AtSNP_TATAdb: Candidate molecular markers of plant advantages related to single nucleotide polymorphisms within proximal promoters of Arabidopsis thaliana L. Bogomolov A, Zolotareva K, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Sharypova E, Podkolodnyy N, Ponomarenko P, Savinkova L, Tverdokhleb N, Khandaev B, Kondratyuk E, Podkolodnaya O, Zemlyanskaya E, Kolchanov NA, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2024, 1, 25, 607
2023
Population Structure and Genetic Diversity of the 175 Soybean Breeding Lines and Varieties Cultivated in West Siberia and Other Regions of Russia Nadezhda A. Potapova, Alexander S. Zlobin, Roman N. Perfil’ev, Gennady V. Vasiliev, Elena A. Salina, Yakov A. Tsepilov Plants, 2023, 12(19), 3490, https://doi.org/10.3390/plants12193490
A New Cypovirus-1 Strain as a Promising Agent for Lepidopteran Pest Control Martemyanov V.V., Akhanaev Y.B., Belousova I.A., Pavlusin S.V., Yakimova M.E., Kharlamova D.D., Ageev A.A., Golovina A.N., Astapenko S.A., Kolosov A.V., Ananko G.G., Taranov O.S., Shvalov A.N., Bodnev S.A., Ershov N.I., Grushevaya I.V., Timofeyev M.A., Tokarev Y.S. Microbiology spectrum, 2023, 11(3):e0385522
Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato
Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov,
Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov INT J MOL SCI, 2023, v. 24, p. 5713
The Expression of miRNAs Involved in Long-Term Memory Formation in the CNS of the Mollusk Helix lucorum Gennady V. Vasiliev, Vladimir Y. Ovchinnikov, Pavel D. Lisachev, Natalia P. Bondar, and Larisa N. Grinkevich INT J MOL SCI, 2023, 24(1):301
A comparison of stress reactivity between BTBR and C57BL/6J mice:
an impact of early‑life stress Kseniya A. Ayriyants
Yulia A. Ryabushkina
Anna A. Sapronova
Anna V. Ivanchikhina
Maria M. Kolesnikova
Natalya P. Bondar
Vasiliy V. Reshetnikov EXP BRAIN RES, 2023, Volume 241, pages 687–698
New insights into plastid and mitochondria evolution in wild peas (Pisum L.) Shatskaya N.V., Bogdanova V.S., Kosterin O.E., Vasiliev G.V. Diversity, 2023, vol. 14, 256
Comparing the biological properties of double-stranded DNA extracted from human and porcine placenta and salmon sperm Proskurina A, Nikolin V, Popova N, Varaksin N, Ryabicheva T, Ershova E, Kostyuk S, Leplina O, Ostanin A, Chernykh E, Bogachev S Rep Biochem Mol Biol, 2023, 11(4): 577-589
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M INT J MOL SCI, 2023, 4, 24, 3996
On the Role of TATA Boxes and TATA-Binding Protein in Arabidopsis thaliana L. K. Savinkova, E. B. Sharypova and N. A. Kolchanov Plants, 2023, Plants 2023, vol.12 (5), 1000;
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection. Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2023, 10, 24, 9010
Impact of Double-Stranded RNA Internalization on Hematopoietic Progenitors and Krebs-2 Cells and Mechanism Ritter GS, Proskurina AS, Meschaninova MI, Potter EA, Petrova DD, Ruzanova VS, Dolgova EV, Kirikovich SS, Levites EV, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Venyaminova AG, Taranov OS, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS. INT J MOL SCI, 2023, 24(5):4858 - 4881
Cases of paternal inheritance and recombination of mitochondrial DNA in peas (Pisum L.) Bulgakova (Bogdanova) V.S., Shatskaya N.V., Kosterin O.E., Vasiliev G.V. EUPHYTICA, 2023, Vol. 219, article 74
Роль внеклеточных нуклеиновых кислот в процессах регенерации. В.П. Николин, Н.А. Попова Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2023, 2023;9(2):100-105.
Длительный опыт агрессии изменяет экспрессию генов в гипоталамусе самцов мышей двух линий А. А. Сапронова, П. Э. Кисаретова, Р. Салман, Н. П. Бондарь Нейрохимия, 2023, том 40, № 3, с. 234–244
База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований Чадаева И.В., Филонов С.В., Золотарева К.А., Хандаев Б.М., Ершов Н.И., Подколодный Н.Л., Кожемякина Р.В., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Кондратюк Е.Ю., Климова Н.В., Шихевич С.Г., Рязанова М.А., Федосеева Л.А., Редина О.Е., Кожевникова О.С., Стефанова Н.А., Колосова Н.Г., Маркель А.Л., Пономаренко М.П., Ощепков Д.Ю. Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, 27(7):794-806.
Однонуклеотидные замены в геноме человека, влияющие на связывание факторов транскрипции, и их роль в развитии патологий Е. В. Антонцева, А. О. Дегтярева, Е. Е. Корболина, И. С. Дамаров, Т. И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, Том 27, № 6, с.662-675
Human-genome single nucleotide polymorphisms affecting transcription factor binding and their role in pathogenesis E.V. Antontseva , A.O. Degtyareva, E.E. Korbolina, I.S. Damarov, T.I. Merkulova Vavilov journal of genetics and breeding, 2023, V.27, № 6, 662-675
2022
SNPs in 3'UTR miRNA Target Sequences Associated with Individual Drug Susceptibility Elena Rykova, Nikita Ershov, Igor Damarov, Tatiana Merkulova INT J MOL SCI, 2022, 23(22):13725
The functional insight into the genetics of cardiovascular disease: results from the post-GWAS study L.O. Bryzgalov, E.E. Korbolina, I.S. Damarov, T.I. Merkulova Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 2022;26(1):65-73
Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, 5, 23, Article number 2835
Биоинформатический поиск соответствия дифференциально экспрессируемых генов домашних и диких животных с ортологичными генами, изменяющими репродуктивный потенциал человека. Пономаренко М.П., Чадаева И.В., Пономаренко П.М., Богомолов А.Г., Ощепков Д.Ю., Шарыпова Е.Б., Суслов В.В., Осадчук А.В., Осадчук Л.В., Матушкин Ю.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 1, 26, 96-108
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЕ ИЗУЧЕНИЕ
ПРОТИВООПУХОЛЕВОЙ АКТИВНОСТИ ПРЕПАРАТА
"ПЕФАГТАЛ", АДРЕСОВАННОГО К αvβ3-ИНТЕГРИНАМ Н.А.Попова, В.П.Николин, В.И.Каледин, И.А.Серова, Е.А.Матюнина, М.А.Бакарев, Е.Л.Лушникова, А.Н.Вологодский Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2022, Том 173, № 1, стр. 122-127
An experimental study of the effects of SNPs in the TATA boxes of the GRIN1, ASCL3 and NOS1 genes on interactions with the TATA-binding protein. Sharypova E.B., Drachkova I.A., Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 3, 26, 227-233
Features of activity of the phenylpropanoid biosynthesis pathway in melanin-accumulating barley grains Anastasiia Y. Glagoleva, Alexander V. Vikhorev, Nikolay A. Shmakov, Sergey V. Morozov, Elena I. Chernyak, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Elena K. Khlestkina, Olesya Y. Shoeva Frontiers in Plant Science, 2022
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M. INT J MOL SCI, 2022, V. 23. N. 15. Article number 8684.
Identification of Hypothalamic Long Noncoding RNAs Associated with Hypertension and the Behavior/Neurological Phenotype of Hypertensive ISIAH Rats Fedoseeva L.A.; Ershov N.I.; Sidorenko I.A.; Markel A.L.; Redina O.E. Genes, 2022, 13, 1598
Биологические эффекты экзогенной РНК В.П. Николин, Н.А. Попова Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2022, 8(2):206-213
Transcription Factors as Important Regulators of Changes in Behavior through Domestication of Gray Rats: Quantitative Data from RNA Sequencing Oshchepkov, D., Chadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S., Sharypova E., Savinkova L., Klimova N.V., Tsukanov A., Levitsky V.G., Markel A.L. INT J MOL SCI, 2022, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(20), 12269
Changes in the number and morphology of blood cells in mice pretreated with RNA preparations and exposed to 8 Gy of gamma radiation Dubatolova TD, Ritter GS, Proskurina AS, Kisaretova PE, Nikolin VP, Popova NA, Ruzanova VS, Taranov OS, Kolchanov NA, Bogachev SS International Journal of Radiation Research, 2022, 20(2): 361-368
Delayed effects of neonatal immune activation on brain neurochemistry and hypothalamic-pituitary-adrenal axis functioning Julia N Khantakova, Natalia P Bondar, Anna A Sapronova, Vasiliy V Reshetnikov EUR J NEUROSCI, 2022, V. 56, Issue 10, Pages 5931-5951
Easy and Effective Method for Extracting and Purifying Wolbachia Genomic DNA Andreenkova O.V., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Korenskaia A.E., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(23), 15315
New Wolbachia pipientis Genotype Increasing Heat Stress Resistance of Drosophila melanogaster Host Is Characterized by a Large Chromosomal Inversion Korenskaia A.E., Shishkina O.D., Klimenko A.I., Andreenkova O.V., Bobrovskikh M.A., Shatskaya N.V., Vasiliev G.V., Gruntenko N.E. INT J MOL SCI, 2022, 23(24), 16212
Once induced, it lasts for a long time: the structural and molecular signatures associated with depressive-like behavior after neonatal immune activation Julia N. Khantakova, Natalia P. Bondar, Elena V. Antontseva, and Vasiliy V. Reshetnikov FRONT CELL NEUROSCI, 2022, Front. Cell. Neurosci., 22 December 2022 Sec. Cellular Neuropathology
Промоторы генов, кодирующих β-амилазу, альбумин и глобулин пищевых растений в сравнении с непищевыми, характеризуются более низкой аффинностью к ТАТА-связывающему белку: in silico анализ. Вишневский О.В., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Хандаев Б.М., Золотарева К.А., Казачек А.В., Пономаренко П.М., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Богомолов А.Г., Подколодная О.А., Савинкова Л.К., Землянская Е.В., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2022, 8, 26, 798-805
2021
Autophagy genes expression profiling in secondary glioblastoma cells transcriptome Gubanova N., Bragin A., Vasiliev G., Babenko V., Ponomarenko M., Orlov Y. Cell Death Discovery, 2021, 7 (SUPPL 1), pp.5-5
Social defeat stress in adult mice causes alterations in gene expression, alternative splicing, and the epigenetic landscape of H3K4me3 in the prefrontal cortex: An impact of early-life stress V.V.Reshetnikov
P.E.Kisaretova
N.I.Ershov
T.I.Merkulova
N.P.Bondar PROG NEURO-PSYCHOPH, 2021, Volume 106, 2 March 2021, 110068
The pathogenic potential of the combined action of chronic Opisthorchis felineus infection and repeated social defeat stress in C57BL/6 mice. Damira Avgustinovich, Anna Kovner, Elena Kashina, Natalia Shatskaya, Galina Vishnivetskaya, Natalia Bondar, Maria Lvova INT J PARASITOL, 2021, 51:353-363
Hypothalamic Norepinephrine Concentration and Heart Mass in Hypertensive ISIAH Rats Are Associated with a Genetic Locus on Chromosome 18 Olga E. Redina; Svetlana E. Smolenskaya; Yulia K. Polityko; Nikita I. Ershov; Michael A. Gilinsky; Arcady L. Markel J. Pers. Med, 2021, J. Pers. Med. 2021, 11(2), 67;
Differential expression of 10 genes in the hypothalamus
of two generations of rats selected for a reaction to humans Климова Н.В., Чадаева И.В., Шихевич С.Г., Кожемякина Р.В. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021
A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes. Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L. INT J MOL SCI, 2021, 5, 22, 2346
Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2 А.В. Цуканов , В.Г. Левицкий, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(1):7-17.
Discordant evolution of organellar genomes in peas (Pisum L.) Bogdanova V.S., Shatskaya N.V., Mglinets a.v., Kosterin O.E., Vasiliev G.V. MOL PHYLOGENET EVOL, 2021, Vol. 160, 107136
Секвенирование вироидов. Шацкая Н.В. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции, 2021, 2021 • 7 • 1 • 17-22
Regulatory SNPs: Altered Transcription Factor Binding Sites Implicated in Complex Traits and Diseases. Degtyareva, A.O.;
Antontseva, E.V.; Merkulova, T.I. INT J MOL SCI, 2021, 22, 6454.
Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome. Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A. Frontiers in Genetics, 2021, V. 12. Article number 610774.
Whole-exome sequencing analysis of human semen quality in Russian multiethnic population Kolmykov S., Vasiliev G., Osadchuk L., Kleshchev M., Osadchuk A. Frontiers in Genetics, 2021, 12:662846.
Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M. Animals, 2021, V. 11. N. 9. Article number 2667.
Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, № 3, Т. 25, С. 269-275
Ремоделирование хроматина в олигодендрогенезе Е.В. Антонцева, Н.П. Бондарь Vavilov journal of genetics and breeding, 2021, 25(5):573-579
E. coli aggregation and impaired cell division after terahertz irradiation. 1. Peltek S, Meshcheryakova I, Kiseleva E, Oshchepkov D, Rozanov A, Serdyukov D, Demidov E, Vasiliev G, Vinokurov N, Bryanskaya A, Bannikova S, Popik V, Goryachkovskaya T. SCI REP-UK, 2021, Oct 14;11(1):20464.
Recent Trends in Cancer Genomics and Bioinformatics Tools Development Anastasia A. Anashkina, Elena Y. Leberfarb, Yuriy L. Orlov INT J MOL SCI, 2021, 2021, 22(22), 12146
Microorganisms of two thermal pools on Kunashir Island, Russia Rozanov A.S., Korzhuk A.V., Shekhovtsov S.V., Vasiliev G.V., Peltek S.E. Biology, 2021, V. 10. I. 9 P. 924.
NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. Agronomy, 2021, v. 11, P. 2426
Experimental comparison of the in vivo efficacy of two novel anticancer therapies Ruzanova VS, Proskurina AS, Ritter GS, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Naprimerov VA, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Mustafin ZS, Lashin SA, Burakova EA, Stetsenko DA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS ANTICANCER RES, 2021, V. 41. N 7. P. 3371-3387
A Panel of rSNPs Demonstrating Allelic Asymmetry in Both ChIP-seq and RNA-seq Data and the Search for Their Phenotypic Outcomes through Analysis of DEGs Elena E Korbolina, Leonid O Bryzgalov, Diana Z Ustrokhanova, Sergey N Postovalov, Dmitry V Poverin, Igor S Damarov, Tatiana I Merkulova INT J MOL SCI, 2021, 22(14), :7240
Metagenomics data of microbial communities in bacterial mats and bottom sediments in water bodies within the Kurai Mercury Province (Gorny Altai, Russia). Rozanov A. S., Myagkaya I. N., Korzhuk A. V., Ershov N. I., Kirichenko I. S., Gustaytis M. A., Saryg-ool B.Y., Malov V.I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
Metagenomics data of microbial communities of natural organic matter from the dispersion train of sulfide tailings. Korzhuk A. V., Myagkaya I. N., Rozanov A. S., Ershov N. I., Saryg-Ool B. O. Y., Malov V. I., Shipova A.A., Lazareva E.V. & Peltek, S. E. Data in Brief, 2021
Folate-Equipped Cationic Liposomes Deliver Anti-MDR1-siRNA to the Tumor and Increase the Efficiency of Chemotherapy Daniil V Gladkikh, Aleksandra V Sen Kova, Ivan V Chernikov, Tatyana O Kabilova, Nelly A Popova, Valery P Nikolin, Elena V Shmendel, Mikhail A Maslov, Valentin V Vlassov, Marina A Zenkova, Elena L Chernolovskaya Pharmaceutic, 2021, 13(8):1252-1272.
The influence of an enamine usnic acid derivative (a tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitor) on the therapeutic effect of topotecan against transplanted tumors in vivo Nikolin VP, Popova NA, Kaledin VI, Luzina OA, Zakharenko AL, Salakhutdinov NF, Lavrik OI. CLIN EXP METASTAS, 2021, 38(5):431-440.
Противоопухолевая активность комбинации Топотекана и ингибитора Тирозил-ДНК-Фосфодиэстеразы 1 на модели мышиной асцитной карциноме Кребс-2. Диркеева НС, Захаренко АЛ, Новоселова ЕС, Чепанова АА, Попова НА, Николин ВП, Лузина ОА, Салакхутдинов НФ, Рябчикова ЕИ, Лаврик ОИ. Молекулярная биология, 2021, 55(2):312-317.
2020
Potential regulatory SNPs in the ATXN7L3B and KRT15 genes are associated with gender-specific colorectal cancer risk Elena Yu Leberfarb, Arina O Degtyareva, Ilya I Brusentsov, Vladimir N Maximov, Mikhail I Voevoda, Alexander I Autenshlus, Dmitriy V Morozov, Andrey V Sokolov, Tatiana I Merkulova PERS MED, 2020, Jan;17(1):43-54
Генетический полиморфизм экспериментально воспроизводимых форм артериальной гипертонии Редина О.Е., Девяткин В.А., Ершов Н.И., Маркель А.Л. Генетика, 2020, Т. 56. – № 2. – С. 211-224.
Genetic polymorphism of experimentally produced forms of arterial hypertension O. E. Redina, V. A. Devyatkin, N. I. Ershov, A. L. Markel RUSS J GENET+, 2020, Vol. 56, No. 2, pp. 213–225.
Полиморфизм rs2072580 T>A в перекрывающихся промоторных областях генов SART3 и ISCU, связанный с риском развития рака молочной железы А.О.Дегтярева, Е.Ю.Леберфарб, Е.Г.Ефимова, И.И.Брусенцов, А.В.Усова, Е.Л.Лушникова, Т.И.Меркулова Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2020, Т.169, № 1, с.88-91
Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N. INT J MOL SCI, 2020, 3, 21, 1045
The Effects of Chronic Stress on Brain Myelination in Humans and in Various Rodent Models Elena Antontseva, Natalia Bondar, Vasiliy Reshetnikov, Tatiana Merkulova NEUROSCIENCE, 2020, Volume 441, 10 August 2020, Pages 226-238
Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in ChIP-seq data Victor Levitsky, Dmitry Oshchepkov, Elena Zemlyanskaya, Tatyana Merkulova INT J MOL SCI, 2020, 21, 6023
Влияние культивирования эмбрионов на онтогенез потомства у млекопитающих Раннева СВ, Брусенцев ЕЮ, Игонина ТН, Рагаева ДС, Рожкова ИН, Ершов НИ, Левинсон АЛ, Амстиславский СЯ Онтогенез, 2020, Т. 51. № 6. C. 417–439.
Data of correlation analysis between the density of H3K4me3 in promoters of genes and gene expression: data from RNA-seq and ChIP-seq analyses of the murine prefrontal cortex V.V.Reshetnikov, P.E.Kisaretova, N.I.Ershov, T.I.Merkulova, N.P.Bondar Data in Brief, 2020, Volume 33, December 2020, Pages 106365
Characterization of biological peculiarities of the radioprotective activity of double-stranded RNA isolated from Saccharomyces сerevisiae Ritter GS, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Kisaretova PE, Taranov OS, Dubatolova TD, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Efremov YR, Bayborodin SI, Romanenko MV, Meschaninova MI, Venyaminova AG, Kolchanov NA, Shurdov MA, Bogachev SS. INT J RADIAT BIOL, 2020, V. 96, N 9, P. 1173-1191.
Disruptive natural selection by male reproductive potential prevents underexpression of protein-coding genes on the human Y chromosome as a self-domestication syndrome. Ponomarenko M., Kleshchev M., Ponomarenko P., Chadaeva I., Sharypova E., Rasskazov D., Kolmykov S., Drachkova I., Vasiliev G., Gutorova N., Ignatieva E., Savinkova L., Bogomolov A., Osadchuk L., Osadchuk A., Oshchepkov D. BMC GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 89
Unannotated single nucleotide polymorphisms in the TATA box of erythropoiesis genes show in vitro positive involvements in cognitive and mental disorders. Ponomarenko M., Sharypova E., Drachkova I., Chadaeva I., Arkova O., Podkolodnaya O., Ponomarenko P., Kolchanov N., Savinkova L. BMC MED GENET, 2020, V. 21, Suppl. 1. P. 165.
The first mitochondrial genome of the relic Acanthobdella peledina (Annelida, Acanthobdellida) Alexander Bolbat, Gennady Vasiliev and Irina Kaygorodova MITOCHONDR DNA, 2020, VOL. 5, NO. 3, 3300–3301
Genes associated with cognitive performance in the Morris water maze: an RNA-seq study Vasiliy V. Reshetnikov, Polina E. Kisaretova, Nikita I. Ershov, Anastasia S. Shulyupova, Dmitry Yu. Oshchepkov, Natalia V. Klimova, Anna V. Ivanchihina, Tatiana I. Merkulova, Natalia P. Bondar SCI REP-UK, 2020, Sci Rep 10, 22078 (2020)
The mechanism of potato resistance to
Globodera rostochiensis: comparison of root
transcriptomes of resistant and susceptible
Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina,
Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov,
Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko BMC PLANT BIOL, 2020, 20(Suppl 1):350
Genomics and proteomics of the liver fluke Opisthorchis felineus Mordvinov V.A., Ershov N.I., Zaparina O.G., Pakharukova M.Y. Vavilov journal of genetics and breeding, 2020
Апробация различных вариантов RNA-seq для идентификации аутронов генов у плоского червя Opisthorchis felineus Н.И. Ершов, Д.Е. Маслов, Н.П. Бондарь Vavilov journal of genetics and breeding, 2020, 2020;24(8):897-904
Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis Starostin K.V., Demidov E.A., Ershov N.I., Bryanskaya A.V., Efimov V.M., Shlyakhtun V.N., Peltek S.E. Frontiers in Microbiology, 2020
rs2072580T>A Polymorphism in the Overlapping Promoter Regions of the SART3 and ISCU Genes Associated with the Risk of Breast Cancer Degtyareva AO, Leberfarb EY, Efimova EG, Brusentsov II, Usova AV, Lushnikova EL, Merkulova TI B EXP BIOL MED+, 2020
Методы in vitro, используемые для изучения ДНК-белковых взаимодействий. Л.К. Савинкова, Е.Б. Шарыпова, Н.А. Колчанов Успехи современной биологии, 2020, № 6, том 140, стр. 540-554
On the Relationship between Regulatory and Exomic DNA Markers Postovalov Sergey, Berikov Vladimir, Bryzgalov Leonid, Korbolina Elena IEEE Xplore digital library, 2020
Accessing the impact of functional variants on human phenotypes by transcriptome analysis in individuals carrying different rSNP alleles Korbolina Elena, Bryzgalov Leonid, Postovalov Sergey, Nedelko Victor, Berikov Vladimir, Merkulova Tatiana IEEE Xplore digital library, 2020
New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin BMC GENOMICS, 2019, 20:399
Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice. Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A. Frontiers in Genetics, 2019, 2, 10, Article 73
Влияние неонатального введения дексаметазона на когнитивные способности взрослых самцов мышей и экспрессию генов в гипоталамусе Н.П. Бондарь, В.В. Решетников, К.В. Бурдеева, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(4):456-464
Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Генетика, 2019, 9, 55, 1083-1098
The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., & Redina O.E. BMC GENOMICS, 2019, 20(3), 297.
A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive
analysis of motifs co-occurrence with MCOT package Levitsky V., Zemlyanskaya E., Oshchepkov D., Podkolodnaya O., Ignatieva E.,
Grosse I., Mironova V., Merkulova T. NUCLEIC ACIDS RES, 2019, 47(21):e139
A rat model of human behavior provides evidence of natural selection against underexpression of aggressiveness-related genes in humans. Oshchepkov D., Ponomarenko M., Klimova N., Chadaeva I., Bragin A., Sharypova E., Shikhevich S., Kozhemyakina R. Frontiers in Genetics, 2019, V. 10. Article № 1267
Diversity of mariner-like elements in Orthoptera K. Ustyantsev, M. Biryukov, I. Sukhikh, N.V. Shatskaya, V. Fet, A. Blinov, I. Konopatskaia Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):1059-1066
The plastid and mitochondrial genomes of Vavilovia formosa (Stev.) Fed. and the phylogeny of related legume genera Shatskaya N.V., Bogdanova V.S., Kosterin O.E., Vasiliev G.V., Kimeklis A.K., Andronov E.E., Provorov E.A. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, Vol. 23. No. 8. P. 972-980
Транскриптомное секвенирование в культурах клеток глиом и анализ данных экспрессии генов Ю.Л.Орлов, С.С.Ковалев, Ю.П.Белоусова, Н.Г.Орлова, Е.Ю.Леберфарб Гены и клетки, 2019, Vol.XIV, №3, р.111
Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 8, 23, 1047-1058
Изменения липидного обмена мыши при одновременном воздействии антисмысловыми олигонуклеотидными производными к мРНК генов апоВ, PCSK9 и апоCIII С.И. Ошевский, Ю.И. Рагино, Е.В. Каштанова, Я.В. Полонская, Е.М. Стахнева, В.П. Николин, Н.А. Попова, Н.А. Колчанов, М.И. Воевода Vavilov journal of genetics and breeding, 2019, 23(8):1020-1025
Antimetastatic Activity of Combined Topotecan
and Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase-1 Inhibitor
on Modeled Lewis Lung Carcinoma E. V. Koldysheva, A. P. Men’shchikova, E. L. Lushnikova, N. A. Popova, V. I. Kaledin, V. P. Nikolin, A. L. Zakharenko, O. A. Luzina, N. F. Salakhutdinov, and O. I. Lavrik Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2019, Vol. 166, No. 5, March, 2019 ONCOLOGY
Оценка эффективности эрадикации стволовых инициирующих раковых клеток на примере линии клеток глиобластомы человека U87 Долгова Е.В., Поттер Е.А., Проскурина А.С., Николин В.П., Попова Н.А., Романенко М.В., Нетесов С.В., Таранов О.С., Ефремов Я.Р., Завьялов Е.Л., Останин А.А., Черных Е.Р., Богачев С.С. Вопросы онкологии, 2019, Т 65. № 6. С. 904-919.
Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю. Гены и клетки, 2019, Том XIV №4-1, 2019. C. 171.
2018
Molecular adaptations to social defeat stress and induced depression in mice Natalya Bondar, Leonid Bryzgalov, Nikita Ershov, Fedor Gusev, Vasiliy Reshetnikov, Damira Avgustinovich, Mikhail Tenditnik, Evgeny Rogaev, Tatiana Merkulova MOL NEUROBIOL, 2018, 55(4):3394-3407
Effects of early-life stress on social and anxiety-like behaviors in adult mice: sex-specific effects Bondar N., Lepeshko A., Reshetnikov V. BEHAV NEUROL, 2018, Volume 2018 (2018), 13 pages
Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV. BMC GENOMICS, 2018, Suppl 3, 19, article 0
Consequences of early life stress on genomic landscape of H3K4me3 in prefrontal cortex of adult mice Nikita I. Ershov, Natalya P. Bondar, Arina A. Lepeshko, Vasiliy V. Reshetnikov, Julia A. Ryabushkina, Tatiana I. Merkulova BMC GENOMICS, 2018, 19(Suppl 3):93
Novel functional variants at the GWAS-implicated loci might confer risk to major depressive disorder, bipolar affective disorder and schizophrenia. Bryzgalov L.O., Korbolina E.E., Brusentsov I.I., Leberfarb E.Y., Bondar N.P., Merkulova T.I. BMC NEUROSCI, 2018, Apr 19;19(Suppl 1):22
Novel Approach to Functional SNPs Discovery from Genome-Wide Data Reveals Promising Variants for Colon Cancer Risk Elena E. Korbolina, Ilja I. Brusentsov, Leonid O. Bryzgalov, Elena Yu. Leberfarb, Arina O. Degtyareva and Tatyana I. Merkulova HUM MUTAT, 2018, Jun;39(6):851-859
Нормализация углеводно-жирового обмена клофибратом ассоциирована с отсутствием его промотирующего действия на гепатоканцерогенез у мышей. Н.В.Багинская, С.И. Ильницкая Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2018, т.104, №2, стр. 164-173
The impact of early-life stress on the expression of HPA-associated genes in the adult murine brain V.V. Reshetnikov, A.A. Studenikina, J.A. Ryabushkina, T.I. Merkulova, N.P. Bondar BEHAVIOUR, 2018, Volume 155, Issue 2-3, pages 181 – 203
Экспериментальное изучение влияния редких полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов HBB, HBD и F9 человека на кинетику взаимодействия с ТАТА-связывающим белком Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Кашина Е.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, 1, 22, 145-152
Исследование экспрессии генов рецептора глюкокортикоидов и микроРНК в гиппокампе и концентрации кортизола в крови у лисиц, селекционируемых по реакции на человека
(Hippocampal glucocorticoid receptor and microRNA gene expression and serum cortisol concentration in foxes selected for behavior toward humans) В.Ю. Овчинников, Е.В. Антонов, Г.В. Васильев, С.Г. Шихевич, Д.В. Шепелева, Ю.Э. Гербек Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, том 22
The long-term effects of early postnatal stress on cognitive abilities and expression of genes of the glutamatergic system in mice V. V. Reshetnikov, A. A. Lepeshko, Yu. A. Ryabushkina, A. A. Studenikina, T. I. Merkulova, N. P. Bondar NEUROCHEM J+, 2018, 12(2): 142-151
Отсроченные эффекты раннего постнатального стресса на когнитивные способности и экспрессию генов глутаматергической системы у мышей В В Решетников, А А Лепешко, Ю А Рябушкина, А А Студеникина, Т И Меркулова, Н П Бондарь Нейрохимия, 2018, 35(2): 140-150
Cryptic divergences in the genus Pisum L. (peas), as revealed by phylogenetic analysis of plastid genomes Bogdanova V.S., Mglinets A.V., Shatskaya N.V., Kosterin O.E., Solovyev V.I., Vasiliev G.V. MOL PHYLOGENET EVOL, 2018, Vol. 129. P. 280-290
Анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным транскриптомного секвенирования. Ковалев С.С., Губанова Н.В., Леберфарб Е.Ю., Брагин А.О., Орлов Ю.Л. Гены и клетки, 2018, Приложение, No 1, стр.71-72
Компьютерный анализ альтернативного сплайсинга генов в культурах клеток глиом по данным RNA-seq С. С. Ковалев, Е. Ю. Леберфарб, Н. В. Губанова, А. О. Брагин, А. Г. Галиева,А. В. Цуканов, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии, 2018, Том 16, № 3, С.22-36
Novel tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 inhibitors enhance the therapeutic impact of topoteсan on in vivo tumor models Zakharenko AL, Luzina OA, Sokolov DN, Kaledin VI, Nikolin VP, Popova NA, Patel J, Zakharova OD, Chepanova AA, Zafar A, Reynisson J, Leung E, Leung IKH, Volcho KP, Salakhutdinov NF, Lavrik OI EUR J MED CHEM, 2018, 1;161:581-593
Comparative Study of Toxicity of Alkoxyamines In Vitro and In Vivo Popova NA, Sysoeva GM, Nikolin VP, Kaledin VI, Tretyakov EV, Edeleva MV, Balakhnin SM, Lushnikova EL, Audran G, Mark S B EXP BIOL MED+, 2018, 165(1):176
Antimetastatic Effect of Liposomal Recombinant Lactaptin Kaledin VI, Koval OA, Kuligina EV, Lushnikova EL, Nikolin VP, Popova NA, Pyshnaya IA, Richter VA B EXP BIOL MED+, 2018, 164(6):762-765
Индукция апоптоза как условие радикализации химиотерапии опухолей. В.И. Каледин, В.П. Николин, Н.А. Попова Письма в Вавиловский журнал, 2018, 2018. http://pismavavilov.ru/download/reviews/appx1.pdf
Оценка эффективности эрадикации стволовых инициирующих раковых клеток на примере первичных культур глиобластомы человека Долгова Е.В., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Тыринова Т.В., Николин В.П., Попова Н.А., Таранов О.С., Ефремов Я.Р., Орищенко К.Е., Завьялов Е.Л., Мишинов С.В., Ступак В.В., Останин А.А., Черных Е.Р., Богачев С.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2018, Т. 19. – №. 6. – С. 1-11
Efficacy of a new cancer treatment strategy based on eradication of tumor-initiating stem cells in a mouse model of Krebs-2 solid adenocarcinoma Potter ЕА, Proskurina AS, Ritter GS, Dolgova ЕV, Nikolin VP, Popova NA, Taranov OS, Efremov YR, Bayborodin SI, Ostanin АА, Chernykh ЕR, Kolchanov NA, Bogachev SS ONCOTARGET, 2018, 9(47): 28486-28499
Regulatory SNPs and their widespread effects
on the transcriptome Merkulov VM, Leberfarb EY, Merkulova TI. J BIOSCIENCES, 2018, Dec;43(5):1069-1075.
Оценка эффективности эрадикации стволовых инициирующих раковых клеток на примере асцитной формы гепатокарциномы мыши Г-29 Поттер Е.А., Риттер Г.С., Долгова Е.В., Проскурина А.С., Кисаретова П.Э., Ефремов Я.Р., Николин В.П., Попова Н.А., Таранов О.С., Останин А.А., Черных Е.Р., Сидоров С.В., Колчанов Н.А., Богачев С.С. Вопросы онкологии, 2018, Т. 64. № 6. С. 818-829.
2017
Comparison of tolerance to sunlight between spatially distant and genetically different strains of Lymantria dispar nucleopolyhedrovirus Akhanaev Y.B., Belousova I.A., Ershov N.I., Nakai M., Martemyanov V.V., Glupov V.V. PloS One, 2017, 12(12):e0189992. doi: 10.1371/journal.pone.0189992
Antibodies to H1 histone from the sera of HIV-infected patients recognize and catalyze site-specific degradation of this histone Svetlana V. Baranova, Pavel S. Dmitrienok, Nikita V. Ivanisenko, Valentina N. Buneva, Georgy A. Nevinsky J MOL RECOGNIT, 2017
Механизмы формирования глюкокортикоидной резистентности в структурах головного мозга при стресс-индуцированных психопатологиях. В.М. Меркулов, Т.И. Меркулова, Н.П. Бондарь Биохимия, 2017, том 82, вып. 3, с. 494 – 510
Antibodies to H2a and H2b histones from the sera of HIV-infected patients catalyze site-specific degradation of these histones Baranova S. V., Dmitrenok P. S., Ivanisenko N. V., Buneva V. N., Nevinsky G. A. MOL BIOSYST, 2017
Efficient inhibition of influenza A viral replication in cells by deoxyribozymes delivered by nanocomposites Marina Repkova, Asya Levina, Boris Chelobanov, Zinfer Ismagilov ,Natalia Shatskaya , Sergei Baiborodin , Ekaterina Filippova , Natalia Mazurkova , Valentina Zarytova , INT J ANTIMICROB AG, 2017, 703-708 pp
SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine. Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N. Front Biosci (Schol Ed), 2017, 2, 9, 276-306
Whole-genome sequencing of eukaryotes: from sequencing of DNA fragments to a genome assembly. Zadesenets KS, Ershov NI, Rubtsov NB RUSS J GENET+, 2017, vol. 53, No.6, pp 631–639
Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters. Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N Frontiers in Aging Neuroscience, 2017, 9, 231, doi: 10.3389/fnagi.2017.00231
Candidate SNP markers of social dominance, which may affect the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva IV, Rasskazov DA, Sharypova EB, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 5, 7, 523-537. doi: 10.1134/S2079059717050045
Растворимая эпоксидгидролаза (sEH) как потенциальная мишень для лекарственной терапии артериальной гипертензии О. Е. Редина, Т. О. Абрамова, Л. О. Климов, М. А. Рязанова, Л. А. Федосеева, С. Э. Смоленская, Н. И. Ершов, А. Д. Дубинина, А. Л. Маркель RUSS J GENET+, 2017, том 53 № 9 с. 1025–1034
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, ISSN 2079-0597, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 558–564
Gene expression profiling of tumor-initiating stem cells from mouse Krebs-2 carcinoma using a novel marker of poorly differentiated cells Potter EA, Dolgova EV, Proskurina AS, Efremov YR, Minkevich AM, Rozanov AS, Peltek SE, Nikolin VP, Popova NA, Seledtsov IA, Molodtsov VV, Zavyalov EL, Taranov OS, Baiborodin SI, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS ONCOTARGET, 2017, V. 8, N 6, P. 9425-9441
Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds. Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. J MOL GRAPH MODEL, 2017
Soluble epoxide hydrolase (sEH) as a potential target for arterial hypertension therapy O. E. Redina, T. O. Abramova, L. O. Klimov, M. A. Ryazanova, L. A. Fedoseeva, S. E. Smolenskaya, N. I. Ershov, A. D. Dubinina, and A. L. Markel RUSS J GENET+, 2017, Vol. 53, No. 9, pp. 972–981
Однонуклеотидные полиморфизмы, специфичные для гипертензивных крыс линии НИСАГ Н. И. Ершов, А. Л. Маркель, О. Е. Редина Биохимия, 2017, Т.82(2): 344-356
Экспериментальное исследование препарата дрожжевой РНК как возможного радиопротектора при радиотерапии злокачественных опухолей Николин В.П., Богачев С.С., Попова Н.А., Торнуев Ю.В., Виноградова Е.В. B EXP BIOL MED+, 2017, Т.163, № 5.– С. 596 – 599.
Сравнительное исследование токсичности алкоксиаминов in vitro и in vivo Н.А.Попова, Г.М. Сысоева, В.П. Николин, В.И. Каледин, Е.В. Третьяков, М.В. Еделева, С.М. Балахнин, Е.Л. Лушникова, G.Audran, С.Марк B EXP BIOL MED+, 2017, Т. 164, № 7. С. 61-65
Высокая противометастатическая активность липосомальной формы платина после лиофильного высушивания и хранения В.И. Каледин, В.П. Николин, Н.А. Попова, М.Г. Клинникова, Л.А. Богданова, Т.С. Морозкова B EXP BIOL MED+, 2017, Т. 163, № 3. С. 331-334
Deterministic versus stochastic model of reprogramming: new evidence from cellular barcoding technique Anastasia M. Yunusova, Veniamin S. Fishman, Gennady V. Vasiliev, Nariman R. Battulin. OPEN BIOL, 2017, 7 (4)
Circulating DNA in rheumatoid arthritis: pathological changes and association with clinically used serological markers. Rykova E, Sizikov A, Roggenbuck D, Antonenko O, Bryzgalov L, Morozkin E, Skvortsova K, Vlassov V, Laktionov P, Kozlov V. ARTHRITIS RES THER, 2017, 2;19(1):85. doi: 10.1186/s13075-017-1295-z.
Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л. Acta Naturae, 2017, Том 9(1). С. 21.
Chromosome Evolution in the Free-Living Flatworms: First Evidence of Intrachromosomal Rearrangements in Karyotype Evolution of Macrostomum lignano (Platyhelminthes, Macrostomida) Zadesenets K.S., Ershov N.I., Berezikov E., Rubtsov N.B. Genes, 2017, 8: 298
Influence of magnetic field on enzymatic ONOO– production Dranova T., Petrovskii D., Ershov N., Slepneva I., Stass D JPCS, 2017, №886(2017) 012004
Mechanisms of brain glucocorticoid resistance in stress-induced psychopathologies Merkulov V.M., Merkulova T.I., Bondar N.P. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2017, 82(3): 351-365.
Experimental opisthorchiasis: Study of blood cell composition, hematopoiesis, and startle reflex in laboratory animals D. F. Avgustinovich a, *, I. A. Orlovskaya b , L. B. Toporkova b , G. B. Vishnivetskaya a , A. V. Katokhin a , M. N. Lvova a , E. V. Kashina a , N. P. Bondar a , N. A. Feofanova a, b , and V. A. Mordvinov a, c Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, 7(1):82-92 · January 2017
Metabolic pathways and genes identified by RNA-seq analysis of barley near-isogenic lines differing by allelic state of the Black lemma and pericarp (Blp) gene Anastasiya Y. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Olesya Y. Shoeva, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Elena K. Khlestkina BMC PLANT BIOL, 2017, 17(Suppl 1):182, DOI 10.1186/s12870-017-1124-1
Integrated mathematical models for describing complex biological processes. Mishchenko E. L., Petrovskaya O. V., Mishchenko A. M., Petrovskiy E. D., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A. BIOPHYSICS, 2017, 62(5), 778-795
Differential expression of NBS-LRR-encoding genes in the root transcriptomes of two Solanum phureja genotypes with contrasting resistance to Globodera rostochiensis Alex V. Kochetov, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Salmaz M. Ibragimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Tatyana A. Gavrilenko, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko BMC PLANT BIOL, 2017, BMC Plant Biology 2017, 17 (Suppl 2):251
Expression Dynamics of the REL, RELA, and IRF1 Transcription Factors in U937 Macrophages after Dioxin Exposure E. V. Kashina, D. Yu. Oshchepkov, E. V. Antontseva, M. Yu. Shamanina, D. P.Furman, V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2017, Vol. 7, No. 5, pp. 580-584
2016
Identification of microsatellite loci based on BAC sequencing data and their physical mapping into the soft wheat 5B chromosome Nesterov M.A., Afonnikov D.A., Sergeeva E.M., Miroshnichenko L.A., Bragina M.K., Bragin A.O., Vasiliev G.V., Salina E.A. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, Vol. 6, No. 8, pp. 825–837. DOI: 10.1134/S2079059716070078
Whole transcriptome profiling of adult and infective stages of the trematode Opisthorchis felineus Pomaznoy MY, Logacheva MD, Young ND, Penin AA, Ershov NI, Katokhin AV, Mordvinov VA. PARASITOL INT, 2016, S1383-5769(15)00145-2
Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии. Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2016, 1, 50, 161-173
THE INFLUENCE OF NITROXYL RADICAL 4- ТRIPHENYLPHOSPHONIOACETAMIDO-2,2,6,6-TETRAMETHYLPIPERIDINE-1- OXYL (TPPA-TEMPO) ON GENERAL TOXICITY AND THERAPEUTIC EFFICIENCY OF CYCLOPHOSPHAMIDE ON TRANSPLANTABLE MOUSE LYMPHOSARCOMA LS IN VITRO AND IN VIVO NELLY A. POPOVA1, VASILY I. KALEDIN2, VALERY P. NIKOLIN3, GALINA M. SYSOEVA4, EKATERINA I. YUZHIK5, ELENA L. LUSHNIKOVA6, LEV M. NEPOMNYASHCHIKH7, IGOR A. KIRILYUK8 & IGOR A. GRIGOR’EV9 International Journal of Medicine and Pharmaceutical Sciences, 2016
Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 201617(Suppl 1):13
Comparative transcriptional profiling of renal cortex in rats with inherited stress-induced arterial hypertension and normotensive Wistar Albino Glaxo rats Larisa A. Fedoseeva, Marina A. Ryazanova, Nikita I. Ershov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 1):12.
A strategy to eradicate well-developed Krebs-2 ascites in mice Ekaterina A. Potter, Evgenia V. Dolgova, Anastasia S. Proskurina, Alexandra M. Minkevich, Yaroslav R. Efremov, Oleg S. Taranov, Vladimir V. Omigov, Valeriy P. Nikolin, Nelly A. Popova, Sergey I. Bayborodin, Alexander A. Ostanin, Elena R. Chernykh, Nikolay A. Kolchanov, Mikhail A. Shurdov, Sergey S. Bogachev ONCOTARGET, 2016, 2016 Mar 8; 7(10):11580-94. doi: 10.18632/oncotarget.7311.
Терапевтические эффекты воздействия циклофосфана, препаратов двуцепочечной ДНК и их сочетания на раковые клетки асцита Кребс-2 и различные формы трансплантатов Е.А. Поттер, Е.В. Долгова, А.М. Минкевич, Я.Р. Ефремов, О.С. Таранов, В.В. Омигов, В.П. Николин, Н.А. Попова, А.С. Проскурина, Е.И. Верещагин, А.В. Козел, В.А. Рогачев, Д.Б. Петров, А.А. Останин, Е.Р. Черных, Н.А. Колчанов, С.С. Богачев Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(1):96-107 DOI 10.18699/VJ15.116
Характеристика режимов терапевтического воздействия циклофосфана и препаратов двуцепочечной ДНК на опухоль Кребс-2, растущую в асцитной форме, приводящих к эрадикации первичного асцита Е.А. Поттер, Е.В. Долгова, А.М. Минкевич, В.П. Николин, Н.А. Попова, Я.Р. Ефремов, С.И. Байбородин, В.А. Рогачев, А.С. Проскурина, А.В. Козел, О.С. Таранов, В.В. Омигов, Е.И. Верещагин, Д.Б. Петров, А.А. Останин, Е.Р. Черных, Н.А. Колчанов, С.С. Богачев Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(1):108-124 DOI 10.18699/VJ15.117
Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Frontiers in Immunology, 2016, V. 7. P. 130
Induction of tyrosine aminotransferase in mice is inhibited by the activated metabolites of ortho-aminoazotoluene V.I. Kaledin, S.I. Ilnitskaya, N.A.Popova, O.A.Koval, I.A.Pyshnaya, L.F.Gulyaeva Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 6 (1) P.91-98
Экспериментальный описторхоз: исследование состава форменных элементов крови, гемопоэза и стартл-рефлекса у лабораторных животных Д.Ф. Августинович, И.А. Орловская, Л.Б. Топоркова, Г.Б. Вишнивецкая, А.В. Катохин, М.Н. Львова, Е.В. Кашина, Н.П. Бондарь, Н.А. Феофанова, В.А. Мордвинов Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016. 20 (2):155-164
Hidden Heterogeneity of Transcription Factor Binding Sites: A Case Study of SF-1 V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, N.V. Klimova, E.V Ignatieva, G.V. Vasiliev, V.M. Merkulov, T.I. Merkulova COMPUT BIOL CHEM, 2016, V. 64, P. 19-32
Неодинаковая эффективность липосомальных форм гидро-фильного и гидрофобного противоопухолевых препаратов в отношении со-лидных трансплантатов опухоли мышей и ее метастазов в печени Попова Н.А., Каледин В.И., Николин В.П., Богданова Л.А., Морозкова Т.С., Торнуев Ю.В. // Бюл. экс-пер. биол. – B EXP BIOL MED+, 2016, Т. 161, № 6. – С.770 – 774.
Properties of internalization factors contributing to the uptake of extracellular DNA into tumor-initiating stem cells of mouse Krebs-2 cell line Evgeniya V. Dolgova, Ekaterina A. Potter, Anastasiya S. Proskurina, Alexandra M. Minkevich, Elena R. Chernych, Alexandr A. Ostanin, Yaroslav R. Efremov, Sergey I. Bayborodin, Valeriy P. Nikolin, Nelly A. Popova, Nikolay A. Kolchanov, Sergey S. Bogachev STEM CELL RES THER, 2016, 7(1):76. DOI 10.1186/s13287-016-0338-8
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2016, vol. 2016, Article ID 8642703. doi:10.1155/2016/8642703
Five-year disease-free survival among stage II-IV breast cancer patients receiving FAC and AC chemotherapy in phase II clinical trials of Panagen Proskurina AS, Gvozdeva TS, Potter EA, Dolgova EV, Orishchenko KE, Nikolin VP, Popova NA, Sidorov SV, Chernykh ER, Ostanin AA, Leplina OY, Dvornichenko VV, Ponomarenko DM, Soldatova GS, Varaksin NA, Ryabicheva TG, Uchakin PN, Rogachev VA, Shurdov MA, Bogachev SS. BMC CANCER, 2016, 16:651. doi: 10.1186/s12885-016-2711-5
Correlation of susceptibility to ortho-aminoazotoluene-induced hepatocarcinogenesis with Car and Ahr signaling pathway activation in mice N.V. Baginskaya Elena V Kashina M. Yu. Shamanina S. I. Ilnitskaya V. I. Kaledin V. A. Mordvinov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 6(4):463-468 · June 2016
Стимуляция метаболизма диэтилнитрозамина снижает его общетоксическое и гепатоканцерогенное действие Ильницкая С.И., Каледин В.И., Богданова Л.А., Морозкова Т.С., Капустина В.И., Перепечаева М.Л., Гришанова А.Ю. B EXP BIOL MED+, 2016, Т.162, №7, стр. 113 - 116
Иммуномодулирующее влияние ингибиторов индоламин‑2,3-диоксигеназы (идо) на опухолевый рост Попова Н. А., Николин В. П., Каледин В. И., Лушникова Е. Л. Российский иммунологический журнал, 2016, Том 10 (19), Номер 2 (1), Июнь 2016. Стр. 481
Phenological asynchrony between host plant and gypsy moth reduces insect gut microbiota and susceptibility to Bacillus thuringiensis Vyacheslav V. Martemyanov, Irina A. Belousova, Sergey V. Pavlushin, Ivan M. Dubovskiy, Nikita I. Ershov, Tatyana Y. Alikina, Marsel R. Kabilov, Victor V. Glupov Ecology and Evolution, 2016, DOI: 10.1002/ece3.2460, 2016; 1–13
Biomedical and candidate SNP markers of chronopathologies can significantly change the affinity of the ТАТА-binding protein to the promoters of human genes. Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya OA, Tverdokhleb NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 738-748
Effects of SNPs in the positioning regions of RNA polymerase II on the TBP/promoter affinity in genes of the human circadian clock. Podkolodnaya OA, Rasskazov DA, Podkolodnyy NL, Podkolodnaya NN, Suslov VV, Savinkova LK, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 759-770
Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, 7, 6, 785-791
Ингибирование мутагенной активации орто-аминоазотолуола повышает его канцерогенность для печени мышей Каледин В. И., Овчинникова Л. П., Ильницкая С. И., Морозкова Т. С., Попова Н. А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, т.20 № 5. Стр. 708-715
Режим однократной инъекции препарата двуцепочечной ДНК после каждой инъекции циклофосфана, приводящий к эрадикации первичного асцита Кребс-2. Поттер Е.А., Долгова Е.В., Минкевич А.М., Николин В.П., Попова Н.А., Ефремов Я.Р., Байбородин С.И., Рогачев В.А., Проскурина А.С., Таранов О.С., Верещагин Е.И., Останин А.А., Черных Е.Р., Колчанов Н.А., Богачев С.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016. Т. 20. № 5. С. 716-722. DOI 10.18699/VJ16.161
Разработка регламента терапевтического режима, основанного на синергичном действии циклофосфана и препаратов двуцепочечной ДНК, приводящего к полному вылечиванию экпериментальных животных от асцитной формы опухоли мыши Кребс-2 Поттер Е.А., Долгова Е.В., Проскурина А.С., Ефремов Я.Р., Таранов О.С., Николин В.П., Попова Н.А., Дубатолова Т.Д., Петрова Д.Д., Верещагин Е.И., Минкевич А.М., Андрушкевич О.М., Байбородин С.И., Рогачев В.А., Останин А.А., Черных Е.Р., Колчанов Н.А., Богачев С.С. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, Т. 20. № 5. С. 723-735. DOI 10.18699/VJ16.162
Brain-derived neurotrophic factor and early-life stress: Multifaceted interplay Bondar N.P., Merkulova T.I. J BIOSCIENCES, 2016, J Biosci (2016) 41: 751.
Динамика экспрессии транскрипционных факторов REL, RELA и IRF1 в макрофагоподобной линии U937 после воздействия диоксина. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Шаманина М.Ю., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):894-898
The gene-expression profile of renal medulla in ISIAH rats with inherited stress-induced arterial hypertension Marina A. Ryazanova, Larisa A. Fedoseeva, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel and Olga E. Redina BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):151
Glucocorticoid receptor: Translocation from the cytoplasm to the nuclei; chromatin and intranuclear chaperone cycles Merkulov V.M., Klimova N.V., Merkulova T.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, V. 6. Issue 3. P. 297-306.
The ultradian rhythm of the glucocorticoid secretion and the time course of target gene regulation Merkulov V.M., Klimova N.V., Merkulova T.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2016, V. 6. Issue 3. P. 288-296.
Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters. Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A. BMC GENOMICS, 2016, Suppl. 14, 17, 995
Regulatory single nucleotide polymorphisms (rSNPs) at the promoters 1A and 1B of the human APC gene Marina Yu Matveeva, Elena V. Kashina, Vasily V. Reshetnikov, Leonid O. Bryzgalov, Elena V. Antontseva, Natalia P. Bondar and Tatiana I. Merkulova BMC GENET, 2016, 17(Suppl 3):460
Анализ геномного распределения сайтов связывания транскрипционных факторов GAGA и CNC в развитии Drosophila melanogaster Брусенцов И.И., Карагодин Д.А., Баричева Э.М., Меркулова Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6):762-769
Выявление новых регуляторных SNP-маркеров, ассоциированных с предрасположенностью к развитию колоректального рака Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Меркулова Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 20(6)
Molecular determinants of the adrenal gland functioning related to stress-sensitive hypertension in ISIAH rats Larisa A. Fedoseeva, Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Yury V. Alexandrovich, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina BMC GENOMICS, 2016, 2016, 17(Suppl 14):989
The reasons of Trithorax-like expression disturbance in Trl 3609 allele of Drosophila melanogaster Karagodin D. A., Battulina N. V., Merkulova T. I., Baricheva E. M. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2016, Vol. 471, № 1, P. 443-446
Stimulation of diethylnitrosamine metabolism reduces its general toxic and hepatocarcinogenic effects Il'nitskaya S.I., Kaledin V.I., Bogdanova L.A., Morozkova t.S., Kapustina V.I., Perepechaeva M.L., Grishanova A.Y. B EXP BIOL MED+, 2016, volume 162, issue 1, 98-101
Кандидатные SNP-маркеры социального доминирования, способные влиять на сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 6, 20, 787-796
Структурное моделирование мод связывания НАД+ с ПАРП-1 Иванисенко Н.В., Жечев Д.А., Иванисенко В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2016
A real-time study of the interaction of TBP with a TATA box-containing duplex identical to an ancestral or minor allele of human gene LEP or TPI. Arkova O., Kuznetsov N., Fedorova O., Savinkova L. Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics, 2016, v.35, # 14, P. 3070-3081
Antitumor and Antimetastatic Effect of Small Immunostimulatory RNA against B16 Melanoma in Mice Kabilova TO, Sen'kova AV, Nikolin VP, Popova NA, Zenkova MA, Vlassov VV, Chernolovskaya EL PloS One, 2016, 11(3):e0150751
Полиморфизм регуляторной области гена LCT в некоторых тюркоязычных популяциях Алтае-Саянского региона. И.В. Пилипенко, М.С. Пристяжнюк, В.Ф. Кобзев, М.И. Воевода, А.С. Пилипенко Vavilov journal of genetics and breeding, 2016, 2016;20(6):887-893
2015
SiO2 nanoparticles as platform for delivery of 3'-triazole analogues of AZT-triphosphate into cells Vasilyeva, S.V., Levina, A.S., Li-Zhulanov, N.S., Shatskaya, N.V., Baiborodin, S.I., Repkova, M.N., Zarytova, V.F., Mazurkova, N.A., Silnikov, V.N. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2015, January 13, 2015 DOI: 10.1016/j.bmc.2015.02.063
Индукцию тирозинаминотрансферазы у мышей ингибируют активированные метаболиты орто-аминоазотолуола В.И. Каледин, С.И.Ильницкая, Н.А.Попова, О.А.Коваль, И.А.Пышная, Л.Ф.Гуляева Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, №1, стр.136-143
Механизм влияния полиморфизмов кор-промоторов генов пищевого поведения человека на взаимодействие с ТАТА-связывающим белком Аркова Ольга Владимировна Пономаренко Михаил Павлович Аршинова Татьяна Валентиновна Савинкова Людмила Кузьминична Медицинская генетика, 2015
Combination of cyclophosphamide and double-stranded DNA demonstrates synergistic toxicity against established xenografts Alyamkina EA, Nikolin VP, Popova NA, Minkevich AM, Kozel AV, Dolgova EV, Efremov YR, Bayborodin SI, Andrushkevich OM, Taranov OS, Omigov VV, Rogachev VA, Proskurina AS, Vereschagin EI, Kiseleva EV, Zhukova MV, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS, Shurdov MA. CANCER CELL INT, 2015, 15: 32
Изменения транскриптома префронтальной коры мозга при развитии признаков болезни Альцгеймера у крыс OXYS. Стефанова Н.А., Корболина Е.Е., Ершов Н.И., Рогаев Е.И., Колосова Н.Г. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(4):74-82
Корреляция чувствительности к гепатоканцерогенезу, индуцированному введением орто-аминоазотолуола, со степенью активации сигнальных путей Ahr и Car у мышей. Багинская Н.В., Кашина Е.В., Шаманина М.Ю., Ильницкая С.И., Каледин В.И., Мордвинов В.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, №4, стр.77-82
How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov Biomed Res Int, 2015, Volume 2015, Article ID 359835
Рецептор глюкокортикоидов: переход из цитоплазмы в клеточное ядро, хроматиновый и внутриядерный шапероновый циклы В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т. 19, № 3, С. 255-263
Внутрисуточный ритм секреции глюкокортикоидов и динамика генного ответа В.М. Меркулов, Н.В. Климова, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Т. 19, № 2, С. 214-221
Полиморфизм гена TRPM8 в кыргызской популяции:возможная связь с высокогорной адаптацией. Бабенко ВН., Исакова ЖТ., Талайбекова ЭТ., Асамбаева ДА., Кобзев ВФ., Потапова ТА., Воевода МИ., Алдашев АА. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(5), 630-637
Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 19(6):707-714 DOI 10.18699/VJ15.086
The decreased expression of genes controlling the vascular tone in the kidneys of ISIAH rats with stress-induced arterial hypertension O. E. Redina, L. O. Klimov, N. I. Ershov, T. O. Abramova, L. N. Ivanova, and A. L. Markel. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2015, Vol. 5, No. 4, pp. 340–347
Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. PLOS NEGLECT TROP D, 2015, 9(4):e0003680
ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, т.19, № 6, с.
Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA BMC GENOMICS, 2015, Suppl.13. V. 16. S5.
МУТАГЕННАЯ АКТИВНОCТЬ В ТЕCТЕ ЭЙМCА ЧЕТЫPЕX АМИНОАЗОCОЕДИНЕНИЙ C PАЗЛИЧНОЙ КАНЦЕPОГЕННОCТЬЮ ДЛЯ ПЕЧЕНИ КPЫC Т.C. Фpолова, О.И. Cиницына, В.И. Каледин BIOPHYSICS, 2015, том 60, вып. 5, c. 990–994
ВЛИЯНИЕ ИЗМЕНЕНИЯ АКТИВНОCТИ ЦИТОXPОМА P450 2E1 В ПЕЧЕНИ НА ТОКCИЧЕCКИЕ CВОЙCТВА И КАНЦЕPОГЕННОCТЬ ДИЭТИЛНИТPОЗАМИНА У МЫШЕЙ В.И. Каледин, C.И. Ильницкая, Е.А. Ваcюнина, Н.А. Попова, Л.А. Богданова, М.Л. Пеpепечаева, А.Ю. Гpишанова BIOPHYSICS, 2015, том 60, вып. 6, c. 1166–1173
Влияние паклитаксела на противоопухолевое действие циклофосфана на модели двух перевиваемых опухолей мышей Каледин В.И., Николин В.П., Попова Н.А., Пышная И.А., Богданова Л.А., Морозкова Т.С. B EXP BIOL MED+, 2015, Т. 159, с. 93 - 95
Половые различия чувствительности к пульмоноканцерогенному действию уретана у мышей меняются на противоположные после неонатальной андрогенизации Морозкова Т.С., Каледин В.И. B EXP BIOL MED+, 2015, Т. 159, С.761-764
Изучение потенциально регуляторных SNPs в промоторных районах гена АРС человека Матвеева М.Ю., Кашина Е.В., Брызгалов Л.О., Антонцева Е.В., Бондарь Н.П., Решетников В.В., Меркулова Т.И. Медицинская генетика, 2015, Том №14. №3, c.41
Выявление и функциональный анализ регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстого кишечника Леберфарб Е.Ю., Брызгалов Л.О., Брусенцов И.И., Дегтярева А.О., Меркулова Т.И. Медицинская генетика, 2015, Том 14, №3
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova J BIOSCIENCES, 2015, Dec;40(5):873-83
Эпигенетические «зонды» для мониторинга рака легкого: профиль метилирования элементов LINE-1 в циркулирующей ДНК крови А. А. Пономарева, Е. Ю. Рыкова, Н. В. Чердынцева, А. А. Бондарь, А. Ю. Добродеев, А. А. Завьялов, С. А. Тузиков, Л. О. Брызгалов, Т. И. Меркулова, В. В. Власов, П. П. Лактионов Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, Том 19, №1
Биомедицинские и кандидатные SNP-маркеры для хронопатологий могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека. Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная О.А., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 691-698
Влияние однонуклеотидных полиморфных замен в районах позиционирования РНК-полимеразы II на сродство к ним TBP в генах циркадных часов человека Подколодная О.А., Рассказов Д.А., Подколодный Н.Л., Подколодная Н.Н., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П. Vavilov journal of genetics and breeding, 2015, 6, 19, 682-690
De Novo Assembly of the Pea (Pisum sativum L.) Nodule Transcriptome Vladimir A. Zhukov, Alexander I. Zhernakov, Olga A. Kulaeva, Nikita I. Ershov, Alexey Y. Borisov, and Igor A. Tikhonovich International Journal of Genomics, 2015, Volume 2015 (2015), Article ID 695947, 11 pages, http://dx.doi.org/10.1155/2015/695947
Dioxin-mediated regulation of expression IL-12 family cytokines in human macrophages as a factor of tumor promotion by TCDD E. Kashina, D. Oshchepkov, A. Shilov, E. Antontseva, D. Furman, V. Mordvinov European Journal of Cancer Supplements, 2015, Volume 13, Issue 1, November 2015, Pages 23
Effect of hepatic P450 2e1 activity modulation on the toxicity and carcinogenicity of diethylnitrosamine in mice Kaledin V.I., Ilnitskaya S.I., Vasyunina E.A., Popova N.A., Bogdanova L.A., Perepechaeva M.L., Grishanova A.Y. BIOPHYSICS, 2015, volume 60, issue 6, pages 1166-1173
Одновременное воздействие несколькими антисмысловыми олигонуклеотидными производными, его эффективность на примере липидного обмена мыши Ошевский С.И., Рагино Ю.И., Каштанова Е.В., Полонская Я.В., Стахнёва Е.М., Николин В.П., Попова Н.А., Кораблев А.Н.. Колчанов Н.А., Воевода М.И. Атеросклероз, 2015, 3 (том 11), с. 72-78
Amyloid accumulation is a late event in sporadic Alzheimer's disease-like pathology in nontransgenic rats. Stefanova NA, Muraleva NA, Korbolina EE, Kiseleva E, Maksimova KY, Kolosova NG. ONCOTARGET, 2015, Jan 30;6(3):1396-413
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2015, Т. 51, № 4, с. 409–429 (Vol. 51, No. 4, pp. 334–352)
Nuclear-cytoplasmic conflict in pea (Pisum sativum L.) is associated with nuclear and plastidic candidate genes encoding Acetyl-CoA carboxylase subunits Bogdanova V.S., Zaytseva O.O., Mglinets A.V., Shatskaya N.V., Kosterin O.E., Vasiliev G.V. PloS One, 2015, 10(3): e0119835.
Results of multicenter double-blind placebocontrolled phase II clinical trial of Panagen preparation to evaluate its leukostimulatory activity and formation of the adaptive immune response in patients with stage II-IV breast cancer Anastasia S Proskurina, Tatiana S Gvozdeva, Ekaterina A Alyamkina, Evgenia V Dolgova, Konstantin E Orishchenko, Valeriy P Nikolin, Nelly A Popova, Sergey V Sidorov, Elena R Chernykh, Alexandr A Ostanin, Olga Y Leplina, Victoria V Dvornichenko, Dmitriy M Ponomarenko, Galina S Soldatova, Nikolay A Varaksin, Tatiana G Ryabicheva, Stanislav N Zagrebelniy, Vladimir A Rogachev, Sergey S Bogachev and Mikhail A Shurdov BMC CANCER, 2015, 15:122 DOI 10.1186/s12885-015-1142-z
2014
Regulatory transcription factors can control the process of transcription at the stage of pre-mRNA elongation Merkulov V.M., Merkulova T.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, V. 4. Issue 6, P. 549-555.
Immunotherapy of hepatocellular carcinoma with small double-stranded RNA Kabilova T.O., Kovtonyuk L.V., Zonov I.V., Ryabchikova E.I., Popova N.A., Nikolin V.P.,Kaledin V.I., Zenkova M.A., Vlassov V.V., Chernolovskaya E.L. BMC CANCER, 2014, Vol. 14, P. 338-349
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 3, pp. 159–167.
Mutagen activation and carcinogenicity of aminoazodyes of ortho-aminoazotoluene and 3'-methyl- 4-dimethylaminoazobenzene in experiments on suckling mice Kaledin V.I., Il'nitskaya S.I., Ovchinnikova L.P., Popova N.A., Bogdanova L.A., Morozkova T.S. BIOPHYSICS, 2014, volume 59, issue 3, pages 527-532
Application of experimentally verified transcription factor binding sites models for computational analysis of ChIP-Seq data Victor G Levitsky, Ivan V Kulakovskiy, Nikita I Ershov, Dmitry Yu Oschepkov, Vsevolod J Makeev, T C Hodgman, Tatyana I Merkulova BMC GENOMICS, 2014, 15:80
Senescence-accelerated OXYS rats: A model of age-related cognitive decline with relevance to abnormalities in Alzheimer disease Stefanova NA, Kozhevnikova OS, Vitovtov AO, Maksimova KY, Logvinov SV, Rudnitskaya EA, Korbolina EE, Muraleva NA, Kolosova NG. CELL CYCLE, 2014, 2014 Feb 17;13(6)
Подавление сульфоконьюгации снижает защитное действие орто-аминоазотолуола на гепатоканцерогенез, индуцированный у мышей диэтилнитрозамином В.И.Каледин, С.И.Ильницкая, Н.А.Попова, Л.А.Богданова B EXP BIOL MED+, 2014, том 157, №3, стр. № 348-351
Effects of Antagonists of Mu and Kappa Opioid Receptors on Aggressivity in Male Mice with Repeated Experience of Aggression Bondar N.P. Neuroscience Behavioral Physiology, 2014, March 2014, Volume 44, Issue 3, pp 331-338
Мутагенная активация и канцерогенность аминоазокрасителей орто-аминоазотолуола и 3'-метил - 4-диметилазобензола в опытах на подсосных мышатах В.И. Каледин, С.И.Ильницкая, Л.П.Овчинникова, Н.А.Попова, Л.А.Богданова, Т.С.Морозкова BIOPHYSICS, 2014, том.59, вып.3, стр.527-532
The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein. Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A. HUM MUTAT, 2014, 5, 35, 601-608
Identification of thyroid hormone receptor homologs in the fluke Opisthorchis felineus (Platyhelminthes). Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Shilov AG, Merkulova TI, Mordvinov VA. MOL BIOCHEM PARASIT, 2014, 194, 64–68
Senescence - Accelerated OXYS Rats: A Genetic Model of Premature Aging and Age - Related Diseases N. G. Kolosova, N. A. Stefanova, E. E. Korbolina,
A. Zh. Fursova, and O. S. Kozhevnikova Adv. Gerontol, 2014, Vol. 4, No. 4, pp. 294–298.
Ингибирующее влияние орто-аминоазотолуола на гепатоканцерогенное действие диэтилнитрозамина у подсосных мышей, феномен и возможный механизм. Каледин В.И., Ильницкая С.И., Попова Н.А., Багинская Н.В., Богданова Л.А., Перепечаева М.Л., Гришанова А.Ю. BIOPHYSICS, 2014, том. 59, вып. 4, стр. 776-784
Position of an Active Thiosulfonate Group in New Phenolic Antioxidants is Critical for ARE-Mediated Induction of GSTP1 and NQO1 V.A. Vavilin, A.B. Shintyapina, O.G. Safronova, E.V. Antontseva, V.A. Mordvinov, M.V. Nikishina, N.V. Kandalintseva, A.E. Prosenko, V.V. Lyakhovich JPSR, 2014, 6(4), 178-183
Suppression of sulfoconjugation reduces the protective effect of ortho-aminoazotoluene on hepatocarcinogenesis induced by diethylnitrosamin in mice V.I.Kaledin, S.I. Il'nitskaya, N.A.Popova, L.A.Bogdanova B EXP BIOL MED+, 2014, Vol.157, No.3, P.368-370
Identification of cancer stem cells and a strategy for their elimination Dolgova EV, Alyamkina EA, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Tyrinova TV, Kozel AV, Minkevich AM, Andrushkevich OM, Zavyalov EL, Romaschenko AV, Bayborodin SI, Taranov OS, Omigov VV, Shevela EY, Stupak VV, Mishinov SV, Rogachev VA, Proskurina AS, Mayorov VI, Shurdov MA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS. CANCER BIOL THER, 2014, 15(10): 1378-1394
Геномика Васильев Геннадий Владимирович Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т.18. №1. С.158-165.
ДИНАМИКА ЭКСПРЕССИИ ЦИТОКИНА IL-12 В МАКРОФАГАХ ЧЕЛОВЕКА ПОСЛЕ ИХ ОБРАБОТКИ ДИОКСИНОМ Д.Ю. Ощепков, Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, Е.А. Ощепкова, В.А. Мордвинов, Д.П. Фурман Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Том 18, № 2, 354-362
Двойственное влияние ингибиторов индол-2,3-диоксигеназы на терапевтическое действие циклофосфана и циклоплатама в отношении асцитной опу-холи Эрлиха у мышей Богданова Л. А., Морозкова Т. С., Амитина С. А., Мажукин Д. Г., Николин В. П., Попова Н. А., Каледин В. И. B EXP BIOL MED+, 2014, Т. 157. № 4. С. 507-510
Dual effects of indoleamine 2,3-dioxygenase inhibitors on the therapeutic effects of cyclophosphamide and cycloplatam on ehrlich ascites tumor in mice. Bogdanova LA1, Morozkova TS, Amitina SA, Mazhukin DG, Nikolin VP, Popova NA, Kaledin VI. B EXP BIOL MED+, 2014, 157(4):506-9
Analysis of the Placental Tissue Transcriptome of Normal and Preeclampsia Complicated Pregnancies E. A. Trifonova, T. V. Gabidulina, N. I. Ershov, V. N. Serebrova, A. Yu. Vorozhishcheva, V. A. Stepanov Acta Naturae, 2014, 6(2): 71–83
Real-Time Interaction between ТВР and the TATA Box of the Human Triosephosphate Isomerase Gene Promoter in the Norm and Pathology Arkova OV, Kuznetsov NA, Fedorova OS, Kolchanov NA, Savinkova LK Acta Naturae, 2014, v.6(2), 36-40
Сниженный уровень экспрессии генов, контролирующих тонус сосудов в почках крыс НИСАГ со стресс-зависимой артериальной гипертензией. О.Е. Редина, Л.О. Климов, Н.И. Ершов, Т.О. Абрамова, Л.Н. Иванова, А.Л. Маркель. Vavilov journal of genetics and breeding, 2014, Т. 18. N. 4/2, C. 910-919.
Dynamics of IL12 Cytokine Expression in Human Macrophages after Dioxin Exposure D. Y. Oshchepkov, E. V. Kashina, E. V. Antontseva, E. A. Oshchepkova, V. A. Mordvinov, and D. P. Furman Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, Vol. 4, No. 6, pp. 568–574
ChIP-seq данные и их анализ Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярная и прикладная генетика, 2014, Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси. Т. 18. С.84 -97.
rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2014, July 2014, Volume 4, Issue 4, pp 245-253
2013
Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов RUSS J GENET+, 2013, том 49, № 1, с. 37–54
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein. Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. PloS One, 2013, 2, 8, e54626
Effect of human double-stranded DNA preparation on the production of cytokines by dendritic cells and peripheral blood cells from relatively healthy donors Orishchenko KE, Ryzhikova SL, Druzhinina YG, Ryabicheva TG, Varaksin NA, Alyamkina EA, Dolgova EV, Rogachev VA, Proskurina AS, Nikolin VP, Popova NA, Strunov AA, Kiseleva EV, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Sidorov SV, Mayorov VI, Bogachev SS, Shurdov MA. Cancer Therapy, 2013, V. 8, p. 191-205
Иммуномодулирующее влияние этилпирувата на несингенную перевиваемую опухоль мышей Л.А. Богданова, Т.С. Морозкова, В.И. Каледин, В.П. Николин, Н.А. Попова B EXP BIOL MED+, 2013, т.155, № 6, стр. 750-752
Ligand-Directed Acid-Sensitive Amidophosphate 5-Trifluoromethyl-2 '-Deoxyuridine Conjugate as a Potential Theranostic Agent Godovikova, TS ; Lisitskiy, VA ; Antonova, NM ; Popova, TV ; Zakharova, OD; Chubarov, AS ; Koptyug, IV ; Sagdeev, RZ ; Kaptein, R ; Akulov, AE ; Kaledin, VI ; Nikolin, VP ; Baiborodin, SI ; Koroleva, LS ; Silnikov, VN BIOCONJUGATE CHEM, 2013, Volume: 24 Issue: 5 Pages: 780-795 DOI: 10.1021/bc3006072 Published: MAY 2013
Характеристика изменения количества умеренных повторов в геноме клеток костного мозга экспериментальных мышей на фоне инъекции циклофосфана и экзогенной ДНК человека Долгова Е.В., Прокопенко А.В., Николин В.П., Попова Н.А., Проскурина А.С., Орищенко К.Е., Алямкина Е.А., Ефремов Я.Р., Черных Е.Р., Останин А.А., Богачев С.С., Гвоздева Т.С., Малкова Е.М., Таранов О.С., Рогачев В.А., Панов А.В., Загребельный С.Н., Шурдов М.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Т. 17, № 2, стр. 246-264
Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. EXP PARASITOL, 2013, 135, 297-306. doi:10.1016/j.exppara.2013.07.011
Защитное действие темпола при облысении, вызываемом циклофосфамидом у мышей. ПОПОВА Н.А., НИКОЛИН В.П., КАЛЕДИН В.И., КИРИЛЮК И.А., ГРИГОРЬЕВ И.А. Сибирский онкологический журнал, 2013, 2013. № 4 С. 57-59
Проагрессивный эффект диазепама на самцов мышей с повторным опытом агрессии Григорьева А.Е., Смагин Д.А., Бондарь Н.П., Галямина А.Г., Кудрявцева Н.Н. Журнал высшей нервной деятельности, 2013, 63(4): 486-494
Downregulation of Serotonergic Gene Expression in the Raphe Nuclei of the Midbrain Under Chronic Social Defeat Stress in Male Mice Boyarskikh U.A., Bondar N.P., Filipenko M.L., Kudryavtseva N.N. MOL NEUROBIOL, 2013, 48(1): 13-21
Delivery and processing of exogenous double-stranded DNA in mouse CD34 + hematopoietic progenitor cells and their cell cycle changes upon combined treatment with cyclophosphamide and double-stranded DNA Dolgova EV, Efremov YR, Orishchenko KE, Andrushkevich OM, Alyamkina EA, Proskurina AS, Bayborodin SI, Nikolin VP, Popova NA, Chernykh ER, Ostanin AA, Taranov OS, Omigov VV, Minkevich AM, Rogachev VA, Bogachev SS, Shurdov MA. GENE, 2013, V. 528, N 2, p. 74-83
Detection of Regulatory SNPs in Human Genome Using ChIP-seq ENCODE Data Leonid O. Bryzgalov, Elena V. Antontseva, Marina Yu. Matveeva, Alexander G. Shilov, Elena V. Kashina, Viatcheslav A. Mordvinov, Tatyana I. Merkulova PloS One, 2013, Volume 8, Issue 10, e78833
Potentialities of aberrantly methylated circulating DNA for diagnostics and post-treatment follow-up of lung cancer patients. Ponomaryova AA, Rykova EY, Cherdyntseva NV, Skvortsova TE, Dobrodeev AY, Zav'yalov AA, Bryzgalov LO, Tuzikov SA, Vlassov VV, Laktionov PP. LUNG CANCER, 2013, 2013 Sep;81(3):397-403. doi: 10.1016/j.lungcan.2013.05.016. Epub 2013 Jun 24.
From binding motifs in ChIP-Seq data to improved models of transcription factor binding sites. Kulakovskiy I, Levitsky V, Oshchepkov D, Bryzgalov L, Vorontsov I, Makeev V. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2013, 2013 Feb;11(1):1340004. doi: 10.1142/S0219720013400040. Epub 2013 Jan 16.
Стабильная липосомальная лекарственная форма комплексных соединений платины для воздействия на метастазы опухолей в печени. Попова Н.А., Каледин В.И., Николин В.П., Морозкова Т.С. 2013 г. Высокие технологии, фундаментальные и при-кладные исследования в физиологии и медицине» СПб, Издательство политехнического университета, 2013, С.165-168.
Dioxin-mediated regulation of genes involved in cytokines production by macrophages. E.V.Kashina, D.Y. Oshchepkov, E.V.Antontseva, E.A. Oshchepkova, M.Y. Shamanina, D.P. Furman and V.A. Mordvinov. FEBS J, 2013, 280 (Suppl. 1) p. 459–460
Immunomodulating effect of ethyl piruvate on nonsyngenic transplanted tumor in mice L.A.Bogdanova, T.S.Morozkova, V.I.Kaledin, V.P.Nikolin, N.A. Popova B EXP BIOL MED+, 2013, V. 155, N 6, P. 785-788
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, том 17, №4/1, с.577-588
Характеристика лейкостимулирующего и противоракового действия препарата «Панаген» на основе фрагментированной двуцепочечной ДНК человека в эксперименте и при клиническом применении. I. Лейкостимулирующее и противораковое действие препарата в экспериментальных условиях. Проскурина А.С., Алямкина Е.А., Долгова Е.В., Николин В.П., Попова Н.А., Гвоздева Т.С., Орищенко К.Е., Сидоров С.В., Черных Е.Р., Останин А.А., Леплина О.Ю., Дворниченко В.В., Пономаренко Д.М., Солдатова Г.С., Вараксин Н.А., Рябичева Т.Г., Загребельный С.Н., Рогачев В.А., Богачев С.С., Шурдов М.А. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2013, Том 11, выпуск 4, стр. 67-82
Характеристика лейкостимулирующего и противоракового действия препарата «Панаген» на основе фрагментированной двуцепочечной ДНК человека в эксперименте и при клиническом применении. II. Лейкостимулирующее и противораковое действие препарата при клиническом применении. Гвоздева Т.С., Проскурина А.С., Орищенко К.Е., Сидоров С.В., Черных Е.Р., Останин А.А., Леплина О.Ю., Дворниченко В.В., Пономаренко Д.М., Солдатова Г.С., Вараксин Н.А., Рябичева Т.Г., Загребельный С.Н., Николин В.П., Попова Н.А., Рогачев В.А., Алямкина Е.А., Долгова Е.В., Богачев С.С., Шурдов М.А. Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина, 2013, Том 11, выпуск 4, стр. 83-90
ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова Vavilov journal of genetics and breeding, 2013, Том 17, No 4/1, 589-598
Pathological changes in mice treated with cyclophosphamide and exogenous DNA Dolgova EV, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Orishchenko KE, Alyamkina EA, Efremov YR, Baiborodin SI, Chernykh ER, Ostanin AA, Bogachev SS, Gvozdeva TS, Malkova EM, Taranov OS, Rogachev VA, Panov AS, Zagrebelnyi SN, Shurdov MA. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2013, V.3, N 4, p. 291-304
2012
Glucocorticoid receptor isoforms generated by alternative splicing and alternative translation initiation Merkulov V.M., Merkulova T.I. Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, V. 2, Issue 3, P. 205-213.
Expression of Ext1, Ext2, and heparanase genes in brain of senescence-accelerated OXYS rats in early ontogenesis and during development of neurodegenerative changes. Shevelev OB, Rykova VI, Fedoseeva LA, Leberfarb EY, Dymshits GM, Kolosova NG BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2012, 77(1):56-61.
Cytochrome P450 in fluke Opisthorchis felineus: Identification and characterization. Pakharukova MY, Ershov NI, Vorontsova EV, Katokhin AV, Merkulova TI, Mordvinov VA MOL BIOCHEM PARASIT, 2012, V. 181. No. 2. P. 190–194
Метаболит циклофосфамида, запускающий апоптоз в клетках лимфосаркомы мыши RLS, является субстратом для Р-гликопротеина. Патутина О., Миронова Н., Логашенко Е., Попова Н., Николин В., Васильев Г., Каледин В., Зенкова М., Власов В. B EXP BIOL MED+, 2012, т. 152.№ 9. С. 318-322
Quantitative trait loci on chromosome 1 for cataract and AMD-like retinopathy in senescence-accelerated OXYS rats Elena E. Korbolina, Ouyna S. Kozhevnikova, Nataliya A. Stefanova, and Natalia G. Kolosova AGING-US, 2012, Aging (Albany NY). 2012 Jan 31. Vol.4 No.1 P.49-59
"Delayed death" phenomenon: A synergistic action of cyclophosphamide and exogenous DNA Dolgova EV, Proskurina AS, Nikolin VP, Popova NA, Alyamkina EA, Orishchenko KE, Rogachev VA, Efremov YR, Dubatolova TD, Prokopenko AV, Chernykh ER, Ostanin AA, Taranov OS, Omigov VV, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA GENE, 2012, V. 495, p. 134-145
Экспрессия Ext1, Ext2 и гепараназы в мозге преждевременно стареющих крыс OXYS в период раннего онтогенеза и развития нейродегенеративных изменений. Шевелев О.Б., Рыкова В.И., Федосеева Л.А., Леберфарб Е.Ю., Дымшиц Г.М., Колосова Н.Г. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2012, том 77, вып. 1, с. 71 – 78.
Short double-stranded RNA with immunostimulatory activity: sequence dependence. Kabilova TO, Meschaninova MI, Venyaminova AG, Nikolin VP, Zenkova MA, Vlassov VV, Chernolovskaya EL. NUCLEIC ACID THER, 2012, 22(3):196-204.
Effects of human exogenous DNA on production of perforin-containing CD8+ cytotoxic lymphocytes in laboratory setting and clinical practice. Alyamkina EA, Leplina OY, Ostanin AA, Chernykh ER, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Gvozdeva TS, Dolgova EV, Orishchenko KE, Rogachev VA, Sidorov SV, Varaksin NA, Ryabicheva TG, Bogachev SS, Shurdov MA. CELL IMMUNOL, 2012, V. 276, P. 59-66
Продигиозин Serratia marcescens подавляет in vitro развитие чувствительного и устойчивого к хлорохину штаммов малярийного паразита грызунов Plasmodium berghei А.Б.Дужак, З.И.Панфилова, Т.Г.Панкова, Т.М.Игонина, О.Д.Захарова, Е.А.Васюнина биофармацевтический журнал, 2012, Т.4, №2, С.7-13
Интернализация экзогенной ДНК во внутренние компартменты клеток костного мозга мышей Долгова Е.В., Николин В.П., Попова Н.А., Проскурина А.С., Орищенко К.Е., Алямкина Е.А., Ефремов Я.Р., Черных Е.Р., Останин А.А., Малкова Е.М., Таранов О.С., Рогачев В.А., Сидоров С.В., Богачев С.С., Шурдов М.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Т. 16, №2, стр. 397-414
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, Том 16, № 4/1, С. 756-765
Search for regulatory SNPs associated with colon cancer in the APC and MLH1 genes E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, N. V. Cherdyntseva and T. I. Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, V. 2, No. 3. P. 222-228.
Влияние антагонистов мю-и каппа-опиоидных рецепторов на агрессивность самцов мышей с повторным опытом агрессии Бондарь Н.П. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, Т.98 №6 с. 681-692
ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА ЧЕЛОВЕКА С ТАТА-ЭЛЕМЕНТОМ ПРОМОТОРА ГЕНА NOS2A С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА ПОВЕРХНОСТНОГО ПЛАЗМОННОГО РЕЗОНАНСА Драчкова И.А., Шеховцов С.В., Пельтек С.Е., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Аршинова Т.В., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, т. 16, № 2, с. 391-396
Влияние психоэмоционального состояния на метастазирование карциномы легких льюисаc Амикишиева А.В., Ильницкая С.И., Николин В.П., Попова Н.А., Каледин В.И. Российский физиологический журнал имени И.М. Сеченова, 2012, 98(3):417-23.
Unbiased approach to profile the variety of small non-coding RNA of human blood plasma with massively parallel sequencing technology. Semenov DV, Baryakin DN, Brenner EV, Kurilshikov AM, Vasiliev GV, Bryzgalov LA(LO), Chikova ED, Filippova JA, Kuligina EV, Richter VA. Expert Opin Biol Ther., 2012, Suppl 1:S43-51
Triterpenoid saponins from the roots of Acanthophyllum gypsophiloides Regel. Khatuntseva EA, Men'shov VM, Shashkov AS, Tsvetkov YE, Stepanenko RN, Vlasenko RY, Shults EE, Tolstikov GA, Tolstikova TG, Baev DS, Kaledin VA, Popova NA, Nikolin VP, Laktionov PP, Cherepanova AV, Kulakovskaya TV, Kulakovskaya EV, Nifantiev NE. BEILSTEIN J ORG CHEM, 2012, 8:763-75.
Influence of femtosecond laser radiation on cells of the transplantable tumour Krebs-2 Yu P Meshalkin, ab N A Popova, bc V P Nikolin, c V I Kaledin, c A V Kirpichnikov, a E V Pestryakov QUANTUM ELECTRON+, 2012, Volume 42 Number 6 Pages 505–508
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов Vavilov journal of genetics and breeding, 2012, 2, 16, 391-396
Nanocomposites consisting of titanium dioxide nanoparticles and oligonucleotides. Levina A, Ismagilov Z, Repkova M, Shatskaya N, Shikina N, Tusikov F, Zarytova V. J NANOSCI NANOTECHNO, 2012, Mar;12(3):1812-20.
Усиление общетоксического и ослабление гепатоканцерогенного действия диэтилнитрозамина при введении его в смеси с изопропанолом Каледин В.И., Багинская Н.В., Васюнина Е.А., Ильницкая С.И., Овчинникова Л.П. Вопросы онкологии, 2012, том 56, н.5, стр.658-662
Accelerated rejection of the second transplants of immunogenic tumor in mice under inhibition of indoleamine 2,3-dioxygenase activity by ethyl pyruvate E.D. Vasilyeva, V. Kaledin, V.P. Nicolin, N.A. Popova*, I.A. Kirilyuk, I.A. Grigor’ev Experimental oncology, 2012, 34,№ 1. 286–288, 2012
Possible link between the synthesis of GR alpha isoforms and eIF2 alpha phosphorylation state. Kochetov AV, Merkulova TI, Merkulov VM MED HYPOTHESES, 2012, V 79. P. 709-712
Влияние 2,3,7,8-тетрахлордибензо-пара-диоксина на регуляцию экспрессии IL12A, IL12B и IL4 генов человека, экспрессирующихся в макрофаге. Кашина Е.В., Ощепков Д.Ю., Антонцева Е.В., Ощепкова Е.А., Фурман Д.П., Мордвинов В.А Медицинский академический журнал, 2012, Приложение 2012. С. 380-382.
Influence of atovastatin and carboxymethylated glucan on the serum lipoprotein profile and MMP activity of mice with lipemia induced by poloxamer 407 Korolenko TA, Tuzikov FV, Cherkanova MS, Johnston TP, Tuzikova NA, Loginova VM, Filjushina EE, Kaledin VI CAN J PHYSIOL PHARM, 2012, 90(2):141-53
Internalization of exogenous DNA into internal compartments of murine bone marrow cells Dolgova EV, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Orishenko KE, Alyamkina EA, Efremov YR, Chernykh ER, Ostanin AA, Malkova EM, Taranov OS, Rogachev VA, Sidorov SV, Bogachev SS, Shurdov MA Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2012, V. 2, N 6, P. 440-452
Мутагенная активация снижает канцерогенность орто-аминоазотолуола для печени мышей Овчинникова Л.П., Богданова Л.А., Каледин В.И. B EXP BIOL MED+, 2012, № 11, Т. 154, стр.623-628
2011
Analysis and recognition of the GAGA transcription factor binding sites in Drosophila genes Omelina E.S., Baricheva E.M., Oshchepkov D.Yu., Merkulova T.I. COMPUT BIOL CHEM, 2011, V. 35, № 6, P. 363-370
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2011, Т. 436, № 3, - С.417-421.
Analysis of Data on Large Scale Chromatin Immunoprecipitation by Recognition of Transcription Factor Binding Sites VG Levitskii, GV Vasil’ev, DYu Oshchepkov, NI Ershov, and TI Merkulova Russian Journal of Genetics: Applied Research, 2011, V. 1, N. 3, P. 173–182
Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, № 3, т. 15, стр. 439-447
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A. Health, 2011, 3, 9, 577-583
Полиморфизм гена HFE у населения Северной Азии Михайлова С.В., Ромащенко А.Г., Бабенко В.Н., Губина М.А., Соболева Д.Е., Кобзев В.Ф., Воевода М.И Вестник РАМН, 2011
Ortho-aminoazotoluene activates mouse constitutive androstane receptor (mCAR) and increases expression of mCAR target genes. Smetanina MA, Pakharukova MY, Kurinna SM, Dong B, Hernandez JP, Moore DD, Merkulova TI. TOXICOL APPL PHARM, 2011, V. 255(1):P. 76-85.
Азосоединения ОАТ и 3'МеДАБ одинаково вызывают опухоли печени у мышей линии GR, но по-разному влияют на активность транскрипционных факторов FoxA Пахарукова М.Ю., Сметанина М.А., Ильницкая С.И., Каледин В.И., Меркулова Т.И. B EXP BIOL MED+, 2011, Том 152, № 7. С. 109-112.
Effect of vasopressin V1 receptor antagonist, SSR149415, on anxiety-like behavior and Lewis lung carcinoma metastasis in mice. Amikishieva A. V. Ilnitskaya S.I., Nikolin V. P.,Popova N. A. Experimental oncology, 2011, V.33.№ 3. P. 1-4
Полиморфизм второго интрона гена SDF1 у галловейской, герефордской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота Юдин Н.С., Нефедова М.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2011, Том 47, № 2, стр. 279-283
Ассоциация полиморфизма гена холодового рецептора TRPM8 с липидными показателями крови и антропометрическими параметрами у шорцев Потапова Т.А., Юдин Н.С., Пилипенко И.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Шахтшнейдер Е.В., Огарков М.Ю., Воевода М.И. B EXP BIOL MED+, 2011, №2, стр. 186-190
All signs of the metabolic syndrome in hypertensive ISIAH rats are associated with increased activity of the transcription factors PPAR, LXR, PXR, and CAR in the liver. Е. N. Pivovarova, М. I. Dushkin, M. L. Perepechaeva, V .F. Коbzev, V. А. Тrufakin, А. L. Маrkel BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2011, v.5, N1, P. 29-36. DOI 10.1134/S1990750811010082
OAT and 3’MeDAB Azo Compounds Similarly Cause Liver Tumors in GR Mice, but Differently Modify Activities of FoxA Transcription Factors M. Yu. Pakharukova, M. A. Smetanina, S. I. Ilnitskaya, V. I. Kaledin, and T. I. Merkulova B EXP BIOL MED+, 2011, Vol. 152, No. 1, November, 2011 ONCOLOGY, PP. 101-104. (DOI) 10.1007/s10517-011-1465-y
Торможение метаболизма стимулирует, а активация метаболизма ингибирует канцерогенное действие орто-аминоазотолуола на печень мышей В.И.Каледин, С.И.Ильницкая Вопросы онкологии, 2011, том 57, №2,стр.216-220
Effect of vasopressin V1B receptor antagonist, SSR149415, on anxiety-like behavior and Lewis lung carcinoma metastasis in mice A.V.Amikishieva, S.I. Ilnitskaya, V.P.Nikolin, N.A,Popova Experimental oncology, 2011, V.33, №3, P.126-129
Inhibition of metastasis development by daily administration of ultralow doses of RNase A and DNase I O.Patutina , N. Mironova , E.Ryabchikova , N. Popova , V.Nikolin , V. Kaledin , V.Vlassov , M.Zenkova BIOCHIMIE, 2011, v 93, P. 689-696
Поиск регуляторных SNPs, связанных с развитием рака толстой кишки, в генах АРС и МLH1. Антонцева Е.В., Брызгалов Л.О., Матвеева М.Ю., Кашина Е.В., Чердынцева Н.В., Меркулова Т.И. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, том 15, №4, с.644-652
Характеристика временных параметров проявления эффекта токсического действия инъекций экзогенной ДНК на фоне предобработки цитостатиком циклофосфаном Долгова Е.В., Проскурина А.С., Николин В.П., Попова Н.А., Алямкина Е.А., Орищенко К.Е., Шилов А.Г., Ефремов Я.Р., Черных Е.Р., Останин А.А., Богачев С.С., Прокопенко А.В., Малкова Е.М., Таранов О.С., Гвоздева Т.С., Рогачев В.А., Загребельный С.Н., Шурдов М.А. Vavilov journal of genetics and breeding, 2011, Т. 15, № 4, С. 674-689
Все признаки метаболического синдрома у гипертензивной линии крыс НИСАГ ассоциируются с повышенной активностью факторов транскрипции PPAR, LXR, PXR и CAR в печени Пивоварова Е.Н., Душкин М.И., Перепечаева М.Л., Кобзев В.Ф., Труфакин В.А., Маркель А.Л. Биомедицинская химия, 2011, №4, Т.57, С.435-445
2010
Нитроксильный антиоксидант ТРРФ-ТЕМПО повышает эффективность противоопухолевой терапии на модели перевиваемой лимфосаркомы мышей Кирилюк И.А.,Каледин В. И., Попова Н. А., Николин В. П.,Васильева Е. Д., Григорьев И. А., Лушникова Е. Л. , Непомнящих Л. М. B EXP BIOL MED+, 2010, № 7. С. 85-89
Полиморфизм генов 2'-5'-олигоаденилатсинтетаз (OAS) человека, связанный с предрасположенностью к тяжелым формам клещевого энцефалита, в популяциях Северной Евразии Бархаш А.В., Бабенко В.Н., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Molecular Biology, 2010, Т.44, №6. С. 985-993.
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. RUSS J GENET+, 2010, 4, 46, 448-457
Распространение свиных эндогенных ретровирусов у разных форм Sus scrofa L. 1758 (Suidae, Mammalia) Айтназаров Р.Б., Никитин С.В., Князев С.П., Кобзев В.Ф., Бекенев В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Юдин Н.С., Ермолаев В.И. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №9, стр. 49-54.
Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы Юдин Н.С., Князев С.П., Айтназаров Р.Б., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Игнатьева Е.В., Никитин С.В., Ермолаев В.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, №1, Т.14, С. 116-121
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А. BIOPHYSICS, 2010, 3, 55, 400-414
Экспериментальная проверка функциональной активности потенциальных DRE-сайтов, обнаруженных в промоторах IRF1, REL и IL12A генов человека Е.В. Кашина, Е.В. Антонцева, М.Ю. Шаманина, Е.А. Ощепкова, Д.Ю. Ощепков, А.В. Катохин, А.Ю. Гришанова, Д.П. Фурман, В.А. Мордвинов Труды ТГУ. Серия: Биологическая, 2010, Том 275. С. 353-356.
Экспрессия ядерных рецепторов PPAR, LXR и RXR в печени и показатели липидного и углеводного обмена в крови у чувствительных и резистентных к гепатоканцерогенезу линий мышей Е.Н. Пивоварова, Н.В. Багинская, М.Л. Перепечаева, С.И. Ильницкая, М И. Душкин Биомедицинская химия, 2010, N4, T.56, С. 480-489
Differentiation of wild boar and domestic pig population based on the frequency of chromosomes carring endogenous retroviruses Nikitin S.V., Yudin N.S., Knyazev S.P., Aitnazarov R.B., Bekenev V.A., Deeva V.S., Goncharenko G.M., Kobzev V.F., Savina M.A., Ermolaev V.I. Natural Science, 2010, V.2, N.6, 527-534.
Effect of double-stranded DNA on maturation of dendritic cells in vitro Alyamkina EA, Leplina OY, Sakhno LV, Chernykh ER, Ostanin AA, Efremov YR, Shilov AG, Proskurina AS, Orishchenko KE, Dolgova EV, Rogachev VA, Nikolin VP, Popova NA, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA CELL IMMUNOL, 2010, 266: 46-51
Exogenous allogenic fragmented double-stranded DNA is internalized into human dendritic cells and enhances their allostimulatory activity Alyamkina EA, Dolgova EV, Likhacheva AS, Rogachev VA, Sebeleva TE, Nikolin VP, Popova NA, Kiseleva EV, Orishchenko KE, Sakhno LV, Gel'fgat EL, Ostanin AA, Chernykh ER, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA CELL IMMUNOL, 2010, 262: 120-126
Inhibition of metastasis development by daily administration of ultralow doses of RNase A and DNase I Olga Patutina, PhD; Nadezda Mironova, PhD; Elena Ryabchikova, PhD Prof; Nelly Popova, PhD; Valery Nikolin, PhD MD; Vasily Kaledin, PhD; Valentin Vlassov, Academician; Marina Zenkova, BIOCHIMIE, 2010, Elsevier Editorial System(tm) for Biochimie Manuscript Draft Manuscript Number:: BIOCHI-D-10-00444R1
Mitochondrial DNA studies of the Pazyryk people (4th to 3rd centuries BC) from northwestern Mongolia Pilipenko A.S., Romaschenko A.G., Molodin V.I., Parzinger H., Kobzev V.F. Archaeological and Anthropological Sciences, 2010, V. 2. N. 4. P. 231-236.
A strategy of tumor treatment in mice with doxorubicin-cyclophosphamide combination based on dendritic cell activation by human double-stranded DNA preparation Alyamkina EA, Nikolin VP, Popova NA, Dolgova EV, Proskurina AS, Orishchenko KE, Efremov YR, Chernykh ER, Ostanin AA, Sidorov SV, Ponomarenko DM, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA Genetic Vaccines and Therapy, 2010, 8(1): 7
Генная сеть активации макрофага: участие ксенобиотков в регуляции экспрессии генов цитокинов. Ощепкова Е.А., Ощепков Д.Ю., Кашина Е.В., Антонцева Е.В., Фурман Д.П., Мордвинов В.А. Цитокины и воспаление, 2010, Т.9, №3, с.49.
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 3, 8, 607-625.
Liver expression of the nuclear hormone receptors PPAR, LXR, and RXR and blood parameters of lipid and carbohydrate metabolism in strains of mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis E. N. Pivovarova, N. V. Baginskaya, M. L. Perepechaeva, S. I. Ilnitskaya and M. I. Dushkin BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2010, Volume 4, Number 2, 198-204, DOI: 10.1134/S1990750810020113
The increased CAR-dependent metabolism of thyroid hormones in mice with high cancer susceptibility M. Pakharukova, M. Smetanina, V. Kaledin, T. Obut, T. Merkulova. LIFE SCI, 2010, V. 87, p. 439-444
The siRNA targeted to mdr1b and mdr1a mRNAs in vivo sensitizes murine lymphosarcoma to chemotherapy O.Patutina, N. Mironova, N. Popova, V Kaledin, V Nikolin, V Vlassov and M Zenkova BMC CANCER, 2010, V 10.article number 204. May 2010
Активация конститутивного рецептора андростанов и повышение экспрессии его генов – мишеней в печени мышей под действием ортоаминоазотолуола Сметанина М.А., Пахарукова М.Ю., Меркулова ТИ. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, №2, С. 320-330
Tumor growth inhibition by combined action of shock waves and cytostatics I.V. Mastikhin, V.S. Teslenko, V.P. Nikolin, N.G. Kolosova, V.N. Gorchakov Book: New Trends in Shock Wave Applications to Medicine and Biotechnology, 2010, Research Singpost 37/661 (2), Fort P.O. Trivandrum-695 023 Kerala, India pp. 151-164. Edit.: Achim M. Loske
Differentiation of Wild and Domestic Swine Populations Estimated by the Frequency of Chromosomes Carrying Endogenous Retroviruses. Nikitin S. V., Yudin N. S., Aitnazarov R. B., Bekenev V. A., Deeva V. S., Goncharenko G. M., Kobzev V. F., Savina M. A., Ermolaev V. I., Knyazev S. P.. Natural Science, 2010, N6. V. 2. P. 527-534.
Анализ результатов эксперимента по массовой иммунопреципитации хроматина с помощью методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И., Меркулова Т.И. Информационный вестник ВОГИС, 2010, Т. 14, № 4, С. 685–697
Влияние гепатоканцеpогенноcти эcтpагола на глюкокоpтикоидную индукцию печень-cпецифичныx феpментов и активноcть фактоpов тpанcкpипции Foxа и HNF4 в печени мышей и кpыc В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOPHYSICS, 2010, том 55, вып.2, c.326–335
Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К. Информационный вестник ВОГИС, 2010, т.14, с. 698-705
Tumoricidal Activity of RNase A and DNase I. Patutina OA, Mironova NL, Ryabchikova EI, Popova NA, Nikolin VP, Kaledin VI, Vlassov VV, Zenkova MA. Acta Naturae, 2010, 2(1):88-94.
Комплексная оценка генетического полиморфизма хромосомных и внехромосомных маркеров патогенности Salmonella Enterica при помощи пульс-электрофореза Е.В.Дударева, А.В.Тронева, Ю.Г.Юшков, М.Л.Филиппенко, В.А.Афонюшкин, С.В.Леонов, В.Ю.Коптев, В.Т.Вольф, О.В.Аркова, Ю.Н.Козлова Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2010, №1(205)
Ингибирующее влияние о-аминоазотолуола на гепатоканцерогенное действие диэтилнитрозамина при совместном применении у мышей Каледин В.И. , Ильницкая С.И., Багинская Н.В. Вопросы онкологии, 2010, Т.56.- №2.- С.196 – 200
Ингибитор активности индоламин-2,3-диоксигеназы 1-метилD-триптофан может стимулировать рост иммуногенных опухолей Васильева Е. Д., Николин В. П., Попова Н. А., Лушникова Е. Л., В. И. Каледин B EXP BIOL MED+, 2010, № 5.С. 559-561
2009
Лейкостимулирующее действие фрагментов экзогенной ДНК, защищенных протамином, при вызванной циклофосфаном миелосупрессии мышей Е.В. Долгова, В.А. Рогачев, В.П. Николин, Н.А. Попова, А.С. Лихачева, Е.А. Алямкина, Т.Е. Себелева, Е.Р. Черных, Е.Л. Гельфгат, С.С. Богачев, М.А. Шурдов Вопросы онкологии, 2009, № 6, Т. 55, стр. 761-764
Combined therapy with Cyclophosphamide and DNA preparation inhibits the tomor growth in mice Alyamkina EA, Dolgova EV, Likhacheva AS, Rogachev VA, Sebeleva TE, Nikolin VP, Popova NA, Orishchenko KE, Strunkin DN, Chernykh ER, Zagrebelniy SN, Bogachev SS, Shurdov MA. Genetic Vaccines and Therapy, 2009, V. 7, N 1
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, 2, 74, 149-163
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2009, 3, 43, 512-520
Correlation between hepatocarcinogenic effect of estragole and its influence on glucocorticoid induction of liver-specific enzymes and activities of FOXA and HNF4 transcription factors in mouse and rat liver Kaledin V I; Pakharukova M Yu; Pivovarova E N; Kropachev K Yu; Baginskaya N V; Vasilieva E D; Ilnitskaya S I; Nikitenko E V; Kobzev V F; Merkulova T I BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, Volume 74, Number 4, 377-384, DOI: 10.1134/S000629790904004X
Соответствие между гепатоканцерогенным действием эстрагола и его влиянием на глюкокортикоидную индукцию печень-специфичных ферментов и активность факторов транскрипции FoxА и HNF4 в печени мышей и крыс В.И. Каледин, М.Ю. Пахарукова, Е.Н. Пивоварова, К.Ю. Кропачев, Н.В. Багинская, Е.Д. Васильева, С.И. Ильницкая, Е.В. Никитенко, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2009, том 74, стр. 466-475
Induction of fatty liver by fasting in mouse strains to metabolic syndrome development Baginskaya N.V., Perepechaeva M.L.,Ilnitskaya S.I.,Pivovarova E.N., Kaledin V.I Medical J., 2009, V.3(4).- P.599-600
Limiting effect of diazepam on Lewis lung carcinoma metastasis in anxious male mice Kaledin V.I.,Ilnitskaya S.I.,Nikolin V.P.,Popova N.A.,Smagin D.A., Kudryavtseva N.N Experimental oncology, 2009, V31.№1.P .62-64
Orto-aminoazotoluen induces the expression of the p53 gene in inbred strains of mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis Timofeeva OA, Eremeev AV, Goloshchapov AN, Ilnitskaya SI, Merculova TI, Kaledin VI, Setkov NA. Doklady Biological Sciences, 2009, Т.429.- №2.-С.579-82.
Полиморфизм гена аполипопротеина Е в популяции коренных жителей Горной Шории и его ассоциация с параметрами углеводного обмена Шахтшнейдер Е.В., Воевода М.И., Огарков М.Ю., Барбараш О.Л., Поликутина О.М., Казачек Я.В., Баум В.А., Юдин Н.С., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г. Атеросклероз, 2009, Том 5, №1, стр. 28-32
Induction of fatty liver by fasting in mouse strains disposed to metabolic syndrome development Baginskaya N.V., Perepechaeva M.L., Ilnitskaya C.I., Pivovarova E.N., Kaledin V.I. Clinical and Experimental Medical Journal, 2009, v3(4): 599-600 2009
Specifically activated dendritic cells--cell-based vaccine against lymphosarcoma exhibiting multiple drug resistance phenotype Mironova NL, Panzinskyi EE, Popova NA, Nikolin VP, Zenkova MA, Vlasov VV Doklady Biochemistry and Biophysics, 2009, Sep-Oct;428:252-6.
Structural Variants of Glucocorticoid Receptor Binding Sites and Different Versions of Positive Glucocorticoid Responsive Elements: Analysis of GR-TRRD Database Merkulov V.M., Merkulova T.I. J STEROID BIOCHEM, 2009, v.115. p.1-8
Tempol reduces the therapeutic effect of cyclophosphamide on an experimental tumor model Kaledin V I.,. Popova N.A, Nikolin V.P., Vasilieva E.D., Kirilyuk I.A., Grigor’ev I.A. FREE RADICAL RES, 2009, V.43.№ 7. P 685-690
Влияние этанола на процессы метастазирования аденокарциномы Льюис у самцов мышей с разным эмоциональным состоянием Ильницкая С.И., Николин В.П., Попова Н.А., Августинович Д.Ф., Каледин В.И., Кудрявцева Н.Н. , 2009, Т.95.- №1.- С.74-78
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов Информационный вестник ВОГИС, 2009, №1, Т.13, С.37-45
Гепатокарцинома -29, метастазирующая перевиваемая опухоль, вызывающая кахексию. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины В. И. Каледин, Н. А. Жукова, В. П. Николин, Н. А. Попова, М. Д. Беляев, Н. В. Багинская, Е. А. Литвинова, Т. Г. Толстикова, Е. Л. Лушникова, Д. Е. Семенов B EXP BIOL MED+, 2009, № 12. С.664-669
Действие экзогенной ДНК, ассоциированной с протамином, на рост экспериментальных опухолей мыши Е.А. Алямкина, А.С. Лихачева, В.П. Николин, Н.А. Попова, Е.В. Долгова, В.А. Рогачев, Т.Е. Себелева, Д.Н. Стрункин, С.С. Богачев, М.А. Шурдов Вопросы онкологии, 2009, № 6, Т. 55, стр. 765-768
Дифференциация популяций диких и домашних свиней по частоте хромосом, содержащих эндогенные ретровирусы Юдин Н.С., Айтназаров Р.Б., Князев С.П., Бекенёв В.А., Деева В.С., Гончаренко Г.М., Кобзев В.Ф., Савина М.А., Ермолаев В.И., Никитин С.В. Информационный вестник ВОГИС, 2009, т.13, № 4, с.741-750
Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3МЕДАБ и неканцерогенного ОАТ Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т. 13, № 4, С. 703–722
Ингибирующее влияние тироксина на поздние стадии гепатоканцерогенеза, индуцированные у 14-дневных мышей диэтилнитрозамином В.И.Каледин, Ильницкая С.И., Багинская Н.В., Сенькова А.В. , 2009, т.95, №9, стр. 993-996
Интибирующее влияние тироксина на поздние стадии гепатоканцерогенеза, индуцированного у 14-дневных мышей диэтилнитрозамином Каледин В. И., Ильницкая С. И., Багинская, Сенькова А. В. , 2009, Т. 95, № 9. С. 993-997
2008
Особенности захоронения младенцев в жилищах городища Чича-1 в Баабинской лесостепи по данным анализа структуры ДНК Пилипенко А.С., Ромащенко А.Г., Молодин В.И., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Поздняков Д.В., Новикова О.И. Археология, этнография и антропология Евразии, 2008, № 2, Т. 34, С. 57-67
Полиморфизм гена холодового рецептора TRPM8 в этнических группах Сибири и Дальнего Востока Потапова Т.А., Юдин Н.С., Бабенко В.Н., Пилипенко И.В., В.Ф. Кобзев И.В., Гырголькау Л.А., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2008, №4, Том 12, С. 749-754
Популяционное исследование спектра мутаций гена рецептора липопротеинов низкой плотности в российской популяции Воевода М.И., Куликов И.В., Шахтшнейдер Е.В., Максимов В.Н., Пилипенко И.В., Терещенко И.П., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Никитин Ю.П. RUSS J GENET+, 2008, Т. 44, №10, стр. 1374-1378
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2008, 6, 419, 828-832
Редокс-модификация и фосфорилирование регулируют активность митохондриального белкового комплекса, специфично связывающегося с промотором гена сох1 кукурузы Тарасенко В.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 181-183
Сравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М. Molecular Biology, 2008, Т. 42, № 1, стр. 88-95
Увеличенное взаимодействие белка ядерных экстрактов перевиваемых опухолей печени и легких мышей с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом Лысова М.В., Аршинова Т.В., Драчкова И.А., Кобзев В.Ф., Каледин В.И., Савинкова Л.К. B EXP BIOL MED+, 2008, Т. 145, № 1, стр.100-102
Участие экзогенной ДНК в молекулярных процессах, протекающих в соматической клетке Лихачева А.С., Рогачев В.А., Николин В.П., Попова Н.А., Шилов А.Г., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Черных Е.Р., Гельфгат Е.Л., Богачев С.С., Шурдов М.А. Информационный вестник ВОГИС, 2008, № 3, Т.12, стр. 426-473
Цианамид увеличивает противоопухолевое действие циклофосфамида сильнее, чем общетоксическое В.И. Каледин, В.П. Николин, Н.А.Попова Doklady Akademii Nauk, 2008, Т.420.№ 4. С. 568-570
АССОЦИАТИВНЫЙ АНАЛИЗ ПОЛИМОРФИЗМОВ ГЕНОВ P53 И C-FMS С РАЗВИТИЕМ РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ У РУССКИХ ЖЕНЩИН И.В. Пилипенко, О.В. Горчакова, В.Ф. Кобзев, М.И. Воевода,Н.Н. Бабышкина, Н.В. Чугунова, А.В. Дорошенко, А.Г. Ромащенко Сибирский онкологический журнал, 2008
Effects of o-aminoazotoluene on liver regeneration and p53 activation in mice susceptible and resistant to hepatocarcinogenesis Timofeeva O.A, Eremeev A.V., Goloshchapov A., Kalashnikova E., Ilnitskaya S.I., Setkov N.A., Kobzev V., Buzard G.S., Filipenko M.L., Kaledin V.I., Merculova T.I. TOXICOLOGY, 2008, №254, P.91-96
Expression of MAP/ERK kinase cascade corresponds to the ability to develop food aversion in terrestrial snail at different stages of ontogenesis Grinkevich LN, Lisachev PD, Kharchenko OA, Vasil'ev GV BRAIN RES, 2008, V.1187 p.12-9.
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman INTELL DATA ANAL, 2008, 12(5): 513-526
Нарушение функционирования соматических клеток в яйцевых камерах Drosophila melanogaster у мутантов по гену trithorax-like Огиенко А.А., Лаухина О.В., Васильев Г.В., Баричева Э.М. Информационный вестник ВОГИС, 2008, т.12, с. 399-405
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko INTELL DATA ANAL, 2008, No. 5, Vol. 12, P. 443-461
High-affinity cation binding to organic cation transporter 1 induces movement of helix 11 and blocks transport after mutations in a modeled interaction domain between two helices. Gorbunov D, Gorboulev V, Shatskaya N, Mueller T, Bamberg E, Friedrich T, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2008, Jan;73(1):50-61
Выявление генов-мишеней транскрипционных факторов FOXA, связанных с регуляцией пролиферации Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ощепков Д.Ю., Каледин В.И., Меркулова Т.И. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2008, Вып. 1, Том 73: 70-75
Изучение возможности реверсии устойчивости к хлорохину верапамилом у Plasmodium berghei - возбудителя малярии грызунов Панкова ТГ., Игонина ТМ., Майер ТВ., Рабинович СА., Максакоская ЕВ., Морозов ЕН Медицинская паразитология и паразитарные болезни, 2008, №4, 19-22
2007
Исследование связывания ядерных белков штаммов P.berghei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соответствующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т. 53. 547-556
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium bergei, различающихся по чувствительности к хлорохину, с олигонуклеотидами, соотвествующими регуляторным элементам гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. Биомедицинская химия, 2007, т.53, с.399-405
Консервативность ДНК 3’-нетранслируемой области гена GRO1 северного оленя Юдин Н.С., Потапова Т.А., Кобзев В.Ф., Южаков А.А., Кушнир А.В. Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, 2007, № 9, стр. 93-97
Метилирование CpG-динуклеотидов в районе промотора гена белка S100b у мышей линии BALB/cLac Малуп Т.К., Кобзев В.Ф., Жданова Л.Г., Слободянюк С.Я., Свиридов С.М. Doklady Akademii Nauk, 2007, т. 412, № 1, с.115-117
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC BRIEF BIOINFORM, 2007, 8(4), 266-274
Промотирующее влияние ортоаминоазотолуола на гепатоканцерогенез сопровождается усилением воспалительных и пролиферативных процессов в ткани печени и снижением концентрации свободного тироксина в крови Багинская Н.В., Ильницкая С.И., Никитенко Е.В., Каледин В.И. B EXP BIOL MED+, 2007, Т.144, №12, С.672-675
Cравнительная характеристика ядерной и митохондриальной ДНК-топоизомеразы I кукурузы Тарасенко В.И., Катышев А.И., Кобзев В.Ф., Константинов Ю.М Molecular Biology, 2007, т. 41, № 6. с. 365-370
Транскрипционные факторы FOXA определяют амплитуду глюкокортикоидной индукции тирозинаминотрансферазы у мышей Брызгалов Л.О., Ершов Н.И., Ильницкая С.И. B EXP BIOL MED+, 2007, № 11, Том 144: 565-567
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 11, 72, 1459-1467
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. BMC BIOINFORMATICS, 2007, Vol. 8:481. PMID: 18093302
Exogenous DNA can be captured by stem cells and be involved in their rescue from death after lethal-dose γ-radiation Likhacheva AS, Nikolin VP, Popova NA, Rogachev VA, Prokhorovich MA, Sebeleva TE, Bogachev SS, Shurdov MA. Gene Therapy and Molеcular Biology, 2007, 11: 305-314
Integration of human DNA fragments into the cell genome of certain tissues from adult mice treated with cytostatic cycloposphamide in combination whit human DNA Likhacheva AS, Nikolin VP, Popova NA, Dubatolova TD, Strunkin DN, Rogachev VA, Sebeleva TE, Erofeev IS, Bogachev SS, Yakubov LA, Shurdov MA Gene Therapy and Molеcular Biology, 2007, 11: 185-202
Effects of administration of sodium glutamate during the neonatal period on behavior and blood corticosterone levels in male mice Kuznetsova E.G., Amstislavskaya T.G., Bulygina V.V., Il'nitskaya S.I., Tibeikina M.A., Skrinskaya Y.A. Neuroscience Behavioral Physiology, 2007, V.37; P. 827-833.
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А. Doklady Akademii Nauk, 2007, 415(1):120-124
Recognition of interferon-inducible sites, promoters, and enhancers Ananko E.A., Kondrakhin Y.V., Merkulova T.I., Kolchanov N.A BMC BIOINFORMATICS, 2007, v.8 p.56
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007, V.415, c.165-169
Роль SNPs гена K-ras мыши в механизме формирования предрасположенности к пульмоноканцерогенезу Антонцева Е.В., Скорытченко Я.Д., Каледин В.И., Меркулова Т.И. Cell and Tissue Biology, 2007, т.49, №9, с. 713
Early-life hypoxia in the development of behavioral dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats and its correction with antioxidants Korbolina E.E., Agafonova I.G., Sergeeva S.V., Trofimova N.A., Mishenko N.P., Kolosova N.G. Adv. Gerontol, 2007, Vol. 20. N 3. P. 46-48.
The influence of psychoemotional status on metastasis of Lewis lung carcinoma and Hepatocarcinoma – 29 in mice of C57BL/6 and CBA strains Kudryavtseva N. N., Tenditnik M. V., Nikolin V. P., Popova N. A., Kaledin V. I. Experimental oncology, 2007, V 29.N 1. P. 35-38
Активация конститутивного рецептора андростанов (CAR) под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю. Пахарукова*, М.А. Сметанина, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, И.В. Романова, Т.И. Меркулова. B EXP BIOL MED+, 2007, №9, 144, 313-316
Активация конститутивного рецептора андростанов под действием гепатоканцерогенных аминоазокрасителей в печени мышей и крыс М.Ю.Пахарукова, М.А.Сметанина, В.И.Каледин, В.Ф.Кобзев, И.В.Романова, Т.И.Меркулова B EXP BIOL MED+, 2007, т. 144, № 9, с.313-316
Влияние возраста и пола на гепатотоксическое и гипотермическое действие эстрагола у мышей Каледин В.И., Васильева Е.Д., Ильницкая С.И., Морозкова Т.И., Амстиславская Т.Г. , 2007, №8, Т.93, C.844-851
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2007, 72 (11):1187-1193
Изучение влияния нитрозоэтил мочевины на глюкокортикоидную индукцию тирозинаминотрансферазы и ДНК-связывающую активность некоторых факторов транскрипции в печени мышей Пивоварова Е. Н., Ильницкая С. И., Кобзев В.Ф., Меркулова Т. И., Каледин В. И. Бюллетень СО РАМН, 2007, №1 (123), - С.88-91
2006
Исследование связывания ядерных белков штаммов Plasmodium berghei с различной чувствительностью к хлорохину с олигонкуклеотидами, моделирующими регуляторные участки гена множественной лекарственной устойчивости Панкова Т.Г., Т.М. Игонина, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова. B EXP BIOL MED+, 2006, №6, с. 283-286.
Место связывания глюкокортикоидного рецептора на ДНК и структурные варианты глюкокортикоидных регуляторных элементов: данные, собранные в базе GR ¬ TRRD Меркулов В.М. Меркулова Т.И. Экологическая генетика, 2006, Т. IV , вып. 4. С. 20-31
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2006, т.40, стр. 512-523.
Development of behavioural dysfunctions in accelerated-senescence OXYS rats is associated with early postnatal alterations in brain phosphate metabolism Sergeeva S.V., Bagryanskaya E.G., Korbolina E.E., Kolosova N.G. EXP GERONTOL, 2006, 41(2):141-50.
Enhancing effect of new biological response modifier sulfoethyl(1-3)-beta-D-glucan 0n antitumor activity of cyclophosphamide in the treatment of experimental murine leukoses Khalikova T.A., Korolenko T.A., Zhanaeva S.Y., Kaledin V.I., Kogan G. Experimental oncology, 2006, N 4, V. 28, P.47-52.
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA Molecular Biology, 2006, V.40, № 3. P.1-12.
SNP в начале интрона 2 гена K-ras мыши, ассоциированные сразвитием рака легких, влияют на связывание с факторами транскрипции Е.В. Горшкова, В.И. Каледин, В.Ф. Кобзев, Т.И. Меркулова B EXP BIOL MED+, 2006, № 6, Т. 141, С.681-684.
An effect of the microsporidian Vairimorpha ephestiae (Microsporidia: Burenellidae) on activity and spectrum of nonspecific esterases in different tissues of the greater wax moth galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) larvae Vorontsova Ia.L., Ershov N.I., Glupov V.V. Паразитология, 2006, 40(1): 74-84
Animal model of drug-resistant tumor progression N. Mironova, O.Shklyaeva. E. Andreeva, N.Popova, V. Kaledin, V. Nikolin, V. Vlasov, M.Zenkova ANN NY ACAD SCI, 2006, N 1091, pp. 490-500
Ассоциации эндогенных ретровирусов разных типов с генетическими маркерами в популяциях домашних и диких свиней Айтназаров Р.Б., Ермолаев В.И., Никитин С.В., Савина М.А., Кобзев В.Ф., Князев С.П., Гончаренко Г.М., Бекенёв В.А., Юдин Н.С. Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук, 2006, № 4. C. 39–43.
Влияние бетулоновой кислоты и ее амидных производных на рост и диссиминирование опухолевых трансплантатов у мышей И.В. Сорокина, Н.А. Жукова, Т.Г. Толстикова, С.В. Позднякова, О.Р. Грек, Н.А. Попова, В.А. Каледин, В.П. Николин. B EXP BIOL MED+, 2006, т.142, № 1,С. 29-31
Влияние неонатального введения глутамата натрия и диэтилнитрозоамина на поведение и уровень кортикостерона в крови самцов мышей. Кузнецова Е.Г., Амстиславская Т., Булыгина В.В.,Ильницкая С.И., Тибейкина М.А.,Скринская Ю.А. , 2006, Т.92.- №6.- Стр.751 – 760.
Влияние психоэмоционального состояния на рост и метастазирование опухоли Льюис у мышей Каледин В. И., Тендитник М. В., Николин В. П. , Попова Н. А., Кудрявцева Н.Н. Doklady Akademii Nauk, 2006, Т.406. N 2.С. 272-274
Влияние экзогенной ДНК на восстановление лейкопоэза и противоопухолевый эффект циклофосфана Николин В.П., Попова Н.А., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Рогачев В.А., Семенов Д.В., Богачев С.С., Якубов Л.А., Шурдов М.А. Вопросы онкологии, 2006, т.52, №3, стр. 336-340
Влияние экзогенной ДНК на рост экспериментальных опухолей Николин В.П., Попова Н.А., Себелева Т.Е., Стрункин Д.Н., Рогачев В.А., Семенов Д.В., Богачев С.С., Якубов Л.А., Шурдов М.А. Вопросы онкологии, 2006, т. 52., N 1, стр. 66-69
Изучение влияния антиоксиданта тиофана на канцерогенное действие 3,4-бензпирена при пероральном введении у мышей В. И. Каледин, В.Г. Некрасов, А.М. Гончар, В.И. Ермолаев, А. Е. Просенко. Сибирский экологический журнал, 2006, Т 5. С. 649-654
Изучение влияния бетулоновой кислоты и ее амидных производных на рост и метастазирование перевиваемых опухолей у мышей. Вопр. Биологической, медицинской и фармацевтической химии Сорокина И.В., Жукова Н.А., Толстикова Т.Г., Позднякова С.И., Грек О.Р., Попова Н.А., Андреева Е.М., Каледин В.И., Николин В.П. Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии, 2006, Т.142.-№ 1. С. 29-31
Изучение возможной связи полиморфизмов интерферон-индуцируемых генов человека OAS1, OAS3, EIF2AK2 и RNASEL с особенностями течения клещевого энцефалита Бархаш А.В., Кобзев В.Ф., Пилипенко П.И., Богданова Ю.О, Морозова О.В., Ромащенко А.Г., Воевода М.И. Информационный вестник ВОГИС, 2006, Т.10, №3. С.565-571
Изучение эффективности моно- и полихимиотерапии на модели перевиваемой мышиной лимфосаркомы, нечувствительной к индукции апоптоза Каледин В. И., Попова Н. А., Андреева Е.М. Вопросы онкологии, 2006, Т.. 52. № 1. С. 70-73
2005
Cаийты связывания транскрипционного фактора SF1 в промоторных районах генов, кодирующих ферменты стероидогенеза 3бетаГСДI и Р450с17 мыши Бусыгина Т.В., Васильев Г.В., Климова Н.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Биохимия, 2005, № 10, Т. 70, C. 1397-1402
Binding Sites for Transcription Factor SF-1 in Promoter Regions of Genes Encoding Mouse Steroidogenesis Enzymes 3βHSDI and P450c17 T.V. Busygina, G.V. Vasiliev, N.V. Klimova, E.V. Ignatieva, A.V. Osadchuk BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2005, №10, V. 70, P. 1152–1156
Codon 12 region of mouse K-ras gene is the site for in vitro binding of transcription factors GATA-6 and NF-Y Gorshkova (Antontseva) EV, Kaledin VI, Kobzev VF, Merkulova TI. BIOCHEMISTRY-MOSCOW+, 2005, 2005 Oct;70(10):1180-4
Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.M., Vasiliev G.V., and Ponomarenko M.P. INT J ARTIF INTELL T, 2005, 4, 14, 599-620
Subtype-specific affinity for corticosterone of rat organic cation transporters rOCT1 and rOCT2 depends on three amino acids within the substrate binding region. Gorboulev V, Shatskaya N, Volk C, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2005, May;67(5):1612-9
Amino acids critical for substrate affinity of rat organic cation transporter 1 line the substrate binding region in a model derived from the tertiary structure of lactose permease. Popp C, Gorboulev V, Müller TD, Gorbunov D, Shatskaya N, Koepsell H. MOL PHARMACOL, 2005, May;67(5):1600-11
2003
Predisposition to alcoholism, tryptophan oxygenase activity, and structure of intron 6 in the corresponding gene of C57BL/6J, CC57BR/Mv, and BALB/cJ mice Kaledin V.I., Klimova N.V., Vasil'ev G.V.Ivanova E.A., Vasil'eva E.D., Il'nitskaya S.I. B EXP BIOL MED+, 2003, №4, V.136, P. 385-387
Изучение предрасположенности к алкоголизму, активности триптофаноксигеназы и структуры интрона 6 соответствующего гена у мышей линий C57BL/6J, CC57BR/Mv и BALB/cJ Каледин В.И., Климова Н.В., Васильев Г.В., Иванова Е.А., Васильева Е.Д., Ильницкая С.И. B EXP BIOL MED+, 2003, №10, Т. 136, С. 435-437
Полиморфизм гена HFE, ассоциированного с наследственным гемохроматозом, в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Куликов И.В., Ромащенко А.Г., Хаснулин В.И., Воевода М.И. RUSS J GENET+, 2003, Т.39 № 7C. 988-995
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to DNA with variations: application to genome annotation. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Frolov A.S., Valuev V.P., Ponomarenko M.P. NUCLEIC ACIDS RES, 2003, 1, 31, 118-121
Влияние фенобарбитала на противоопухолевый эффект циклофосфана в зависимости от типа вызываемой им гибели опухолевых клеток. Каледин В.И., Николин В.П., Баймак Т.Ю., Галямова М.Р., Попова Н.А., Андреева Е.М. B EXP BIOL MED+, 2003, Т. 135, № 3
2002
Pulmonary carcinogenesis susceptibility-associated single-nucleotide polymorphisms in K-ras intron 2 affect the binding of factor Gata-6 but not gene expression Timofeeva, O.A., Gorshkova (Antontseva), E.V., Levashova, Z.B., Kobzev, V.F., Filipenko, M.L., Kaledin, V.I., Merkulova, T.I. Molecular Biology, 2002, 36(5), pp. 659-664
Mining DNA sequences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Ponomarenko J.V., Merkulova T.I., Orlova G.V., Fokin O.N., Gorshkova (Antontseva) E.V., Ponomarenko M.P. Knowl-Based Syst. J., 2002, 4, 15, 225-233
rSNP_Guide: an integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Merkulova T.I., Gorshkova (Antontseva) E.V., Fokin O.N., Vasiliev G.V., Frolov A.S., Ponomarenko M.P. HUM MUTAT, 2002, 4, 20, 239-248
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002 Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG NUCLEIC ACIDS RES, 2002, Jan 1;30(1):312-317
Identification of genetic variations of the human organic cation transporter hOCT1 and their functional consequences. Kerb R, Brinkmann U, Chatskaia N, Gorbunov D, Gorboulev V, Mornhinweg E, Keil A, Eichelbaum M, Koepsell H. PHARMACOGENETICS, 2002, Nov;12(8):591-5.
Апоптоз-индуцирующая и противоопухолевая эффективность циклофосфана, платина и адриамицина при их раздельном применении и в комбинации у мышей с лимфосаркомой LS. Николин В.П., Каледин В.И., Баймак Т.Ю., Галямова М.Р., Попова Н.А., Войцицкий В.Е. Вопросы онкологии, 2002, Т. 48, №2
Высокая апоптогенная и противоопухолевая активность продуктов биологической, но не химической активации циклофосфана. Каледин В.И., Николин В.П., Галямова М.Р., Васильева Е.Д., Баймак Т.Ю., Попова Н.А. Doklady Akademii Nauk, 2002, Т. 386, №5
Apoptosis-mediated regression of transplantable LS limfosarcoma in CBA mice treated with ASVP (adriamicin, cyclophosphamid, vincristin, prednisolon) or cyclophosphamid alone. Kaledin V.I., Nicolin V.P., Timofeeva O.A., Filipenko M.L., Baymak T.Yu., Galyamjva M.R., Popova N.A. Experimental oncology, 2002, Vol. 24
2001
rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and site-directed mutations Ponomarenko JV, Merkulova TI, Vasiliev GV, Levashova ZB, Orlova GV, Lavryushev SV, Fokin ON, Ponomarenko MP, Frolov AS, Sarai A. NUCLEIC ACIDS RES, 2001, 1, 29, 312-316.
Распространение аллелей C282Y, H63D и S65C гена HFE и предрасположенности к нарушениям метаболизма железа в популяциях России Михайлова С.В., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Хаснулин, Воевода М.И Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии, 2001, Т.XI, №4, С.13-17
2000
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1. Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. Molecular Biology, 2000, 2, 34, 214-222
Циклофосфан-индуцированный апоптоз клеток мышиной лимфосаркомы в условиях in vivo. Каледин В.И., Николие В.П., Агеева Т.А., Попова Н.А., Баймак Т.Ю. Вопросы онкологии, 2000, Т. 46, №5
1999
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон BIOPHYSICS, 1999, 5, 44, 837-841
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site. Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A. FEBS LETT, 1999, 1/2, 462, 85-88
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C. BIOINFORMATICS, 1999, 7/8, 15, 687-703
