ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Вишневский Олег Владимирович, к. б. н.

Подразделение: 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики
Должность: научный сотрудник
Комната: 1312
Email: oleg@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1312


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия



Публикации

2016 The Use of Graphics Accelerators to Detect Functional Signals in the Regulatory Regions of Prokaryotic Genes
O. V. Vishnevsky, A. V. Bocharnikov, and A. A. Romanenko.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research. 2016, 6(7), 731-737.]
2015 Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters.
Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Использование графических ускорителей для выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов прокариот.
1. Вишневский О.В., Бочарников А.В., Романенко А.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 АНАЛИЗ КОГНИТИВНЫХ СВОЙСТВ НЕЙРОННЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МЕТОДОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ОБРАТНОЙ СВЯЗИ
О.В. Вишневский, Н.И. Путинцев, Т.А. Запара, А.С. Ратушняк
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов
М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
РАЗРАБОТКА ИСКУССТВЕННЫХ КОГНИТИВНЫХ СИСТЕМ НА ОСНОВЕ МОДЕЛЕЙ МОЗГА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ
Н.И. Путинцев, О.В. Вишневский, Е.Е. Витяев
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА
Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2012 ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2010 Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих
О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, Е.В.Березиков
[Вестник Московского университета Серия 16. Биология]
2009 Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ
Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова.
[Информационный вестник ВОГИС]
2006 Analysis of the Nucleotide Context of Arabidopsis thaliana Mitochondrial mRNA Editing Sites
O. V. Vishnevsky, I. I. Titov and Yu. M. Konstantinov
[BIOFIZIKA+]
Анализ нуклеотидного контекста сайтов редактирования митохондриальных мРНК Arabidopsis thaliana
Вишневский О. В., Титов И. И., Константинов Ю. М.
[BIOFIZIKA+]
2004 Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
1999 Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences
Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS
[BIOINFORMATICS]
1997 TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences
Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E.
[Lect Notes Comput Sci]
1996 Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок
Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э.
[Доклады Академии Наук]
1995 Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application.
Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]

Монографии

2012 Разработка методов, алгоритмов и программ параллельного моделирования в биоинформатике
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, К.В. Гунбин, М.А. Генаев, Ю.Л. Орлов, Е.В. Игнатьева, О.В. Вишневский, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, Н.А. Колчанов

2011 Analysis of the Conservative Motifs in Promoters of miRNA Genes, Expressed in Different Tissues of Mammalians
O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V. Bocharnikov, and E.V. Berezikov

2008 Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А.
Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.

Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами.
Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В.


Конференции

2016 Argo-CUDA: a full-exhaustive GPU based approach for a motif discovery in the large DNA datasets.
O.V. Vishnevsky, A.V. Bocharnikov, N.A. Kolchanov
[Mathematical Modeling and High Performance Computing in Bioinformatics, Biomedicine and Biotechnology]
Search for regulatory context signals in genomic DNA
E.E.Vityaev, A.I.Dergilev, I.V.Chadaeva, Y.Y.Vaskin, A.M.Spitsina, E.V.Kulakova, O.V.Vishnevsky, Y.L.Orlov
[XVIII Международная научно-техническая конференция Нейроинформатика 2016]
2013 Биоинформационный анализ экспрессии генов в клетках мозга
Орлов Ю.Л., Вишневский О.В., Витяев Е.Е., Кожевникова О.С., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[«Нейроинформатика-2013», XV Всероссийская научно-техническая конференция]
2012 HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
The enigmatic nature of the relation between TBP/TATA-affinity and the reaction norm of gene expression
P.M. Ponomarenko, V.V. Suslov, O.V. Vishnevsky, K.V. Gunbin, M.P. Ponomarenko
[III Moscow Conference «Molecular Phylogenetics» (MolPhy-3)]
Variability of gene expression in mouse brain depends on predicted tbp-affinity of its core promoter
Вишневский Олег Владимирович
[EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY BGRS\SB’12]
2010 Analysis of the conservative motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians
O.V.Vishnevsky, K.V. Gunbin, A.V.Bocharnikov, E.V. Berezikov
[Evolutionary Biology Concepts, Molecular and Morphological Evolution]
Analysis of the degenerate motifs in 5’- regulatory regions of brain-specific miRNA genes of primates
Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V.
[Molecular Phylogenetics: Contributions to the 2nd Moscow International Conference "Molecular Phylogenetics" (Moskow, Russia, May 18-21, 2010)]
Analysis of the degenerate motifs in promoters of auxin responsive genes
Вишневский Олег Владимирович Миронова Виктория Владимировна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Analysis of the degenerate motifs in promoters of miRNA genes, expressed in different tissues of mammalians
Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V.
[14-th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles]
Analysis of the degenerate motifs in regions of FoxA-binding sites.
Вишневский Олег Владимирович Меркулова Татьяна Ивановна Ананько Анатолий Григорьевич Лаврентьев Михаил Михайлович
[Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Анализ вырожденных олигонуклеотидных мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих
О.В.Вишневский, К.В.Гунбин, А.В.Бочарников, А.В.Романенко.
[Научная конференция-совещание "Вычисления с использованием графических процессоров в биологии и биоинформатике" 24-25 мая 2010 г., Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова.]
2007 Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization
Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod’ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V
[Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow]
2006 Analysis of the nucleotide context of higher plant mitochondrial mRNA editing sites
Vishnevsky O.V., Konstantinov Yu.M.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
Identification of arabidopsis thaliana micrornas among mpss signatures
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A, Omelyanchuk N.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]

Гранты

2015 Анализ генетических полиморфизмов адаптации к окружающей среде и диабета II типа у монгольских бурят
Бабенко Владимир Николаевич, Вишневский Олег Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Орлов Юрий Львович, Посух Ольга Леонидовна, Сафронова Наталья Сергеевна, Китайские партнеры - Проф. Минг Чен, Проф. Хайхуа Бай

2014 Компьютерно-экспериментальный анализ молекулярных механизмов регуляции экспрессии генов в клетках опухолей головного мозга
Васильев Геннадий Владимирович Вишневский Олег Владимирович Генаев Михаил Александрович Губанова Наталья Владимировна Климова Наталья Викторовна Кожевникова Оюна Суранзановна Медведева Ирина Вадимовна Орлов Юрий Львович Попик Ольга Васильевна Сафронова Наталья Сергеевна

2012 Интегрированная биоинформационная платформа анализа данных экспрессии генов в тканях мозга
Орлов Юрий Львович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Медведева Ирина Вадимовна, Кожевникова Оюна Суранзановна, Васильев Геннадий Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Орлов Алексей Валерьевич, Подколодный Николай Леонтьевич, Пономаренко Михаил Павлович, Рубцова Надежда Владимировна, Вишневский Олег Владимирович, Ершов Никита Игоревич, Климова Наталья Викторовна, Суслов Валентин Владимирович, Генаев Михаил Александрович, Корболина Елена Евгеньевна, Пономаренко Петр Михайлович, Семенычев Александр Владимирович, Овчинников Владимир Юрьевич, Сафронова Наталья Сергеевна, Шмаков Николай Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич

Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович

2011 Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович

Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток
Орлов Юрий Львович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Вишневский Олег Владимирович, Пономаренко Михаил Павлович

2010 Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных
Дымшиц Г.М., Меркулова Т.И., Раушенбах И.Ю., Кочетов А.В., Грунтенко Н.Е., Попова Н.А., Адоньева Н.В., Васильев Г.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Антонцева Е.В., Пахарукова М.Ю., Карпова Е.К., Богомолова Е.В., Иванов М.К., Федосеева Л.А., Ощепков Д.Ю., Шарипов Р.Н., Глушков С.А., Ведерников В.Е., Брызгалов Л.О., Климова Н.В., Сангаев С.С., Волкова О.А., Ершов Н.И., Герасимова С.В., Брагин А.Г., Прасолова М.А., Рязанова М.А., Прокопьев Р.А., Горелова В.В., Савельева А.В., Попов Е.Г., Шевелев О.Б., Климов Л.О.

2008 Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana
Колчанов Н.А. , Омельянчук Н.А., н.с. Николаев С.В., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Хомичева И.В., Миронова В.В., Лавреха В.В.

2006 Компьютерный анализ регуляторных районов генов и нуклеосомной организации ДНК
Левицкий Виктор Георгиевич Ощепков Дмитрий Юрьевич Вишневский Олег Владимирович

2005 Компьютерный анализ ДНК сайтов формирования нуклеосом
Левицкий Виктор Георгиевич Вишневский Олег Владимирович Проскура Анна Леонидовна Катохин Алексей Вадимович Фурман Дагмара Павловна Подколодная Ольга Александровна Пономаренко Михаил Павлович Орлов Юрий Львович


Научное руководство

2010 Разработка программного пакета для анализа сходства регуляторных районов ткань-специфичных генов
Павловский Е.Н.
[Бочарников]

Учебные курсы

2003 Организация и функционирование молекулярно-генетических систем II: регуляторные геномные последовательности (отв. за чтение курса - Игнатьева Е.В.)
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.