Dmitry Afonnikov Department: Kurchatov Genomic Center of the Institute of Cytology and Genetics of the Siberian Branch of the RAS Head: Laboratory of plant phenomics Laboratory of Evolutionary Bioinformatics and Theoretical Genetics Room: 1318 Email: ada@bionet.nsc.ru Work phone: +7 (383) 363-49-63*1318

Publications

2023	Determination of the melanin and anthocyanin content in barley grains by digital image analysis using machine learning methods E.G. Komyshev, M.A. Genaev, I.D. Busov, M.V. Kozhekin, N.V. Artemenko, A.Y. Glagoleva, V.S. Koval, D.A. Afonnikov [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Assembly and Analysis of Plastomes for 15 Potato Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Elena A. Salina, Alex V. Kochetov, Dmitry A. Afonnikov [Agronomy]
	Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia Dmitry I. Karetnikov, Gennady V. Vasiliev, Stepan V. Toshchakov, Nikolay A. Shmakov, Mikhail A. Genaev, Mikhail A. Nesterov, Salmaz M. Ibragimova, Daniil A. Rybakov, Tatjana A. Gavrilenko, Elena A. Salina, Maxim V. Patrushev, Alex V. Kochetov and Dmitry A. Afonnikov [INT J MOL SCI]
	GBS-DP: биоинформатический конвейер для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования Пронозин Артем Юрьевич Афонников Дмитрий Аркадьевич [Vavilov journal of genetics and breeding]
	GBS-DP: биоинформатический конвейер для обработки данных, полученных генотипированием путем секвенирования А.Ю. Пронозин, Е.А. Салина, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ICAnnoLncRNA: A Snakemake Pipeline for a Long Non-Coding-RNA Search and Annotation in Transcriptomic Sequences Пронозин Артем Юрьевич, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Genes]
	Three Cycles of Continuous Propagation of a Severe PSTVd Strain NicTr-3 in Solanum lycopersicum cv. Rutgers Resulted in Its Attenuation and Very Mild Disease Symptoms in Potato Alex V. Kochetov, Nikolay Shmakov, Dmitry A. Afonnikov, Gennady V. Vasiliev, Natalja V. Shatskaya, Anastasiya A. Egorova, Nina V. Mironenko, Nina M. Lashina, Alexander V. Khiutti and Olga S. Afanasenko [Agronomy]
	Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин [Молекулярная биология]
2022	Wheat yield estimation based on analysis of UAV images at low altitude Mikhail Kozhekin, Mikhail Genaev, Vasily Koval, Andrey Slobodchikov, Dmitry Afonnikov [BIO Web of Conferences]
	Classification of Fruit Flies by Gender in Images Using Smartphones and the YOLOv4-Tiny Neural Network Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Olga D. Shishkina, Natalya V. Adonyeva, Evgenia K. Karpova, Nataly E. Gruntenko, Lyudmila P. Zakharenko, Vasily S. Koval and Dmitry A. Afonnikov [Mathematics]
	QTL Analysis for Bread Wheat Seed Size, Shape and Color Characteristics Estimated by Digital Image Processing Mian Abdur Rehman Arif, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Nikolay A. Shmakov, Andreas Börner and Dmitry A. Afonnikov [Plants]
	Relationship between the characteristics of bread wheat grains, storage time and germination Dmitry A. Afonnikov. Evgenii G. Komyshev, Vadim M. Efimov, Mikhail A. Genaev, Vasily S. Koval, Peter U. Gierke and Andreas Börner [Plants]
	Variability of leaf pubescence characteristics in transgenic tobacco lines with partial proline dehydrogenase gene suppression. S.M. Ibragimova, M.A. Genaev, A.V. Kochetov, D.A. Afonnikov [BIOL PLANTARUM]
	Информационные ресурсы по патогенам и вредителям культурных растений Турнаев Игорь Иванович, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
	Фосфолипазы A2 человека: функциональный и эволюционный анализ Турнаев Игорь Иванович, Бочарникова Мария Евгеньевна, Афонников Дмитрий Аркадьевич [Vavilov journal of genetics and breeding]
2021	Image-Based Wheat Fungi Diseases Identification by Deep Learning Genaev M .A., Skolotneva E.S., Gultyaeva E.I., Orlova E.A., Bechtold N.P., Afonnikov D.A. [Plants]
	NLR Genes Related Transcript Sets in Potato Cultivars Bearing Genetic Material of Wild Mexican Solanum Species Kochetov A.V., Afonnikov D.A., Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Antonova O.Y., Shatskaya N.V., Glagoleva A.Y., Ibragimova S.M., Khiutti A., Afanasenko O.S., Gavrilenko T.A. [Agronomy]
	Вироид веретеновидности клубней картофеля Кочетов, А. В., Пронозин, А. Ю., Шацкая, Н. В., Афонников, Д. А., Афанасенко, О. С. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Определение количественного содержания хлорофиллов в листьях по спектрам отражения алгоритмом случайного леса. Урбанович Е.А., Афонников Д.А., Николаев С.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы Афонников, Д. А., Синицына, О. И., Голубева, Т. С., Шмаков, Н. А., Кочетов, А. В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2020	Технология структурирования и обработки транскриптомных данных на основе гибридного использования RDBMS и NoSQL подходов Мухин А.М., Генаев М.А., Рассказов Д.А., Лашин С.А., Афонников Д.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain. Anna S. Pavlova, Georgii D. Ozhegov, Georgij P. Arapidi, Ivan O. Butenko, Eduard S. Fomin, Nikolai A. Alemasov, Dmitry A. Afonnikov, Dina R. Yarullina, Vadim T. Ivanov, Vadim M. Govorun, Airat R. Kayumov [PROTEIN J]
	Quantifying Drosophila adults with the use of a smartphone Evgenia K. Karpova, Evgenii G. Komyshev, Mikhail A. Genaev, Natalya V. Adonyeva, Dmitry A. Afonnikov, Margarita A. Eremina, Nataly E. Gruntenko [Biology Open]
	The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A. [Plants]
	The mechanism of potato resistance to Globodera rostochiensis: comparison of root transcriptomes of resistant and susceptible Solanum phureja genotypes Alex V. Kochetov, Anastasiya A. Egorova, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko and Tatjana A. Gavrilenko [BMC PLANT BIOL]
	Анализ цветовых и текстурных характеристик зерен злаков на цифровых изображениях Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Использование гиперспектральной камеры Specim IQ для анализа растений В.В. Альт, Т.А. Гурова, О.В. Елкин, Д.Н. Клименко, Л.В. Максимов, И.А. Пестунов, О.А. Дубровская, М.А. Генаев, Т.В. Эрст, К.А. Генаев, Е.Г. Комышев, В.К. Хлесткин, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин [Генетика]
2019	Morphometry of the Wheat Spike by Analyzing 2D Images Mikhail A. Genaev, Evgenii G. Komyshev, Nikolai V. Smirnov, Yuliya V. Kruchinina, Nikolay P. Goncharov and Dmitry A. Afonnikov [Agronomy]
	New insights from Opisthorchis felineus genome: update on genomics of the epidemiologically important liver flukes Nikita I. Ershov, Viatcheslav A. Mordvinov, Egor B. Prokhortchouk, Mariya Y. Pakharukova, Konstantin V. Gunbin, Kirill Ustyantsev, Mikhail A. Genaev, Alexander G. Blinov, Alexander Mazur, Eugenia Boulygina, Svetlana Tsygankova, Ekaterina Khrameeva, Nikolay Chekanov, Guangyi Fan, An Xiao, He Zhang, Xun Xu, Huanming Yang, Victor Solovyev, Simon Ming-Yuen Lee, Xin Liu, Dmitry A. Afonnikov, Konstantin G. Skryabin [BMC GENOMICS]
	Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov [Genes]
	Progress in plant genome sequencing: research directions M.K. Bragina, D.A. Afonnikov, E.A. Salina [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Quantitative characteristics of pubescence in wheat (Triticum aestivum L.) are associated with photosynthetic parameters under conditions of normal and limited water supply Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Svetlana V. Osipova, Alexey V. Permyakov, Marina D. Permyakova, Vadim M. Efimov, Dmitry A. Afonnikov [PLANTA]
	The evolution of gene regulatory networks controlling Arabidopsis thaliana L. trichome development. Doroshkov AV, Konstantinov DK, Afonnikov DA, Gunbin KV. [BMC PLANT BIOL]
	Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA. [Methods in Molecular Biology]
	Оценка количественных характеристик клубнеобразования дикого картофеля на основе анализа изображений клубней с использованием компьютерного приложения SeedСounter К.А. Иванова, Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, А.А. Егорова, К.А. Колошина, Н.А. Чала, Д.А. Афонников, А.В. Кочетов, Е.В. Рогозина, С.В. Герасимова [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Системный подход к моделированию развития листостебельных грибных инфекций пшеницы Николаев С.В., Зубаирова У.С., Сколотнева Е.С., Орлова Е.А., Афонников Д.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2018	Haplotype analysis of Apoe SNPs in ADNI dataset. Babenko VN, Afonnikov DA, Ignatieva EV, Klimov AV, Gusev FE, Rogaev EI [BMC NEUROSCI]
	High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. [Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
	Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis. Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [PloS One]
	Residue coevolution reveals functionally important intramolecular interactions in formamidopyrimidine-DNA glycosylase. Endutkin, A.V., Koptelov, S.S., Popov, A.V., Torgasheva, N.A., Lomzov, A.A., Tsygankova, A.R., Skiba, T.V., Afonnikov D.A., Zharkov, D.O. [DNA REPAIR]
	SpikeDroidDB – информационная система для аннотации морфометрических характеристик колоса пшеницы М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, Фу Хао, В.С. Коваль, Н.П. Гончаров, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Биоинформатический анализ кластеров генов биосинтеза нерибосомных пептидов бактерий на основе предсказания. эффективности элонгации трансляции А.И. Клименко, Ю.Г. Матушкин, Д.А. Афонников [V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
	Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Информационные ресурсы по коллекциям картофеля. Афонников Д.А., Тоцкий И.В., Сташевски З. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Метод оценки спектра поглощения листа пшеницы по спектру диффузного отражения. Николаев, С. В., Урбанович, Е. А., Шаяпов, В. Р., Орлова, Е. А., & Афонников, Д. А. [Сибирский вестник сельскохозяйственной науки]
	Опушение листа у картофеля Solanum tuberosum: морфология, функциональная роль и методы исследования. Дорошков А.В., Афонников Д.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2017	Evaluation of the SeedCounter, a Mobile Application for Grain Phenotyping Komyshev E., Genaev M., Afonnikov D. [Frontiers in Plant Science]
	Achievements and Prospects of Applying High-Throughput Sequencing Techniques to Potato Genetics and Breeding Bykova I.V., Shmakov N.A., Afonnikov D.A., Kochetov A.V., Khlestkina E.K. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Differential expression of NBS-LRR-encoding genes in the root transcriptomes of two Solanum phureja genotypes with contrasting resistance to Globodera rostochiensis Alex V. Kochetov, Anastasiya Y. Glagoleva, Kseniya V. Strygina, Elena K. Khlestkina, Sophia V. Gerasimova, Salmaz M. Ibragimova, Natalja V. Shatskaya, Gennady V. Vasilyev, Dmitry A. Afonnikov, Nikolay A. Shmakov, Olga Y. Antonova, Tatyana A. Gavrilenko, Natalia V. Alpatyeva, Alexander Khiutti, Olga S. Afanasenko [BMC PLANT BIOL]
	Diversity of leaf pubescence in bread wheat and relative species Tatyana A. Pshenichnikova, Alexey V. Doroshkov, Alexander V. Simonov, Dmitry A. Afonnikov, Andreas Bo¨rner [Genetic Resources and Crop Evolution]
	Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A. [Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
	Metabolic pathways and genes identified by RNA-seq analysis of barley near-isogenic lines differing by allelic state of the Black lemma and pericarp (Blp) gene Anastasiya Y. Glagoleva, Nikolay A. Shmakov, Olesya Y. Shoeva, Gennady V. Vasiliev, Natalia V. Shatskaya, Andreas Börner, Dmitry A. Afonnikov, Elena K. Khlestkina [BMC PLANT BIOL]
	Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov [BMC BIOINFORMATICS]
	RNAseq-BASED DECIFERING OF MOLECULAR MECHANISMS UNDERLYING TRAIT FORMATION: NON-ALTERNATIVE WAY IN CASE OF IMPEDED METABOLITE IDENTIFICATION Glagoleva A.Y., Shmakov N.A., Shoeva O. Y., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Börner A., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. [Acta Naturae]
	Достижения и перспективы использования методов высокопроизводительного секвенирования в генетике и селекции картофеля Быкова И.В., Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В., Хлесткина Е.К. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Интернет-доступные информационные ресурсы по генным сетям, включающие данные по человеку и животным. Игнатьева Е.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	РЕАЛИЗАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА СОРТОВ МЯГКОЙ ПШЕНИЦЫ ПОД ВЛИЯНИЕМ УСЛОВИЙ ВНЕШНЕЙ СРЕДЫ: СОВРЕМЕННЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ УЛУЧШЕНИЯ КАЧЕСТВА ЗЕРНА И ХЛЕБОПЕКАРНОЙ ПРОДУКЦИИ Е.К. ХЛЕСТКИНА, Е.В. ЖУРАВЛЕВА, Т.А. ПШЕНИЧНИКОВА, Н.И. УСЕНКО, Е.В. МОРОЗОВА, С.В. ОСИПОВА, М.Д. ПЕРМЯКОВА, Д.А. АФОННИКОВ, Ю.С. ОТМАХОВА [Сельскохозяйственная биология]
2016	Identification of microsatellite loci based on BAC sequencing data and their physical mapping into the soft wheat 5B chromosome Nesterov M.A., Afonnikov D.A., Sergeeva E.M., Miroshnichenko L.A., Bragina M.K., Bragin A.O., Vasiliev G.V., Salina E.A. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov [BMC GENET]
	Identification of nuclear genes controlling chlorophyll synthesis in barley by RNA-seq Shmakov N.A., Vasiliev G.V., Shatskaya N.V., Doroshkov A.V., Gordeeva E.I., Afonnikov D.A., Khlestkina E.K. [BMC PLANT BIOL]
	Interactions between leaf pubescence genes in bread wheat as assessed by high throughput phenotyping. Doroshkov A.V., Afonnikov D.A., Dobrovolskaya O.B., Pshenichnikova T.A. [EUPHYTICA]
	Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N [Frontiers in Plant Science]
	Methods of high-throughput plant phenotyping for large-scale breeding and genetic experiments D. A. Afonnikov, M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. G. Komyshev, T. A. Pshenichnikova [RUSS J GENET+]
	Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов [Достижения науки и техники АПК]
	Протокол анализа количественных характеристик опушения листа картофеля А.В. Дорошков, М.А. Генаев, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
2015	Comparison of the 3D organization of sperm and fibroblast genomes using the Hi-C approach Nariman Battulin, Veniamin S Fishman, Alexander M Mazur, Mikhail Pomaznoy, Anna A Khabarova, Dmitry A Afonnikov, Egor B Prokhortchouk, Oleg L Serov [GENOME BIOL]
	Computer high-throughput approaches to wheat phenotyping: application to leaf pubescence analysis Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Komyshev E.G., Pshenichnikova T.A. Simonov A.V. [The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book]
	Identification of microRNA genes in three opisthorchiids Ovchinnikov VY, Afonnikov DA, Vasiliev GV, Kashina EV, Sripa B, Mordvinov VA, Katokhin AV. [PLOS NEGLECT TROP D]
	Plant auxin biosynthesis did not originate in charophytes Turnaev II, Gunbin KV, Afonnikov DA. [TRENDS PLANT SCI]
	The effect of plant hormones on the manifestation of leaf pubescence genes in bread wheat. Doroshkov A.V., Simonov A.V., Afonnikov D.A., Kasyanov N.S., Pshenichnikova T.A. [The 3rd Intern. Conference “Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics and Biotechnology”, Abstract book]
	The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I. [BMC GENOMICS]
	The number of homologs of some enzymes involved in tryptophan biosynthesis is correlated to the proportion of proteins associated with transcription in plants Turnaev I.I., Akberdin I. R., Suslov V.V., Afonnikov D.A. [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Идентификация микросателлитных локусов по данным секвенирования ВАС-клонов и их физическое картирование на хромосому 5B мягкой пшеницы. М.А. Нестеров, Д.А. Афонников, Е.М. Сергеева, Л.А. Мирошниченко, М.К. Брагина, А.О. Брагин, Г.В. Васильев, Е.А. Салина. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2014	Common Wheat Chromosome 5B Composition Analysis Using Low-Coverage 454 Sequencing E. M. Sergeeva, D. A. Afonnikov, M. K. Koltunova, V. D. Gusev, L. A. Miroshnichenko, J. Vrána, M. Kubaláková, C. Poncet, P. Sourdille, C. Feuillet, J. Doležel, E. A. Salina [Plant Genome]
	Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov [BMC STRUCT BIOL]
	Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	rSNP_Guide-based evaluation of SNPs in promoters of the human APC and MLH1 genes associated with colon cancer D. A. Rasskazov, E. V. Antontseva, L. O. Bryzgalov, M. Yu. Matveeva, E. V. Kashina, P. M. Ponomarenko, G. V. Orlova, M. P. Ponomarenko, D. A. Afonnikov, T. I. Merkulova [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Моделирование механизмов регуляции поддержания плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток: кинетический и стохастический подходы Акбердин И.Р.,, Иванисенко Н.В., Казанцев Ф.В., Ощепкова Е.А., Омельянчук Н.А., Матушкин Ю.Г., Афонников Д.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	Системная биология Д.А. Афонников, В.В. Миронова [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Число гомологов некоторых ферментов биосинтеза триптофана у растений коррелирует с долей белков, ассоциированных с транскрипцией Турнаев И.И., Акбердин И.Р., Суслов В.В., Афонников Д.А. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Эффективность использования генов bmy2, waxy и внутренних транскрибируемых спейсеров генов рибосомных рнк в качестве маркеров для изучения генетического разнообразия видов рода Elymus. Шмаков Н.А., Афонников Д.А., Белавин П.А., Агафонов А.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2013	Adult Opisthorchis felineus major protein fractions deduced from transcripts: Comparison with liver flukes Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis. Pomaznoy M., Tatkov S., Katokhin A., Afonnikov D., Babenko V., Furman D., Brusentsov I., Belavin P., Najakshin A., Guselnikov S., Vasiliev G., Sivkov A., Prokhortchouk E., Skryabin K., Mordvinov V. [EXP PARASITOL]
	BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ Е.Г. Комышев, М.А. Генаев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Genome Features and GC Content in Prokaryotic Genomes in Connection with Environmental Evolution Suslov V.V., Afonnikov D.A., Podkolodny N.L., Orlov Yu.L. [PALEONTOL J+(RUS)]
	INVESTIGATION OF THE SPATIAL GENOME ORGANIZATION OF MOUSE SPERM AND FIBROBLASTS BY THE Hi-C METHOD N.R. Battulin, V.S. Fishman, A.A. Khabarova, M.Yu. Pomaznoy, T.A. Shnaider, D.A. Afonnikov, O.L. Serov [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Phylogenetic Analysis of Housekeeping Archaeal Proteins and Early Stages of Archaea Evolution K. V. Gunbin, V. V. Suslov, D. A. Afonnikov [PALEONTOL J+(RUS)]
	SNP_TATA_COMPARATOR: Web-СЕРВИС ПРИМЕНЕНИЯ УРАВНЕНИЯ РАВНОВЕСИЯ ТВР/ТАТА-КОМПЛЕКСА В СРАВНИТЕЛЬНОЙ ОЦЕНКЕ SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ, СВЯЗАННЫХ С БОЛЕЗНЯМИ ЧЕЛОВЕКА Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Биоинформатика: метод во главе угла Афонников Д.А. Иванисенко В.А. [Наука из первых рук]
	Генетический контроль опушения листа у изогенных линий мягкой пшеницы сорта Новосибирская 67 Дорошков А.В., Афонников Д.А., Пшеничникова Т.А. [RUSS J GENET+]
	Компьютерный анализ данных экспрессии генов в клетках мозга, полученных с помощью микрочипов и высокопроизводительного секвенирования Медведева И.В., Вишневский О.В., Сафронова Н.С., Кожевникова О.С., Генаев М.А., Кочетов А.В., Афонников Д.А., Орлов Ю.Л. [Vavilov journal of genetics and breeding]
	ОЦЕНКА ПО ТЕХНОЛОГИИ rSNP_Guide SNPs ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ АРС И МLH1 ЧЕЛОВЕКА, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА Д.А. Рассказов, Е.В. Антонцева, Л.О. Брызгалов,М.Ю. Матвеева, Е.В. Кашина, П.М. Пономаренко, Г.В. Орлова, М.П. Пономаренко, Д.А. Афонников, Т.И. Меркулова [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2012	3С-методы в исследованиях пространственной организации генома Н.Р. Баттулин, В.С. Фишман, Ю.Л. Орлов, А.Г. Мензоров, Д.А. Афонников, О.Л. Серов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	BioInfoWF – система автоматической генерации веб-интерфейсов и веб-сервисов для биоинформационных исследований М.А. Генаев, Е.Г. Комышев, К.В. Гунбин, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree Gunbin KV, Suslov VV, Genaev MA, Afonnikov DA. [In Silico Biology]
	Computer and Statistical Analysis of Transcription Factor Binding and Chromatin Modifications by ChIP-seq data in Embryonic Stem Cell Yuriy Orlov, Han Xu, Dmitri Afonnikov, Bing Lim, Jian-Chien Heng, Ping Yuan, Ming Chen, Junli Yan, Neil Clarke, Nina Orlova, Mikael Huss, Konstantin Gunbin, Nikolay Podkolodnyy, Huck-Hui Ng [J INTEGR BIOINFORM]
	Computer and statistical methods for analysis of chromatin modifications using ChIP-seq data in genome-wide scale Orlov Y., Huss M., Joseph R., Li G., Orlova N., Ng H.H., Afonnikov D., Podkolodnyy N., Liu E., Ruan Y. [Proceedings of HIBIT2012]
	Computer approaches to wheat high-throughput phenotyping Afonnikov D., Genaev M., Doroshkov A., Denisyuk V., Morozova E., Simonov A., Pshenichnikova T. [Journal of Stress Physiology & Biochemistry]
	Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov [PLANTA]
	ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов [Vavilov journal of genetics and breeding]
	TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	The approaches to the analysis of organization of 5BS chromosome of Triticum aestivum L. // Proc. of Proc. of The 2-nd International Conference «Plant, genetics, genomics and biotechnology». July–August 2012. Irkutsk. Russia. P.61. Sergeeva E.M., L.L. Bildanova, D.A. Afonnikov, M.K. Koltunova, E.M. Timonova, E.A. Salina [GENETICS]
	WheatPGE: A system for analysis of relationships among the phenotype, genotype, and environment in wheat M. A. Genaev, A. V. Doroshkov, E. V. Morozova, T. A. Pshenichnikova and D. A. Afonnikov [Russian Journal of Genetics: Applied Research]
	Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П. [Археология, этнография и антропология Евразии]
	Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Морозова Е.В., Симонов А.В., Афонников Д.А. [Mathematical Biology & Bioinformatics]
	Информационный портал "Биотехнология растений" - Интернет ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы. Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В. [Vavilov journal of genetics and breeding]
2011	Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [BMC EVOL BIOL]
	Анализ особенностей морфологии и наследования опушения листа пшеницы Triticum aestivum L. с помощью компьютерных методов фенотипирования. Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. [RUSS J GENET+]
	Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов. Медведев К.Е., Афонников Д.А. [Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
	Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. [Doklady Biochemistry and Biophysics]
	Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. [Вестник ТГУ]
	КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА WheatPGE ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗИ ФЕНОТИП-ГЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ М.А. Генаев, A.В. Дорошков, Е.В. Морозова, Т.А. Пшеничникова, Д.А. Афонников [Vavilov journal of genetics and breeding]
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. [Вестник ТГУ]
2010	A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [Moscow University Biological Sciences Bulletin]
	Адаптация к бездне Афонников Д.А., Гунбин В.К., Суслов В.В. [Химия и жизнь]
	Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А. [Труды ТГУ. Серия: Биологическая]
2009	Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. [BMC GENOMICS]
	Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA [BMC GENOMICS]
	Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А. [Doklady Akademii Nauk]
	Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. [Вестник НГУ Серия: Биология, клиническая медицина]
	Применение компьютерного анализа микроизображений листа для оценки характеристик опушения листа пшеницы Triticum Aestivum L Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. [Информационный вестник ВОГИС]
2008	Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. [Methods in Molecular Biology]
2007	The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A. [In Silico Biology]
	The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. [Lect Notes Comput Sci]
2006	Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov [BIOPHYSICS]
2005	Актуальные проблемы компьютерной протеомики Иванисенко В.А., Афонников Д.А., Николаев С.В., Пинтус С.С., Крестьянова М.А., Пальянов А.Ю, Титов И.И. [Информационный вестник ВОГИС]
2004	Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот. Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный [Molecular Biology]
2002	ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A. [NUCLEIC ACIDS RES]
2001	Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov [BIOINFORMATICS]
1997	Выявление коррелирующих позиций ДНК-связывающего района транскрипционных факторов семейств CREB и AP-1 Афонников Д.А., Кондрахин Ю.В., Титов И.И. [Molecular Biology]