ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Степаненко Ирина Лембитовна, к. б. н.

Подразделение: 012. Лаб. компьютерной протеомики
Должность: научный сотрудник
Комната: 1313
Email: stepan@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1313


Публикации

2015 Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites.
Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2014 Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
2012 A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley.
Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Mechanism of Action and Activity Regulation of COP1, a Constitutive Repressor of Photomorphogenesis.
Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Shumny V.K.
[RUSS J PLANT PHYSL+]
Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1.
Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К.
[Физиология растений]
Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя.
Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis
O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia
[Biology Bulletin Reviews]
Роль белков COP1, SPA и PIF в регуляции фотоморфогенеза растений
Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К.
[Успехи современной биологии]
2008 TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes
N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko
[INTELL DATA ANAL]
2007 Application of bioinformatics resources for genosensor design
Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli
Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
[Доклады Академии Наук]
2005 GeneNet in 2005.
E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov.
[NUCLEIC ACIDS RES]
2004 Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода
Степаненко И.Л.
[Экологическая генетика]
2003 Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases
Stepanenko I., Kolchanov N.
[Ann.N.Y.Acad.Sci.]
Application of filter technology in photomorphogenesis gene network
Smirnova O.G., Stepanenko I.L.
[In Silico Biology]
2002 GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks.
Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002
Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG
[NUCLEIC ACIDS RES]
2001 Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок.
Степаненко И.Л.
[молекулярная биология]
1999 GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOFIZIKA+]
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
1998 GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. (ISMB)]

Монографии

2017 Heat Shock Proteins
Ponomarenko M., Stepanenko I., Kolchanov N.

2013 Heat Shock Proteins.
Ponomarenko M, Stepanenko I., Kolchanov N

2008 Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск
Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.

Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А.

Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных.
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С.

2006 TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES
N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko


Конференции

2015 ИСПОЛЬЗОВАНИЕ КОМПЬЮТЕРНОЙ ТЕХНОЛОГИИ GeneNet ДЛЯ РЕКОНСТРУКЦИИ ФРАГМЕНТОВ ГИБРИДНОЙ ГЕННОЙ СЕТИ СИМБИОТИЧЕСКОЙ АЗОТФИКСАЦИИ
Ибрагимова С.М., Степаненко И.Л.
[Фундаментальные и прикладные проблемы современной экспериментальной биологии растений]
Модель сортов пшениц нового поколения: скороспелость и несимбиотическая азотфиксация
Гончаров Николай Петрович, Степаненко Ирина Лембитовна, Ефимов Вадим Михайлович
[международная конференция “Генетическая интеграция прокариот и эукариот: фундаментальные исследования и современные агротехнологии”]
2014 Logical modelling of NANOG-depended transcriptional gene network of embyonic carcinoma stem cells.
Stepanenko I.L., Ivanisenko V.A.
[The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2014)]
2012 A central regulatory circuit of arabidopsis circadian clock gene network
Smirnova O.G., Stepanenko I.L.
[Eghth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2012)]
Dynamical and structural analysis of an apoptosis network in hepatitis C.
Stepanenko I.L., Smirnova O.G.
[Eghth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2012)]
2011 A gene regulatory network model for vernalization and seasonal flowering response in winter wheat.
Stepanenko I.L., Smirnova O.G., Titov I.I
[International Conference Wheat Resources and Genomics (WGRG 2011)]
2010 Computer analysis of stress response network E.coli.
Stepanenko I.L., Titov I.I.
[Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \Systems Biology (BGRS'2010)]
2008 SITEGA method application for genome wide prediction of p53 binding sites.
Stepanenko I.L., Levitsky V.G..
[The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
Информационные ресурсы для дизайна новых геносенсоров. разработка полифункциональных геносенсоров на основе промоторов генов yfiA и dps Escherichia coli
Т. М. Хлебодарова, А.В. Качко, Н.В. Тикунова, В.А. Лихошвай, Т.Ю.Степанова, Д.Ю. Ощепков, И.Л. Степаненко, Ю.Г. Матушкин
[IV съезд Российского Общества биохимиков и молекулярных биологов, 10-15 мая, Новосибирск, 2008]
2006 Database GenSensor as informational source for design of biosensors. Experimental development of biosensor based on yfiA gene
Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
In silico cell II. Information sources for modeling Escherichia coli metabolic pathways.
Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina (Oschepkova) E.A. Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Mishenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Imaizumi, Usuda Matsui, Podkolodny N.L.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
TRRD: a database on experimentally identified transcription regulatory regions and transcription factor binding sites.
Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashchenko A.G.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
Сonstruction and structure analysis of apoptosis gene network in hepatitis C
Stepanenko I.L., Podkolodnaya N.N., Paramonova N.V., Podkolodny N.L.
[Proceedings Of The Fifth International Conference On Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure (BGRS'2006)]

Гранты

2008 Компьютерная реконструкция потенциальных регуляторных районов E.coli и механизмов их функционирования. Экспериментальное подтверждение разработанных моделей
Лихошвай Виталий Александрович, Бабкин Игорь Викторович, Качко Алла Васильевна, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Ри Наталья Александровна, Степаненко Ирина Лембитовна, Степанова Татьяна Юрьевна, Тикунова Нина Викторовна

2007 Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов
Д.А.Афонников В.А.Лихошвай О.В. Ефремова Т.М.Хлебодарова И.Л.Степаненко Ю.Г.Матушкин Н.В.Тикунова И.В. Бабкин А.В. Качко Л.Я. Кучумова


Научное руководство

2004 МАТЕМАТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ ГЕННОЙ СЕТИ TNFalpha ИНДУЦИРУЕМОЙ АКТИВАЦИИ NF-kappaB [Гурьева Я.П.]
2000 Генная сеть апоптоза [Григорьев С.А.]

Учебные курсы

2004 Генные сети

Патенты

2009 База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite)
Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А.

2007 База данных: Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE).
Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.

База данных: Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI)
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Генаев М.А.

База данных: Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp)
Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.

2006 База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX)
Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.

База данных: Гены-сенсоры (GenSensor)
Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Подколодный Н.Л.

© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.