ИЦиГ  

Система учета научной деятельности (ASSA)

  Вход  

Алемасов Николай Александрович

Подразделение: 012. Лаб. компьютерной протеомики
Совместительство: 102. Лаб. сист. биол. программируемой клеточной гибели
Должность: младший научный сотрудник
Комната: 1330
Email: alemasov@bionet.nsc.ru
Рабочий: +7 (383) 363-49-63*1330


Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

17.11.1985

Образование

НГУ – 2008 – специалист (прикладная информатика)

ИЦиГ – 2011 – выпускник аспирантуры (математическая биология, биоинформатика)

Область научных интересов

Биоинформатика, молекулярное моделирование, параллельное программирование, системное программирование.

Хобби

Барабанщик группы "Живи!".
Классический вокал.

Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.

ВКонтакте



Публикации

2017 Regression model for predicting pathogenic properties of SOD1 mutants based on the analysis of conformational stability and conservation of hydrogen bonds.
Alemasov N. A., Ivanisenko N. V., Ivanisenko V. A.
[Journal of Molecular Graphics and Modelling]
2016 Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko
[Journal of Biomolecular Structure and Dynamics]
2015 Interaction sorting method for molecular dynamics on multi-core SIMD CPU architecture
Matvienko S., Alemasov N., and Fomin E.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Structural and dynamic properties of mutant SOD1 proteins associated with amyotrophic lateral sclerosis
Alemasov, N. A., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2014 Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species
Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov
[BMC STRUCT BIOL]
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2012 A Study of the Thermal Stability of Mutant Barnase Protein Variants with MOLKERN Software
E.S. Fomin, N.A. Alemasov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Исследование термостабильности мутантных форм белка барназы с использованием программного комплекса MOLKERN
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерные методы исследования термостабильности белков и их применение в биологии
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Программный комплекс L-MOLKERN для расчетов разностей свободных энергий с учетом эффектов перераспределения заряда
Фомин Э.С., Алемасов Н.А.
[Математическая биология и биоинформатика]
2010 Эффективная реализация алгоритма расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Вычислительные технологии]
2009 Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture
Fomin E.S., Alemasov N.A.
[Lect Notes Comput Sci]
2006 Библиотека программных компонент MOLKERN для построения программ молекулярного моделирования
Фомин Э.С., Алемасов Н.А., Чирцов А.С., Фомин А.Э.
[BIOFIZIKA+]

Монографии

2009 Implementation of a Non-bonded Interaction Calculation Algorithm for the Cell Architecture
Fomin E.S., Alemasov N.A.


Конференции

2016 Approach to predicting the solubility/insolubility of E. coli proteins based on their primary structure using sequence normalization and machine learning techniques
N.A. Alemasov, N.V. Ivanisenko, K.S. Antonets, A.A. Nizhnikov, V.A. Ivanisenko
[BGRS\SB-2016]
2015 Молекулярно-динамическая модель для оценки влияния мутаций в белке на фенотипические признаки организма
Алемасов Н.А., Иваниесенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Актуальные проблемы вычислительной и прикладной математики 2015 (AMCA 2015)]
Структурные и динамические особенности мутантов белка SOD1, ассоциированных с боковым амиотрофическим склерозом
Алемасов Н.А., Иванисенко Н.В., Иванисенко В.А.
[Белки и пептиды 2015]
2014 L-MOLKERN software allowing for polarization effects in free energy calculation
E.S. Fomin, N.A. Alemasov
[BGRS/SB-2014]
Structural and dynamical properties of SOD1 protein mutants related to familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay Alemasov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko
[IB-PAS 2014]
2013 L-MOLKERN software for capturing polarization effects in free energy calculations
Fomin E.S., Alemasov N.A.
[VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”]
МЕТОД СВЯЗАННЫХ ЯЧЕЕК С СОРТИРОВКОЙ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ДЛЯ ВЕКТОРИЗОВАННЫХ РАСЧЕТОВ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ
Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Second International Conference Cluster Computing 'CC 2013']
2012 HIGH PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS: CASE STUDIES
N. L. Podkolodnyy, P.S. Demenkov, K.V. Gunbin, Y.L. Orlov, E.S. Fomin, N.A. Alemasov, F.A. Kazantsev, O.V. Vishnevsky, V.A.Ivanisenko, D.A. Afonnikov, N.V. Kuchin, B.M. Glinsky, N.A. Kolchanov
[The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure \ System biology (BGRS\SB'2012)]
Protein thermal stability study using NAMD on high-performance cluster
N.A. Alemasov, E.S. Fomin
[8th International Conference on the Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2012)]
2011 Исследование масштабируемости алгоритмов поиска ближайших соседей в методе молекулярной динамики
Матвиенко С.А., Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика]
Улучшенные алгоритмы расчёта свободной энергии для определения термостабильности белковых комплексов
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика»]
2010 Сравнительный анализ производительности процессоров PowerXCell8i и Intel X7560 на примере задач молекулярной динамики
Фомин Э.С., Н.А. Алемасов, С.А.Матвиенко
[Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах HPC2010, Материалы X Международной конференции, г.Пермь, 1-3 ноября, 2010 г.]
2009 Алгоритм расчёта ближних невалентных взаимодействий на процессоре PowerXCell8i. SPE-центричная модель
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[Девятая международная конференция-семинар "Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах", Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых, Владимир, 2–3 ноября 2009 года]
Использование архитектуры Cell/B.E. для ускорения выполнения пакета молекулярного моделирования MOLKERN
Алемасов Н.А.
[XVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", Москва, 14-17 апреля 2009]
2008 OpenMP+MPI parallel implementation of the «MOLKERN» molecular modelling software package
Алемасов Н.А., Фомин Э.С.
[6th international conference on bioinformatics of genome regulation and structure BGRS’2008, Novosibirsk, June 22-28]
Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования "MOLKERN" с использованием OpenMP
Алемасов Николай Александрович
[Технологии Microsoft в теории и практике программирования, Конференция-конкурс работ студентов, аспирантов и молодых ученых, Новосибирск, Академгородок]
2007 MOLKERN as new effective engine for drug discovery software
Fomin E.S., Alemasov N.A., Chirtsov A.S., Fomin A.E.
[4th International Symposium Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI-2007)]
Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга
Алемасов Николай Александрович, Фомин Эдуард Станиславович
[IV Российская-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск]

Гранты

2012 Междисциплинарный интеграционный проект «Математические модели, числен-ные методы и параллельные алго-ритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на мно-гопроцессорных СуперЭВМ»
Подколодный Николай Леонтьевич Колчанов Николай Александрович Фомин Эдуард Станиславович Алемасов Николай Александрович Казанцев Федор Владимирович Афонников Дмитрий Аркадьевич Гунбин Константин Владимирович Генаев Михаил Александрович Вишневский Олег Владимирович

2011 Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии
Подколодный Николай Леонтьевич Фомин Эдурд Станиславович Алемасов Николай Александрович

© 2010-2017 ИЦиГ СО РАН. Все права защищены.