Волкова Оксана Анатольевна, к. б. н. В данный момент не является сотрудником института Подразделение: 139. Лаб. по технологии ферментации Должность: младший научный сотрудник Email: ov@bionet.nsc.ru

Персональная информация

Рабочий адрес

Г.  Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева д. 10, Россия

Дата рождения

10 февраля

Образование

КГУ – 1998 – специалист (клиническая биохимия)

МГУ – 1998 – повышение квалификации (молекулярная биология)

Аспирантура

ИЦиГ СО РАН, лабортория генной инженерии -1998-2001

Область научных интересов

биоинформатика, генетика, генная инженерия

Область рабочих интересов

регуляция инициации трансляции

Хобби

 

Контакты в социальных сетях, блогах и т.д.

 

Публикации

2020	Metagenomics dataset used to characterize microbiome in water and sediments of the lake Solenoe (Novosibirsk region, Russia) Alla V Bryanskaya, Aleksandra A Shipova, Alexei S Rozanov, Oxana A Volkova, Elena V Lazareva, Yulia E Uvarova, Tatyana N Goryachkovskaya, Sergey E Peltek [Data in Brief]
2018	Ribonuclease activity as a new prospective disease resistance marker in potato E.A. Trifonova , S.M. Ibragimova, O.A. Volkova, V.K. Shumny, A.V. Kochetov [Vavilov journal of genetics and breeding]
2017	Start codons and mRNA translation efficiency prediction using RiboSeq-based weight matrices Kondrakhin Yu.V., Sharipov R.N., Volkova O.A. [Acta Naturae]
	Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data. Yevshin I.S., Sharipov R.N., Volkova O.A. [Acta Naturae]
	Ribo-seq DB – a repository of selected human and mouse Ribo-seq and RNA-seq data. Sharipov R.N., Yevshin I.S., Kondrakhin Yu.V, Volkova O.A. [Acta Naturae]
2016	Assessment of translational importance of mammalian mRNA sequence features based on Ribo-Seq and mRNA-Seq data Oxana A. Volkova,Yury V. Kondrakhin†, Ivan S. Yevshin, Tagir F. Valeev,Ruslan N. Sharipov [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	Оценка трансляционной значимости характеристик нуклеотидной последовательности мРНК млекопитающих на основе данных рибосомного профилирования O.A.Волкова, Ю.В. Кондрахин, Р.Н.Шарипов [Vavilov journal of genetics and breeding]
2015	Влияние загрязнения атмосферного воздуха взвешенными веществами на сердечно-сосудистую систему. А.Ф. Колпакова, Р.Н. Шарипов, О.А. Волкова [Сибирский медицинский журнал]
2014	RiboSeqDB – a repository of selected human and mouse ribosome footprint and RNA-seq data Sharipov R.N., Yevshin I.S., Kondrakhin Y.V., Volkova O.A. [Virtual Biology]
2013	Hidden coding potential of eukaryotic genomes: non-AUG started ORFs Kochetov A.V., Prayaga P.D., Volkova O.A., Sankararamakrishnan R. [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
2011	Tandem termination signal in plant mRNA Kochetov A.V., Volkova O.A., Poliakov A., Dubchak I., Rogozin I.B. [GENE]
2010	Interrelations between the nucleotide context of human start AUG codon, N-end amino acids of the encoded protein and initiation of translation Volkova O.A. Kochetov A.V. [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
2008	uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. [FEBS LETT]
2006	Взаимосвязь контекстной организации сигнала инициации трансляции и аминокислотной последовательности на N-конце белков эукариот Волкова О.А., Титов С.Е., Кочетов А.В. [BIOPHYSICS]
	Потенциальные открытые рамки считывания в 5”-нетранслируемых районах эукариотических мРНК Волкова О. А., Кочетов А. В., Титов С. Е., Колчанов Н. А. [BIOPHYSICS]

Монографии

2008

Компьютерная транскриптомика. Трансляция. В монографии «Системная Компьютерная Биология». Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А. Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Титов И.И., Колчанов Н.А.

Конференции

2018	Analysis of relationships between putative genetic markers and immune response in patients with uterine myoma Volkova O., Kondrakhin Yu., Sharipov R., Prokofev V., Shevchenko A., Konenkov V. [Systems Biology and Biomedicine (SBioMed-2018): Symposium]
2017	Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data. Yevshin I.S., Sharipov R.N., Volkova O.A. [II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"]
	Assessment of translation efficiency from ribosome profiling and mRNA-seq data. Yevshin I.S., Sharipov R.N., [Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow]
	Prediction of start codons and mRNA translation efficiency using RiboSeq-based weight matrices. Kondrakhin Yu.V., Sharipov R.N., Volkova O.A. [Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow]
	Ribo-seq DB – a repository of selected human and mouse Ribo-seq and RNA-seq data. Sharipov R.N., Yevshin I.S., Kondrakhin Volkova O.A [II Всероссийской конференции с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"]
	Ribo-seq DB – a repository of selected human and mouse Ribo-seq and RNA-seq data. Sharipov R.N., Yevshin I.S., Kondrakhin Volkova O.A [II Всероссийская конференция с международным участием "Высокопроизводительное секвенирование в геномике"]
	Сравнительный анализ особенностей организации нуклеотидных последовательностей mRNA и длинных некодирующих lncRNA Волкова О.А., Кондрахин Ю.В., Шарипов Р.Н. [XVI Российская конференция «Распределенные информационно - вычислительные ресурсы. Наука - цифровой экономике»]
2016	ASSESSMENT OF TRANSLATION EFFICENCY FROM RIBOSOME PROFILING AND MRNA-SEQ DATA I.S. Yevshin, R.N. Sharipov, O.A. Volkova [The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology. BGRS2016 Novosibirsk, Russia]
	ASSESSMENT OF TRANSLATIONAL IMPORTANCE OF MAMMALIAN MRNA SEQUENCE FEATURES BASED ON RIBO- AND MRNA-SEQ DATA Yu.V. Kondrakhin, R.N. Sharipov, O.A. Volkova [The Tenth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology. BGRS 2016 Novosibirsk, Russia]
	Оценка эффективности трансляции на основании данных рибосомного профилирования и mRNA-seq ИС Евшин, ОА Волкова,ФА Колпаков [NGS в медицинской генетике]
2015	Estimation of translational importance of mammalian mRNA nucleotide sequence characteristics based on ribosomal profiling data O.A. Volkova, Y.V. Kondrakhin, R.N. Sharipov [Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15)]
2014	The mRNA features important for translation initiation revealing using ribosome profiling data Gluschenko O., Sharipov R. N., Kondrakhin Yu.V., Volkova O.A. [The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology. BGRS\SB-2014]
2011	The mRNA characteristics potentially involved in recognition of non-AUG start codons in yeast mRNAs Volkova O. A., Kochetov A. V. [Moscow Conference on Computational Molecular Biology]
2010	Role of N-end amino acids in translation of human proteins Volkova O.A., Kochetov A.V. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
2009	Interrelation between the translation initiation signal and the N-end of encoded protein in human mRNAs Volkova O.A., Kochetov A.V. [Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow]
2008	Fine structure of mammalian translation initiation signal Volkova O.A., Kochetov A.V. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
2007	Contextual organization of 3’-end context of translation start site in eukaryotic mRNAs Volkova O.A., Kochetov A.V. [Moscow Conference on Computational Molecular Biology]
	Взаимосвязь контекстной организации сигнала инициации трансляции и аминокислотной последовательности на N-конце белков ряда эукариот Волкова О.А., Кочетов А.В. [Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", г. Томск]
2006	Amino acid preferences at the N-terminal part of eukaryotic proteins correlating with a specific contextual organization of translation initiation signal. Proc. 5th Intern. Volkova O.A., Kochetov A.V. [Bioinformatics of Genome Regulation and Structure]
	Interrelationship between N-terminal region of eukaryotic proteins and specific contextual organization of translation start site Volkova O.A., Kochetov A.V. [Translational Control and Non-Coding RNA Meeting]

Гранты

2014	Построение модели и предсказание эффективности трансляции мРНК млекопитающих по ее первичной последовательности на основе данных по рибосомному профилированию. Шарипов Руслан Нильевич, инж.-прогр. 1 кат. ФГБУН КТИ ВТ СО РАН, исполнитель Кондрахин Юрий Bасильевич, с.н.с. ФГБУН КТИ ВТ СО РАН, исполнитель Евшин Иван Сергеевич, инж.-прогр. 1 кат. ФГБУН КТИ ВТ СО РАН, исполнитель Свичкарев Анатолий Владленович, студ. ФГАОУВО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет» (НГУ), исполнитель.
2010	Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных Дымшиц Г.М., Меркулова Т.И., Раушенбах И.Ю., Кочетов А.В., Грунтенко Н.Е., Попова Н.А., Адоньева Н.В., Васильев Г.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Антонцева Е.В., Пахарукова М.Ю., Карпова Е.К., Богомолова Е.В., Иванов М.К., Федосеева Л.А., Ощепков Д.Ю., Шарипов Р.Н., Глушков С.А., Ведерников В.Е., Брызгалов Л.О., Климова Н.В., Сангаев С.С., Волкова О.А., Ершов Н.И., Герасимова С.В., Брагин А.Г., Прасолова М.А., Рязанова М.А., Прокопьев Р.А., Горелова В.В., Савельева А.В., Попов Е.Г., Шевелев О.Б., Климов Л.О.
	Исследование роли экстраклеточных рибонуклеаз в механизме вирусоустойчивости растений Кочетов Алексей Владимирович Волкова Оксана Анатольевна Сангаев Содном Сергеевич Трифонова Екатерина Александровна Ибрагимова Салмаз Магомедсаидовна
2009	Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот Кочетов А.В., Подколодный Н. Л., Игнатьева Е. В., Подколодная О. А., Ананько Е. А., Рассказов Д. А., Подколодная Н. Н., Волкова О. А.

Диссертации

2012	Трансляционно-значимые характеристики 5`-нетранслируемых районов мРНК эукариотических генов [Кандидат]