 |
Publications
| 2023 |
Human-genome single nucleotide polymorphisms affecting transcription factor binding and their role in pathogenesis
E.V. Antontseva , A.O. Degtyareva, E.E. Korbolina, I.S. Damarov, T.I. Merkulova
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Однонуклеотидные замены в геноме человека, влияющие на связывание факторов транскрипции, и их роль в развитии патологий
Е. В. Антонцева, А. О. Дегтярева, Е. Е. Корболина, И. С. Дамаров, Т. И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
SNPs in 3'UTR miRNA Target Sequences Associated with Individual Drug Susceptibility
Elena Rykova, Nikita Ershov, Igor Damarov, Tatiana Merkulova
[INT J MOL SCI]
|
|
The functional insight into the genetics of cardiovascular disease: results from the post-GWAS study
L.O. Bryzgalov, E.E. Korbolina, I.S. Damarov, T.I. Merkulova
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2021 |
A Panel of rSNPs Demonstrating Allelic Asymmetry in Both ChIP-seq and RNA-seq Data and the Search for Their Phenotypic Outcomes through Analysis of DEGs
Elena E Korbolina, Leonid O Bryzgalov, Diana Z Ustrokhanova, Sergey N Postovalov, Dmitry V Poverin, Igor S Damarov, Tatiana I Merkulova
[INT J MOL SCI]
|
|
Regulatory SNPs: Altered Transcription Factor Binding Sites Implicated in Complex Traits and Diseases.
Degtyareva, A.O.;
Antontseva, E.V.; Merkulova, T.I.
[INT J MOL SCI]
|
|
Social defeat stress in adult mice causes alterations in gene expression, alternative splicing, and the epigenetic landscape of H3K4me3 in the prefrontal cortex: An impact of early-life stress
V.V.Reshetnikov
P.E.Kisaretova
N.I.Ershov
T.I.Merkulova
N.P.Bondar
[PROG NEURO-PSYCHOPH]
|
|
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2
А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2020 |
Accessing the impact of functional variants on human phenotypes by transcriptome analysis in individuals carrying different rSNP alleles
Korbolina Elena, Bryzgalov Leonid, Postovalov Sergey, Nedelko Victor, Berikov Vladimir, Merkulova Tatiana
[IEEE Xplore digital library]
|
|
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data
Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova
[INT J MOL SCI]
|
|
Data of correlation analysis between the density of H3K4me3 in promoters of genes and gene expression: data from RNA-seq and ChIP-seq analyses of the murine prefrontal cortex
V.V.Reshetnikov, P.E.Kisaretova, N.I.Ershov, T.I.Merkulova, N.P.Bondar
[Data in Brief]
|
|
Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study
Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar
[SCI REP-UK]
|
|
Potential regulatory SNPs in the ATXN7L3B and KRT15 genes are associated with gender-specific colorectal cancer risk
Elena Yu Leberfarb, Arina O Degtyareva, Ilya I Brusentsov, Vladimir N Maximov, Mikhail I Voevoda, Alexander I Autenshlus, Dmitriy V Morozov, Andrey V Sokolov, Tatiana I Merkulova
[PERS MED]
|
|
The Effects of Chronic Stress on Brain Myelination in Humans and in Various Rodent Models
Elena Antontseva, Natalia Bondar, Vasiliy Reshetnikov, Tatiana Merkulova
[NEUROSCIENCE]
|
|
rs2072580T>A Polymorphism in the Overlapping Promoter Regions of the SART3 and ISCU Genes Associated with the Risk of Breast Cancer
Degtyareva AO, Leberfarb EY, Efimova EG, Brusentsov II, Usova AV, Lushnikova EL, Merkulova TI
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Полиморфизм rs2072580 T>A в перекрывающихся промоторных областях генов SART3 и ISCU, связанный с риском развития рака молочной железы
А.О.Дегтярева, Е.Ю.Леберфарб, Е.Г.Ефимова, И.И.Брусенцов, А.В.Усова, Е.Л.Лушникова, Т.И.Меркулова
[Бюллетень экспериментальной биологии и медицины]
|
| 2019 |
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package
Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E.,
Grosse I., Mironova V., Merkulova T.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Влияние неонатального введения дексаметазона на когнитивные способности взрослых самцов мышей и экспрессию генов в гипоталамусе
Н.П. Бондарь, В.В. Решетников, К.В. Бурдеева, Т.И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2018 |
Consequences of early life stress on genomic landscape of H3K4me3 in prefrontal cortex of adult mice
Nikita I. Ershov, Natalya P. Bondar, Arina A. Lepeshko, Vasiliy V. Reshetnikov, Julia A. Ryabushkina, Tatiana I. Merkulova
[BMC GENOMICS]
|
|
Molecular adaptations to social defeat stress and induced depression in mice
Natalya Bondar, Leonid Bryzgalov, Nikita Ershov, Fedor Gusev, Vasiliy Reshetnikov, Damira Avgustinovich, Mikhail Tenditnik, Evgeny Rogaev, Tatiana Merkulova
[MOL NEUROBIOL]
|
|
Novel Approach to Functional SNPs Discovery from Genome-Wide Data Reveals Promising Variants for Colon Cancer Risk
Elena E. Korbolina, Ilja I. Brusentsov, Leonid O. Bryzgalov, Elena Yu. Leberfarb, Arina O. Degtyareva and Tatyana I. Merkulova
[HUM MUTAT]
|
|
Novel functional variants at the GWAS-implicated loci might confer risk to major depressive disorder, bipolar affective disorder and schizophrenia.
Bryzgalov L.O., Korbolina E.E., Brusentsov I.I., Leberfarb E.Y., Bondar N.P., Merkulova T.I.
[BMC NEUROSCI]
|
|
Regulatory SNPs and their widespread effects
on the transcriptome
Merkulov VM, Leberfarb EY, Merkulova TI.
[J BIOSCIENCES]
|
|
The impact of early-life stress on the expression of HPA-associated genes in the adult murine brain
V.V. Reshetnikov, A.A. Studenikina, J.A. Ryabushkina, T.I. Merkulova, N.P. Bondar
[BEHAVIOUR]
|
|
The long-term effects of early postnatal stress on cognitive abilities and expression of genes of the glutamatergic system in mice
V. V. Reshetnikov, A. A. Lepeshko, Yu. A. Ryabushkina, A. A. Studenikina, T. I. Merkulova, N. P. Bondar
[NEUROCHEM J+]
|
|
Отсроченные эффекты раннего постнатального стресса на когнитивные способности и экспрессию генов глутаматергической системы у мышей
В В Решетников, А А Лепешко, Ю А Рябушкина, А А Студеникина, Т И Меркулова, Н П Бондарь
[Нейрохимия]
|
| 2017 |
Mechanisms of brain glucocorticoid resistance in stress-induced psychopathologies
Merkulov V.M., Merkulova T.I., Bondar N.P.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Механизмы формирования глюкокортикоидной резистентности в структурах головного мозга при стресс-индуцированных психопатологиях.
В.М. Меркулов, Т.И. Меркулова, Н.П. Бондарь
[Биохимия]
|
| 2016 |
Brain-derived neurotrophic factor and early-life stress: Multifaceted interplay
Bondar N.P., Merkulova T.I.
[J BIOSCIENCES]
|
|
Glucocorticoid receptor: Translocation from the cytoplasm to the nuclei; chromatin and intranuclear chaperone cycles
Merkulov V.M., Klimova N.V., Merkulova T.I.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1
V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova
[COMPUT BIOL CHEM]
|
|
Regulatory single nucleotide polymorphisms (rSNPs) at the promoters 1A and 1B of the human APC gene
Marina Yu Matveeva, Elena V. Kashina, Vasily V. Reshetnikov, Leonid O. Bryzgalov, Elena V. Antontseva, Natalia P. Bondar and Tatiana I. Merkulova
[BMC GENET]
|
|
The reasons of Trithorax-like expression disturbance in Trl 3609 allele of Drosophila melanogaster
Karagodin D. A., Battulina N. V., Merkulova T. I., Baricheva E. M.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
The ultradian rhythm of the glucocorticoid secretion and the time course of target gene regulation
Merkulov V.M., Klimova N.V., Merkulova T.I.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Анализ геномного распределения сайтов связывания транскрипционных факторов GAGA и CNC в развитии Drosophila melanogaster
Брусенцов И.И., Карагодин Д.А., Баричева Э.М., Меркулова Т.И.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Выявление новых регуляторных SNP-маркеров, ассоциированных с предрасположенностью к развитию колоректального рака
Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Меркулова Т.И.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2015 |
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene
Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova
[J BIOSCIENCES]
|
|
Внутрисуточный ритм секреции глюкокортикоидов и динамика генного ответа
В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника
Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Дегтярева А.О., Меркулова Т.И.
[Медицинская генетика]
|
|
Изучение потенциально регуляторных SNPs в промоторных районах гена АРС человека
Матвеева М.Ю., Кашина Е.В., Брызгалов Л.О., Антонцева Е.В., Бондарь Н.П., Решетников В.В., Меркулова Т.И.
[Медицинская генетика]
|
|
Рецептор глюкокортикоидов: переход из цитоплазмы в клеточное ядро, хроматиновый и внутриядерный шапероновый циклы
В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Эпигенетические «зонды» для мониторинга рака легкого: профиль метилирования элементов LINE-1 в циркулирующей ДНК крови
А. А. Пономарева, Е. Ю. Рыкова, Н. В. Чердынцева, А. А. Бондарь, А. Ю. Добродеев, А. А. Завьялов, С. А. Тузиков, Л. О. Брызгалов, Т. И. Меркулова, В. В. Власов, П. П. Лактионов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2014 |
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data
Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova
[BMC GENOMICS]
|
|
Identification of thyroid hormone receptor homologs in the fluke Opisthorchis felineus (Platyhelminthes).
Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Shilov AG, Merkulova TI, Mordvinov VA.
[MOL BIOCHEM PARASIT]
|
|
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Regulatory transcription factors can control the process of transcription at the stage of pre-mRNA elongation
Merkulov V.M., Merkulova T.I.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer
D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
| 2013 |
Detection of Regulatory SNPs in Human Genome Using ChIP-seq ENCODE Data
Leonid O. Bryzgalov, Elena V. Antontseva, Marina Yu. Matveeva, Alexander G. Shilov, Elena V. Kashina, Viatcheslav A. Mordvinov, Tatyana I. Merkulova
[PloS One]
|
|
ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА
Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот
Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов
[RUSS J GENET+]
|
| 2012 |
Cytochrome P450 in fluke Opisthorchis felineus: Identification and characterization.
Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Katokhin AV, Merkulova TI, Mordvinov VA
[MOL BIOCHEM PARASIT]
|
|
Glucocorticoid receptor isoforms generated by alternative splicing and alternative translation initiation
Merkulov V.M., Merkulova T.I.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Possible link between the synthesis of GR alpha isoforms and eIF2 alpha phosphorylation state.
Kochetov AV, Merkulova TI, Merkulov VM
[MED HYPOTHESES]
|
|
Search for regulatory SNPs associated with colon cancer in the APC and MLH1 genes
E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, N. V. Cherdyntseva and T. I. Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса
И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes
Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I.
[COMPUT BIOL CHEM]
|
|
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites
VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
OAT and 3’MeDAB Azo Compounds Similarly Cause Liver Tumors in GR Mice, but Differently Modify Activities of FoxA Transcription Factors
M. Yu. Pakharukova, M. A. Smetanina, S. I. Ilnitskaya, V. I. Kaledin, and T. I. Merkulova
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Ortho-aminoazotoluene activates mouse constitutive androstane receptor (mCAR) and increases expression of mCAR target genes.
Smetanina MA, Pakharukova MY, Kurinna SM, Dong B, Hernandez JP, Moore DD, Merkulova TI.
[TOXICOL APPL PHARM]
|
|
Азосоединения ОАТ и 3'МеДАБ одинаково вызывают опухоли печени у мышей линии GR, но по-разному влияют на активность транскрипционных факторов FoxA
Пахарукова М.Ю., Сметанина М.А., Ильницкая С.И., Каледин В.И., Меркулова Т.И.
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями
Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Поиск регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстой кишки, в генах АРС и МLH1.
Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Матвеева М.Ю., Кашина Е.В., Чердынцева Н.В., Меркулова Т.И.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина
Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 2010 |
The increased CAR-dependent metabolism of thyroid hormones in mice with high cancer susceptibility
M. Pakharukova, M. Smetanina, V. Kaledin, T. Obut, T. Merkulova.
[LIFE SCI]
|
|
Активация конститутивного рецептора андростанов и повышение экспрессии его генов – мишеней в печени мышей под действием ортоаминоазотолуола
Сметанина М.А., Пахарукова М.Ю., Меркулова ТИ.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Влияние гепатоканцеpогенноcти эcтpагола на глюкокоpтикоидную индукцию печень-cпецифичныx феpментов и активноcть фактоpов тpанcкpипции Foxа и HNF4 в печени мышей и кpыc
В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова
[BIOPHYSICS]
|
|
Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка
Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2009 |
Correlation between hepatocarcinogenic effect of estragole and its influence on glucocorticoid induction of liver-specific enzymes and activities of FOXA and HNF4 transcription factors in mouse and rat liver
Kaledin V I; Pakharukova M Yu; Pivovarova E N; Kropachev K Yu; Baginskaya N V; Vasilieva E D; Ilnitskaya S I; Nikitenko E V; Kobzev V F; Merkulova T I
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Structural Variants of Glucocorticoid Receptor Binding Sites and Different Versions of Positive Glucocorticoid Responsive Elements: Analysis of GR-TRRD Database
Merkulov V.M., Merkulova T.I.
[J STEROID BIOCHEM]
|
|
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов
Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ
Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Ортоаминоазотолуол подавляет пролиферацию гепатоцитов у инбредных линий мышей, подверженных гепатоканцерогенезу
Еремеев А.В., Тимофеева О.А., Голощапов А.В., Ильницкая С.И., Меркулова Т.И. Каледин В.И., Сетков Н.А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Соответствие между гепатоканцерогенным действием эстрагола и его влиянием на глюкокортикоидную индукцию печень-специфичных ферментов и активность факторов транскрипции FoxА и HNF4 в печени мышей и крыс
В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2008 |
Effects of o-aminoazotoluene on liver regeneration and p53 activation in mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis
Timofeeva O.A, Eremeev A.V., Goloshchapov A., Kalashnikova E., Ilnitskaya S.I., Setkov N.A., Kobzev V., Buzard G.S., Filipenko M.L., Kaledin V.I., Merculova T.I.
[TOXICOLOGY]
|
|
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research
Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman
[INTELL DATA ANAL]
|
|
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes
N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko
[INTELL DATA ANAL]
|
|
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с регуляцией пролиферации
Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Каледин В.И., Меркулова Т.И.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2007 |
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes
Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC
[BRIEF BIOINFORM]
|
|
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions
Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C.
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Recognition of interferon-inducible sites, promoters, and enhancers
Ananko E.A., Kondrakhin Y.V., Merkulova T.I., Kolchanov N.A
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes
Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Активация конститутивного рецептора андростанов (CAR) под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс
М.Ю. Пахарукова*, М.А. Сметанина, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, И.В. Романова, Т.И. Меркулова.
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Активация конститутивного рецептора андростанов под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс
М.Ю.Пахарукова, М.А.Сметанина, В.И.Каледин, В.Ф.Кобзев, И.В.Романова, Т.И.Меркулова
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Изучение влияния нитрозоэтил мочевины на глюкокортикоидную индукцию тирозинаминотрансферазы и ДНК-связывающую активность некоторых факторов транскрипции в печени мышей
Пивоварова Е. Н., Ильницкая С. И., Кобзев В.Ф., Меркулова Т. И., Каледин В. И.
[Бюллетень СО РАМН]
|
|
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium bergei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соотвествующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости
Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова.
[Биомедицинская химия]
|
|
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов.
Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Роль SNPs гена K-ras мыши в механизме формирования предрасположенности к пульмоноканцерогенезу
Антонцева Е.В., Скорытченко Я.Д., Каледин В.И., Меркулова Т.И.
[Cell and Tissue Biology]
|
|
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах
Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2006 |
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes
Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA
[Molecular Biology]
|
|
SNP в начале интрона 2 гена K-ras мыши, ассоциированные сразвитием рака легких, влияют на связывание с факторами транскрипции
Е.В. Горшкова, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium berghei с различной чувствительностью к хлорохину с олигонкуклеотидами, моделирующими регуляторные участки гена множественной лекарственной устойчивости
Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова.
[B EXP BIOL MED+]
|
|
Место связывания глюкокортикоидного рецептора на ДНК и структурные варианты глюкокортикоидных регуляторных элементов: данные, собранные в базе GR ¬ TRRD
Меркулов В.М. Меркулова Т.И.
[Экологическая генетика]
|
|
Метод SiteGA для распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Ходжман Т.С.
[BIOPHYSICS]
|
|
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA
Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч.
[BIOPHYSICS]
|
|
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах
Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
| 2005 |
Codon 12 region of mouse K-ras gene is the site for in vitro binding of transcription factors GATA-6 and NF-Y
Gorshkova (Antontseva) EV, Kaledin VI, Kobzev VF, Merkulova TI.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site.
Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P.
[INT J ARTIF INTELL T]
|
| 2003 |
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation.
Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
| 2002 |
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases.
Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P.
[Knowl-Based Syst. J.]
|
|
Pulmonary carcinogenesis susceptibility-associated single-nucleotide polymorphisms in K-ras intron 2 affect the binding of factor Gata-6 but not gene expression
Timofeeva, O.A., Gorshkova (Antontseva), E.V., Levashova, Z.B., Kobzev, V.F., Filipenko, M.L., Kaledin, V.I., Merkulova, T.I.
[Molecular Biology]
|
|
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002
Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites
Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P.
[HUM MUTAT]
|
| 2001 |
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations
Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
| 2000 |
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1.
Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
| 1999 |
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOPHYSICS]
|
|
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site.
Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[FEBS LETT]
|
| 1998 |
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
|
|
|
