ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Медведева Ирина Вадимовна, к. б. н.

Подразделение: 012. Лаб. компьютерной протеомики
Должность: научный сотрудник
Комната: 1315
Email: brukaro@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1315


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

30.01.1985

Образование

НГУ – 2007 – специалист (биоинформатика)

Область научных интересов

Молекулярная эволюция, пространственная структура белков.



Публикации

2017 Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events
Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
SITEX 2.0: Projections of protein functional sites on eukaryotic genes. Extension with orthologous genes.
Medvedeva IV, Demenkov PS, Ivanisenko VA
[J Bioinform Comput Biol]
2016 Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals
Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
[BMC PLANT BIOL]
2015 Computer analysis of protein functional sites projection on exon structure of genes in Metazoa.
Medvedeva I., Demenkov P., Ivanisenko V.
[BMC GENOMICS]
2013 Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2012 ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes
Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko
[NUCLEIC ACIDS RES]
2009 Анализ распределения аденозин-фосфат связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
[Информационный вестник ВОГИС]

Конференции

2016 Analysis of aggressive behavior by whole RNA sequencing in brain compartments
V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Medvedeva, I.V. Chadaeva, A.I. Dergilev, A.M. Spitsyna, N.N. Kudriavtseva, A.L. Markel, Y.L. Orlov
[Нейроинформатика 2016]
Computer Analysis of RNA-seq Data of Laboratory Rats with Aggressive Behavior
Anatoly O. Bragin*, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
[SocBin Bioinformatics 2016]
How are protein functional sites encoded by exon structure in Metazoas
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[SocBin Bioinformatics 2016]
2015 Gene Expression Analysis in Brain Areas of Laboratory Rats with Aggressive Behavior by RNA-seq Data
Anatoly O. Bragin, Vladimir N. Babenko, Anastasia M. Spitsina, Ekaterina V. Kulakova, Irina V. Medvedeva, Irina V. Chadaeva, Yuriy L. Orlov, Arcady L. Markel
[CSBio’2015]
2014 Computer study of gene expression related to agressive and tolerant behaviors on laboratory animals.
Orlov Y.L., Spitsina A.M., Medvedeva I.V., Bragin A.O., Anikeev A.V., Galyamina A.G., Kozhemyakina R.V., Safronova N.S., Kovalenko I.L., Konoshenko M.I., Moreva T.A., Kudryavtseva N.N., Markel A.L.
[BGRS/SB-2014]
2012 INFLUENCES OF PROTEIN FUNCTIONAL SITES ENCODING
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, Ivanisenko V. A.
[BGRS-2012]
2011 Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А.
[International German/Russian Summer School on Integrative Biological Pathway Analysis and Simulation]
Analysis of protein functional sites encoding features
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович
[ISMB/ECCB 2011]
2010 Computer Sytem SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
Медведева И. В., Деменков П. С., Иванисенко В. А.
[The Young Scientists School "Bioinformatics and system biology", Novosibirsk, Russia, 28-29 June 2010]
Computer system SitEx for analyzing protein functional sites in eukaryotic gene structure
I.V. Medvedeva, P.S. Demenkov, V.A. Ivanisenko
[7th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure\system biology (BGRS/SB'20010). June 20-27, 2010, Novosibirsk]
2008 Protein Functional Sites Projection on Exon Structure Of Gene for ATP-, ADP-, AMP-binding Sites
I.V. Medvedeva, V.A. Ivanisenko
[International Autumn School for Young Scientists on Computational Systems Biology and Bioinformatics]
2007 Анализ картирования функциональных сайтов белков на экзонной структуре гена
Медведева И. В.
[XLV международная научная студенческая конференция: Студент и научно-технический прогресс, Новосибирск 10-12 апреля 2007г.]
2006 Анализ распределения просайтов функциональных сайтов в пространственных структурах белков
Шаронова (Медведева) И. В.
[XLIV Международная научная студенческая конференция "Студент и научно-технический прогресс"]

Гранты

2015 Анализ генетических полиморфизмов адаптации к окружающей среде и диабета II типа у монгольских бурят
Бабенко Владимир Николаевич, Вишневский Олег Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Орлов Юрий Львович, Посух Ольга Леонидовна, Сафронова Наталья Сергеевна, Китайские партнеры - Проф. Минг Чен, Проф. Хайхуа Бай

2014 Экспериментальные генетические модели агрессивного и толерантного поведения: исследование молекулярно-генетических механизмов с использованием технологий секвенирования следующего поколения (RNA-Seq)
17 человек

Компьютерно-экспериментальный анализ молекулярных механизмов регуляции экспрессии генов в клетках опухолей головного мозга
Васильев Геннадий Владимирович Вишневский Олег Владимирович Генаев Михаил Александрович Губанова Наталья Владимировна Климова Наталья Викторовна Кожевникова Оюна Суранзановна Медведева Ирина Вадимовна Орлов Юрий Львович Попик Ольга Васильевна Сафронова Наталья Сергеевна

2012 Интегрированная биоинформационная платформа анализа данных экспрессии генов в тканях мозга
Орлов Юрий Львович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Медведева Ирина Вадимовна, Кожевникова Оюна Суранзановна, Васильев Геннадий Владимирович, Медведев Кирилл Евгеньевич, Орлов Алексей Валерьевич, Подколодный Николай Леонтьевич, Пономаренко Михаил Павлович, Рубцова Надежда Владимировна, Вишневский Олег Владимирович, Ершов Никита Игоревич, Климова Наталья Викторовна, Суслов Валентин Владимирович, Генаев Михаил Александрович, Корболина Елена Евгеньевна, Пономаренко Петр Михайлович, Семенычев Александр Владимирович, Овчинников Владимир Юрьевич, Сафронова Наталья Сергеевна, Шмаков Николай Александрович, Гунбин Константин Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич

Изучение механизмов функционирования репликона вируса гепатита C в клетке хозяина методами системной биологии
Самсонова Мария Георгиевна, Тодоров Дмитрий Игоревич, Березин Сергей Васильевич, Гурский Виталий Валериевич, Мясникова Екатерина Марковна, Суркова Светлана Юрьевна, Козлов Константин Николаевич, Акбердин Илья Ринатович, Брагин Анатолий Олегович, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Н.В., Иванисенко Тимофей Владимирович, Медведева Ирина Вадимовна, Мищенко Елена Леонидовна, Сайк Ольга Владимировна, Тийс Евгений Сергеевич

2011 Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике
Орлов Юрий Львович, Колчанов Николай Александрович, Афонников Дмитрий Аркадьевич, Вишневский Олег Владимирович, Левицкий Виктор Георгиевич, Ощепков Дмитрий Юрьевич, Иванисенко Владимир Александрович, Иванисенко Тимофей Владимирович, Деменков Павел Сергеевич, Брагин Анатолий Олегович, Медведева Ирина Вадимовна, Гунбин Константин Владимирович

2010 Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей
Колчанов Н.А., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Медведева И.В., Тийс Е.С., Брагин А.О., Игнатьева Е.В., Ананько Е.В., Мищенко Е.Л., Сайл О.В.

2009 Разработка Веб-ориентированной экспертной системы, предназначенной для распознавания взаимосвязанных белков, выявленных с применением постгеномных методов
Колчанов Н.А., Подколодный Н.Л., Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Медведева И.В., Тийс Е.С., Брагин А.О., Игнатьева Е.В., Ананько Е.В., Подколодная Н.Н., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М.


Патенты

2013 Позиции аминокислот функциональных сайтов белков в экзонной структуре кодирующих генов (СайтЭкс)/Protein functional sites positions in exon structure of the coding genes (SitEx)
Медведева Ирина Вадимовна, Деменков Павел Сергеевич, Иванисенко Владимир Александрович


Диссертации

2014 Компьютерный анализ закономерностей кодирования функциональных сайтов белков в генах позвоночных [Кандидат]
2007 Картирование функциональных сайтов белков на экзонной структуре гена [Специалист]
© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.