФУНКЦИОНИРОВАНИИ ЖИВЫХ СИСТЕМ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ И БИОИНЖЕНЕРНЫЕ ПРИЛОЖЕНИЯ
113 исполнителей из 10 Институтов СО РАН


Научное руководство

2015 КОМПЬЮТЕРНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ ОТКРЫТЫХ РАМОК СЧИТЫВАНИЯ, ПОТЕНЦИАЛЬНО СВЯЗАННЫХ С ЭФФЕКТИВНОСТЬЮ ЭЛОНГАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ, У ОДНОКЛЕТОЧНЫХ
Матушкин Юрий Георгиевич
[СОКОЛОВ ВЛАДИМИР СЕРГЕЕВИЧ]
2010 О связи первичных структур генов с эффективностью их экспрессии [Орленко Алена Вадимовна]
«Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов» [Лашин Сергей Александрович]

Учебные курсы

2014 Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич

2013 Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич

2012 Теория молекулярной эволюции
Матушкин Юрий Георгиевич

2011 Теория молекулярной эволюции
2010 Теория молекулярной эволюции
2009 Теория молекулярной эволюции
2008 Теория молекулярной эволюции
2007 Теория молекулярной эволюции
2006 Теория молекулярной эволюции

Патенты

2016 Программа для анализа эволюционных характеристик генных сетей (Ортоскейп) / Application for evolutionary analysis of gene networks (Orthoscape)
Лашин С.А., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Гунбин К.В.

2015 Программный комплекс «Гаплоидный эволюционный конструктор» для моделирования популяционно-экологических процессов в микробных сообществах (ГЭК) / Software package «Haploid Evolutionary Constructor” for simulation populational-ecological processes in microbial communities (HEC)»
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Клименко А.И., Зудин Р.К.

Программный комплекс для моделирования эволюционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов «Диплоидный эволюционный конструктор» (ДЭК) / Software package for simulation evolutionary-genetic processes in population of diploid organisms «Diploid Evolutionary Constructor» (DEC)
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Дьяченко И.С., Магеррамов Э.А.

© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.