ICG  

Accounting System of Scientific Activity (ASSA)

      

Sergey Lashin, Cand. Sci. (Biol.)

Department: -
Head: Youth Sector of Bioinformatics and Information Technologies in Genetics
Sector for computer analysis and simulations of biological systems
Pluralist: Postgraduate Course

Postgraduate Course
Laboratory of Plant Transcriptomics
Room: 1331
Email: lashin@bionet.nsc.ru
Work phone: +7 (383) 363-49-63*1331


Postgraduates

Olesya Tarkhanova
Vladimir Zamyatin


Publications

2020 Fold-Change-Specific Enrichment Analysis (FSEA): Quantification of Transcriptional Response Magnitude for Functional Gene Groups
Wiebe D.S., Omelyanchuk N.A., Mukhin A.M., Grosse I., Lashin S.A., Zemlyanskaya E.V., Mironova V.V.
[Genes]
The effect of meditation on comprehension of statements about one-self and others: a pilot ERP and behavioral study
Alexander Savostyanov, Sergey Tamozhnikov, Andrey Bocharov, Alexander Saprygin, Yuriy Matushkin, Sergey Lashin, Galina Kolpakova, Klimenty Sudobin, Gennady Knyazev
[FRONT HUM NEUROSCI]
Компьютерное моделирование эволюции микробной популяции: преодоление локальных минимумов при достижении пика на ландшафте приспособленности
С. А. Лашин, З. С. Мустафин, А. И. Клименко, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Генетика]
2019 MIGREW: database on molecular identification of genes for resistance in wheat
Fedor V. Kazantsev, Ekaterina S. Skolotneva, Vasiliy N. Kelbin, Elena A. Salina, Sergey A. Lashin
[BMC BIOINFORMATICS]
Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana
Zakhar S. Mustafin, Vladimir I. Zamyatin, Dmitrii K. Konstantinov, Aleksej V. Doroshkov, Sergey A. Lashin, Dmitry A. Afonnikov
[Genes]
Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities
Иванов Роман Артемович Замятин Владимир Клименко Александра Игоревна Матушкин Юрий Георгиевич Савостьянов Александр Николаевич Лашин Сергей Александрович
[Genes]
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[ECOL MODEL]
The mTOR Signaling Pathway Activity and Vitamin D Availability Control the Expression of Most Autism Predisposition Genes
Ekaterina A. Trifonova, Alexandra I. Klimenko, Zakhar S. Mustafin, Sergey A. Lashin, Alex V. Kochetov
[INT J MOL SCI]
Разработка программного комплекса WebMCOT для поиска совместно встречаемых ДНК-мотивов сайтов связывания транскрипционных факторов
Мухин Алексей Максимович, Левицкий Виктор Георгиевич, Лашин Сергей Александрович
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
2018 MAMMOTH: A NEW DATABASE FOR CURATED MATHEMATICAL MODELS OF BIOMOLECULAR SYSTEMS
Fedor Kazantsev, Ilya Akberdin, Sergey Lashin, Natalia Ree, Vladimir Timonov, Alexander Ratushny, Tamara Khlebodarova, Vitaly Likhoshvai
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
Marital structure, genetic fitness, and the GJB2 gene mutations among deaf people in Yakutia (Eastern Siberia, Russia).
Romanov G.P., Barashkov N.A, Teryutin F.M., Lashin S.A., Solovyev A.V., Pshennikova V.G., Bondar A.A., Morozov I.V., Sazonov N.N., Tomsky M.I., Dzhemileva L.U., Khusnutdinova E.K., Posukh O.L., Fedorova S.A.
[RUSS J GENET+]
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России
Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
Моделирование эволюции усложнения и упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах
Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г.
[Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”]
Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов
Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
Эффективность элонгации трансляции открытых рамок считывания одноклеточных организмов
Ю.Г. Матушкин, С.А. Лашин, В.С. Соколов
[V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”. В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ]
2017 AltORFev facilitates the prediction of alternative open reading frames in eukaryotic mRNAs
Kochetov Alex V., Allmer Jens, Klimenko Alexandra I., Zuraev Bulat S., Matushkin Yury G., Lashin Sergey A.
[BIOINFORMATICS]
Orthoscape: a cytoscape application for grouping and visualization KEGG based gene networks by taxonomy and homology principles
Zakhar Sergeevich Mustafin, Sergey Alexandrovich Lashin, Yury Georgievich Matushkin, Konstantin Vladimirovich Gunbin, Dmitry Arkadievich Afonnikov
[BMC BIOINFORMATICS]
2016 A Review of Simulation and Modeling Approaches in Microbiology
A. I. Klimenko, Z. S. Mustafin, A. D. Chekantsev, R. K. Zudin, Yu. G. Matushkin, S. A. Lashin
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC MICROBIOL]
Impact of socio-demographic structure of the deaf people communities in prevalence of hereditary hearing loss.
Posukh O.L., Bady-Khoo M.S., Zytsar M.V., Mikhalskaia V.Yu., Lashin S.A., Barashkov N.A., Romanov G.P.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2015 A web application for automatic prediction of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[J INTEGR BIOINFORM]
EloE: web application for estimation of gene translation elongation efficiency
Sokolov V.S., Zuraev B.S., Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study
Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC EVOL BIOL]
Современные подходы к математическому и компьютерному моделированию в микробиологии
Клименко А.И., Мустафин З.С., Чеканцев А.Д., Зудин Р.К., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
2014 EloE – веб-приложение для оценки эффективности элонгации трансляции генов
В.С. Соколов, Б.С. Зураев, С.А. Лашин, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
High performance simulations of population-genetic processes in bacterial communities using the haploid evolutionary constructor software
Mustafin Z.S., Matushkin Yu.G., Lashin S.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения
Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
2013 Spatially Distributed Modeling of Prokaryotic Community Evolution
Lashin S.A., Mamontova E.A., Matushkin Yu.G.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
2012 Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[ECOL MODEL]
Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges
Lashin S.A., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "гаплоидный эволюционный конструктор"
Мустафин З.С., Матушкин Ю.Г., Лашин С.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
Разработка пространственно распределённой модели эволюции прокариотических сообществ
Лашин C. А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю. Г.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
Теории биологической эволюции с позиций современного развития системной биологии
С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин
[RUSS J GENET+]
2011 Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems
S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov
[RUSS J GENET+]
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг”
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
2010 Comparative Modeling Of Coevolution In Communities Of Unicellular Organisms: Adaptability And Biodiversity
Lashin S.A., Suslov V.V., Matushkin Y.G.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
2009 Корреляции оперонной структуры с длинной генома у 14 видов микоплазм
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом
Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г.
[Информационный вестник ВОГИС]
2008 Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вычислительные технологии]
2007 Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006))
Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G
[In Silico Biology]
2005 Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
© 2010-2020 ICG SB RAS. All rights reserved.