ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Николаев Сергей Васильевич, к. б. н.

Подразделение: 014. Лаб. эволюц. биоинформ. и теор. генетики
Должность: научный сотрудник
Комната: 1312
Email: nikolaev@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1312


Публикации

2017 Свойства деминерализованного костного матрикса для биоинженерии тканей
И. А. Кирилова, В. Т. Подорожная, Ю. П. Шаркеев, С. В. Николаев, А. В. Пененко, П. В. Уваркин, П. В. Ратушняк, В. В. Чебодаева, Е. А. Анастасиева, С. К. Голушко, А. В. Корель
[КОМПЛЕКСНЫЕ ПРОБЛЕМЫ СЕРДЕЧНО-СОСУДИСТЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ]
2016 Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth
Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N
[Frontiers in Plant Science]
Physicomechanical properties of the extracellular matrix of a demineralized bone
I.A. Kirilova, Yu.P. Sharkeev, S.V. Nikolaev, V.T. Podorozhnaya, P.V. Uvarkin, A.S. Ratushnyak, V.V. Chebodaeva
[AIP CONFERENCE PROCEEDINGS]
Внеклеточный матрикс из кости человека как основа тканеинженерной конструкции
Кирилова И.А., Николаев С.В., Подорожная В.Т., Шаркеев Ю.П., Уваркин П.В., Ратушняк А.С., Чебодаева В.В.
[Российский иммунологический журнал]
Численные алгоритмы идентификации коэффициента диффузии в задачах тканевой инженерии
Пененко А.В., Николаев С.В., Голушко С.К., Ромащенко А.В., Кирилова И.А.
[Математическая биология и биоинформатика]
2015 A computational model of the effect of symplastic growth on cell mechanics in a linear leaf blade
Zubairova U., Golushko S., Penenko A., Nikolaev S.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Применение сопряжённых уравнений для исследования чувствительности в модели симпластного роста клеток линейного листа
А.В. Пененко, У.С. Зубаирова, С.В. Николаев
[Труды Международной конференции АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ И ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ – 2015 посвященной 90-летию со дня рождения академика Г. И. Марчука]
2014 L-Система для моделирования плоских одномерно растущих растительных тканей
Зубаирова У.С., Голушко С.К., Пененко А.В., Николаев С.В.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Models of Regulation of Stem Cell Niche Structure in Shoot Apical Meristem
U. S. Zubairova, S. V. Nikolaev
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Применение технологии CUDA для моделирования процессов реакции-диффузии на двумерном клеточном ансамбле
Пененко А.В., Троеглазова Т.С, Зубаирова У.С., Байшибаев Д.Ж., Николаев С.В.
[Математическая биология и биоинформатика]
2013 Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana
S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov
[Doklady Biological Sciences]
Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages
S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Модели регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега
У.С. Зубаирова, С.В. Николаев
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Моделирование биомеханики и морфодинамики растений в пакете COMSOL
С.В. Николаев
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana
С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов
[Доклады Академии Наук]
2012 Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения
Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Моделирование роста и развития растительных тканей в формализме L-систем
Зубаирова У.С., Пененко А.В., Николаев С.В.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division
S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov
[Journal of Applied and Industrial Mathematics]
2010 Исследование одномерной модели регуляции размеров возобновительной зоны в биологической ткани с учётом деления клеток
Николаев С.В., Зубаирова У.С., Фадеев С.И., Мйолснесс Э., Колчанов Н.А.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
2008 Математическое моделирование морфогенеза растений
Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов.
[Журнал Вычислительной Математики]
2007 Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега
Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А.
[RUSS J DEV BIOL+]
2006 A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure
S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov
[BIOFIZIKA+]
Исследование одномерной модели регуляции размеров возобновительной зоны в биологической ткани
Николаев С.В., Колчанов Н.А., Фадеев С.И., Когай В.В., Мйолснесс Э.
[Вычислительные технологии]
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А.
[BIOFIZIKA+]
2005 Актуальные проблемы компьютерной протеомики
Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И.
[Информационный вестник ВОГИС]
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
2003 Data Mining Techniques in Bioinformatics
Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V.
[Pattern Recognition and Image Analysis]

Монографии

2008 Глава 6. Компьютерная биология развития. Раздел 6.3. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование.
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.А., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А.

Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию
Николаев С.В., Гунбин К.В., Омельянчук Н.А., Суслов В.В., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А.


Конференции

2017 Изучение механического поведения клеток в рамках клеточно-ориентированной модели роста листа пшеницы
Зубаирова У.С., Николаев С.В., Пененко А.В., Подколодный Н.Л., Голушко С.К., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[Девятая международная молодежная научная школа-конференция "Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач", посвященная 85-летию со дня рождения академика М.М. Лаврентьева]
2016 Computer simulation of the trichome patterning on growing wheat leaf taking into account the biomechanics of cells
U.S. Zubairova, S.V. Nikolaev, A.V. Penenko, N.L. Podkolodnyy, S.K. Golushko, D.A. Afonnikov, and N.A. Kolchanov
[BGRS\SB-2016]
Mechanics of plant cell unidirectional growth
S.V. Nikolaev, S.K. Golushko, U.S. Zubairova, D.A. Afonnikov
[BGRS\SB-2016]
Study of motility of osteogenic cells in tissue engineering protocols
N. Astakhova, S.V. Nikolaev, K.E. Orishchenko, A.V. Korel, U.S. Zubairova, I.A. Kirilova
[BGRS\SB-2016: the International Satellite Symposium “Systems Biology and Biomedicine, SBioMed-2016"]
Study of osteogenic cells motility for tissue engineering protocols design.
Astakhova N.M., Nikolaev S.V., Orishchenko K.E., Korel A.V., Zubairova U.S., Kirilova I.A.
[SBIOMED-2016]
СОЗДАНИЕ 3D ТКАНЕИНЖЕНЕРНОГО КОНСТРУКТА ДЛЯ РЕГЕНЕРАЦИИ КОСТИ В ТРАВМАТОЛОГИИ И ОРТОПЕДИИ
Астахова Н.М., Корель А.В., Щелкунова Е.И., Николаев С.В., Орищенко К.Е., Кирилова И.А.
[Биомедицина-2016]
2015 How symplastic mode of growth effects on cell mechanics in unidirectional growing plant tissue
Zubairova U.S., Golushko S.K., Penenko A.V., Nikolaev S.V
[The 3rd International Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”]
Исследование чувствительности и параметрическая идентификация модели симпластного роста линейного листа
Пененко А.В., Зубаирова У.С., Николаев С.В.
[Седьмая международная молодежная научная школа-конференция «Теория и численные методы решения обратных и некорректных задач», посвященная 90-летию со дня рождения академика Гурия Ивановича Марчука]
2014 A model of trichome spacing pattern formation on growing wheat leaf
Zubairova U., Nikolaev S.V., Doroshkov A., Afonnikov D.
[BGRS/SB-2014]
A simple mechanical cell-based model for symplastic growth of linear leaf blade
Zubairova U., Nikolaev S.V.
[BGRS/SB-2014]
A structural mechanics model for atomic force microscopy-based indentation test of epidermal plant cells
Nikolaev S.V., Golushko S.K.
[BGRS\SB-2014]
2012 Activation of CLV3 gene expression in model of the stem cell niche structure regulation in the shoot apical meristem
Zubairova U.S., Nikolaev S.V.
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
2010 A Model of Shoot Apocal Meristem Compartmentalization Based on CLV/WUS Interplay
Nikolaev SV, Zubairova US, Mjolsness ED, Shapiro BE, Smal PA, Kolchanov NA
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
A reaction-diffusion model of shoot apical meristem compartmentalization based on CLV/WUS interplay
Nikolaev S.V., Zubairova U.S., Mjolsness E., Smal P.A., Shapiro B., Kolchanov N.A.
[Proceedings of the 3rd International Conference on Mathematical Biology and Bioinformatics, Pushchino, Russia]
Modified French Flag model: instability of the structure under cell growth and division
Zubairova U.S., Nikolaev S.V., Fadeev S.I., Mjolsness E., Kolchanov N.A.
[Proceedings of the 3rd International Conference on Mathematical Biology and Bioinformatics, Pushchino, Russia]
On model phenomenology of vascular cambium activity
U. Zubairova, S. Nikolaev
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
The cell growth and division can destroy stem cell niche in a reaction-diffusion model
S. Nikolaev, U. Zubairova, S. Fadeev, E. Mjolsness, N. Kolchanov
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
Возмущения за счет деления клеток в пространственно‐распределенной модели регуляции структуры ниши стволовых клеток
Зубаирова У.С., Николаев С.В., Фадеев С.И., Мелснесс Э., Колчанов Н.А.
[Международная конференция "Стохастические модели в биологии и предельные алгебры", 2—7 августа 2010 Омск Россия]
Моделирование динамических систем с динамической структурой на примере камбиальных клеток
Зубаирова У.С., Николаев С.В.
[Сборник трудов VIII Всероссийской научно-практической конференции студентов, аспирантов и молодых учёных "Молодёжь и современные информационные технологии", 3-5 марта 2010 года]
Модель типа реакция-диффузия механизма регуляции пространственной структуры апикальной меристемы побега
Николаев С. В. , Зубаирова У.С., Мьолснесс Э., Смаль П.А., Шапиро Б., Колчанов Н.А.
[III Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика", 10-15 октября 2010 г., Пущино]
Нестабильность структуры клеточного ансамбля в модифицированной модели трехцветного флага в результате роста и деления клеток
Зубаирова У.С., Николаев С.В., Фадеев С.И., Мьолснесс Э., Колчанов Н.А.
[III Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика", 10-15 октября 2010 г., Пущино]
2008 A MODEL STUDY OF THE ROLE OF PROTEINS CLV1, CLV2, CLV3, AND WUS IN REGULATION OF THE STRUCTURE OF THE SHOOT APICAL MERISTEM
Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A.
[The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)]
Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development
Lavreha V.V., Penenko A.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A.
[The Sixth International Conference of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008)]
Computer system for modelling and analysis of plant tissue growth and development
V.V. Lavreha, A.V.Penenko, S.V. Nikolaev, N.A. Kolchanov
[The European conference on Computational Biology (ECCB'08)]
2007 Computer system for analysis and modeling 2D plant tissue
Lavreha V.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A., Penenko A.V.
[3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology "MCCMB' 2007". July 27-31, 2007, Moscow, Russia]
Modeling of the Shoot Apical Meristem Structure Regulation Based on CLV1, CLV2, CLV3 and WUS Interactions
Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Smal P.A., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A.
[The Eighth International Conference On Systems Biology (ICSB-2007)]
Применение формализма dL-систем для изучения модели регуляции размеров возобновительной зоны в растущей ткани
Зубаирова У.С., Николаев С.В.
[VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям, Новосибирск, 27-29 ноября 2007]
2006 A system for simulation of 2D plant tissue growth and development
Nikolaev S.V., Penenko A.V., Belavskaya V.V., Mjolsness E., N.A. Kolchanov N.A.
[5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia (July 14-22)]
Identification and structure-functional analysis of the specificity determining residues of the alpha subunits of the proteosomal complex. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, 2006, v.1, p. 235-239.
Baryshev P.B., Afonnikov D.A., Nikolaev S.V.
[International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]

Гранты

2012 Междисциплинаный интеграционный проект «Суперкомпьтерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих частиц различной природы для решения естественно-научных и нанотехнологичных задач»
Подколодный Николай Леонтьевич, Колчанов Николай Александрович, Лашин Сергей Александрович, Николаев Сергей Васильевич

2011 Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега
Колчанов Николай Александрович, Акбердин Илья Ринатович , Деменков Павел Сергеевич, Зубаирова Ульяна Станиславовна, Николаев Сергей Васильевич, Пененко Алексей Владимирович, Смаль Павел Александрович, Турнаев Игорь Иванович

Формирование билатеральной симметрии в зародышах двудольных растений
Колчанов Николай Александрович, Голушко Сергей Кузьмич, Зубаирова Ульяна Станиславовна, Николаев Сергей Васильевич, Пененко Алексей Владимирович, Смаль Павел Александрович, Юрченко Андрей Васильевич

2008 Компьютерное моделирование и анализ механизма гомеостаза структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме Arabidopsis thaliana
Колчанов Н.А. , Омельянчук Н.А., н.с. Николаев С.В., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Хомичева И.В., Миронова В.В., Лавреха В.В.

2005 Компьютерный анализ структурной организации и эволюции функциональных сайтов глобулярных белков
Афонников Дмитрий Аркадьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Григорович Дмитрий Александрович,Деменков Павел Сергеевич,Морозов Александр Валерьевич, Николаев Сергей Васильевич, Пинтус Сергей Сергеевич, Титов Игорь Иванович, Ефремов Роман Гербертович, Пырков Тимофей Владимирович

Теоретическое исследование особенностей эволюции белков, обусловленных координированными заменами аминокислотных остатков
Варламова Елена Сергеевна, Григорович Дмитрий Александрович, Иванисенко Владимир Александрович, Николаев Сергей Васильевич, Титов Игорь Иванович


Научное руководство

2016 Компьютерное моделирование морфодинамики в меристемах растений с учетом морфогенетической регуляции и биомеханических свойств клеток [Зубаирова Ульяна станиславовна]
2010 Система для моделирования морфогенеза двумерных растительных тканей [СМАЛЬ Павел Александрович]
2008 Идентификация параметров в модели регуляции компартментной структуры апикальной меристемы растения [СМАЛЬ Павел Александрович]
Одномерная модель регуляции структуры возобновительной зоны в биологической ткани с учетом роста и деления клеток [Зубаирова Ульяна Станиславовна]
2006 L-системы и моделирование в биологии развития растений [Еременко Денис Сергеевич]
Применение формализма dL-систем для моделирования в биологии развития (на примере водоросли Anabaena Catenula) [Зубаирова Ульяна Станиславовна]

Диссертации

2011 Моделирование регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana [Кандидат]
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.