ICG  

Accounting System of Scientific Activity (ASSA)

      

Irina Stepanenko, Cand. Sci. (Biol.)

Department: Laboratory of Computer-Assisted Proteomics
Position: Researcher
Room: 1313
Email: stepan@bionet.nsc.ru
Work phone: +7 (383) 363-49-63*1313


Publications

2015 Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites.
Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2014 Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
2012 A Model of the Gene Network for Flowering Time Regulation in Winter Wheat and Barley.
Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Titov I.I.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Mechanism of Action and Activity Regulation of COP1, a Constitutive Repressor of Photomorphogenesis.
Smirnova O.G , Stepanenko I.L., Shumny V.K.
[RUSS J PLANT PHYSL+]
Механизм действия и регуляция активности конститутивного репрессора фотоморфогенеза COP1.
Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К.
[Физиология растений]
Модель генной сети регуляции времени цветения у озимой пшеницы и ячменя.
Степаненко И.Л., Смирнова О.Г., Титов И.И.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 The Role of the COP1, SPA, and PIF Proteins in Plant Photomorphogenesis
O. G. Smirnova, I. L. Stepanenko, V. K. Shumnyia
[Biology Bulletin Reviews]
Роль белков COP1, SPA и PIF в регуляции фотоморфогенеза растений
Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Шумный В.К.
[Успехи современной биологии]
2008 TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes
N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko
[INTELL DATA ANAL]
2007 Application of bioinformatics resources for genosensor design
Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli
Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
[Доклады Академии Наук]
2005 GeneNet in 2005.
E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov.
[NUCLEIC ACIDS RES]
2004 Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода
Степаненко И.Л.
[Экологическая генетика]
2003 Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases
Stepanenko I., Kolchanov N.
[Ann.N.Y.Acad.Sci.]
Application of filter technology in photomorphogenesis gene network
Smirnova O.G., Stepanenko I.L.
[In Silico Biology]
2002 GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks.
Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002
Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG
[NUCLEIC ACIDS RES]
2001 Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок.
Степаненко И.Л.
[молекулярная биология]
1999 GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOFIZIKA+]
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
1998 GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. (ISMB)]
© 2010-2017 ICG SB RAS. All rights reserved.