ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Титов Игорь Иванович, к. ф.-м. н.

Подразделение: 105. Сек. компьютерного анализа и моделирования биологических систем
Должность: старший научный сотрудник
Комната: 1312
Email: titov@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1312


Публикации

2015 ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ miРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ
Ворожейкин П.С., Титов И.И.
[Molecular Biology]
2014 Исследование структуры и эволюции сетей научного соавторства на основе анализа новосибирских публикаций в области биологии и медицины
Титов ИИ, Блинов АА
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Ab initio human miRNA and pre-miRNA prediction
I. I. Titov, P.S. Vorozheykin
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
NETINFERENCE: набор программ для анализа структуры и динамики сетей
И. И. Титов, А. А. Блинов, К. А. Рудниченко, П. В. Крутов, А. Л. Казанцев, А. И. Куликов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2012 A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley.
Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм
Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов
[Доклады Академии Наук]
Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя.
Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 Spontaneous spectinomycin resistance mutations detected after biolistic transformation of Daucus carota L.
Elena A. Filipenko, Yuri V. Sidorchuk, Igor I. Titov, Valery P. Maltsev and Elena V. Deineko
[PHYSIOL MOL PLANT P]
Анализ дупликаций генов миРНК человека и роль эволюции транспозонов в этом процессе
Титов И.И., Ворожейкин П.С.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
миРНК-содержащие транспозоны человека
Титов И.И., Ворожейкин П.С.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2010 Компьютерный анализ словарных сетей
Рудниченко КА, Куликов АИ, Титов ИИ
[Проблемы информатики]
2007 AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site
Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A.
[BMC BIOINFORMATICS]
2006 Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites
O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov
[BIOFIZIKA+]
Simulation of Protein Misfolding Using a Lattice Model
A. Yu. Palyanov, I. I. Titov, S. F. Chekmarev and M. Karplus
[BIOFIZIKA+]
2005 Актуальные проблемы компьютерной протеомики
Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
2003 How a protein knots: Folding simulation of lattice proteins
Titov I.I., Palyanov A.Yu.
[BIOFIZIKA+(RUS)]
2002 Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК
Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[RUSS CHEM B+]
1998 Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом
Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С.
[Доклады Академии Наук]
1997 Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1
Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И.
[Molecular Biology]
Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот
Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]

Монографии

2012 Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.1.5. Эволюция квазивидов как зондирование ландшафта приспособленности.
Титов ИИ

Том IV. Глава 6. Компьютерная эволюционная биология. 6.3.2.3. Безмасштабные сети и их эволюция.
Титов И.И., Гунбин К.В., Суслов В.В.

2008 Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.

Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новосибирск, 2008, Изд-во СО РАН.
Титов И.И., Пальянов А.Ю., Чекмарев С.Ф., Карплус М.

2006 Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L.Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc. 2006.
Titov I., Vorobiev D., Palyanov A.


Конференции

2016 BEHAVIORAL PATTERNS OF INTELLIGENT AGENTS IN A MODEL OF COMPETITIVE FORAGING
V.A. Donskikh, I.I. Titov
[Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics” (CSGB- 2016)]
HOW SOLVING THE INVERSE PROBLEM HELPS TO DESIGN A GENE NETWORK AND TO REVEAL ITS PATHWAYS
K.Y. Tkachev, P.G. Emelyanov, I.I. Titov
[The 2nd Int. Conf. "Mathematical Modelling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology MM-HPC-BBB-2016"]
How new science emerges: a case study of miRNA research.
A.A. Blinov, A.B. Firsov, S.I. Demurin, M.V. Pankova, I.I. Titov
[The 2nd Int. Conf. "Mathematical Modelling and High-Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology MM-HPC-BBB-2016"]
How sequence and structure affect the miRNA maturation
P.S. Vorozheykin, I.I. Titov
[The 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’16) Abstracts of the 10th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’16), p.337]
2015 Многомерная модель голосования для описания динамики социальной группы
Титов И.И., Колчанов Н.А.
[Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
Эволюция медико-биологического сообщества Новосибирского Научного Центра
Титов И.И., Блинов А.А.
[Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
2014 Control of the miRNA pathways by the secondary structure and its account in the prediction tools
Vorozheykin P.S., Titov I.I.
[The 9th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB’14)]
NETINFERENCE: the computer tools for analysis and visualization of network structure, dynamics and evolution
Titov I.I., Blinov A.A., Rudnichenko K.A., Krutov P.V., Kazantsev A.L., Kulikov A.I.
[International Conference "Mathematical Modelling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology"]
2012 CONTEXTUAL DNA FEATURES SIGNIFICANT FOR THE DNA DAMAGE BY THE 193 NM ULTRAVIOLET LASER BEAM
N.N. Vtyurina, S.L. Grokhovsky, A.B. Vasiliev, I.I. Titov, P.M. Ponomarenko, M.P. Ponomarenko, S.E. Peltek, Yu.D. Nechipurenko, N.A. Kolchanov
[8th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB]
ORGANIZATION, EVOLUTION, STRUCTURE AND COMPUTATIONAL PREDICTION OF HUMAN miRNAS
P. Vorozheykin, I. Titov
[8th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB]
Исследование закономерностей развития самоорганизующихся социально-биологических систем
Подколодный Н.Л., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Лашин С.А., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[XIV Российская конференция с международным участием "Распределенные информационные и вычислительные ресурсы" (DICR-2012)]
2011 "Тёмная материя" ДНК: возникновение новых миРНК человека при вторжении мобильных элементов
Ворожейкин П.С., Титов И.И.
[II Международная научно-практическая конференция "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика"]
A gene regulatory network model for vernalization and seasonal flowering response in winter wheat.
Stepanenko I.L., Smirnova O.G., Titov I.I
[International Conference Wheat Resources and Genomics (WGRG 2011)]
A universal trend of nucleotide assymetry in tRNAs suggests a common hyperthermofilic origin
Titov I.I.
[III Int. Conf. “Biosphere origin and evolution”]
2010 3D-modelling of RNA structure
Titov I.I., Barsov K., Kulikov A.I.
[7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27]
Computer analysis of stress response network E.coli.
Stepanenko I.L., Titov I.I.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)]
Evidence of negative selection against miRNA expansion over human genome
Titov I., Vorozheikin S., Kulikov A.
[7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27]
Science structural inference
Titov I., Rudnichenko K., Fursov F., Krutov P., Kulikov A.
[7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology BGRS\SB.10. Novosibirsk, Russia, June 20-27]
Structure and Evolution of Stochastic Networks: a case study of text networks
Титов ИИ, Рудниченко КА, Куликов АИ
[Международная конференция Стохастические модели в биологии и предельные алгебры, 2—7 августа 2010, Омск, Россия.]
2009 Improved prediction of human miRNAs based on context-structural HMM
Vorozheikin P., Kulikov A., Titov I.
[4d Moscow Conf. On Computational Molecular Biology (MCCMB’09).]
Lattice proteins: the landscape veiw on protein folding
Titov II
[The 3d Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2009, March 25 - May 24, 2009]
Network biology
Titov II
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
Компьютерный дизайн искусственных РНК- и ДНК-структур
Титов ИИ
[Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии Новосибирск, 10 - 14 июня]
2008 Nucleotide assymetry in structural RNAs: evidence of c-> u directional change in tRNAs
Titov II
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
2007 RNA secondary structure: from physico-chemistry to computer prediction
Titov I.I.
[The 2nd Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2007, 20th June-1st, September 2007]
Sequence-structural characteristics of human miRNAs
Titov II, Vorozheikin PS, Ivanisenko AYu, Kulikov AI
[3d Moscow Conf. on Computational Molecular Biology (MCCMB'07)]
Signals influencing general translational efficiency of eukaryotic mRNAs
Ivanisenko VA, Mischenko EL, Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A.
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia]
2006 A model of the translational inhibition by miRISC complex describes protein synthesis variation induced by mutations in mammalian miRNA sites
Titov II, Ivanisenko AYu
[5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)]
Hepatitis C virus: application of gene networks technology to searching for perspective pharmacological targets
Ivanisenko VA, Mischenko EL, Bezmaternikh KD, Ratushny AV, Likhoshvai VA,Titov II, Korotkov RO, Khlebodarova TM, Kolchanov NA.
[3rd International conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine" July 12-16, 2006, Novosibirsk, Russia]
RNA secondary structure and function
Titov I.I.
[The 1st Virtual Training Workshop on Bioinformatics ABREN-2006, 8th May-8th, July 2006.]
The GArna toolbox for RNA structure analysis: the 2006 state of the art
Titov II
[5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'06)]

Гранты

2012 Междисциплинарный интеграционный проект "Исследование закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-пространства и биологических сообществ"
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Деменков Павел Сергеевич, Рассказов Дмитрий Александрович, Подколодная Наталья Николаевна, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Лашин Сергей Александрович, Суслов Валентин Владимирович

2008 Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов.
Савенкова Л.А., Пономаренко М.П., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Акбердин И.Р., Миронова, Титов

Проекты Программы фундаментальных исследований Президиума РАН Б.26 Биологическое разнообразие (координатор ак. Павлов Д.С.)
Колчанов Николай Александрович Савенкова Людмила Александровна Пономаренко Михаил Павлович Игнатьева Елена Васильевна Левицкий Виктор Георгиевич Захаренко Людмила Павловна Акбердин Илья Ринатович Титов Игорь Иванович Миронова

2006 Применение высоких давлений к исследованию молекулярных кристаллов
Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Титов Игорь Иванович, Гунбин Константин Владимирович, Барышев Павел Борисович

2005 Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Григорович Дмитрий Александрович,Деменков Павел Сергеевич,Морозов Александр Валерьевич, Николаев Сергей Васильевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Титов Игорь Иванович, Ефремов Роман Гербертович, Пырков Тимофей Владимирович

Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков
Варламова Елена Сергеевна, Григорович Дмитрий Александрович, Иванисенко Владимир Александрович, Николаев Сергей Васильевич, Титов Игорь Иванович

2004 Protein Folding: A Kinetic Approach to the Mechanism
Титов ИИ, Иванисенко ВА, Чекмарев СФ, Пальянов АЮ Кривов С, Карплус М

2002 Experimental and theoretical investigation of dynamic processes in biological macromolecules
Bychkova, Karplus, Sagdeev, Chekmarev, Smith, Viet


Научное руководство

2017 Автоматическое выявление уникальных авторов в базе данных научных публикаций PubMed
Титов Игорь Иванович
[Пудовкин Сергей Александрович]
Компьютерная идентификация авторов научных публикаций в базе данных по биологии и медицине
Титов Игорь Иванович
[Демурин Сергей Игоревич]
Компьютерная идентификация организаций в базе данных научных публикаций по биологии и медицине
Титов Игорь Иванович
[Демьянов Михаил Юрьевич]
Компьютерный анализ встречаемости и взаимодействия терминов в базе данных научных публикаций по биологии и медицине
Титов Игорь Иванович
[Аленников Павел Павлович]
Моделирование влияния шумов на рецепторах интеллектуального агента для задачи конкурентного фуражирования
Титов Игорь Иванович
[Столбов Никита Станиславович]
2016 Компьютерный анализ частоты использования терминов в базе данных научных публикаций по биологии и медицине [Панкова Мария Витальевна]
Моделирование динамических свойств генных сетей на основе синхронной булевой модели [Ткачёв Кирилл Юрьевич]
2015 Исследование динамики поведения экологических групп на основе моделирования эволюции популяции интеллектуальных агентов [Донских Владимир Алексеевич]
Автоматическое выявление научных коллективов по базе данных научных публикаций
Титов И.И., Куликов А.И.
[Гирин Алексей Юрьевич]
2014 Исследование структуры и эволюции научного сообщества в области биологии и медицины [Блинов Александр Анатольевич]
Стохастическое моделирование динамики генных сетей на основе синхронной булевой модели
Титов И.И., Куликов А.И.
[Захаров Алексей Михайлович]
2013 Исследование динамики экологических групп на основе статистической модели элементарных взаимодействий особей [Донских Владимир Алексеевич]
Компьютерное моделирование влияния шума на динамику синхронных логических сетей [Казанцев Антон Леонидович]
2012 Компьютерный поиск крупнозернистых конформаций РНК на классе полиномов 2-го порядка [Блинов Александр Анатольевич]
2011 Разработка программного средства для статистического анализа генных сетей [Маленков Станислав Игоревич]
Алгоритм редукции графов для расчета динамики генных сетей в рамках синхронной булевой модели [Казанцев Антон Леонидович]
Анализ структуры словарных сетей, построенных по данным научных публикаций в области биологии и медицины [Ковалёв Павел Васильевич]
Численные расчеты динамики генных сетей на основе редукции графов в рамках синхронной булевой модели [Сапожников Владислав Владимирович]
2010 Разработка алгоритмов для оптимизации пространственных структур РНК [Барсов Константин Александрович]
Разработка программного средства для выявления временных трендов использования ключевых слов в научных публикациях [Фурсов Федор Иванович]
Разработка программного средства для моделирования движения рибосом [Залевский Артем Александрович]
Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека [Пономаренко Пётр Михайлович]
Разработка программного средства для анализа структуры словарных сетей по данным научных публикаций [Крутов Павел Викторович]
2009 Компьютерная система для аннотации геномов. Модуль анализа РНК [Савичев Владимир Вячеславович]
Расчет динамики логических сетей на основе метода декомпозиции, адаптированного для графического процессора [Иванченко Вадим Сергеевич]
Алгоритмы для оптимизации пространственных структур РНК [Барсов Константин Александрович]
ОРГАНИЗАЦИЯ ЧИСЛЕННЫХ РАСЧЕТОВ НА ГРАФИЧЕСКИХ ПРОЦЕССОРАХ [Кутумов Алексей Алексеевич]
Решеточные модели белков с усложненным механизмом укладки, их энергетические поверхности и кинетика укладки [Пальянов Андрей Юрьевич]
2008 Алгоритмы поиска микроРНК в геномных последовательностях [Ворожейкин Павел Сергеевич]
Компьютерный анализ коротких молекулярных сигналов регуляции экспрессии генов человека [Пономаренко Пётр Михайлович]
Разработка программных средств анализа малых РНК: поиск мишеней и расположение миРНК в геномных последовательностях [Иванисенко Александр Юрьевич]
2006 Исследование структурного перехода в рамках модели "малого мира" генных сетей [Вольф Анна Анатольевна]
Алгоритмы поиска сигналов в нуклеотидных последовательностях на основе скрытых марковских моделей [Ворожейкин Павел Сергеевич]
Разработка программных средств дизайна малых РНК для подавления вируса гепатита С [Иванисенко Александр Юрьевич]

Учебные курсы

2014 Эволюция сложных систем
2012 Эволюция сложных систем
Титов И.И.

2011 Эволюция сложных систем
Титов И.И.

2010 Эволюция сложных систем
Титов И.И.

2009 Эволюция сложных систем
Титов И.И.

2008 Эволюция сложных систем
Титов И.И.

2006 Эволюция сложных систем
2004 Эволюция сложных систем
Генные сети
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.