 |
Personal informationNikolay Kolchanov
Address: Institute of Cytology and Genetics SB RAS, prosp. Koptyuga 2, Novosibirsk, 630090 Russia
Phone: +7 (383) 333-34-68 E-mail: kol@bionet.nsc.ru
Identificators: ScopusID; ORCID
Academic degree, academic rank: Full Member of the Russian Academy of Sciences, Doctor of Biological Sciences, Professor.
Positions at the primary place of employment: Director of the Institute of Cytology and Genetics, ICG SB RAS; Head of the Systems Biology Department, ICG SB RAS.
Positions at the Novosibirsk State University (NSU): Head of the Chair of Informational Biology, Department of Sciences; Professor of the Chair of Informational Biology and of the Chair of Cytology and Genetics.
N.A. Kolchanov is the known specialist in the fields of molecular genetics, bioinformatics, nanobioengineering. He is involved in development of computer software complexes for solving the tasks of bioinformatics and systems biology; studying of molecular mechanisms of functioning and evolution of regulatory genetic systems and mutagenesis.
Major areas of expertise: informational biology, molecular biology, molecular genetics, computational analysis of the structural and functional organization and evolution of genomes, genetic biopolymers (DNA, RNA, and proteins) and of molecular systems of genomes.
Major findings: Software systems for solving tasks of bioinformatics and systems computer bioscience: integration, storage and analysis of experimental data on the structural and functional organization of molecular genetic systems; analysis and computational annotation of genome sequences; highly accurate recognition of transcription factor binding sites; prediction of protein structures and functions; search for pharmacological targets among proteins; reconstruction and modeling of gene networks controlling cell metabolism and plant morphogenesis have been designed. Molecular mechanisms mediating the function and evolution of regulatory genetic systems and mutagenesis have been studies. Computerized experimental approaches to the construction of genosensors positioned in micro- and nanofluid systems produced by LIGA technologies with the use of synchrotron radiation have been developed. Application of THz radiation to transfer of DNA and protein nanoparticles to the aerosol phase has been studied.
Publications: Author and co-author of over 640 publications in Russian and non-Russian periodicals, 18 inventor's certificates, and 8 patents.
N.A. Kolchanov is:
- Member of the RF Presidential Council for Science and Education,
- Member of the RF Presidential Council for the state support of young Russian scientists and the leading RF scientific schools,
- Member of the Scientific Coordination Council, Federal Agency for Scientific Organizations,
- Vice-President of the Main Board of the Vavilov Society of Geneticists and Breeders,
- Member of the Board of the Russian Foundation for Basic Research,
- Deputy President of the Academic Board of RAS for Genetics and Breeding,
- Deputy President of the Academic Board of RAS for Mathematical Biology and Bioinformatics,
- Chairman of the Academic Board of SB RAS for Bioinformatics,
- Member of the Academic Board of RAS for Molecular Biology and Genetics,
- Member of the Workgroup "Strategy of Nanoindustry Development", Governmental Council for Nanotechnologies,
- Member of the Academic Board of SB RAS for Supercomputing,
- Member of the Committee of the United Academic Board for Biosciences, SB RAS,
- Member of the Task Group "Bioinformatics in the Development of New Medicines",
- Member of the Scientific Coordination Council of the Targeted Federation Program "Research and Development Works on Top Priority Lines of the Development of the Scientific and Technological Complex in Russia in 2007–2012",
- Member of the Scientific Advisory Board of the Government of the Novosibirsk oblast,
- Member of the Board for the Development of Higher Education of the Government of the Novosibirsk oblast,
- Chairman of the Academic Board of ICG,
- Deputy Chairman of the Dissertation Committee of ICG for the defense of Candidate and Doctoral theses,
- Member of the Academic Boards of the Science and Medicobiological Departments of NSU.
N.A. Kolchanov runs the Chair of Informational Biology, established at the Science Department of NSU in 2002. He is Professor of the Chair of Informational Biology and of the Chair of Cytology and Genetics, NSU.
N.A. Kolchanov runs the German/Russian virtual network for bioinformatics "Computational Systems Biology".
N.A. Kolchanov is the member of editorial boards of the journals “Russian Journal of Genetics”, “Siberian ecological journal”, “Russian Journal of genetics: Applied Research”.
Publications
| 2024 |
Stimulation of mouse hematopoietic stem cells by angiogenin and DNA preparations
Potter EA, Dolgova EV, Proskurina AS, Ruzanova VS, Efremov YR, Kirikovich SS, Oshikhmina SG, Mamaev AL, Taranov OS, Bryukhovetskiy AS, Grivtsova LU, Kolchanov NA, Ostanin AA, Chernykh ER, Bogachev SS
[BRAZ J MED BIOL RES]
|
| 2023 |
Candidate SNP markers significantly altering the affinity of TATA-binding protein for the promoters of human hub genes for atherogenesis, atherosclerosis and atheroprotection.
Bogomolov A, Filonov S, Chadaeva I, Rasskazov D, Khandaev B, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Ivanisenko VA, Demenkov P, Podkolodnyy N, Kondratyuk E, Ponomarenko P, Podkolodnaya O, Mustafin Z, Savinkova L, Kolchanov N, Tverdokhleb N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Differentially expressed genes and molecular susceptibility to human age-related diseases
Shikhevich S, Chadaeva I, Khandaev B, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Kazachek A, Oshchepkov D, Bogomolov A, Klimova NV, Ivanisenko VA, Demenkov P, Mustafin Z, Markel A, Savinkova L, Kolchanov NA, Kozlov V, Ponomarenko M
[INT J MOL SCI]
|
|
Evolution of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite: an analysis based on the phylostratigraphic age and divergence indexes
Ignatieva E.V., Lashin S.A., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Impact of Double-Stranded RNA Internalization on Hematopoietic Progenitors and Krebs-2 Cells and Mechanism
Ritter GS, Proskurina AS, Meschaninova MI, Potter EA, Petrova DD, Ruzanova VS, Dolgova EV, Kirikovich SS, Levites EV, Efremov YR, Nikolin VP, Popova NA, Venyaminova AG, Taranov OS, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS.
[INT J MOL SCI]
|
|
On the Role of TATA Boxes and TATA-Binding Protein in Arabidopsis thaliana
L. K. Savinkova, E. B. Sharypova and N. A. Kolchanov
[Plants]
|
|
Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection
Evgeniya A. Antropova, Tamara M. Khlebodarova, Pavel S. Demenkov, Anastasiia R.
Volianskaia, Artur S. Venzel, Nikita V. Ivanisenko, Alexandr D. Gavrilenko, Timofey V.
Ivanisenko, Anna V. Adamovskaya, Polina M. Revva, Nikolay A. Kolchanov, Inna N. Lavrik
and Vladimir A. Ivanisenko
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
The Molecular Aspects of Functional Activity of Macrophage-Activating Factor GcMAF
Kirikovich SS, Levites EV, Proskurina AS, Ritter GS, Peltek SE, Vasilieva AR, Ruzanova VS, Dolgova EV, Oshihmina SG, Sysoev AV, Koleno DI, Danilenko ED, Taranov OS, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS
[INT J MOL SCI]
|
|
Анализ особенностей эволюции генов рецепторов клеточной поверхности человека, участвующих в регуляции аппетита, на основе индексов филостратиграфического возраста и микроэволюционной изменчивости
Игнатьева Е.В., Лашин С.А., Мустафин З.С., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Молекулярные механизмы оптимизации элонгации трансляции существенно различаются у бактерий, имеющих и не имеющих кластеры генов биосинтеза нерибосомных пептидов
А. И. Клименко, С. А. Лашин, Н. А. Колчанов, Д. А. Афонников, Ю. Г. Матушкин
[Молекулярная биология]
|
|
Развитие сибирской школы
математической (системной) биологии
Н.А. Колчанов, С.А. Лашин, Ф.В. Казанцев, Ю.Г. Матушкин
[Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции]
|
|
Реконструкция и анализ регуляторной генной сети функционирования клеточной стенки листьев Arabidopsis thaliana L. при ответе на водный дефицит
A.R. Volyanskaya, E.A. Antropova, U.S. Zubairova, P.S. Demenkov, A.S. Venzel, Y.L. Orlov, A.A. Makarova,
T.V. Ivanisenko, T.A. Gorshkova, A.R. Aglyamova, N.A. Kolchanov, M. Chen, V.A. Ivanisenko
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2022 |
Algorithm for the Reconstruction of Mathematical Frame
Models of Bacterial Transcription Regulation
Tatiana N. Lakhova, Fedor V. Kazantsev, Aleksey M. Mukhin, Nikolay A. Kolchanov, Yury G. Matushkin, Sergey A. Lashin
[Mathematics]
|
|
Changes in the number and morphology of blood cells in mice pretreated with RNA preparations and exposed to 8 Gy of gamma radiation
Dubatolova TD, Ritter GS, Proskurina AS, Kisaretova PE, Nikolin VP, Popova NA, Ruzanova VS, Taranov OS, Kolchanov NA, Bogachev SS
[International Journal of Radiation Research]
|
|
Plant_SNP_TATA_Z-tester: a Web service that unequivocally estimates the impact of proximal promoter mutations on plant gene expression
Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Zolotareva K, Khandaev B, Ponomarenko P, Podkolodnyy N, Tverdokhleb N, Vishnevsky O, Bogomolov A, Podkolodnaya O, Savinkova L, Zemlyanskaya E, Golubyatnikov V, Kolchanov N, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients
V. A. Ivanisenko, E. V. Gaisler, N. V. Basov, A. D. Rogachev, S. V. Cheresiz, T. V. Ivanisenko, P. S. Demenkov, E. L. Mishchenko, O. P. Khripko, Yu. I. Khripko, S. M. Voevoda, T. N. Karpenko, A. J. Velichko, M. I. Voevoda, N. A. Kolchanov, A. G. Pokrovsky
[SCI REP-UK]
|
|
Rational metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum to create a producer of L-valine.
Sheremetieva M.E., Anufriev K.E., Khlebodarova T.M., Kolchanov N.A., Yanenko A.S.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Stress reactivity, susceptibility to hypertension, and differential expression of genes in hypertensive compared to normotensive patients
Oshchepkov D, Chadaeva I, Kozhemyakina R, Zolotareva K, Khandaev B, Sharypova E, Ponomarenko P, Bogomolov A, Klimova NV, Shikhevich S, Redina O, Kolosova NG, Nazarenko M, Kolchanov NA, Markel A, Ponomarenko M.
[INT J MOL SCI]
|
|
The New General Biological Property of Stem-like Tumor Cells (Part II: Surface Molecules, Which Belongs to Distinctive Groups with Particular Functions, Form a Unique Pattern Characteristic of a Certain Type of Tumor Stem-like Cells)
Petrova DD, Dolgova EV, Proskurina AS, Ritter GS, Ruzanova VS, Efremov YR, Potter EA, Kirikovich SS, Levites EV, Taranov OS, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS
[INT J MOL SCI]
|
|
The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition
Timofey V. Ivanisenko, Pavel S. Demenkov, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[INT J MOL SCI]
|
|
The new general biological property of stem-like tumor cells Part I. Peculiarities of the process of the double-stranded DNA fragments internalization into stem-like tumor cells
Ritter GS, Dolgova EV, Petrova DD, Efremov YR, Proskurina AS, Potter EA, Ruzanova VS, Kirikovich SS, Levites EV, Taranov OS, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS
[Frontiers in Genetics]
|
|
Рациональная метаболическая инженерия Corynebacterium glutamicum для продукции L-валина.
Шереметьева М.Е., Ануфриев К.Э., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Яненко А.С.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Технология лечения злокачественных новообразований «Каранахан»
Колчанов Н.А., Богачев С.С., Долгова Е.В., Поттер Е.А., Проскурина А.С., Черных Е.Р., Останин А.А., Таранов О.С., Сидоров С.В.
[Наука и Технологии Сибири]
|
| 2021 |
A bioinformatics model of human diseases on the basis of differentially expressed genes (of domestic versus wild animals) that are orthologs of human genes associated with reproductive-potential changes.
Vasiliev G, Chadaeva I, Rasskazov D, Ponomarenko P, Sharypova E, Drachkova I, Bogomolov A, Savinkova L, Ponomarenko M, Kolchanov N, Osadchuk A, Oshchepkov D, Osadchuk L.
[INT J MOL SCI]
|
|
Disruptive selection of human immunostimulatory and immunosuppressive genes both provokes and prevents rheumatoid arthritis, respectively, as a self-domestication syndrome.
Klimova N.V., Oshchepkova E., Chadaeva I., Sharypova E., Ponomarenko P., Drachkova I., Rasskazov D., Oshchepkov D., Ponomarenko M., Savinkova L., Kolchanov N.A., Kozlov V.A.
[Frontiers in Genetics]
|
|
Domestication explains two-thirds of differential-gene-expression variance between domestic and wild animals; the remaining one-third reflects intraspecific and interspecific variation
Chadaeva I, Ponomarenko P, Kozhemyakina R, Suslov V, Bogomolov A, Klimova N, Shikhevich S, Savinkova L, Oshchepkov D, Kolchanov N, Markel A, Ponomarenko M.
[Animals]
|
|
Leave or Stay: Simulating Motility and Fitness of Microorganisms in Dynamic Aquatic Ecosystems
Alexandra Klimenko, Yury Matushkin, Nikolay Kolchanov, Sergey Lashin
[Biology]
|
| 2020 |
Candidate SNP markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it.
Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Drachkova I, Oshchepkov D, Ponomarenko P, Savinkova L, Oshchepkova E, Nazarenko M, Kolchanov N.
[INT J MOL SCI]
|
|
Characterization of biological peculiarities of the radioprotective activity of double-stranded RNA isolated from Saccharomyces сerevisiae
Ritter GS, Nikolin VP, Popova NA, Proskurina AS, Kisaretova PE, Taranov OS, Dubatolova TD, Dolgova EV, Potter EA, Kirikovich SS, Efremov YR, Bayborodin SI, Romanenko MV, Meschaninova MI, Venyaminova AG, Kolchanov NA, Shurdov MA, Bogachev SS.
[INT J RADIAT BIOL]
|
|
Dissecting DISC regulation via pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer
Laura K. Hillert, Nikita V. Ivanisenko, Denise Busse, Johannes Espe, Corinna König, Sergey E. Peltek, Nikolai A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[CELL DEATH DIFFER]
|
|
Meta-Analysis of Transcriptome Data Detected New Potential Players in Response to Dioxin Exposure in Humans
Evgeniya Oshchepkova, Yana Sizentsova, Daniil Wiebe, Victoria Mironova and Nikolay Kolchanov
[INT J MOL SCI]
|
|
The Phylogeny of Class B Flavoprotein Monooxygenases and the Origin of the YUCCA Protein Family
Turnaev I.I., Gunbin K.V., Suslov V.V., Akberdin I.R., Kolchanov N.A., Afonnikov D.A.
[Plants]
|
|
The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications
Nikita V. Ivanisenko, Kamil Seyrek, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko, Inna N. Lavrik
[Cell Death Discovery]
|
|
Unannotated single nucleotide polymorphisms in the TATA box of erythropoiesis genes show in vitro positive involvements in cognitive and mental disorders.
Ponomarenko M., Sharypova E., Drachkova I., Chadaeva I., Arkova O., Podkolodnaya O., Ponomarenko P., Kolchanov N., Savinkova L.
[BMC MED GENET]
|
|
Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life
Sergey E. Peltek, Alla V. Bryanskaya, Yuliya E. Uvarova, Aleksey S. Rozanov, Timofey V. Ivanisenko, Vladimir A. Ivanisenko, Elena V. Lazareva, Olga V. Saik, Vadim M. Efimov, Sergey M. Zhmodik, Oxana P. Taran, Nikolay M. Slynko, Sergey V. Shekhovtsov, Valentin N. Parmon, Nikolay L. Dobretsov, Nikolay A. Kolchanov
[BMC MICROBIOL]
|
|
Изменение транскриптома генов гиппокампа мышей в модели депрессии при интраназальном введении биоактивных факторов М2 макрофагов
Шевела Е.Я., Маркова Е.В., Княжева М.А., Проскурина А.С., Ефремов Я.Р., Молодцов В.В., Селедцов И.А., Останин А.А., Богачев С.С., Колчанов Н.А., Черных Е.Р.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Методы in vitro, используемые для изучения ДНК-белковых взаимодействий.
Л.К. Савинкова, Е.Б. Шарыпова, Н.А. Колчанов
[Успехи современной биологии]
|
|
Характеристика активной субстанции препарата дрожжей Saccharomyces сerevisiae, обладающей радиопротекторными свойствами
Риттер Г.С., Николин В.П., Попова Н.А., Проскурина А.С., Кисаретова П.Э., Таранов О.С., Дубатолова Т.Д., Долгова Е.В., Поттер Е.А., Кирикович С.С., Ефремов Я.Р., Байбородин С.И., Романенко М.В., Мещанинова М.И., Веньяминова А.Г., Колчанов Н.А., Богачев С.С.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2019 |
Natural selection equally supports the human tendencies in subordination and domination: a genome-wide study with in silico confirmation and in vivo validation in mice.
Chadaeva I., Ponomarenko P., Rasskazov D., Sharypova E., Kashina E., Kleshchev M., Ponomarenko M., Naumenko V., Savinkova L., Kolchanov N., Osadchuk L., Osadchuk A.
[Frontiers in Genetics]
|
|
Spatial heterogeneity promotes antagonistic evolutionary scenarios in microbial community explained by ecological stratification: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[ECOL MODEL]
|
|
Web-Based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Posttranslational Modifications of Proteins
Ivanisenko VA, Ivanisenko TV, Saik OV, Demenkov PS, Afonnikov DA, Kolchanov NA.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
Изменения липидного обмена мыши при одновременном воздействии антисмысловыми олигонуклеотидными производными к мРНК генов апоВ, PCSK9 и апоCIII
С.И. Ошевский, Ю.И. Рагино, Е.В. Каштанова, Я.В. Полонская, Е.М. Стахнева, В.П. Николин, Н.А. Попова, Н.А. Колчанов, М.И. Воевода
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Инь и янь плюрипотентности: результаты анализа генов, демонстрирующих повышенную экспрессию в инициирующих опухолевых клетках асцитной карциномы Кребс-2
Ефремов Я.Р., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Долгова Е.В., Ефремова О.В., Колчанов Н.А., Богачев С.С.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Кандидатные SNP-маркеры атеросклероза, которые способны достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека
Пономаренко М.П., Рассказов Д.А., Чадаева И.В., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Пономаренко П.М., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[Генетика]
|
|
Кандидатные SNP-маркеры ревматоидного полиартрита, которые могут достоверно изменять сродство ТАТА-связывающего белка к промоторам генов человека
Чадаева И.В., Рассказов Д.А., Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Ощепкова Е.А., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Козлов В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Приоритизация генов картофеля, вовлеченных в формирование селекционно-значимых признаков, с использованием базы знаний SOLANUM TUBEROSUM.
Деменков П.С., Сайк О.В., Иванисенко Т.В., Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Стволовые раковые клетки: «служба спасения» для опухолей в условиях генерализованного клеточного стресса
Ефремов Я.Р., Проскурина А.С., Поттер Е.А., Долгова Е.В., Ефремова О.В., Ощепков Д.Ю., Колчанов Н.А., Богачев С.С.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2018 |
ARGO_CUDA: EXHAUSTIVE GPU BASED APPROACH FOR MOTIF DISCOVERY IN LARGE DNA DATASETS
Vishnevsky O.V., Bocharnikov A.V., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Cancer stem cells: Emergent nature of tumor emergency
Efremov YR, Proskurina AS, Potter EA, Dolgova EV, Efremova OV, Taranov OS, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS
[Frontiers in Genetics]
|
|
Candidate SNP markers of reproductive potential are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Chadaeva IV, Ponomarenko PM, Rasskazov DA, Sharypova EB, Kashina EV, Zhechev DA, Drachkova IA, Arkova AV, Savinkova LK, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Osadchuk LV, Osadchuk AV.
[BMC GENOMICS]
|
|
Efficacy of a new cancer treatment strategy based on eradication of tumor-initiating stem cells in a mouse model of Krebs-2 solid adenocarcinoma
Potter ЕА, Proskurina AS, Ritter GS, Dolgova ЕV, Nikolin VP, Popova NA, Taranov OS, Efremov YR, Bayborodin SI, Ostanin АА, Chernykh ЕR, Kolchanov NA, Bogachev SS
[ONCOTARGET]
|
|
High temperature and pressure influence the interdomain orientation of Nip7 proteins from P. abyssi and P. furiosus: MD simulations
Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Introduction to the 9th Young Scientists School on Systems Biology and Bioinformatics (SBB'2017)
Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Zakhartsev M.V., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Pluripotency gene network dynamics: system views from parametric analysis.
Akberdin I.R., Omelyanchuk N.A., Fadeev S.I., Leskova N.E., Oschepkova E.A., Kazantsev F.V., Matushkin Yu.G., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[PloS One]
|
|
Review of direct chemical and biochemical transformations of starch
Vadim K. Khlestkin, Sergey E. Peltek, Nicolay A. Kolchanov
[CARBOHYD POLYM]
|
|
База знаний SOLANUM TUBEROSUM: раздел по молекулярно-генетической регуляции метаболических путей
Т.В. Иванисенко, О.В. Сайк, П.С. Деменков, В.К. Хлесткин, Е.К. Хлесткина, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Информационная Система По Биоресурсным Коллекциям Институтов ФАНО России
Лашин С.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Казанцев Ф.В., Комышев Е.Г., Ощепкова Е.А., Петров А.В., Рассказов Д.А., Смирнова А.А., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Оценка эффективности эрадикации стволовых инициирующих раковых клеток на примере асцитной формы гепатокарциномы мыши Г-29
Поттер Е.А., Риттер Г.С., Долгова Е.В., Проскурина А.С., Кисаретова П.Э., Ефремов Я.Р., Николин В.П., Попова Н.А., Таранов О.С., Останин А.А., Черных Е.Р., Сидоров С.В., Колчанов Н.А., Богачев С.С.
[Вопросы онкологии]
|
|
Экспериментальное изучение влияния редких полиморфизмов ТАТА-боксов промоторов генов HBB, HBD и F9 человека на кинетику взаимодействия с ТАТА-связывающим белком
Шарыпова Е.Б., Драчкова И.А., Кашина Е.В., Рассказов Д.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2017 |
Genetics at Belyaev Conference – 2017: introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Tatarinova T.V., Kolchanov N.A.
[BMC GENET]
|
|
Status and Prospects of Marker-Assisted and Genomic Plant Breeding
N.A. Kolchanov, A.V. Kochetov, E.A. Salina, L.A. Pershina, E.K. Khlestkina, V.K. Shumny
[HER RUSS ACAD SCI+]
|
|
Auxin regulates functional gene groups in a fold-change-specific manner in Arabidopsis thaliana roots
N. A. Omelyanchuk, D. S. Wiebe, D. D. Novikova, V. G. Levitsky, N. Klimova, V. Gorelova, C. Weinholdt, G. V. Vasiliev, E. V. Zemlyanskaya, N. A. Kolchanov, A. V. Kochetov, I. Grosse, V. V. Mironova
[SCI REP-UK]
|
|
Candidate SNP markers of familial and sporadic Alzheimer's diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-Binding protein for human gene promoters.
Ponomarenko P, Chadaeva I, Rasskazov DA, Sharypova E, Kashina EV, Drachkova I, Zhechev D, Ponomarenko MP, Savinkova LK, Kolchanov N
[Frontiers in Aging Neuroscience]
|
|
Gene expression profiling of tumor-initiating stem cells from mouse Krebs-2 carcinoma using a novel marker of poorly differentiated cells
Potter EA, Dolgova EV, Proskurina AS, Efremov YR, Minkevich AM, Rozanov AS, Peltek SE, Nikolin VP, Popova NA, Seledtsov IA, Molodtsov VV, Zavyalov EL, Taranov OS, Baiborodin SI, Ostanin AA, Chernykh ER, Kolchanov NA, Bogachev SS
[ONCOTARGET]
|
|
Identification of residues of the archaeal RNA-binding Nip7 proteins specific to environmental conditions
Medvedev, K.E., Kolchanov, N.A., Afonnikov, D.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Molecular mechanisms of the interaction between the processes of the cell response to mechanical stress and neuronal apoptosis in primary open-angle glaucoma
O. V. Saik, N. A. Konovalova, P. S. Demenkov, N. V. Ivanisenko, T. V. Ivanisenko, D. E. Ivanoshchuk, O. S. Konovalova, O. A. Podkolodnaya, I. N. Lavrik, N. A. Kolchanov, V. A. Ivanisenko
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
SNP_TATA_Comparator: genomewide landmarks for preventive personalized medicine.
Ponomarenko M, Rasskazov D, Chadaeva I, Sharypova E, Ponomarenko P, Arkova O, Kashina E, Ivanisenko N, Zhechev D, Savinkova L, Kolchanov N.
[Front Biosci (Schol Ed)]
|
|
АНТИСМЫСЛОВОЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНОЕ ПРОИЗВОДНОЕ К МРНК ГЕНА SCN5A НАТРИЕВОГО КАНАЛА NAV1.5 СНИЖАЕТ ЧАСТОТУ СЕРДЕЧНЫХ СОКРАЩЕНИЙ
Ошевский С.И., Рагино Ю.И., Каштанова Е.В., Полонская Я.В., Стахнева Е.М., Николин В.П., Попова Н.А., Колчанов Н.А., Воевода М.И.
[Атеросклероз]
|
|
ГЕНЫ-МИШЕНИ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ СОРТОВ КАРТОФЕЛЯ (Solanum tuberosum L.) С ЗАДАННЫМИ СВОЙСТВАМИ КРАХМАЛА
В.К. Хлесткин, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов
[Сельскохозяйственная биология]
|
|
Интернет-доступные информационные ресурсы по генным сетям, включающие данные по человеку и животным.
Игнатьева Е.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ АВТОМАТИЧЕСКОГО ИЗВЛЕЧЕНИЯ ЗНАНИЙ ИЗ ТЕКСТОВ НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ БАЗЫ ЗНАНИЙ SOLANUM TUBEROSUM
О.В. САЙК, П.С. ДЕМЕНКОВ, Т.В. ИВАНИСЕНКО, Н.А. КОЛЧАНОВ, В.А. ИВАНИСЕНКО
[Сельскохозяйственная биология]
|
|
Состояние и перспективы использования маркер-ориентированной и геномной селекции растений
Колчанов Н.А., Кочетов А.В., Салина Е.А., Першина Л.А., Хлесткина Е.К., Шумный В.К.
[Вестник Российской Академии Наук]
|
| 2016 |
Dynamic properties of SOD1 mutants can predict survival time of patients carrying familial amyotrophic lateral sclerosis
Nikolay A. Alemasova, Nikita V. Ivanisenko, Sergey P. Medvedev, Suren M. Zakian, Nikolay A. Kolchanov & Vladimir A. Ivanisenko
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
A compendium of human genes regulating feeding behavior and body weight, its functional characterization and identification of GWAS genes involved in brain-specific PPI network
Elena V. Ignatieva, Dmitry A. Afonnikov, Olga V. Saik, Evgeny I. Rogaev and Nikolay A. Kolchanov
[BMC GENET]
|
|
A quantitative method for determination of PPDK concentration in miscanthus leaves
Irina A. Meshcheryakova, Svetlana V. Bannikova, Aleksey S. Rozanov, Elisaveta V. Demidova, Evgeniy A. Demidov, Tatiana N. Goryachkovskaya, Natalya V. Burmakina, Sergey V. Shekhovtsov, Alla V. Bryanskaya, Nikolay A. Kolchanov, Sergey E. Peltek
[GCB BIOENERGY]
|
|
Bacteriophages affect evolution of bacterial communities in spatially distributed habitats: a simulation study
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC MICROBIOL]
|
|
Candidate SNP markers of aggressiveness-related complications and comorbidities of genetic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters.
Chadaeva I.V., Ponomarenko M.P., Rasskazov D.A., Sharypova E.B., Kashina E.V. Matveeva M.Yu., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Arkova O.V., Bondar N.P. Savinkova L.K., Kolchanov N.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Candidate SNP markers of chronopathologies are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Petr Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Valentin Suslov, Ekaterina Sharypova, Ludmila Savinkova, Olga Podkolodnaya, Nikolay Podkolodny, Natalya Tverdokhleb, Irina Chadaeva, Mikhail Ponomarenko, Nikolay Kolchanov
[Biomed Res Int]
|
|
Candidate SNP markers of gender-biased autoimmune complications of monogenic diseases are predicted by a significant change in the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Mikhail Ponomarenko, Olga Arkova, Dmitry Rasskazov, Petr Ponomarenko, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov
[Frontiers in Immunology]
|
|
Computational genomics at BGRS\SB-2016: Introductory note
Orlov Y.L., Baranova A.V., Hofestädt R., Kolchanov N.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
Impact of terahertz radiation on stress-sensitive genes of E.coli cell
Elizaveta V. Demidova, Tatiana N. Goryachkovskaya ; Irina A. Mescheryakova ; Tatiana K. Malup ; Artem I. Semenov ; Nikolay A. Vinokurov ; Nikolay A. Kolchanov ; Vasiliy M. Popik ; Sergey E. Peltek
[IEEE Transactions on Terahertz Science and Technology]
|
|
Mechanical Behavior of Cells within a Cell-Based Model of Wheat Leaf Growth
Zubairova U, Nikolaev S, Penenko A, Podkolodnyy N, Golushko S, Afonnikov D, Kolchanov N
[Frontiers in Plant Science]
|
|
Molecular associations of Primary Open-Angle Glaucoma with potential comorbid diseases (POAG-associome)
Olga V Saik, Natalia A Konovalova, Pavel S Demenkov, Timofey V Ivanisenko, Evgeny D Petrovskiy, Nikita V Ivanisenko, Dinara E Ivanoshchuk, Maria N Ponomareva, Olga S Konovalova, Inna N. Lavrik, Nikolay A Kolchanov, Vladimir A Ivanisenko
[Biotecnología Aplicada]
|
|
Prediction and verification of the influence of the rs367781716 SNP on the interaction of the ТАТА-binding protein with the promoter of the human АВСА9 gene
Arkova OV, Drachkova IA, Arshinova TV, Rasskazov DA, Suslov VV, Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Kolchanov NA, Savinkova LK
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Properties of internalization factors contributing to the uptake of extracellular DNA into tumor-initiating stem cells of mouse Krebs-2 cell line
Evgeniya V. Dolgova, Ekaterina A. Potter, Anastasiya S. Proskurina, Alexandra M. Minkevich, Elena R. Chernych, Alexandr A. Ostanin, Yaroslav R. Efremov, Sergey I. Bayborodin, Valeriy P. Nikolin, Nelly A. Popova, Nikolay A. Kolchanov, Sergey S. Bogachev
[STEM CELL RES THER]
|
|
Гипотетические SNP-маркеры, значимо изменяющие оценки сродства ТАТА-связывающего белка к промоторам онкогенов VEGFA, ERBB2, IGF1R, FLT1, KDR и MET – мишеней для химиотерапии.
Турнаев И.И., Рассказов Д.А., Аркова О.В., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
|
ИЗУЧЕНИЕ ОТВЕТА БАКТЕРИАЛЬНЫХ КЛЕТОК НА НЕТЕРМИЧЕСКОЕ ВОЗДЕЙСТВИЕ ТЕРАГЕРЦОВОГО ИЗЛУЧЕНИЯ
С.Е. Пельтек, И.А. Мещерякова, Е.В. Демидова, Т.Н. Горячковская, А.И. Семенов, Е.А. Демидов, В.М. Попик, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов
[Acta Naturae]
|
|
МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ ЭКОСИСТЕМ; МЕТАГЕНОМНЫЙ ПОДХОД
С.Е. Пельтек, А.В. Брянская, Ю.Е. Уварова, А.С. Розанов, Т.В. Иванисенко, Т.К. Малуп, В.А. Иванисенко, Е.В. Лазарева, О.В. Сайк, С.М. Жмодик, О.П. Таран, Н.М. Слынько, С.В. Шеховцов, В.Н. Пармон, Н.Л. Добрецов, Н.А. Колчанов
[Acta Naturae]
|
|
Маркёр-ориентированная селекция и примеры ее использования в мировом картофелеводстве
Хлесткина Е.К., Шумный В.К., Колчанов Н.А.
[Достижения науки и техники АПК]
|
|
Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия процессов ответа клетки на механический стресс и нейронального апоптоза при первичной открытоугольной глаукоме
Сайк О.В., Коновалова Н.А., Деменков П.С., Иванисенко Н.В., Иванисенко Т.В., Иванощук Д.Е., Пономарева М.Н., Коновалова О.С., Подколодная О.А., Лаврик И.Н., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Оценка количественных характеристик опушения листьев картофеля с использованием анализа цифровых микроизображений
А.В. Дорошков, А.В. Симонов, А.Д. Сафонова, Д.А. Афонников, И.Е. Лихенко, Н.А. Колчанов
[Достижения науки и техники АПК]
|
|
Разработка регламента терапевтического режима, основанного на синергичном действии циклофосфана и препаратов двуцепочечной ДНК, приводящего к полному вылечиванию экпериментальных животных от асцитной формы опухоли мыши Кребс-2
Поттер Е.А., Долгова Е.В., Проскурина А.С., Ефремов Я.Р., Таранов О.С., Николин В.П., Попова Н.А., Дубатолова Т.Д., Петрова Д.Д., Верещагин Е.И., Минкевич А.М., Андрушкевич О.М., Байбородин С.И., Рогачев В.А., Останин А.А., Черных Е.Р., Колчанов Н.А., Богачев С.С.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Режим однократной инъекции препарата двуцепочечной ДНК после каждой инъекции циклофосфана, приводящий к эрадикации первичного асцита Кребс-2.
Поттер Е.А., Долгова Е.В., Минкевич А.М., Николин В.П., Попова Н.А., Ефремов Я.Р., Байбородин С.И., Рогачев В.А., Проскурина А.С., Таранов О.С., Верещагин Е.И., Останин А.А., Черных Е.Р., Колчанов Н.А., Богачев С.С.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Системно-биологический анализ гена WOX5 и его функций в нише стволовых клеток корня
Е.А. Ощепкова, Н.А. Омельянчук, М.С. Савина, Т. Пастернак, Н.А. Колчанов, Е.В. Землянская
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
“Soranovskii”: A New Miscanthus Cultivar Developed in Russia
Tatiana Goryachkovskaya, Nikolay Slynko, Eugenia Golubeva,Sergei Shekhovtsov, Nikolay Nechiporenko, Sergey Veprev, Irina Meshcheryakova, Konstantin Starostin, Natalya Burmakina, Alla Bryanskaya, Nikolay Kolchanov, Vladimir Shumny, Sergey Peltek
[Perennial Biomass Crops for a Resource-Constrained World]
|
| 2015 |
Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome)
Glotov AS, Tiys ES, Vashukova ES, Pakin VS, Demenkov PS, Saik OV, Ivanisenko TV, Arzhanova ON, Mozgovaya EV, Zainulina MS, Kolchanov NA, Baranov VS, Ivanisenko VA
[BMC SYST BIOL]
|
|
ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology
Vladimir A Ivanisenko, Olga V Saik, Nikita V Ivanisenko, Evgeny S Tiys, Timofey V Ivanisenko, Pavel S Demenkov and Nikolay A Kolchanov
[BMC SYST BIOL]
|
|
Dependence of a DNA globule size in a gas phase on the chain length
Goryachkovskaya T. N., Kozlov A. S., Popik V. M., Kolchanov N. A., Peltek S. E.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Effect of flanking sequences on the accuracy of the recognition of transcription factor binding sites.
Khlebodarova T. M., Oshchepkov D. Yu., Levitsky V. G., Podkolodnaya O. A., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Stepanenko I. L., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
How to use SNP_TATA_Comparator to find a significant change in gene expression caused by the regulatory SNP of this gene’s promoter via a change in affinity of the TATA-binding protein for this promoter
Mikhail Ponomarenko, Dmitry Rasskazov, Olga Arkova, Petr Ponomarenko, Valentin Suslov, Ludmila Savinkova, Nikolay Kolchanov
[Biomed Res Int]
|
|
Human Genes Encoding Transcription Factors and Chromatin-Modifying Proteins Have Low Levels of Promoter Polymorphism: A Study of 1000 Genomes Project Data
Ignatieva EV, Levitsky VG, Kolchanov NA
[International Journal of Genomics]
|
|
Identification of the relationship between the variability of the expression of signaling pathway genes in the human brain and the affinity of TATA-binding protein to their promoters.
Ponomarenko MP, Suslov VV, Gunbin KV, Ponomarenko PM, Vishnevsky OV, Kolchanov NA.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Introductory note for BGRS\SB-2014 special issue
Orlov Y.L., Hofestädt R.M., Kolchanov N.A
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Isolation of prospective microalgal strains with high saturated fatty acid content for biofuel production
A.V. Piligaev , K.N. Sorokina, A.V. Bryanskaya, S.E. Peltek, N.A. Kolchanov, V.N. Parmon
[Algal Research]
|
|
Mechanisms of the Formation and Propagation of Sociobiological Interactions: a Computer Simulation Study
Lashin S. A., Mamontova E. A., Matushkin Yu. G., Kolchanov N. A.
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Modeling evolution of spatially distributed bacterial communities: a simulation with the haploid evolutionary constructor»
Klimenko A.I., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A., Lashin S.A.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
Neurometabolic Effect of Altaian Fungus Ganoderma lucidum (Reishi Mushroom) in Rats Under Moderate Alcohol Consumption
Shevelev OB, Akulov AE, Dotsenko AS, Kontsevaya GV, Zolotykh MA, Gerlinskaya LA, Veprev SG, Goryachkovskaya TN, Zhukova NA, Kolchanov NA, Pel'tek SE, Moshkin MP.
[ALCOHOL CLIN EXP RES]
|
|
No DNA damage response and negligible genome-wide transcriptional changes in human embryonic stem cells exposed to terahertz radiation
Bogomazova,A. N., Vassina E. M., Goryachkovskaya T. N., Popik V. M., Sokolov A. S., Kolchanov N. A., Lagarkova M. A., Kiselev S. L., Peltek S. E.
[SCI REP-UK]
|
|
Obesity-related known and candidate SNP markers can significantly change affinity of TATA-binding protein for human gene promoters
Arkova OV, Ponomarenko MP, Rasskazov DA, Drachkova IA, Arshinova TV, Ponomarenko PM, Savinkova LK, Kolchanov NA
[BMC GENOMICS]
|
|
Permanent proteins in the urine of healthy humans during the Mars-500 experiment
Larina IM, Pastushkova LKh, Tiys ES, Kireev KS, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Popov IA, Custaud MA, Dobrokhotov IV, Nikolaev EN, Kolchanov NA, Ivanisenko VA
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Prediction of tissue-specific effects of gene knockout on apoptosis in different anatomical structures of human brain.
Petrovskiy E.D., Saik O.V., Tiys E.S., Lavrik I.N., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A.
[BMC GENOMICS]
|
|
TNF-Binding Domain of the Variola Virus CrmB Protein Synthesized in Escherichia coli Cells Effectively Interacts with Human TNF
T. V. Tregubchak, S. V. Shekhovtsov, T. S. Nepomnyashchikh, S. E. Peltek, Academician N. A. Kolchanov, and S. N. Shchelkunov,
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
The evolution of Homo sapiens denisova and Homo sapiens neanderthalensis miRNA targeting genes in the prenatal and postnatal brain
Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A., Derevianko A.P. and Rogaev E.I.
[BMC GENOMICS]
|
|
Одновременное воздействие несколькими антисмысловыми олигонуклеотидными производными, его эффективность на примере липидного обмена мыши
Ошевский С.И., Рагино Ю.И., Каштанова Е.В., Полонская Я.В., Стахнёва Е.М., Николин В.П., Попова Н.А., Кораблев А.Н.. Колчанов Н.А., Воевода М.И.
[Атеросклероз]
|
|
ПРОГНОЗ И ВЕРИФИКАЦИЯ ВЛИЯНИЯ SNP rs367781716 НА ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ПРОМОТОРОМ ГЕНА АВСА9 ЧЕЛОВЕКА
Аркова ОВ., Драчкова ИА., Аршинова ТВ., Рассказов ДА., Суслов ВВ., Пономаренко ПМ., Пономаренко МП., Колчанов НА., Савинква ЛК.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Применение репродуктивных технологий для повышения эффективности геномной селекции молочного крупного рогатого скота
Юдин Н.С., Лукьянов К.И., Воевода, Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Регуляторная геномика – экспериментально-компьютерные подходы
Е. В. Игнатьева, О. А. Подколодная, Ю. Л. Орлов, Г. В. Васильев, Н. А. Колчанов
[RUSS J GENET+]
|
|
Суперкомпьютерные технологии в решении задач биоинформатики
Глинский Б.М., Кучин Н.В., Черных И.Г., Орлов Ю.Л., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А.
[Программные системы: теория и приложения]
|
| 2014 |
A New Stochastic Model for Subgenomic Hepatitis C Virus Replication Considers Drug Resistant Mutants
Nikita V. Ivanisenko, Elena L. Mishchenko, Ilya R. Akberdin, Pavel S. Demenkov, Vitaly A. Likhoshvai, Konstantin N. Kozlov, Dmitry I. Todorov, Vitaly V. Gursky, Maria G. Samsonova, Alexander M. Samsonov, Diana Clausznitzer, Lars Kaderali, Nikolay A. Kolchanov, Vladimir A. Ivanisenko
[PloS One]
|
|
ChIP-seq данные и их анализ
Орлов Ю.Л., Васильев Г.В., Кулакова Е.В., Колчанов Н.А.
[Молекулярная и прикладная генетика]
|
|
Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag (ChIA-PET) sequencing technology and application
Guoliang Li, Liuyang Cai, Huidan Chang, Ping Hong, Qiangwei Zhou, Ekaterina V Kulakova, Nikolay A Kolchanov, Yijun Ruan
[BMC GENOMICS]
|
|
Genetic basis of olfactory cognition: extremely high level of DNA sequence polymorphism in promoter regions of the human olfactory receptor genes revealed using the 1000 Genomes Project dataset
Ignatieva E.V., Levitsky V.G., Yudin N.S., Moshkin M.P., Kolchanov N.A.
[Front Psychol]
|
|
HEC 2.0: improved simulation of the evolution of prokaryotic communities
Lashin S.A., Klimenko A.I., Mustafin Z.S., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Insights into pathophysiology of dystropy through the analysis of gene networks: an example of bronchial asthma and tuberculosis
Bragina Elena Yu, Evgeny S. Tiys, Maxim B. Freidin, Lada A. Koneva, Pavel S. Demenkov, Vladimir A. Ivanisenko, Nikolay A. Kolchanov, Valery P. Puzyrev
[IMMUNOGENETICS]
|
|
Molecular Analysis of the Benthos Microbial Community in Zavarzin Thermal Spring (Uzon Caldera, Kamchatka, Russia)
Rozanov A.S., Bryanskaya A.V., Malup T.K., Lasareva E.V., Taran O.P., Ivanisenko T.V., Ivanisenko V.A., Zhmodik S.M., Kolchanov N.A., Peltek S.E.
[BMC GENOMICS]
|
|
Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species
Kirill E Medvedev, Nikolay A Alemasov, Yuri N Vorobjev, Elena V Boldyreva, Nikolay A Kolchanov, Dmitry A Afonnikov
[BMC STRUCT BIOL]
|
|
Nasal aerodynamics protects brain and lung from inhaled dust in subterranean diggers, Ellobius talpinus
M. P. Moshkin, D. V. Petrovski, A. E. Akulov, A. V. Romashchenko, L. A. Gerlinskaya, V. L. Ganimedov, M. I. Muchnaya, A. S. Sadovsky, I. V. Koptyug, A. A. Savelov, S. Yu Troitsky, Y. M. Moshkn, V. I. Bukhtiyarov, N. A. Kolchanov, R. Z. Sagdeev and V. M. Fomin
[P ROY SOC B-BIOL SCI]
|
|
Program complex SNP-MED for analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) effects on the function of genes associated with socially significant diseases
N. L. Podkolodnyy, D. A. Afonnikov, Yu. Yu. Vaskin, L.O. Bryzgalov, V. A. Ivanisenko, P. S. Demenkov, M.P. Ponomarenko, D.A. Rasskazov, K. V. Gunbin, I. V. Protsyuk, I.Yu. Shutov, P.N. Leontyev, M.Yu. Fursov, N.P. Bondar, E.V. Antontseva, T.I. Merkulova, and N.A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Real-Time Interaction between ТВР and the TATA Box of the Human Triosephosphate Isomerase Gene Promoter in the Norm and Pathology
Arkova OV, Kuznetsov NA, Fedorova OS, Kolchanov NA, Savinkova LK
[Acta Naturae]
|
|
The mechanism by which TATA-box polymorphisms associated with human hereditary diseases influence interactions with the TATA-binding protein.
Drachkova I.A., Savinkova L.K., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Peltek S.E., Kolchanov N.A.
[HUM MUTAT]
|
|
Взаимосвязь уровня тревожности с полиморфными вариантами гена серотонинового транспортера у русских и тувинцев
Савостьянов А.Н., Науменко В.С., Синякова Н.А., Львова М.Н., Левин Е.А., Залешин М.С., Кавай-оол У.Т., Мордвинов В.А., Колчанов Н.А., Афтанас Л.И.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Влияние полиморфизма аллелей серотонинового транспортера на индивидуальные особенности мозговой гемодинамики у людей в условиях экспериментальной парадигмы «стоп-сигнал»
Петровский Е.Д., Савостьянов А.Н., Савелов А.А., Науменко В.С., Синякова Н.А., Левин Е.А., Таможников С.С., Тулупов А.А., Мордвинов В.А., Колчанов Н.А., Афтанас Л.И.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Влияние фланкирующих последовательностей на точность распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов.
Хлебодарова Т.М., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Выявление связи вариабельности экспрессии генов путей передачи сигналов в мозге человека со сродством ТАТА-связывающего белка к промоторам этих генов
М.П. Пономаренко, В.В. Суслов, К.В. Гунбин, П.М. Пономаренко, О.В. Вишневский, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Гены, контролирующие пищевое поведение и массу тела человека, и их функциональные и геномные характеристики
Е.В. Игнатьева, Д.А. Афонников, Е.И. Рогаев, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ЗАВИСИМОСТЬ РАЗМЕРОВ ГЛОБУЛЫ ДНК В ГАЗОВОЙ ФАЗЕ ОТ ДЛИНЫ ЦЕПИ
Горячковская Т.Н., Козлов А.С., Попик В.М., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерное моделирование механизмов формирования и распространения социально-биологических связей и динамики поведения
Лашин С.А., Мамонтова Е.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Моделирование пространственного распределения эффекта нокаута генов, связанных с агрессивностью глиомы низкой степени злокачественности, в тканях мозга человека с помощью методов машинного обучения
Петровский Е.Д., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Осаждение аэрозолей в носовых ходах норных и наземных грызунов при дыхании в запыленной среде
Мошкин М.П., Петровский Д.В., Акулов А.Е., Ромащенко А.В., Герлинская Л.А., Мучная М.И., Ганимедов В.Л., Садовский А.С., Савелов А.А., Коптюг И.В., Троицкий С.Ю., Бухтияров В.И., Колчанов Н.А., Сагдеев Р.З., Фомин В.М.
[Журнал Общей Биологии]
|
|
Постоянные белки мочи здорового человека в эксперименте с 520-суточной изоляцией
Пастушкова ЛХ, Киреев КС, Кононихин АС, Тийс ЕС, Попов ИА, Доброхотов ИВ, Кусто МА, Иванисенко ВА, Колчанов НА, Николаев ЕН, Почуев ВИ, Ларина ИМ
[Aviakosm Ekolog Med.]
|
|
Предсказание генов маркеров агрессивности глиомы низкой степени злокачественности по экспрессионным данным TCGA
Иванисенко Н.В., Губанова Н.В., Колчанов Н.А., Иванисенко В.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
| 2013 |
Abundances of microRNAs in human cells can be estimated as a function of the abundances of YRHB and RHHK tetranucleotides in these microRNAs as an ill-posed inverse problem solution
Ponomarenko MP, Suslov VV, Ponomarenko PM, Gunbin KV, Stepanenko IL, Vishnevsky OL, Kolchanov NA
[Frontiers in Genetics]
|
|
Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides.
Bragin AO, Demenkov PS, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
An experimental verification of the predicted effects of promoter TATA-box polymorphisms associated with human diseases on interactions between the TATA-boxes and TATA-binding protein.
Savinkova L.K., Drachkova I.A., Arshinova T.V., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[PloS One]
|
|
Detection of Renal Tissue and Urinary Tract Proteins in the Human Urine after Space Flight.
Pastushkova L.Kh, Kireev R.S., Kononikhin A.S., Tiys E.S., Popov I.A., Starodubtseva N.L., Dobrokhotov I.V., Ivanisenko V.A., Larina I.M., Kolchanov N.A., Nikolaev E.N.
[PloS One]
|
|
Enhanced Differential Evolution Entirely Parallel Method for Biomedical Applications
Konstantin Kozlov, Nikita Ivanisenko, Vladimir Ivanisenko, Nikolay Kolchanov, Maria Samsonova, Alexander M. Samsonov
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
How multiple auxin responsive elements may interact in plant promoters: a reverse problem solution
Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Savina M.S., Ponomarenko P.M., Ponomarenko M.P., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Introductory note for BGRS-2012 special issue
Kolchanov N.A., Orlov Y.L.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Model of Structuring the Stem Cell Niche in Shoot Apical Meristem of Arabidopsis thaliana
S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, E. D. Mjolsness, B. E. Shapiro, and Academician N. A. Kolchanov
[Doklady Biological Sciences]
|
|
Modeling of plant embryo morphodynamics at early developmental stages
S. V. Nikolaev, N. A. Kolchanov, S. K. Golushko, J. -C. Palauqui, A. Urban, E. V. Amelina, A. V. Yurchenko, K. S. Golushko, U. S. Zubairova, A. V. Penenko, A. Trubuil
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
PЕПЛИКАЦИЯ CУБГЕНОМНОГО PЕПЛИКОНА ВИPУCА ГЕПАТИТА C В ПPИCУТCТВИИ ИНГИБИТОPОВ NS3-ПPОТЕАЗЫ: CТОXАCТИЧЕCКАЯ МОДЕЛЬ
Н.В. Иваниcенко, Е.Л. Мищенко, И.P. Акбеpдин, П.C. Деменков, В.А. Лиxошвай, К.Н. Козлов, Д.И. Тодоpов, М.Г. Cамcонова, А.М. Cамcонов, Н.А. Колчанов, В.А. Иваниcенко
[МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОФИЗИКА]
|
|
RESEARCH ON THE BIODIVERSITY OF WESTERN SIBERIA MICROALGAE FOR THIRD-GENERATION BIOFUEL PRODUCTION PROCESSES
Пилигаев Александр Васильевич
Сорокина Ксения Николаевна
Брянская Алла Викторовна
Демидов Евгений Александрович
Кукушкин Роман Геннадьевич
Колчанов Николай Александрович
Пармон Валентин Николаевич
Пельтек Сергей Евгеньевич
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Studying the non-thermal effects of terahertz radiation on E. coli/pKatG-gfp biosensor cells
Elizaveta V. Demidova, Tatiana N. Goryachkovskaya, Tatiana K. Malup, Svetlana V. Bannikova, Artem I. Semenov, Nikolay A. Vinokurov, Nikolay A. Kolchanov, Vasiliy M. Popik, Sergey E. Peltek
[BIOELECTROMAGNETICS]
|
|
Subcellular localization charts: a new visual methodology for the semi-automatic localization of protein-related data sets.
Sommer B., Kormeier B., Demenkov P., Arrigo P., Hippe K., Ates O., Kochetov A.V., Ivanisenko V., Kolchanov N.A., Hofestaedt R.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
The substitutions G245C and G245D in the Zn(2+)-binding pocket of the p53 protein result in differences of conformational flexibility of the DNA-binding domain.
Pintus SS, Ivanisenko NV, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Ramachandran S, Kolchanov NA, Ivanisenko VA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Translation efficiency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters
Matushkin YG, Levitsky VG, Orlov YL, Likhoshvai VA, Kolchanov NA.
[Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics]
|
|
Биотехнологический потенциал новой технической культуры – мискантус сорт сорановский
Слынько Н.М., Горячковская Т.Н., Шеховцов С.В., Банникова С.В., Бурмакина Н.В., Старостин К.В.,Розанов А.С., Нечипоренко Н.Н.,Вепрев С.Г., Шумный В.К., Колчанов Н.А., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Генные сети
Н.А. Колчанов, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Исследование биоразнообразия микроводорослей Западной Сибири для применения в процессах получения биотоплива третьего поколения/
Пилигаев А.В., Брянская А.В., Сорокина К.Н., Демидов Е.А., Кукушкин Р.Г., Колчанов Н.А., Пармон В.Н., Пельтек С.Е.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Математическое моделирование синтеза биоэтанола и молочной кислоты термофильными бактериями рода Geobacillus
М.А. Нуриддинов, Ф.В. Казанцев, А.С. Розанов, К.Н. Козлов, С.Е. Пельтек, Н.А. Колчанов, И.Р. Акбердин
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis thaliana
С. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (E. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (B. E. Shapiro), Н. А. Колчанов
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Молекулярные механизмы взаимодействия белков CrmB вируса оспы коров и вируса натуральной оспы с фактором некроза опухолей человека
Иванисенко Н.В., Трегубчак Т.В., Сайк О.В., Иванисенко В.А., Щелкунов С.Н., Колчанов Н.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Программный комплекс SNP-MED для анализа влияния однонуклеотидных полиморфизмов на функцию генов, связанных с развитием социально значимых заболеваний
Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, Ю.Ю. Васькин, Л.О. Брызгалов, В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, М.П. Пономаренко, Д.А. Рассказов, К.В. Гунбин, И.В. Процук, И.Ю. Шутов, П.Н. Леонтьев, М.Ю. Фурсов, Н.П. Бондарь, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова, Н.А. Колчанов.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот
Т. И. Меркулова, Е. А. Ананько, Е. В. Игнатьева, Н. А. Колчанов
[RUSS J GENET+]
|
| 2012 |
ANDVisio: a new tool for graphic visualization and analysis of literature mined associative gene networks in the ANDSystem
P.S. Demenkov, T.V. Ivanisenko, N.A. Kolchanov, V.A. Ivanisenko
[In Silico Biology]
|
|
Combined in silico/in vivo analysis of mechanisms providing for root apical meristem self-organization and maintenance
Mironova VV, Omelyanchuk NA, Novoselova ES, Doroshkov AV, Kazantsev FV, Kochetov AV, Kolchanov NA, Mjolsness E, Likhoshvai VA.
[ANN BOT-LONDON]
|
|
Computer analysis of metagenomic data--prediction of quantitative value of specific activity of proteins.
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Pintus SS, Ivanisenko TV, Podkolodny NL, Ivanisenko LN, Rozanov AS, Bryanskaya AV, Kostrjukova ES, Levizkiy SA, Selezneva OV, Chukin MM, Larin AK, Kondratov IG, Lazarev VN, Peltek SE, Govorun VM, Kolchanov NA
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions
Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[ECOL MODEL]
|
|
Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique
Mikhail A. Genaev, Alexey V. Doroshkov, Tatyana A. Pshenichnikova, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov
[PLANTA]
|
|
ICGenomics: программный комплекс анализа символьных последовательностей геномики
Ю.Л. Орлов, А.О. Брагин, И.В. Медведева, К.В. Гунбин, П.С. Деменков, О.В. Вишневский, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, Н.Л. Подколодный, Д.А. Афонников, И. Гроссе, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Reconstruction of associative protein networks connected with processes of sodium exchange' regulation and sodium deposition in healthy volunteers by urine proteome analysis
Larina IM, Kolchanov NA, Dobrokhotov IV, Ivanisenko VA, Demenkov PS, Tiĭs ES, Valeeva OA, Pastushkova LKh, Nikolaev EN
[Human Physiology]
|
|
Routes of nanoparticle uptake into mammalian organisms, their biocompatibility and cellular effect
O. A. Podkolodnaya, E. V. Ignatieva, N. L. Podkolodnyy, N. A. Kolchanov
[Biology Bulletin Reviews]
|
|
SPF-виварий: научно-технологический комплекс для исследований в области нанобиобезопасности
Пельтек С.Е., Мошкин М.П., Герлинская Л.А., Горячковская Т.Н., Банникова С.В., Подколодная О.А, Попик В.М., Колчанов Н.А.
[Нанотехнологии Экология Производство]
|
|
SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes
Irina Medvedeva, Pavel Demenkov, Nikolay Kolchanov and Vladimir Ivanisenko
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Анализ белковых взаимодействий на основе изучения протеома мочи человека в эксперименте со 105-суточной изоляцией.
Пастушкова Л.Х., Валеева О.А., Кононихин А.С., Ларина И.М., Николаев Е.Н., Попов И.А., Доброхотов И.В., Иванисенко В.А., Тийс Е.С., Колчанов Н.А.
[Авиакосмическая и экологическая медицина]
|
|
Важная роль изменений микроРНК в эволюции Homo neanderthalensis и Homo Denisova.
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А., Деревянко А.П.
[Археология, этнография и антропология Евразии]
|
|
Изучение взаимодействия TBP человека с ТАТА-элементом промотора гена NOS2A с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса
И.А. Драчкова, C.В. Шеховцов, С.Е. Пельтек, П.М. Пономаренко, Т.В. Аршинова, М.П. Пономаренко, Т.И. Меркулова, Л.К. Савинкова, Н.А. Колчанов
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Информационная поддержка исследования механизмов регуляции транскрипции: онтологический подход
Подколодный Николай Леонтьевич Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ взаимосвязи аллергенности микроорганизмов и среды их обитания
Брагин А.О., Деменков П.С., Тийс Е.С., Хофештадт Р., Иванисенко В.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Компьютерный анализ метагеномных данных – предсказание количественной величины специфической активности белков
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Пинтус С. С., Иванисенко Т. В., Подколодный Н. Л., Иванисенко Л. Н., Розанов А. С., Брянская А. В., Кострюкова Е. С., Левицкий С. А., Селезнева О. В., Чукин М. М., Ларин А. К., Кондратов И. Г., Лазарев В. Н., Пельтек С. Е., Говорун В. М., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм
Н.Н. Втюрина, С.Л. Гроховский, А.Б. Васильев, И.И. Титов, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, С.Е. Пельтек, Ю.Д. Нечипуренко, академик Н.А. Колчанов
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Моделирование морфодинамики на ранних стадиях эмбриогенеза растения
Николаев С.В., Колчанов Н.А., Голушко С.К., Палаки Ж.-К., Урбан О., Амелина Е.В., Юрченко А.В., Голушко К.С., Зубаирова У.С., Пененко А.В., Трубюй А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
ПОДАВЛЕНИЕ РЕПЛИКАЦИИ СУБГЕНОМНОГО РНК РЕПЛИКОНА ВИРУСА ГЕПАТИТА С ИНГИБИТОРОМ NS3 ПРОТЕАЗЫ SCH 503034 В HUH-7 КЛЕТКАХ: СТОХАСТИЧЕСКАЯ МОДЕЛЬ
Е.Л. Мищенко, Н.В. Иванисенко, И.Р. Акбердин, П.С. Деменков, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов, В.А. Иванисенко
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Потенциал применения микроводорослей в качестве сырья для биоэнергетики.
Сорокина К.Н., Яковлев В.А., Пилигаев А.В., Кукушкин Р.Г., Пельтек С.Е., Колчанов Н.А., Пармон В.Н.
[Катализ в промышленности]
|
|
Пути поступления наночастиц в организм млекопитающих, их биосовместимость и клеточные эффекты.
Подколодная О. А., Игнатьева Е. В. , Подколодный Н. Л. , Колчанов Н. А. .
[Успехи современной биологии]
|
|
Распределенная система RESTful-web-сервисов для реконструкции и анализа генных сетей
Подколодный Николай Леонтьевич Семенычев Александр Владимирович Рассказов Дмитрий Александрович Боровский Виктор Геннадьевич Ананько Елена Анатольевна Игнатьева Елена Васильевна Подколодная Наталья Николаевна Подколодная Ольга Александровна Колчанов Николай Александрович
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Реконструкция ассоциативных белковых сетей, связанных с процессами регуляции обмена и депонирования натрия в организме здорового человека на основе изучения протеома мочи.
Ларина И.М., Колчанов Н.А., Доброхотов И.В., Тийс Е.С., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Валеева О.А., Пастушкова Л.Х., Николаев Е.Н.
[Физиология человека]
|
|
Система детекции биоаналитического комплекса нового поколения
Сысоев Е.В., Поташников А.К., Обидин Ю.В.,Горячковская Т.Н., Базин В.С., Попик В.М., Пельтек С.Е., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
| 2011 |
A Study of a One-Dimensional Model of Regulation of the Renewing Zone Size in a Biological Tissue Accounting for Cell Division
S. V. Nikolaev, U. S. Zubairova, S. I. Fadeev, E. Mjolsness, N. A. Kolchanov
[Journal of Applied and Industrial Mathematics]
|
|
Application of the ANDCell Computer System to Reconstruction and Analysis of Associative Networks Describing Potential Relationships between Myopia and Glaucoma
O. A. Podkolodnaya, E. E. Yarkova, P. S. Demenkov, O. S. Konovalova, V. A. Ivanisenko, and N. A. Kolchanov
[Russian Journal of Genetics: Applied Research]
|
|
Evolutionary Trends in the Prokaryotic Community and Prokaryotic Community–Phage Systems
S. A. Lashin, Yu. G. Matushkin, V. V. Suslov, N. A. Kolchanov
[RUSS J GENET+]
|
|
From published expression and phenotype data to structured knowledge: The Arabidopsis gene net supplementary database and its applications
Denis Ponomaryov, Nadezhda Omelianchuk, Victoria Mironova, Evgeny Zalevsky, Nikolay Podkolodny, Eric Mjolsness, and Nikolay Kolchanov
[Lecture Notes in Artificial Intelligence]
|
|
In vitro examining the existing prognoses how TBP binds to TATA with SNP associated with human diseases
Drachkova I.A., Ponomarenko P.M., Arshinova T.V., Ponomarenko M.P., Suslov V.V., Savinkova L.K., Kolchanov N.A.
[Health]
|
|
Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi.
Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[BMC EVOL BIOL]
|
|
PROMEDIA – база данных химических соединений, потенциальных биомаркеров заболеваний, имеющих значение для неинвазивной диагностики
Сайк О.В., Мошкин М.П., Балдин М.Н., Грузнов В.М., Козлов В.А., Самороков С.Н., Деменков П.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[Mathematical Biology & Bioinformatics]
|
|
Protein Structure Discovery: software package to perform computational proteomics tasks
Ivanisenko VA, Demenkov PS, Ivanisenko TV, Kolchanov NA
[RUSS J BIOORG CHEM+]
|
|
Protein Structure Discovery: пакет программ для решения задач компьютерной протеомики
Иванисенко В. А., Деменков П. С., Иванисенко Т. В., Колчанов Н. А.
[Биоорганическая химия]
|
|
Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям
Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Извлечение знаний из текстов научных публикаций и создание баз знаний в области нанобиотехнологии
В.А. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, П.С. Деменков, Т.В. Иванисенко, О.А. Подколодная, Е.В. Игнатьева, Т.М. Хлебодарова, Н.Н. Подколодная, Е.А. Ананько, С.С. Гончаров, Н.А. Колчанов
[Российские нанотехнологии]
|
|
Изменение сродства ТАТА-связывающего белка к олигонуклеотидам, соответствующим ТАТА-боксам промоторов генов человека, несущим полиморфизмы, ассоциированные с наследственными заболеваниями
Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[Vavilov journal of genetics and breeding]
|
|
Острая иммуно-физиологическая реакция мышей разных генотипов на поступление наночастиц SiO2 (Таркосил 25) в верхние дыхательные пути
Мошкин М.П., Пельтек С.Е., Герлинская Л.А., Горячковская Т.Н., Концевая Г.В., Масленникова С.О., Попик В.В., Колчанов Н.А.
[Российские нанотехнологии]
|
|
Парадоксы "Проблем происхождения жизни"
Колчанов Н.А., Суслов В.В.
[Наука в России]
|
|
Подход и программные средства для описания макро- и микродинамики экосистем
Тимонов В.С., Суслов В.В., Брянская А.В., Ефимов В.М., Колчанов Н.А.
[Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии]
|
|
Разработка методов распознования сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина
Левицкий В. Г., Ощепков Д. Ю., Ершов Н. И., Брызгалов Л. О., Антонцева Е. В., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Сибирский центр генетических ресурсов – три года спустя
Колчанов Н.А., Мошкин М.П., Сагдеев Р.З., Шумный В.К.
[Наука из первых рук]
|
|
Эволюционные тренды в системах “прокариотическое сообщество” и “прокариотическое сообщество–фаг”
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
|
| 2010 |
A Computerized System for the Analysis of Molecular Evolution Modes of Protein-Encoding Genes (SAMEM): the Relationship between Molecular Evolution and Phenotypic Traits
Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Moscow University Biological Sciences Bulletin]
|
|
A new form of Miscanthus (Chinese silver grass, Miscanthus sinensis - Andersson) as a promising source of cellulosic biomass
Vladimir K. Shumny, Sergey G.Veprev, Nikolay N. Nechiporenko, Tatiana N. Goryachkovskaya, Nikolay M. Slynko, Nikolay A. Kolchanov, Sergey E. Peltek.
[Advances in Bioscience and Biotechnology]
|
|
A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root
Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Yosiphon G, Fadeev S.I., Kolchanov N.A., Mjolsness E., Likhoshvai V.A.
[BMC SYST BIOL]
|
|
Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein
Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S.
[J BIOCHEM]
|
|
Metabolic Engineering in Silico
Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ree M.T., Kolchanov N.A.
[APPL BIOCHEM MICRO+]
|
|
Possibility spaces and evolution
Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic
Suslov V.V., Ponomarenko M.P., Savinkova L.K., Ponomarenko P.M., Efimov V.M., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
The complete mitochondrial genomes of the liver flukes Opisthorchis felineus and Clonorchis sinensis (Trematoda).
Shekhovtsov SV, Katokhin AV, Kolchanov NA, Mordvinov VA.
[PARASITOL INT]
|
|
Visualization and analysis of a cardio vascular disease- and MUPP1-related biological network combining text mining and data warehouse approaches
Sommer B, Tiys ES, Kormeier B, Hippe K, Janowski SJ, Ivanisenko TV, Bragin AO, Arrigo P, Demenkov PS, Kochetov AV, Ivanisenko VA, Kolchanov NA, Hofestädt R
[J INTEGR BIOINFORM]
|
|
Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена бета-глобина человека, ассоциированный с бета-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка
Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Савинкова Л.К.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
ДНК-диагностика микст-инвазий Opisthorchis felineus и Metorchis bilis с помощью метода ПЦР
Брусенцов И.И., Катохин А.В., Сахаровская З.В., Сазонов А.Э., Огородова Л.М., Федорова О.С., Колчанов Н.А., Мордвинов В.А.
[Медицинская паразитология и паразитарные болезни]
|
|
Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы
О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Исследование одномерной модели регуляции размеров возобновительной зоны в биологической ткани с учётом деления клеток
Николаев С.В., Зубаирова У.С., Фадеев С.И., Мйолснесс Э., Колчанов Н.А.
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
К вопросу биологической переработки Российского мискантуса
Пельтек С.Е., Брянская А.В., Горячковская Т.Н., Шумный В.К., Колчанов Н.А., Будаева В.В., Митрофанов Р.Ю., Золотухин В.Н., Скиба Е.А., Сакович Г.В.
[Ползуновский Вестник]
|
|
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров
Пельтек С.Е., Горячковская Т.Н., Рубцов Н.Б., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А., Попик В.М., Пиндюрин В.Ф., Гольденберг Б.Г., Щеглов М.А., Кулипанов Г.Н.
[Нанотехнологии Экология Производство]
|
|
Новая форма Мискантуса Китайского (Веерника Китайского miscanthus sinensis anders.) как перспективный источник целлюлозосодержащего сырья
Шумный, С.Г. Вепрев, Н.Н. Нечипоренко, Т.Н. Горячковская, Н.М. Слынько, Н.А. Колчанов, С.Е. Пельтек
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Поиск возобновляемых источников целлюлозы для многоцелевого использования
Шумный В.К., Н.А. Колчанов, Г.В. Сакович, В.Н. Пармон, С.Г. Вепрев, Н.Н. Нечипоренко, Т.Н. Горячковская, А.В. Брянская, В.В. Будаева, А.В. Железнов, Н.Б. Железнова, В.Н. Золотухин, Р.Ю. Митрофанов, А.С. Розанов, К.Н. Сорокина, Н.М. Слынько, В.А. Яковлев,
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками
Суслов В.В., Пономаренко П.М, Пономаренко М.П, Драчкова И.А., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К., Колчанов Н.А.
[RUSS J GENET+]
|
|
Профессор Ия Ивановна Кикнадзе: к 80-летию со дня рождения и к 55-летию научно-педагогической деятельности
Захаров И.К., Колчанов Н.А., Шумный В.К.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Точное уравнение равновесия для четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для предсказания фенотипической экспрессии при мутациях
Пономаренко П.М., Суслов В.В.,Савинкова Л.К., Пономаренко М.П.,Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор)
В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, П.М. Пономаренко, М.П. Пономаренко, Н.А. Колчанов
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
| 2009 |
A novel nuclear marker, Pm-int9, for phylogenetic studies of Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis (Opisthorchiidae, Trematoda).
S.V. Shekhovtsov, A.V. Katokhin, K.V. Romanov, V.V. Besprozvannykh, K.P. Fedorov, N.I. Yurlova, E.A. Serbina, P. Sithithaworn, N.A. Kolchanov, V.A. Mordvinov
[PARASITOL RES]
|
|
Adaptive evolution of genes of archaea belonging to the genus Pyrococcus associated with adaptation to life under high-pressure conditions
Gunbin KV, Afonnikov DA, Boldyreva EV, Kolchanov NA
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions
Gunbin KV, Afonnikov DA, Kolchanov NA
[BMC GENOMICS]
|
|
Plant developmental genetics: Integrating data from different experiments in databases
Omelyanchuk NA, Mironova VV, Kolchanov NA
[RUSS J GENET+]
|
|
Prediction of the affinity of the TATA-binding protein to TATA boxes with single nucleotide polymorphisms
Ponomarenko PM, Ponomarenko MP, Drachkova IA, Lysova MV, Arshinova TV, Savinkova LK, Kolchanov NA
[Molecular Biology]
|
|
TATA box polymorphisms in human gene promoters and associated hereditary pathologies
Savinkova LK, Ponomarenko MP, Ponomarenko PM, Drachkova IA, Lysova MV, Arshinova TV, Kolchanov NA
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
The evolution of key cell cycle proteins correlates with an increase in the complexity of eukaryotic organisms
Turnaev II, Gunbin KV, Kolchanov NA
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений
Гунбин К.В., Афонников Д.А., Болдырева Е.В., Колчанов Н.А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Академик Сергей Георгиевич Инге–Вечтомов: 70 лет со дня рождения и 45 лет научной и педагогической деятельности
Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Аргутинская Светлана Владимировна (7.04.1923-28.06.2009)
Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов
Е.В. Игнатьева, Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных
Омельячук НА., Миронова ВВ., Колчанов НА
[RUSS J GENET+]
|
|
Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы
В.В. Cуслов, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа
Бажан С. И., Кашеварова Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа
С.И. Бажан, Н.А. Кашеварова (Ри), Т. М. Хлебодарова, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов
[BIOPHYSICS]
|
|
Математическое моделирование действия потенциальных противовирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке
Е.Л. Мищенко, K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Метаболическая инженерия in silico
Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ри М.Т., Колчанов Н.А.
[Биотехнология]
|
|
Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana
В.А. Лихошвай, Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Определение полной нуклеотидной последовательности митохондриального генома возбудителя описторхоза, Opisthorchis felineus
В.А. Мордвинов, А.В. Марданов, Н.В. Равин, С.В. Шеховцов, С.А. Демаков, А.В. Катохин, Н.А. Колчанов, Г.К. Скрябин
[Acta Naturae]
|
|
Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии
Cавинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Предисловие: 200 лет со дня рождения Чарлза Дарвина
Шумный В.К., Колчанов Н.А., Захаров И.К., Суслов В.В.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Предсказание влияния полиморфных замен нуклеотидов в ТАТА-боксах промоторов генов человека на сродство к ним ТАТА-связывающего белка
Пономаренко М.П., Пономаренко П.М., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В.,Савинкова Л.К.,Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
|
Учёный и селекционер Иван Васильевич Чёрный (23.05.1934-11.09.2009)
Шумный В.К., Колчанов Н.А., Ефименко А.В., Захаров И.К.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2008 |
Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution
Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research
Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman
[INTELL DATA ANAL]
|
|
Sarai uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs
Kochetov AV, Ahmad S, Ivanisenko V, Volkova OA, Kolchanov NA
[FEBS LETT]
|
|
TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes
N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy, A.G. Romashchenko
[INTELL DATA ANAL]
|
|
Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins.
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs
Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A.
[FEBS LETT]
|
|
Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов
Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов
[Успехи физиологических наук]
|
|
Изготовление LIGA-шаблонов для создания микрофлюидных аналитических систем
Гольденберг Б.Г., Горячковская Т.Н., Елисеев В.С., Колчанов Н.А., Кондратьев В.И., Кулипанов Г.Н., Попик В.М., Пельтек С.Е., Петрова Е.В., Пиндюрин В.Ф.
[Поверхность. Рентгеновские, синхротронные и нейтронные исследования]
|
|
Математическое моделирование морфогенеза растений
Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов.
[Журнал вычислительной математики и математической физики]
|
|
Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров
С.Е. Пельтек, Т.Н. Горячковская, В.М. Попик, В.Ф. Пиндюрин, В.С. Елисеев, Б.Г. Гольденберг, М.А. Щеглов, Н.В. Тикунова, Т.М. Хлебодарова, Н.Б. Рубцов, Г.Н. Кулипанов, Н.А. Колчанов
[Российские нанотехнологии]
|
|
Молекулярно-генетические системы развития: динамика функционирования и молекулярная эволюция
Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Пошаговая модель связывания ТВР/ТАТА бокс позволяет предсказать наследственные заболевания человека по точечным полиморфизмам
Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD
Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Эволюционный конструктор: методика и комплекс программ для моделирования эволюции трофически связанных популяций одноклеточных гаплоидных организмов
Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Вычислительные технологии]
|
| 2007 |
AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site
Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A.
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Application of bioinformatics resources for genosensor design
Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Aromorphoses and the adaptive molecular evolution
Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate gene
Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
|
Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes
Kolchanov NA, Merkulova TI, Ignatieva EV, Ananko EA, Oshchepkov DY, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Hodgman TC
[BRIEF BIOINFORM]
|
|
Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions
Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C.
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure-BGRS'2006
Rodin S. N., Kolchanov N. A.
[In Silico Biology]
|
|
Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture
Mishchenko E.L., Bezmaternykh K.D., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Khlebodarova T.M., Sournina N. Yu., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Model of the reception of hedgehog morphogen concentration gradient: comparison with an extended range of experimental data
Gunbin K.V., Omelyanchuk L.V., Kogai V.V., Fadeev S.I., Kolchanov N.A.
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Recognition of interferon-inducible sites, promoters, and enhancers
Ananko E.A., Kondrakhin Y.V., Merkulova T.I., Kolchanov N.A
[BMC BIOINFORMATICS]
|
|
Search for new binding sites for the transcription factor SF-1 by the SITECON method: experimental verification and analysis of regulatory regions of orthologous genes
Ignat'eva EV, Klimova NV, Oshchepkov DY, Vasil'ev GV, Merkulova TI, Kolchanov NA.
[Doklady Biochemistry and Biophysics]
|
|
Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006))
Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G
[In Silico Biology]
|
|
The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study
Gunbin K.V., Afonnikov D.A. and Kolchanov N.A.
[In Silico Biology]
|
|
Web-based Computational Tools for the Prediction and Analysis of Post-translational Modifications of Proteins
Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A.
[Methods in Molecular Biology]
|
|
А cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis Thaliana
Ilya Akberdin, Evgeniy Ozonov, Victoria Mironova, Nadezda Omelyanchuk, Vitaly Likhoshvai, Dmytry Gorpinchenko, Nikolay Kolchanov
[Journal of Bioinformatics and Computational Biology]
|
|
Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция
Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Взаимодействие рекомбинантного ТАТА-связывающего белка с ТАТА-боксами промоторов генов млекопитающих
Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А.
[Экологическая генетика]
|
|
Компьютерно-экспериментальный подход к дизайну полифункционального геносенсора, полученного на основе промотора гена yfiA Escherichia coli
Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Крачко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения
Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А.
[RUSS J DEV BIOL+]
|
|
Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега
Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А.
[RUSS J DEV BIOL+]
|
|
Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов.
Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., Колчанов Н. А.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Сетевое описание биосистем: проблемы и подходы
Колчанов Н.А., Мигинский Д.С., Подколодный Н.Л., Рассказов Д.А., Суслов В.В., Тимонов В.С., Сергеев М.Г.
[Вычислительные технологии]
|
|
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах
Меркулова Т. И., Ощепков Д. Ю., Игнатьева Е. В., Ананько Е.В., Левицкий В.Г., Васильев Г. В., Климова Н. В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А.
[BIOCHEMISTRY-MOSCOW+]
|
| 2006 |
A Systems Approach to Morphogenesis in Arabidopsis thaliana: II. Modeling of the Regulation of Shoot Apical Meristem Structure
S. V. Nikolaev, S. I. Fadeev, A. V. Penenko, V. V. Lavrekha, V. V. Mironova, E. D. Mjolsness, N. A. Omel’yanchuk, N. A. Kolchanov
[BIOPHYSICS]
|
|
A model of Arabidopsis thaliana morphogenesis in cellular automaton terms
I. R. Akberdin, E. A. Ozonov, V.V. Mironova, D. N. Gorpinchenko,N. A. Omelyanchuk, V. A. Likhoshvai, N. A. Kolchanov
[BIOPHYSICS]
|
|
Method SiteGA for transcription factor binding sites recognition
Levitsky, V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C.
[BIOPHYSICS]
|
|
Novel genes identified by manual annotation and microarray expression analysis in the pancreas
Mazzarelli J.M., White P., Gorski R., Brestelli J., Pinney D.F., Arsenlis A., Katokhin A., Belova O., Bogdanova V., Elisafenko E., Gubina M., Nizolenko L., Perelman P., Puzakov M., Shilov A., Trifonoff V., Vorobjeva N., Kolchanov N., Kaestner K.H., Stoeck
[GENOMICS]
|
|
On the Early Stages of the Evolution of the Geosphere and Biosphere
Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Suslov V.V.
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
Pattern of locally positioned dinucleotides correlates with microRNA abundance in plants
Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelyanchuk N.A., Kolchanov N.A., Savinskaya S.A.
[BIOPHYSICS]
|
|
Potential binding sites for SF-1: Recognition by the SiteGA method, experimental verification, and search for new target genes
Klimova NV, Levitsky VG, Ignatieva EV, Vasiliev GV, Kobzev VF, Busygina TV, Merkulova TI, Kolchanov NA
[Molecular Biology]
|
|
Prediction of Contact Numbers of Amino Acid Residues Using a Neural Network Regression Algorithm
D. A. Afonnikov, A. V. Morozov, N. A. Kolchanov
[BIOPHYSICS]
|
|
Statistical analysis of nucleosome formation sites
Orlov IuL, Levitskii VG, Smirnova OG, Podkolodnaia OA, Khlebodarova TM, Kolchanov NA.
[BIOPHYSICS]
|
|
Выявление потенциальных сайтов связывания транскрипционного фактора SF-1 методом SiteGA, их экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишеней этого фактора
Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
|
Генные сети липидного метаболизма
Колчанов Н.А., Воевода М.И., Кузнецова Т.Н., Мордвинов В.А., Игнатьева Е.В.
[Бюллетень СО РАМН]
|
|
Интерстициальные теломерные повторы, как маркеры эволюционных преобразований кариотипа млекопитающих: хромосома 2 человека
Воробьева Н.В., Билтуева Л.С., Орлов Ю.Л., Графодатский А.С., Колчанов Н.А
[BIOPHYSICS]
|
|
Исследование одномерной модели регуляции размеров возобновительной зоны в биологической ткани
Николаев С.В., Колчанов Н.А., Фадеев С.И., Когай В.В., Мйолснесс Э.
[Вычислительные технологии]
|
|
Метод SiteGA для распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов
Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А., Ходжман Т.С.
[BIOPHYSICS]
|
|
Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата
Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
О ранних стадиях эволюции геосферы и биосферы
Добрецов Н.Л., Колчанов Н.А., Суслов В.В.
[PALEONTOL J+(RUS)]
|
|
Паттерн определенных динуклеотидов микроРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении.
Левицкий В.Г., Хомичева И.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Потенциальные открытые рамки считывания в 5”-нетранслируемых районах эукариотических мРНК
Волкова О. А., Кочетов А. В., Титов С. Е., Колчанов Н. А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Потенциальные сайты связывания фактора транскрипции SF-1: выявление методом SiteGA, экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишени
Н.В.Климова, В.Г.Левицкий, Е.В.Игнатьева, Г.В.Васильев, В.Ф.Кобзев, Т.В.Бусыгина, Т.И.Меркулова, Н.А.Колчанов
[Molecular Biology]
|
|
Предсказание контактных чисел аминокислотных остатков c использованием алгоритма нейросетевой регрессии
Д.А.Афонников, А.С.Морозов, Н.А.Колчанов
[BIOPHYSICS]
|
|
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA
Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч.
[BIOPHYSICS]
|
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: I. База данных AGNS
Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Шамов И.С.,Поплавский А.С., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Мелснесс Э.Д., Мейеровитц Е.M., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis Thaliana: II. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега
Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс Э.Д., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Содержание микроРНК в Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRHW и DRYD
Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Колчанов Н.А
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом
Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А
[BIOPHYSICS]
|
|
Филогенетический анализ семейства p53
Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Численное исследование модели рецепции градиента концентрации морфогена Hedgehog
В.В.Когай, К.В.Гунбин, Л.В.Омельянчук, С.И. Фадеев, Н.А.Колчанов
[Сибирский журнал индустриальной математики]
|
|
Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах
Климова Н.В., Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В., Васильев Г.В., Кобзев В.Ф., Бусыгина Т.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
| 2005 |
GeneNet in 2005.
E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites
Ivanisenko VA, Pintus SS, Grigorovich DA, Kolchanov NA.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families
Ivanisenko V.A., Eroshkin A.M., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма
Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
|
Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития
Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В., Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г., Колчанов Н.А.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2004 |
Генетические механизмы кодирования биологической сложности
Суслов В.В., Гунбин К.В., Колчанов Н.А.
[Экологическая генетика]
|
|
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть I.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А.
[Сибирский экологический журнал]
|
|
Генетические механизмы морфологической эволюции. Часть II.
Гунбин К.В., Суслов В.В., Омельянчук Н.А., Колчанов Н.А.
[Сибирский экологический журнал]
|
|
Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот.
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный
[Molecular Biology]
|
|
Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации
Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В.
[Информационный вестник ВОГИС]
|
| 2003 |
Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases
Stepanenko I., Kolchanov N.
[Ann.N.Y.Acad.Sci.]
|
|
Data Mining Techniques in Bioinformatics
Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., Ratushnyi A.V.
[Pattern Recognition and Image Analysis]
|
| 2002 |
ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro.
Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks.
Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G.
[In Silico Biology]
|
|
GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks.
Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002
Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК
Титов И.И., Воробьев Д.Г., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А.
[RUSS CHEM B+]
|
| 2001 |
ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another.
Ponomarenko J.V., Furman D.P., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A., Sarai A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coadaptive substitutions
D.A. Afonnikov , D. Yu. Oshchepkov, and N.A. Kolchanov
[BIOINFORMATICS]
|
|
Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов.
М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, О.А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов
[Molecular Biology]
|
| 2000 |
Methods for integration of heterogeneous information resources in molecular biology in the digital library GeneExpress
F. A. Kolpakov, N. L. Podkolodnyi, S. V. Lavryushev, D. A. Grigorovich, M. P. Ponomarenko, N. A. Kolchanov
[PROGRAM COMPUT SOFT+]
|
|
SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation
Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A.
[NUCLEIC ACIDS RES]
|
|
Точковые мутации в районе 663-666 п.н. интрона 6 гена триптофаноксигеназы, связанные с рядом психических расстройств, разрушают сайт связывания фактора транскрипции YY1.
Васильев Г.В., Меркулов В.М., Кобзев В.Ф., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
| 1999 |
Conformational and physicochemical DNA features specific for transcription factor binding sites.
Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.G., Overton G.C., Kolchanov N.A.
[BIOINFORMATICS]
|
|
GENEEXPRESS: интегратор баз данных и компьютерных систем, доступных по сети Интернет и предназначенных для изучения экспресии генов эукариот
Н.А.Колчанов, М.П.Пономаренко, А.Э.Кель, Ю.В.Кондрахин, А.С.Фролов, Ф.А.Колпаков, Т.Н.Горячковская, О.В.Кель, Е.А.Ананько, Е.В.Игнатьева, О.А.Подколодная, И.Л.Степаненко, Т.И.Меркулова, В.В.Бабенко, Д.В.Воробьев, С.В.Лаврюшев, Ю.В.Пономаренко, А.В.Кочетов, Г.Н.Колесов, Н.Л.Подколодный, Л.Миланези, Э.Вингендер, Т.Хейнемайер, В.В.Соловьев, Г.К.Овертон
[BIOPHYSICS]
|
|
Identification of sequence-dependent features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins
Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Savinkova L.K., Kolchanov N.A., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Integrated databases and computer systems for studying eukaryotic gene expression.
Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Goryachkovskaya T.N., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Ponomarenko J.V., Kochetov A.V., Podkolodny N.L., Vorobyev D.G., Lavrushev S.V., Grigorovich D.A., Kondrakhin Yu.V., Milanesi L., Wingender E., Solovyev V.V., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Nucleosomal DNA property database.
Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites.
Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobyev D.G., Kolchanov N.A., Overton G.C.
[BIOINFORMATICS]
|
|
Point mutations within 663-666 bp of intron 6 of the human TDO2 gene, associated with a number of psychiatric disorders, damage the YY-1 transcription factor binding site.
Vasiliev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.
[FEBS LETT]
|
|
Prediction of eukaryotic mRNA traslational properties.
Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Kisselev L.L., Kolchanov N.A.
[BIOINFORMATICS]
|
|
WWWMGS: интегрированный сервер для молекулярно-генетических исследований
А.С.Фролов, С.В.Лаврюшев, Д.А.Григорович, А.Э.Кель, А.А.Птицын, Н.А.Колчанов, Н.Л.Подколодный, В.В.Соловьев, Л.Миланези, П.Борн, Э.Вингендер, К.Овертон
[BIOPHYSICS]
|
|
Вклад сигналов и антисигналов в мутационный спектр сайта встраивания td-интрона.
Пономаренко М.П, Пономаренко Ю.В., Колчанов Н.А.
[BIOPHYSICS]
|
|
Усреднее результатов распознавания сайтов может увеличить точность аннотации генома человека
Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Подколодная О.А., Фролов А.С., Воробьев Д.В., Колчанов Н.А., Овертон K.
[BIOPHYSICS]
|
| 1998 |
Eukaryotic mRNAs encoding abundant and scarce proteins are statistically dissimilar in many structural features.
Kochetov AV, Ischenko IV, Vorobiev DG, Kel AE, Babenko VN, Kisselev LL, Kolchanov NA.
[FEBS LETT]
|
|
GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences in eukaryotic genome.
N.A. Kolchanov, M.P. Ponomarenko, A.E. Kel, A.S. Frolov, F.A. Kolpakov, T.N. Goryachkovsky, O.V. Kel, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, V.N. Babenko, I.L. Stepanenko, A.G. Romashchenko, T.I. Merkulova, D.G. Vorobiev, S.V. Lavryushev, A.V. Kochetov, G.B. Kolesov, V.V. Solovyev, L. Milanesi, N.L. Podkolodny, E. Wingender, T. Heinemeyer
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
|
|
Предпочтительность RecA-филамента к последовательностям ДНК коррелирует с генетическим кодом
Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Титов И.И., Колчанов Н.А., Мазин А.В., Ковальчиковски С.
[Doklady Akademii Nauk]
|
|
Функциональные сайты геномов про- и эукариот: компьютерное моделирование и предсказание активности
Колчанов Н.А., Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Подколодный Н.Л.
[Molecular Biology]
|
| 1997 |
Generating programs for predicting the activity of functional sites.
Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A.
[J COMPUT BIOL]
|
|
TRRD and COMPEL databases on transcription linked to TRANSFACAS as tools for analysis and recognition of regulatory sequences
Kel A.E., Kel O.V., Vishnevsky O.V., Ponomarenko M.P., Ischenko I.V., Karas H., Kolchanov N.A., Sklenar H., Wingender E.
[Lect Notes Comput Sci]
|
|
Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот
Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов Н.А., Карас Х., Вингендер Э., Скленар Х.
[Molecular Biology]
|
|
Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот
Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко Ю.В, Кель А.Э., Титов И.И., Колчанов Н.А.
[Molecular Biology]
|
| 1996 |
Олигонуклеотидные словари изофункциональных семейств генов, кодирующих белок
Колчанов Н.А., Бабенко В.Н., Вишневский О.В., Кель А.Э.
[Doklady Akademii Nauk]
|
| 1995 |
Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and application.
Kolchanov NA, Vishnevsky OV, Kel AE, Shindyalov IN
[Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol]
|
| 1993 |
SITEVIDEO: a computer system for functional site analysis and recognition. Investigation of the human splice sites.
Kel A.E., Ponomarenko M.P., Likhachev .EA., Orlov Yu.L., Ischenko I.V., Milanesi L., Kolchanov N.A.
[Comput. Appl. Biosci.]
|
|
|
