ICG  

Accounting System of Scientific Activity (ASSA)

      

Yuriy Orlov, Dr. Sci. (Biol.)

Department: Laboratory of Evolutionary Bioinformatics and Theoretical Genetics
Pluralist: Design Department
Position: Senior Researcher
Room: 1311
Email: orlov@bionet.nsc.ru
Work phone: +7 (383) 363-49-63*1311


Publications

2017 Analysis of 3d chromosome contacts using sequencing technologies
Thierry O., Dergilev A.I., Orlov Y.L.
[Acta Naturae]
Assessment of translation efficiency from Ribo-seq and mRNA-seq data
Tabanyuhov K.A., Mazurina E.P., Chadaeva I.V., Kozhemyakina R.V., Orlov Y.L.
[Acta Naturae]
Biological Big Bytes: Integrative Analysis of Large Biological Datasets
Chen M, Harrison A, Shanahan H, Orlov Y.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Computational Errors and Biases of Short Read Next Generation Sequencing
Abnizova I., te Boekhorst R., Orlov Y.
[Journal of Proteomics and Bioinformatics]
Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events
Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Computer Science and Information Systems
Babenko V.N., Bogomolov A.G., Babenko R.O., Galieva E.R., Orlov Y.L
[CpG islands’ clustering uncovers early development genes in human genome]
Editorial: Bioinformatics development at the BGRS\SB conference series: 10th anniversary
Orlov Y.L., Kolchanov N.A., Hofestädt R., Wong L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Evolutionary biology at BGRS\SB-2016
Baranova A.V., Orlov Y.L.
[BMC Evol. Biol]
Genomic landscape of CpG rich elements in human genome
Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[BMC Evol. Biol]
Non-coding RNAs and Their Roles in Stress Response in Plants
Jingjing Wang, Xianwen Meng, Oxana Dobrovolskaya, Yuriy Orlov, Ming Chen
[Genomics, Proteomics and Bioinformatics]
Serotonergic genes in the development of anxiety/depression-like state and pathology of aggressive behavior in male mice: RNA-seq data.
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Vishnivetskaya G.B., Babenko V.N., Orlov Yu.L
[Molecular Biology]
Альтернативный сплайсинг в отделах головного мозга селектированных по агрессивности крыс
В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов
[молекулярная биология]
Анализ геномных полиморфизмов в популяциях с помощью секвенирования на примере выборки монголов Китая
Табиханова Л.Э., Чен М., Бай Х., Осипова Л.П., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
Генетический полиморфизм и сопутствующие факторы риска ишемического инсульта в монгольской популяции Китая
Чижу У, Хуигуань У, Юрий Л. Орлов, Гегентана Гегентана, Веньян Хуо, Анатолий О. Брагин, Нуомин У, Суялату Суялату, Фукуан Жао, Жиньвен Жао, Людмила Э. Табиханова, Минг Чен, Хайхуа Бай.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Дифференциальная экспрессия и альтернативный сплайсинг в культурах клеток глиом по данным RNA-seq
Губанова Н.В., Брагин А.О., Бабенко В.Н., Гайтан А.С., Кривошапкин А.Л., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
Компьютерные методы анализа хромосомных контактов в ядре клетки по данным технологий секвенирования
Орлов Ю.Л., Тьерри О., Богомолов А.Г., Цуканов А.В., Кулакова Е.В., Галиева Э.Р., Брагин А.О., Ли Г.
[Биомедицинская химия]
Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекс ExpGene
А. М. Спицина, А. О. Брагин, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, Н. Н. Твердохлеб, Э. Р. Галиева, Л. Э. Табиханова, Ю. Л. Орлов
[Програмные системы: теория и приложения]
Компьютерный анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в эмбриональных стволовых клетках
Дергилев А.И., Цуканов А.В., Орлов Ю.Л.
[Гены и клетки]
Компьютерный анализ экспрессии генов, вовлеченных в работу серотонергических и дофаминергических систем, в вентральной тегментальной области мозга крыс, предрасположенных к проявлению агрессивного поведения
Брагин А.О., Чадаева И.В., Генаев М.А., Кожемякина Р.В., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л.
[Биомедицинская химия]
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Программные системы: теория и приложения]
Роль генов апоптоза в контроле агрессивного поведения, выявленная с помощью комбинированного анализа ассоциативных генных сетей, экспрессионных и геномных данных по серым крысам с агрессивным поведением
А.О. Брагин, О.В. Сайк, И.В. Чадаева, П.С. Деменков, А.Л. Маркель, Ю.Л. Орлов, Е.И. Рогаев, И.Н. Лаврик, В.А. Иванисенко
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Серотонергические гены в развитии тревожно/депрессивного расстройства и патологии агрессивного поведения у самцов мышей: Данные RNA-seq
Н. Н. Кудрявцева, Д. А. Смагин, И. Л. Коваленко, А. Г. Галямина, Г. Б. Вишнивецкая, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов
[молекулярная биология]
Статистические оценки ошибок коротких прочтений ДНК при высокопроизводительном секвенировании
Васильев Г.В., Орлова Н.Г., Абнизова И.И., те Боекхорст Р., Орлов Ю.Л.
[Acta Naturae]
2016 Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals
Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Cognitive Architecture of Collective Intelligence based on Social Evidence
Kolonin A., Vityaev E., Orlov Y.
[Procedia Computer Science]
Computational genomics at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A.
[BMC GENOMICS]
Computational models in genetics at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Markel A.L.
[BMC Genet.]
Computational plant bioscience at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Salina E.A.
[BMC PLANT BIOL]
Computational problems of analysis of short next generation sequencing reads
te Boekhorst R., Naumenko F.M., Orlova N.G., Galieva E.R., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Orlov Y.L., Abnizova I.I.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Development of new SSR markers for homoeologous WFZP gene loci based on the study of the structure and location of microsatellites in gene-rich regions of chromosomes 2AS, 2BS, and 2DS in bread wheat.
Dobrovolskaya O.B., Pont C., Orlov Y.L., Salse J.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Dysfunction in ribosomal gene expression in the hypotalamus and hippocampus following chronic social defeat stress in male mice as revealed by RNA-seq.
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Bragin A.O., Orlov Yu.L., Kudryavtseva N.N.
[NEURAL PLAST]
Flanking monomer repeats determine decreased context complexity of single nucleotide polymorphism sites in the human genome.
Safronova N.S., Ponomarenko M.P., Abnizova I.I., Orlova G.V., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Heterogeneity of Brain Ribosomal Genes Expression Following Positive Fighting Experience in Male Mice as Revealed by RNA-Seq
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N., Kudryavtseva N.N.
[MOL NEUROBIOL]
Metabolic model of central carbon and energy metabolisms of growing Arabidopsis thaliana in relation to sucrose translocation
Zakhartsev M., Medvedeva I., Orlov Y., Akberdin I., Krebs O., Schulze W.X.
[BMC PLANT BIOL]
Transcriptome profiles of gene expression in brain of male mice with repeated experience of aggression as revealed by RNA-Seq
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N.
[EUR NEUROPSYCHOPHARM]
Изменение экспрессии дофаминергических генов в структурах мозга самцов мышей под влиянием хронического социального стресса: данные RNA-seq
Коваленко Ирина Леонидовна, Смагин Дмитрий Александрович, Галямина Анна Георгиевна, Орлов Юрий Львович, Кудрявцева Наталия Николаевна
[молекулярная биология]
Компьютерный анализ совместной локализации сайтов связывания транскрипционных факторов по данным ChIP-seq
Дергилев А.И., Спицина А.М., Чадаева И.В., Свичкарев А.В., Науменко Ф.М., Кулакова Е.В., Витяев Е.Е., Чен М., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций
Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2015 117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates
Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov
[Journal of Biomolecular Structure and Dynamics]
Association Analysis of Genetic Variants with Type Diabetes in a Mongolian Population in China.
Bai H, Liu H, Suyalatu S, Guo X, Chu S, Chen Y, Lan T, Borjigin B, Orlov YL, Posukh OL, Yang X, Guilan G, Osipova LP, Wu Q, Narisu N.
[Journal of Diabetes Research]
FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.)
Oxana Dobrovolskaya, Caroline Pont, Richard Sibout, Petr Martinek, Ekaterina Badaeva, Florent Murat, Audrey Chosson, Nobuyoshi Watanabe, Elisa Prat, Nadine Gautier, Véronique Gautier, Charles Poncet, Yuriy Orlov, Alexander A. Krasnikov, Hélène Bergès, Elena Salina, Lyudmila Laikova, Jerome Salse
[PLANT PHYSIOL]
Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue
Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Regulatory single nucleotide polymorphisms at the beginning of intron 2 of the human KRAS gene
Elena V Antontseva, Marina Yu Matveeva , Natalia P Bondar, Elena V Kashina, Elena Yu Leberfarb, Leonid O Bryzgalov, Polina A Gervas, Anastasia A Ponomareva, Nadezhda V Cherdyntseva, Yury L Orlov, Tatiana I Merkulova
[J BIOSCIENCES]
Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е. В., Спицина А. М., Орлова Н. Г., Дергилев А. И., Свичкарев А. В., Сафронова Н. С., Черных И. Г., Орлов Ю. Л.
[Программные системы: теория и приложения]
Разработка новых SSR-маркеров к локусам гомеологичных генов WFZP на основе изучения строения и локализации микросателлитов в богатых генами районах хромосом 2AS, 2BS, 2DS мягкой пшеницы
О.Б. Добровольская, К. Понт, Ю.Л. Орлов, Ж. Сальс
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы
Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов
[RUSS J GENET+]
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
Суперкомпьютерный анализ геномных и транскриптомных данных, полученных с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК
Спицина А.М., Орлов Ю.Л., Подколодная Н.Н., Свичкарев А.В., Дергилев А.И., Чен М., Кучин Н. В., Черных И. Г., Глинский Б. М.
[Программные системы: теория и приложения]
Фланкирующие повторы мономеров определяют пониженную контекстную сложность сайтов однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека
Сафронова Н.С., Пономаренко М.П., Абнизова И.И., Орлова Г.В., Чадаева И.В., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 ChIP-seq данные и их анализ
Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А.
[Молекулярная и прикладная генетика. Сб. науч. тр. Институт генетики и цитологии НАН Беларуси.]
Агрессивное поведение: генетико-физиологические механизмы
Кудрявцева Н.Н., Маркель А.Л., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
ВЛИЯНИЕ ПЕРЕСТРОЕК ХРОМОСОМ 2-Й ГОМЕОЛОГИЧЕСКОЙ ГРУППЫ НА МОРФОЛОГИЮ КОЛОСА МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ
О.Б. Добровольская, П. Мартинек, И.Г. Адонина, Е.Д. Бадаева, Ю.Л. Орлов, Е.А. Салина, Л.И. Лайкова
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Компьютерное исследование регуляции транскрипции генов эукариот с помощью данных экспериментов секвенирования и иммунопреципитации хроматина
Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Association of AMD-like retinopathy development with an Alzheimer’s disease metabolic pathway in OXYS rats
Oyuna S. Kozhevnikova, Elena E. Korbolina, Natalia A. Stefanova, Natalia A. Muraleva, Yuriy L. Orlov, Nataliya G. Kolosova
[BIOGERONTOLOGY]
Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution
Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L.
[PALEONTOL J+(RUS)]
Genome-wide analysis reveals Zic3 interaction with distal regulatory elements of stage specific developmental genes in zebrafish
Winata C.L., Kondrychyn I., Kumar V., Srinivasan K.G., Orlov Y., Ravishankar A., Prabhakar S., Stanton L.W., Korzh V., Mathavan S.
[PLOS GENET]
Introductory note for BGRS-2012 special issue
Kolchanov N.A., Orlov Y.L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[J BIOMOL STRUCT DYN]
Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования
Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Эффективность элонгации генов дрожжей кореллирует с плотностью нуклеосомной упаковки в 5’-нетранслируемом районе.
Матушкин Ю.Г., Левицкий В.Г., Соколов В.С., Лихошвай В.А., Орлов Ю.Л.
[Математическая биология и биоинформатика]
2012 3С-методы в исследованиях пространственной организации генома
Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell
Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale
Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y.
[Proceedings of HIBIT2012]
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
RatDNA: база данных микрочиповых исследований на крысах для генов, ассоциированных с заболеваниями старения
О.С. Кожевникова, М.К. Мартыщенко, М.А. Генаев, Е.E. Корболина, Н.А. Муралева, Н.Г. Колосова, Ю.Л. Орлов
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions
Kian Leong Lee, Sandy Keat Lim, Yuriy Lvovich Orlov, Le Yau Yit, Henry Yang, Lay Teng Ang, Lorenz Poellinger, Bing Lim
[PLOS GENET]
Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA
Putta P., Orlov Y.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Статистические оценки экспрессии мобильных элементов в геноме человека на основе клинических данных экспрессионных микрочипов
Ю.Л. Орлов, В.М. Ефимов, Н.Г. Орлова
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
1993 SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites.
Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[Comput. Appl. Biosci.]
© 2010-2018 ICG SB RAS. All rights reserved.