ICG  

Accounting System of Scientific Activity (ASSA)

      

Vladimir Babenko, Cand. Sci. (Biol.)

Department: Laboratory of Human Molecular Genetics
Pluralist: Laboratory for Modeling Neural Disorders
Position: Senior Researcher
Room: 3303
Email: bob@bionet.nsc.ru
Work phone: +7 (383) 363-49-63*3303


Publications

2017 Computer Analysis of Glioma Transcriptome Profiling: Alternative Splicing Events
Babenko V.N., Gubanova N.V., Bragin A.O, Chadaeva I.V., Vasiliev G.V., Medvedeva I.V., Gaytan A.S., Krivoshapkin A.L., Orlov Yu.L.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Genomic landscape of CpG rich elements in human genome
Babenko V.N., Chadaeva I.V., Orlov Y.L.
[BMC Evol. Biol]
Mitochondrial DNA diversity in a Transbaikalian Xiongnu population
Aleksandr S. Pilipenko, Stepan V. Cherdantsev, Rostislav O. Trapezov, Anton A. Zhuravlev, Vladimir N. Babenko, Dmitri V. Pozdnyakov, Prokopiy B. Konovalov, Natalia V. Polosmak
[Archaeological and Anthropological Sciences]
RNA-Seq Mouse Brain Regions Expression Data Analysis: Focus on ApoE Functional Network.
BAbenko VN, Smagin DA, Kudryavtseva NN
[Journal of Integrative Bioinformatics]
АЛЬТЕРНАТИВНЫЙ СПЛАЙСИНГ В ОТДЕЛАХ ГОЛОВНОГО МОЗГА СЕЛЕКТИРОВАННЫХ ПО АГРЕССИВНОСТИ КРЫС
В. Н. Бабенко, А. О. Брагин, И. В. Чадаева, А. Л. Маркель, Ю. Л. Орлов
[молекулярная биология]
Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки, по данным полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C
Кулакова Е.В., Спицина А.М., Богомолов А.Г., Орлова Н.Г., Дергилев А.И., Чадаева И.В., Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л.
[Программные системы: теория и приложения]
СЕРОТОНЕРГИЧЕСКИЕ ГЕНЫ В РАЗВИТИИ ТРЕВОЖНО/ДЕПРЕССИВНОГО РАССТРОЙСТВА И ПАТОЛОГИИ АГРЕССИВНОГО ПОВЕДЕНИЯ У САМЦОВ МЫШЕЙ: ДАННЫЕ RNA-seq
Н. Н. Кудрявцева, Д. А. Смагин, И. Л. Коваленко, А. Г. Галямина, Г. Б. Вишнивецкая, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов
[молекулярная биология]
2016 Analysis of differential gene expression by RNA-seq data in brain areas of laboratory animals
Babenko V.N., Bragin A.O., Spitsina A.M., Chadaeva I.V., Galieva E.R., Orlova G.V., Medvedeva I.V., Orlov Y.L.
[Journal of Integrative Bioinformatics]
Association of IL28B and IL10 gene polymorphism with predisposition to tick-borne encephalitis in a Russian population
Barkhash A.V., Babenko V.N., Voevoda M.I., Romaschenko A.G.
[TICKS TICK-BORNE DIS]
Haplotype analysis of the HFE gene among populations of Northern Eurasia, in patients with metabolic disorders or stomach cancer, and in long-lived people
Mikhailova SV, Babenko VN, Ivanoshchuk DE, Gubina MA, Maksimov VN, Solovjova IG, Voevoda MI.
[BMC GENET]
Heterogeneity of Brain Ribosomal Genes Expression Following Positive Fighting Experience in Male Mice as Revealed by RNA-Seq
Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N., Kudryavtseva N.N.
[MOL NEUROBIOL]
The Dynamics of the Composition of mtDNA Haplotypes of the Ancient Population of the Altai Mountains from the Early Bronze Age (3rd Millennium BC) to the Iron Age (2nd-1st Centuries BC)
Gubina MA, Kulikov IV, Babenko VN, Chikisheva TA, Romaschenko AG, Voevoda MI, Molodin VI.
[Genetika]
Transcriptome profiles of gene expression in brain of male mice with repeated experience of aggression as revealed by RNA-Seq
Kudryavtseva N.N., Smagin D.A., Kovalenko I.L., Galyamina A.G., Orlov Y.L., Babenko V.N.
[EUR NEUROPSYCHOPHARM]
[Gene Polymorphism of the c-fms, ITGB3,CCR2, and DBH genes in the populations of old believers of the Tyumen oblast and Russian residents of Novosibirsk].
Gubina MA, Babenko VN, Ivanoshchuk DE, Shuryaeva AK, Latieva OO, Solov'eva IG, Ponomareva MN, Konovalova NA, Maksimov VN, Voevoda MI.
[Mol Biol (Mosk).]
Полиморфизм генов CD209 и TLR3 в популяциях Северной Евразии
Бархаш А.В., Бабенко В.Н., Воевода М.И., Ромащенко А.Г.
[Генетика]
Эволюция CpG-островов путем тандемных дупликаций
Бабенко В.Н., Орлов Ю.Л., Исакова Ж.И., Антонов Д.А., Воевода М.И.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2015 117 Analysis of SNP containing sites in human genome using text complexity estimates
Nataly S. Safronova, Vladimir N. Babenko, Yuriy L. Orlov
[Journal of Biomolecular Structure and Dynamics]
19 Implication of transposons distribution on chromatin state and genome architecture in human
Vladimir N. Babenko, Vladimir F. Matvienko, Nataly S. Safronova
[Journal of Biomolecular Structure and Dynamics]
Полиморфизм гена TRPM8 в кыргызской популяции:возможная связь с высокогорной адаптацией.
Бабенко ВН., Исакова ЖТ., Талайбекова ЭТ., Асамбаева ДА., Кобзев ВФ., Потапова ТА., Воевода МИ., Алдашев АА.
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2014 Genetic Organization of Interphase Chromosome Bands and Interbands in Drosophila melanogaster.
Zhimulev IF, Zykova TY, Goncharov FP, Khoroshko VA, Demakova OV, Semeshin VF, Pokholkova GV, Boldyreva LV, Demidova DS, Babenko VN, Demakov SA, Belyaeva ES.
[PLoS One]
The roles of the monomer length and nucleotide context of plant tandem repeats in nucleosome positioning
Levitsky VG, Babenko VN, Vershinin AV
[J BIOMOL STRUCT DYN]
Анализ аутосомных микросателлитных ДНК-локусов в геноме кыргызов.
Исакова ЖТ, Бабенко ВН, Асамбаева ДА, Талайбекова ЭТ, Алдашев АА
[Доклады нациаональной академии наук Кыргызской Распублики]
Ассоциация полиморфизмов TRPM8 с липидами крови и антропометрическими показателями в русской популяции.
Potapova TA, Babenko VN, Kobzev VF, Romashchenko AG, Maksimov VN, Voevoda MI.
[B EXP BIOL MED+]
ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ПУЛИРОВАННЫХ ВЫБОРОК ДНК КОГОРТ ЧЕЛОВЕКА
В.Н. Бабенко, В.Н. Максимов, Е.В. Кулакова, Н.С. Сафронова, М.И. Воевода, Е.И. Рогаев
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2013 Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis.
Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V.
[EXP PARASITOL]
Гаплотипическое разнообразие мтДНК и У-хромосомы в популяциях Алтай- Саянского района
Губина МА, Дамба ЛВ, Бабенко ВН, Ромащенко АГ, Воевода МИ
[RUSS J GENET+]
ПОЛИМОРФИЗМ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК В ПОПУЛЯЦИЯХ КОРЕННЫХ ЖИТЕЛЕЙ ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА
М. А. Губина, Л. А. Гырголькау, В. Н. Бабенко, Л. Д. Дамба, В. Н. Максимов, М. И. Воевода
[RUSS J GENET+]
Эффект суппрессии P-элементов с маркерным геном mini-white в межгенных районах DROSOPHILA MELANOGASTER
Бабенко В.Н., Матвиенко В. ф.
[Цитология]
2012 Drosophila melanogaster Genome: Correlation of Chromatin State with Splicing and Transcription Regulation
Babenko VN, Matvienko VF, Zykov IA
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Nucleosome Organization in Plant DNA Satellite Sequences
Babenko VN, Kutashev KO, Matvienko VF
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Single nucleotide polymorphism in the promoter region of the CD209 gene is associated with human predisposition to severe forms of tick-borne encephalitis
Barkhash A.V., Perelygin A.A., Babenko V.N., Brinton M.A., Voevoda M.I.
[ANTIVIR RES]
НУКЛЕОСОМНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ В САТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ ДНК РАСТЕНИЙ
В.Н. Бабенко К.О. Куташев В.Ф. Матвиенко
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
2011 A method for generating selective DNA probes for the analysis of C-negative regions in human chromosomes.
Morozkin ES, Loseva EM, Karamysheva TV, Babenko VN, Laktionov PP, Vlassov VV, Rubtsov NB.
[CYTOGENET GENOME RES]
Identical Functional Organization of Nonpolytene and Polytene Chromosomes in Drosophila melanogaster.
Vatolina TY, Boldyreva LV, Demakova OV, Demakov SA, Kokoza EB, Semeshin VF, Babenko VN, Goncharov FP, Belyaeva ES, Zhimulev IF.
[PLoS One]
Identification and molecular genetic characterization of the polytene chromosome interbands in Drosophila melanogaster
Vatolina TIu, Demakov SA, Semeshin VF, Makunin IV, Babenko VN, Beliaeva ES, Zhimulev IF.
[RUSS J GENET+]
Linkage and association analyses of glaucoma related traits in a large pedigree from a Dutch genetically isolated population
Axenovich T, Zorkoltseva I, Belonogova N, van Koolwijk L, Borodin P, Kirichenko A, Babenko V, Ramdas W, Amin N, Despriet D, Vingerling J, Lemij H, Oostra BA, Klaver C, Aulchenko Y, van Duijn C.
[J MED GENET]
Protein composition of interband regions in polytene and cell line chromosomes of Drosophila melanogaster.
Demakov SA, Vatolina TY, Babenko VN, Semeshin VF, Belyaeva ES, Zhimulev IF.
[BMC GENOMICS]
Геном Drosophila melanogaster: cвязь состояния хроматина с регуляцией сплайсинга и транскрипции
Бабенко ВН, Матвиенко ВФ, Зыков ИА
[Вавиловский журнал генетики и селекции]
Полиморфизм гена HFE у населения Северной Азии
Михайлова С.В., Ромащенко А.Г., Бабенко В.Н., Губина М.А., Соболева Д.Е., Кобзев В.Ф., Воевода М.И
[Вестник РАМН]
2010 Does drive toward canonic exonic splicing sites exist in mammals
Babenko V, Ward W, Ruvinsky A
[J MOL EVOL]
Gene density profile reveals the marking of late replicated domains in the Drosophila melanogaster genome
Belyakin SN, Babenko VN, Maksimov DA, Shloma VV, Kvon EZ, Belyaeva ES, Zhimulev IF.
[Chromosome Research]
Paucity and preferential suppression of transgenes in late replication domains of the D. melanogaster genome
Babenko V.N., Makunin I.V., Brusentsova I.V., Belyaeva E.S., Maksimov D.A., Belyakin S.N., Maroy P., Vasil’eva L.A., Zhimulev I.F.
[BMC GENOMICS]
The ethnospecific distribution of the HFE haplotypes for IVS2(+4)t/c, IVS(-44)t/c, and IVS5(-47)g/a in populations of Russia and possible effects of these single-nucleotide polymorphisms in splicing
Mikhailova S.V., Babenko V.N., Voevoda M.I., Romashchenko A.G.
[GENET TEST]
Variability in the 2'-5'-oligoadenylate synthetase gene cluster is associated with human predisposition to tick-borne encephalitis virus-induced disease
Barkhash A.V., Perelygin A.A., Babenko V.N., Myasnikova N.G., Pilipenko P.I., Romaschenko A.G., Voevoda M.I., Brinton M.A.
[J INFECT DIS]
Интеркалярный хроматин в геноме Drosophila
Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Андреева ИС, Андреенкова АВ, Бабенко ВН, Белякин СН, Болдырева ЛС, Брусенцова ИС, Демаков СН, Зыков ИА, Кокоза ЕП, Колесникова ТН, Максимов ДН, Макунин ИВ, Пиндюрин АВ, Семешин ВФ, Хорошко ВА
[RUSS J GENET+]
Ландшафт альтернативного сплайсинга в геноме Drosophila melanogaster
Бабенко В.Н., Айтназаров Р.Б., Гончаров Ф.В., Жимулев И.Ф.
[RUSS J GENET+]
Полиморфизм генов 2'-5'-олигоаденилатсинтетаз (OAS) человека, связанный с предрасположенностью к тяжелым формам клещевого энцефалита, в популяциях Северной Евразии
Бархаш А.В., Бабенко В.Н., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г., Воевода М.И.
[Molecular Biology]
2009 Характеристика молекулярно-генетической организации интеркалярного гетерохроматина в районе 10А-В D. melanogaster
Бабенко ВН, Похолкова ГС, Кокоза ЕВ, Андреенкова НС, Белякин СН, Беляева ЕС, Жимулев ИФ
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
2008 Оценка потенциальной функциональной значимости полиморфизмов IVS2(+4) t/c, IVS4(-44) t/c и IVS5(-47) a/g гена HFE, ассоциированного с наследственным гемохроматозом человека
Михайлова С.В., Бабенко В.Н., Максимов В.Н., Воевода М.И., Кобзев В.Ф., Ромащенко А.Г.
[Математическая биология и биоинформатика]
Полиморфизм холодового рецептора TPRM8 в этнических группах Сибири и Дальнего Востока
Потапова ТА, Юдин НС, Бабенко ВН, Пилипенко ИВ, Кобзев ВФ, Гырголькау ЛА, Воевода МИ
[Информационный вестник ВОГИС]
2007 Long-term trends in evolution of indels in protein sequences
Wolf Y, Madej T, Babenko V, Shoemaker B, Panchenko AR.
[BMC EVOL BIOL]
2006 Signs of positive selection of somatic mutations in human cancers detected by EST sequence analysis
Babenko VN, Basu MK, Kondrashov FA, Rogozin IB, Koonin EV.
[BMC CANCER]
2005 Analysis of evolution of exon-intron structure of eukaryotic genes
Rogozin IB, Sverdlov AV, Babenko VN, Koonin EV
[BRIEF BIOINFORM]
Conservation versus parallel gains in intron evolution
Sverdlov AV, Rogozin IB, Babenko VN, Koonin EV
[NUCLEIC ACIDS RES]
2004 Comparative analysis of complete genomes reveals gene loss, acquisition and acceleration of evolutionary rates in Metazoa, suggests a prevalence of evolution via gene acquisition and indicates that the evolutionary rates in animals tend to be conserved.
Babenko VN, Krylov DM
[NUCLEIC ACIDS RES]
Preferential loss and gain of introns in 3' portions of genes suggests a reverse-transcription mechanism of intron insertion
Sverdlov AV, Babenko VN, Rogozin IB, Koonin EV
[GENE]
Prevalence of intron gain over intron loss in the evolution of paralogous gene families
Babenko VN, Rogozin IB, Mekhedov SL, Koonin EV
[NUCLEIC ACIDS RES]
Reconstruction of ancestral protosplice sites
Sverdlov AV, Rogozin IB, Babenko VN, Koonin EV
[CURR BIOL]
2003 Computational analysis of mutation spectra
Rogozin IB, Babenko VN, Milanesi L, Pavlov YI
[BRIEF BIOINFORM]
Evidence of splice signal migration from exon to intron during intron evolution
Sverdlov AV, Rogozin IB, Babenko VN, Koonin EV
[CURR BIOL]
2001 The contribution of exon-skipping events on chromosome 22 to protein coding diversity.
Hide WA, Babenko VN, van Heusden PA, Seoighe C, Kelso JF
[GENOME RES]
1999 GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOFIZIKA+]
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences
Babenko VN, Kosarev PS, Vishnevsky OV, Levitsky VG, Basin VV, Frolov AS
[BIOINFORMATICS]
Recognition of NFATp/AP-1 composite elements within genes induced upon the activation of immune cells.
Kel A, Kel-Margoulis O, Babenko V, Wingender E.
[J MOL BIOL]
Use of a rank correlation coefficient for comparing mutational spectra
Babenko VN, Rogozin IB
[BIOFIZIKA+]
1998 A genetic algorithm for designing gene family-specific oligonucleotide sets used for hybridization: the G protein-coupled receptor protein superfamily
Kel A, Ptitsyn A, Babenko V, Meier-Ewert S, Lehrach H.
[BIOINFORMATICS]
Eukaryotic mRNAs encoding abundant and scarce proteins are statistically dissimilar in many structural features.
Kochetov AV, Ischenko IV, Vorobiev DG, Kel AE, Babenko VN, Kisselev LL, Kolchanov NA.
[FEBS LETT]
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. (ISMB)]
1996 Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок
Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э.
[Доклады Академии Наук]
1995 Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application.
Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
Распределение транскриптов Bsp-повторов Canidae в почке песца: структурное сходство Bsp-повторов с SINEs
Михайлова С.В., Бабенко В.Н., Ромащенко А.Г., Беляева Т.А., Мелиди Н.Н., Лавриненко В.А., Гувакова Т.В., Иванова Л.Н.
[Доклады Академии наук СССР]
1991 Comparison of asymptotic tests of the Hardy-Weinberg distribution.
Ginzburg E.Kh, Axenovich TI, Babenko VN
[Annals of Human Genetics]
© 2010-2017 ICG SB RAS. All rights reserved.